data_3O9K # _model_server_result.job_id QpaKJORlcwDRsYgmTVCmuA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 11:15:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3o9k # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":1}' # _entry.id 3O9K # _exptl.entry_id 3O9K _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 421.441 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '5-acetamido-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-3-[(2E)-3-(4-methylphenyl)prop-2-en-1-yl]-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3O9K _cell.length_a 90.491 _cell.length_b 90.491 _cell.length_c 107.778 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3O9K _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 79 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 4' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3,4 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 3_555 -y,x,z 0 -1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 4 'crystal symmetry operation' 4_555 y,-x,z 0 1 0 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 10 A CYS 92 1_555 A SG CYS 337 A CYS 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 42 A CYS 124 1_555 A SG CYS 47 A CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 102 A CYS 185 1_555 A SG CYS 149 A CYS 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 151 A CYS 234 1_555 A SG CYS 156 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 197 A CYS 280 1_555 A SG CYS 210 A CYS 293 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 199 A CYS 282 1_555 A SG CYS 208 A CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 236 A CYS 320 1_555 A SG CYS 255 A CYS 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 341 A CYS 431 1_555 A SG CYS 366 A CYS 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? # _chem_comp.formula 'C21 H27 N O8' _chem_comp.formula_weight 421.441 _chem_comp.id ETT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '5-acetamido-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-3-[(2E)-3-(4-methylphenyl)prop-2-en-1-yl]-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid' _chem_comp.type d-saccharide _chem_comp.pdbx_synonyms '5-(acetylamino)-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-3-[(2E)-3-(4-methylphenyl)prop-2-en-1-yl]-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C01 CAM ETT doub 83 n y C01 CAL ETT sing 84 n y C02 CAX ETT doub 85 n y C03 C3 ETT sing 86 n n O10 C10 ETT doub 87 n n O1A C1 ETT doub 88 n n O4 C4 ETT sing 89 n n CAI C03 ETT sing 90 n n O7 C7 ETT sing 91 n n CAJ CAI ETT doub 92 n n C9 O9 ETT sing 93 n n C9 C8 ETT sing 94 n n CAL CAN ETT doub 95 n y CAM C02 ETT sing 96 n y CAN CAX ETT sing 97 n y O6 C6 ETT sing 98 n n C10 C11 ETT sing 99 n n C10 N5 ETT sing 100 n n C1 O1B ETT sing 101 n n C1 C2 ETT sing 102 n n C3 C4 ETT sing 103 n n C2 O6 ETT sing 104 e n C2 C3 ETT doub 105 n n C8 O8 ETT sing 106 n n C4 C5 ETT sing 107 n n C7 C8 ETT sing 108 n n C7 C6 ETT sing 109 n n C5 N5 ETT sing 110 n n C5 C6 ETT sing 111 n n CAX CAJ ETT sing 112 n n CBD C01 ETT sing 113 n n C02 H02 ETT sing 114 n n C03 H03 ETT sing 115 n n C03 H03A ETT sing 116 n n C11 H111 ETT sing 117 n n C11 H112 ETT sing 118 n n C11 H113 ETT sing 119 n n O1B HO1B ETT sing 120 n n O9 HO9 ETT sing 121 n n O8 HO8 ETT sing 122 n n O4 HO4 ETT sing 123 n n CAI HAI ETT sing 124 n n O7 HO7 ETT sing 125 n n CAJ HAJ ETT sing 126 n n C9 H91 ETT sing 127 n n C9 H92 ETT sing 128 n n CAL HAL ETT sing 129 n n CAM HAM ETT sing 130 n n N5 HN5 ETT sing 131 n n CAN HAN ETT sing 132 n n C8 H8 ETT sing 133 n n C4 H4 ETT sing 134 n n C7 H7 ETT sing 135 n n C5 H5 ETT sing 136 n n C6 H6 ETT sing 137 n n CBD HBD ETT sing 138 n n CBD HBDA ETT sing 139 n n CBD HBDB ETT sing 140 n n # _atom_sites.entry_id 3O9K _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011051 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011051 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009278 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id B _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 2 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id ETT _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id A _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id ETT _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id ETT _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C01 ETT . . . B 2 -16.21 -20.195 -16.393 1 81 ? C01 ETT 1 A 1 HETATM 2 C C02 ETT . . . B 2 -17.099 -21.254 -14.344 1 70.82 ? C02 ETT 1 A 1 HETATM 3 C C03 ETT . . . B 2 -18.399 -21.155 -10.39 1 50.21 ? C03 ETT 1 A 1 HETATM 4 C C11 ETT . . . B 2 -15.398 -26.307 -7.059 1 33.41 ? C11 ETT 1 A 1 HETATM 5 O O10 ETT . . . B 2 -16.134 -26.417 -9.266 1 41.65 ? O10 ETT 1 A 1 HETATM 6 O O1B ETT . . . B 2 -22.496 -22.947 -10.623 1 29.9 ? O1B ETT 1 A 1 HETATM 7 O O9 ETT . . . B 2 -21.421 -28.859 -8.09 1 43.46 ? O9 ETT 1 A 1 HETATM 8 O O1A ETT . . . B 2 -21.252 -21.236 -11.465 1 37.94 ? O1A ETT 1 A 1 HETATM 9 O O8 ETT . . . B 2 -21.897 -26.255 -7.343 1 37.9 ? O8 ETT 1 A 1 HETATM 10 O O4 ETT . . . B 2 -16.741 -23.051 -9.712 1 41.04 ? O4 ETT 1 A 1 HETATM 11 C CAI ETT . . . B 2 -17.806 -21.019 -11.578 1 59.82 ? CAI ETT 1 A 1 HETATM 12 O O7 ETT . . . B 2 -19.93 -26.994 -10.042 1 44.98 ? O7 ETT 1 A 1 HETATM 13 C CAJ ETT . . . B 2 -16.804 -20.231 -12 1 56.1 ? CAJ ETT 1 A 1 HETATM 14 C C9 ETT . . . B 2 -22.167 -27.994 -8.937 1 42.53 ? C9 ETT 1 A 1 HETATM 15 C CAL ETT . . . B 2 -15.709 -19.158 -15.589 1 71.47 ? CAL ETT 1 A 1 HETATM 16 C CAM ETT . . . B 2 -16.912 -21.252 -15.753 1 74.22 ? CAM ETT 1 A 1 HETATM 17 N N5 ETT . . . B 2 -17.502 -25.269 -7.802 1 46.43 ? N5 ETT 1 A 1 HETATM 18 C CAN ETT . . . B 2 -15.906 -19.187 -14.183 1 63.7 ? CAN ETT 1 A 1 HETATM 19 O O6 ETT . . . B 2 -20.588 -24.329 -9.741 1 47.51 ? O6 ETT 1 A 1 HETATM 20 C C10 ETT . . . B 2 -16.375 -25.981 -8.134 1 40.05 ? C10 ETT 1 A 1 HETATM 21 C C1 ETT . . . B 2 -21.393 -22.338 -10.832 1 45.45 ? C1 ETT 1 A 1 HETATM 22 C C3 ETT . . . B 2 -18.975 -22.478 -9.96 1 49.58 ? C3 ETT 1 A 1 HETATM 23 C C2 ETT . . . B 2 -20.216 -22.996 -10.219 1 50.33 ? C2 ETT 1 A 1 HETATM 24 C C8 ETT . . . B 2 -21.667 -26.618 -8.594 1 42.43 ? C8 ETT 1 A 1 HETATM 25 C C4 ETT . . . B 2 -17.996 -23.218 -9.049 1 46.43 ? C4 ETT 1 A 1 HETATM 26 C C7 ETT . . . B 2 -20.497 -26.247 -9.113 1 44.87 ? C7 ETT 1 A 1 HETATM 27 C C5 ETT . . . B 2 -18.352 -24.734 -8.864 1 42.91 ? C5 ETT 1 A 1 HETATM 28 C C6 ETT . . . B 2 -19.881 -24.969 -8.667 1 44.96 ? C6 ETT 1 A 1 HETATM 29 C CAX ETT . . . B 2 -16.595 -20.221 -13.511 1 62.64 ? CAX ETT 1 A 1 HETATM 30 C CBD ETT . . . B 2 -16.007 -20.173 -17.869 1 77.86 ? CBD ETT 1 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 30 #