data_3OFN # _model_server_result.job_id tp6rkNdN-W012wqSlrY-IA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 07:46:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3ofn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"NA","auth_seq_id":600}' # _entry.id 3OFN # _exptl.entry_id 3OFN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 15 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.34 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3OFN _cell.length_a 112.019 _cell.length_b 290.619 _cell.length_c 188.465 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3OFN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? nonameric 9 author_defined_assembly 1 ? nonameric 9 author_defined_assembly 2 ? heptameric 7 author_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA 1 1 J,K,L,M,N,O,P,Q,R,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA 2 1 S,T,U,V,W,X,Y,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 Z N N ? 6 BA N N ? 6 DA N N ? 6 FA N N ? 6 HA N N ? 6 JA N N ? 6 LA N N ? 6 NA N N ? 6 PA N N ? 6 RA N N ? 6 TA N N ? 6 VA N N ? 6 XA N N ? 6 ZA N N ? 6 BB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG1 THR 178 A THR 178 1_555 AA MG MG . A MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc2 Z O2G ANP . A ANP 600 1_555 AA MG MG . A MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc3 Z O2B ANP . A ANP 600 1_555 AA MG MG . A MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc4 B OG1 THR 178 B THR 178 1_555 CA MG MG . B MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc5 BA O2G ANP . B ANP 600 1_555 CA MG MG . B MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc6 BA O2B ANP . B ANP 600 1_555 CA MG MG . B MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc7 C OG1 THR 178 C THR 178 1_555 EA MG MG . C MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc8 DA O2G ANP . C ANP 600 1_555 EA MG MG . C MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc9 DA O2B ANP . C ANP 600 1_555 EA MG MG . C MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc10 D OG1 THR 170 D THR 164 1_555 GA MG MG . D MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc11 FA O2G ANP . D ANP 600 1_555 GA MG MG . D MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc12 FA O2B ANP . D ANP 600 1_555 GA MG MG . D MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc13 F OG1 THR 170 F THR 164 1_555 IA MG MG . F MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc14 HA O2G ANP . F ANP 600 1_555 IA MG MG . F MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc15 HA O2B ANP . F ANP 600 1_555 IA MG MG . F MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc16 J OG1 THR 178 J THR 178 1_555 KA MG MG . J MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc17 JA O2G ANP . J ANP 600 1_555 KA MG MG . J MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc18 JA O2B ANP . J ANP 600 1_555 KA MG MG . J MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc19 K OG1 THR 178 K THR 178 1_555 MA MG MG . K MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc20 LA O2B ANP . K ANP 600 1_555 MA MG MG . K MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc21 LA O2G ANP . K ANP 600 1_555 MA MG MG . K MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc22 L OG1 THR 178 L THR 178 1_555 OA MG MG . L MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc23 NA O2G ANP . L ANP 600 1_555 OA MG MG . L MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc24 NA O2B ANP . L ANP 600 1_555 OA MG MG . L MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc25 M OG1 THR 170 M THR 164 1_555 QA MG MG . M MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc26 PA O2G ANP . M ANP 600 1_555 QA MG MG . M MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc27 PA O2B ANP . M ANP 600 1_555 QA MG MG . M MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc28 O OG1 THR 170 O THR 164 1_555 SA MG MG . O MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc29 RA O2G ANP . O ANP 600 1_555 SA MG MG . O MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc30 RA O2B ANP . O ANP 600 1_555 SA MG MG . O MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc31 S OG1 THR 178 S THR 178 1_555 UA MG MG . S MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc32 TA O2B ANP . S ANP 600 1_555 UA MG MG . S MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc33 TA O2G ANP . S ANP 600 1_555 UA MG MG . S MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc34 T OG1 THR 178 T THR 178 1_555 WA MG MG . T MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc35 VA O2B ANP . T ANP 600 1_555 WA MG MG . T MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc36 VA O2G ANP . T ANP 600 1_555 WA MG MG . T MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc37 U OG1 THR 178 U THR 178 1_555 YA MG MG . U MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc38 XA O2B ANP . U ANP 600 1_555 YA MG MG . U MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc39 XA O2G ANP . U ANP 600 1_555 YA MG MG . U MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc40 V OG1 THR 170 V THR 164 1_555 AB MG MG . V MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc41 ZA O2G ANP . V ANP 600 1_555 AB MG MG . V MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc42 ZA O2B ANP . V ANP 600 1_555 AB MG MG . V MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc43 X OG1 THR 170 X THR 164 1_555 CB MG MG . X MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc44 X OE1 GLU 195 X GLU 189 1_555 CB MG MG . X MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc45 BB O2G ANP . X ANP 600 1_555 CB MG MG . X MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc46 BB O2B ANP . X ANP 600 1_555 CB MG MG . X MG 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 13 n n PG O2G ANP sing 14 n n PG O3G ANP sing 15 n n PG N3B ANP sing 16 n n O2G HOG2 ANP sing 17 n n O3G HOG3 ANP sing 18 n n PB O1B ANP doub 19 n n PB O2B ANP sing 20 n n PB N3B ANP sing 21 n n PB O3A ANP sing 22 n n O2B HOB2 ANP sing 23 n n N3B HNB1 ANP sing 24 n n PA O1A ANP doub 25 n n PA O2A ANP sing 26 n n PA O3A ANP sing 27 n n PA O5' ANP sing 28 n n O2A HOA2 ANP sing 29 n n O5' C5' ANP sing 30 n n C5' C4' ANP sing 31 n n C5' "H5'1" ANP sing 32 n n C5' "H5'2" ANP sing 33 n n C4' O4' ANP sing 34 n n C4' C3' ANP sing 35 n n C4' H4' ANP sing 36 n n O4' C1' ANP sing 37 n n C3' O3' ANP sing 38 n n C3' C2' ANP sing 39 n n C3' H3' ANP sing 40 n n O3' HO3' ANP sing 41 n n C2' O2' ANP sing 42 n n C2' C1' ANP sing 43 n n C2' H2' ANP sing 44 n n O2' HO2' ANP sing 45 n n C1' N9 ANP sing 46 n n C1' H1' ANP sing 47 n n N9 C8 ANP sing 48 n y N9 C4 ANP sing 49 n y C8 N7 ANP doub 50 n y C8 H8 ANP sing 51 n n N7 C5 ANP sing 52 n y C5 C6 ANP sing 53 n y C5 C4 ANP doub 54 n y C6 N6 ANP sing 55 n n C6 N1 ANP doub 56 n y N6 HN61 ANP sing 57 n n N6 HN62 ANP sing 58 n n N1 C2 ANP sing 59 n y C2 N3 ANP doub 60 n y C2 H2 ANP sing 61 n n N3 C4 ANP sing 62 n y # _atom_sites.entry_id 3OFN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008927 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001953 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003441 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005432 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Z 6 ANP A 1 600 600 ANP ANP . AA 7 MG A 1 700 700 MG MG . BA 6 ANP B 1 600 600 ANP ANP . CA 7 MG B 1 700 700 MG MG . DA 6 ANP C 1 600 600 ANP ANP . EA 7 MG C 1 700 700 MG MG . FA 6 ANP D 1 600 600 ANP ANP . GA 7 MG D 1 700 700 MG MG . HA 6 ANP F 1 600 600 ANP ANP . IA 7 MG F 1 700 700 MG MG . JA 6 ANP J 1 600 600 ANP ANP . KA 7 MG J 1 700 700 MG MG . LA 6 ANP K 1 600 600 ANP ANP . MA 7 MG K 1 700 700 MG MG . NA 6 ANP L 1 600 600 ANP ANP . OA 7 MG L 1 700 700 MG MG . PA 6 ANP M 1 600 600 ANP ANP . QA 7 MG M 1 700 700 MG MG . RA 6 ANP O 1 600 600 ANP ANP . SA 7 MG O 1 700 700 MG MG . TA 6 ANP S 1 600 600 ANP ANP . UA 7 MG S 1 700 700 MG MG . VA 6 ANP T 1 600 600 ANP ANP . WA 7 MG T 1 700 700 MG MG . XA 6 ANP U 1 600 600 ANP ANP . YA 7 MG U 1 700 700 MG MG . ZA 6 ANP V 1 600 600 ANP ANP . AB 7 MG V 1 700 700 MG MG . BB 6 ANP X 1 600 600 ANP ANP . CB 7 MG X 1 700 700 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . NA 6 -24.547 -110.513 82.389 1 85.82 ? PG ANP 600 L 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . NA 6 -23.75 -110.355 81.119 1 86.68 ? O1G ANP 600 L 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . NA 6 -23.853 -111.385 83.409 1 86.09 ? O2G ANP 600 L 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . NA 6 -25.099 -109.224 82.948 1 86.16 ? O3G ANP 600 L 1 HETATM 5 P PB ANP . . . NA 6 -25.695 -112.895 81.105 1 83.8 ? PB ANP 600 L 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . NA 6 -25.057 -112.585 79.779 1 84.12 ? O1B ANP 600 L 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . NA 6 -25.03 -113.806 82.105 1 84 ? O2B ANP 600 L 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . NA 6 -25.975 -111.379 81.896 1 84.77 ? N3B ANP 600 L 1 HETATM 9 P PA ANP . . . NA 6 -28.125 -113.998 81.868 1 85.15 ? PA ANP 600 L 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . NA 6 -27.975 -115.486 82.051 1 85.94 ? O1A ANP 600 L 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . NA 6 -27.944 -113.049 83.024 1 84.56 ? O2A ANP 600 L 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . NA 6 -27.098 -113.557 80.721 1 85.05 ? O3A ANP 600 L 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . NA 6 -29.55 -113.718 81.18 1 85.46 ? O5' ANP 600 L 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . NA 6 -29.964 -112.361 80.993 1 87.03 ? C5' ANP 600 L 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . NA 6 -31.458 -112.183 81.262 1 87.49 ? C4' ANP 600 L 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . NA 6 -32.211 -112.996 80.352 1 87.38 ? O4' ANP 600 L 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . NA 6 -31.819 -112.603 82.68 1 87.68 ? C3' ANP 600 L 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . NA 6 -32.598 -111.581 83.318 1 87.7 ? O3' ANP 600 L 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . NA 6 -32.582 -113.909 82.503 1 87.17 ? C2' ANP 600 L 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . NA 6 -33.674 -114.011 83.416 1 87.1 ? O2' ANP 600 L 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . NA 6 -33.04 -113.924 81.047 1 87.01 ? C1' ANP 600 L 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . NA 6 -32.878 -115.279 80.463 1 87.1 ? N9 ANP 600 L 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . NA 6 -31.75 -116.018 80.455 1 87.42 ? C8 ANP 600 L 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . NA 6 -31.947 -117.221 79.849 1 86.95 ? N7 ANP 600 L 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . NA 6 -33.224 -117.26 79.454 1 86.74 ? C5 ANP 600 L 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . NA 6 -34.082 -118.24 78.76 1 87.06 ? C6 ANP 600 L 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . NA 6 -33.576 -119.429 78.364 1 87.09 ? N6 ANP 600 L 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . NA 6 -35.374 -117.906 78.536 1 87.56 ? N1 ANP 600 L 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . NA 6 -35.865 -116.711 78.928 1 88.06 ? C2 ANP 600 L 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . NA 6 -35.139 -115.768 79.569 1 87.63 ? N3 ANP 600 L 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . NA 6 -33.834 -115.981 79.857 1 87.08 ? C4 ANP 600 L 1 # _model_server_stats.io_time_ms 131 _model_server_stats.parse_time_ms 156 _model_server_stats.create_model_time_ms 468 _model_server_stats.query_time_ms 330 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 31 #