data_3OAA
#
_model_server_result.job_id            AnIuKJVjnWUSFNnOo4KUFg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 22:40:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3oaa 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"MA","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    3OAA 
#
_exptl.entry_id    3OAA 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          108.99 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3OAA 
_cell.length_a            435.97 
_cell.length_b            183 
_cell.length_c            225.39 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3OAA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? octameric 8 author_defined_assembly 1 
? octameric 8 author_defined_assembly 2 
? octameric 8 author_defined_assembly 3 
? octameric 8 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC 1 1 
I,J,K,L,M,N,O,P,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,LC,MC,NC,OC,PC 2 1 
Q,R,S,T,U,V,W,X,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,QC,RC,SC,TC,UC 3 1 
Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,VC,WC,XC 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 MA N N 
? 7 ZA N N 
? 7 MB N N 
? 7 YB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 176 A THR 176 1_555 HA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc2 GA O2G ANP . A ANP 600 1_555 HA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc3 GA O2B ANP . A ANP 600 1_555 HA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc4 B OG1 THR 176 B THR 176 1_555 JA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc5 IA O2G ANP . B ANP 600 1_555 JA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc6 IA O2B ANP . B ANP 600 1_555 JA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc7 C OG1 THR 176 C THR 176 1_555 LA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc8 KA O2G ANP . C ANP 600 1_555 LA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc9 KA O2B ANP . C ANP 600 1_555 LA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc10 D OG1 THR 156 D THR 156 1_555 NA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc11 MA O2B ADP . D ADP 600 1_555 NA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc12 NA MG MG . D MG 601 1_555 OA O3 SO4 . D SO4 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc13 I OG1 THR 176 I THR 176 1_555 UA MG MG . I MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc14 TA O2G ANP . I ANP 600 1_555 UA MG MG . I MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc15 TA O2B ANP . I ANP 600 1_555 UA MG MG . I MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc16 J OG1 THR 176 J THR 176 1_555 WA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc17 VA O2G ANP . J ANP 600 1_555 WA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc18 VA O2B ANP . J ANP 600 1_555 WA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc19 K OG1 THR 176 K THR 176 1_555 YA MG MG . K MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc20 XA O2G ANP . K ANP 600 1_555 YA MG MG . K MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc21 XA O2B ANP . K ANP 600 1_555 YA MG MG . K MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc22 L OG1 THR 156 L THR 156 1_555 AB MG MG . L MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc23 ZA O2B ADP . L ADP 600 1_555 AB MG MG . L MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc24 AB MG MG . L MG 601 1_555 BB O3 SO4 . L SO4 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc25 Q OG1 THR 176 Q THR 176 1_555 HB MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc26 GB O2G ANP . Q ANP 600 1_555 HB MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc27 GB O2B ANP . Q ANP 600 1_555 HB MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc28 R OG1 THR 176 R THR 176 1_555 JB MG MG . R MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc29 IB O2G ANP . R ANP 600 1_555 JB MG MG . R MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc30 IB O2B ANP . R ANP 600 1_555 JB MG MG . R MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc31 S OG1 THR 176 S THR 176 1_555 LB MG MG . S MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc32 KB O2G ANP . S ANP 600 1_555 LB MG MG . S MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? 
metalc ? metalc33 KB O2B ANP . S ANP 600 1_555 LB MG MG . S MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc34 T OG1 THR 156 T THR 156 1_555 NB MG MG . T MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc35 MB O2B ADP . T ADP 600 1_555 NB MG MG . T MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc36 NB MG MG . T MG 601 1_555 OB O3 SO4 . T SO4 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc37 Y OG1 THR 176 Y THR 176 1_555 TB MG MG . Y MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc38 SB O2G ANP . Y ANP 600 1_555 TB MG MG . Y MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc39 SB O2B ANP . Y ANP 600 1_555 TB MG MG . Y MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc40 Z OG1 THR 176 Z THR 176 1_555 VB MG MG . Z MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc41 UB O2G ANP . Z ANP 600 1_555 VB MG MG . Z MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc42 UB O2B ANP . Z ANP 600 1_555 VB MG MG . Z MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc43 AA OG1 THR 176 a THR 176 1_555 XB MG MG . a MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc44 WB O2G ANP . a ANP 600 1_555 XB MG MG . a MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? 
metalc ? metalc45 WB O2B ANP . a ANP 600 1_555 XB MG MG . a MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc46 BA OG1 THR 156 b THR 156 1_555 ZB MG MG . b MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc47 YB O2B ADP . b ADP 600 1_555 ZB MG MG . b MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc48 ZB MG MG . b MG 601 1_555 AC O3 SO4 . b SO4 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     3OAA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.002294 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000789 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005464 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004692 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
GA 5 ANP A 1 600 600 ANP ANP . 
HA 6 MG A 1 601 601 MG MG . 
IA 5 ANP B 1 600 600 ANP ANP . 
JA 6 MG B 1 601 601 MG MG . 
KA 5 ANP C 1 600 600 ANP ANP . 
LA 6 MG C 1 601 601 MG MG . 
MA 7 ADP D 1 600 600 ADP ADP . 
NA 6 MG D 1 601 601 MG MG . 
OA 8 SO4 D 1 630 630 SO4 SO4 . 
PA 8 SO4 E 1 530 530 SO4 SO4 . 
QA 8 SO4 F 1 530 530 SO4 SO4 . 
RA 8 SO4 G 1 300 300 SO4 SO4 . 
SA 8 SO4 H 1 200 200 SO4 SO4 . 
TA 5 ANP I 1 600 600 ANP ANP . 
UA 6 MG I 1 601 601 MG MG . 
VA 5 ANP J 1 600 600 ANP ANP . 
WA 6 MG J 1 601 601 MG MG . 
XA 5 ANP K 1 600 600 ANP ANP . 
YA 6 MG K 1 601 601 MG MG . 
ZA 7 ADP L 1 600 600 ADP ADP . 
AB 6 MG L 1 601 601 MG MG . 
BB 8 SO4 L 1 630 630 SO4 SO4 . 
CB 8 SO4 M 1 530 530 SO4 SO4 . 
DB 8 SO4 N 1 530 530 SO4 SO4 . 
EB 8 SO4 O 1 300 300 SO4 SO4 . 
FB 8 SO4 P 1 200 200 SO4 SO4 . 
GB 5 ANP Q 1 600 600 ANP ANP . 
HB 6 MG Q 1 601 601 MG MG . 
IB 5 ANP R 1 600 600 ANP ANP . 
JB 6 MG R 1 601 601 MG MG . 
KB 5 ANP S 1 600 600 ANP ANP . 
LB 6 MG S 1 601 601 MG MG . 
MB 7 ADP T 1 600 600 ADP ADP . 
NB 6 MG T 1 601 601 MG MG . 
OB 8 SO4 T 1 630 630 SO4 SO4 . 
PB 8 SO4 U 1 530 530 SO4 SO4 . 
QB 8 SO4 V 1 530 530 SO4 SO4 . 
RB 8 SO4 W 1 300 300 SO4 SO4 . 
SB 5 ANP Y 1 600 600 ANP ANP . 
TB 6 MG Y 1 601 601 MG MG . 
UB 5 ANP Z 1 600 600 ANP ANP . 
VB 6 MG Z 1 601 601 MG MG . 
WB 5 ANP a 1 600 600 ANP ANP . 
XB 6 MG a 1 601 601 MG MG . 
YB 7 ADP b 1 600 600 ADP ADP . 
ZB 6 MG b 1 601 601 MG MG . 
AC 8 SO4 b 1 630 630 SO4 SO4 . 
BC 8 SO4 c 1 530 530 SO4 SO4 . 
CC 8 SO4 d 1 530 530 SO4 SO4 . 
DC 9 HOH A 1 514 514 HOH HOH . 
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FC 9 HOH C 2 515 515 HOH HOH . 
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