data_3PBP # _model_server_result.job_id OaFu1DajbNrWb15k4MBp3Q _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 03:51:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3pbp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":6119}' # _entry.id 3PBP # _exptl.entry_id 3PBP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 150.173 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'TRIETHYLENE GLYCOL' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 105.98 _cell.angle_beta 93.97 _cell.angle_gamma 108.24 _cell.entry_id 3PBP _cell.length_a 61.503 _cell.length_b 96.77 _cell.length_c 144.282 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3PBP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C 1 1 D,E,F,M 2 1 G,H,I 3 1 J,K,L 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id M _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C VAL 90 A VAL 90 1_555 A N MSE 91 A MSE 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale2 A C MSE 91 A MSE 91 1_555 A N GLU 92 A GLU 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 A C THR 152 A THR 152 1_555 A N MSE 153 A MSE 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 A C MSE 153 A MSE 153 1_555 A N PHE 154 A PHE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale5 A C VAL 232 A VAL 232 1_555 A N MSE 233 A MSE 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale6 A C MSE 233 A MSE 233 1_555 A N TYR 234 A TYR 234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale7 A C GLU 332 A GLU 332 1_555 A N MSE 333 A MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 A C MSE 333 A MSE 333 1_555 A N SER 334 A SER 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale9 A C SER 334 A SER 334 1_555 A N MSE 335 A MSE 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale10 A C MSE 335 A MSE 335 1_555 A N SER 336 A SER 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 A C PHE 386 A PHE 386 1_555 A N MSE 387 A MSE 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale12 A C MSE 387 A MSE 387 1_555 A N SER 388 A SER 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale13 A C LEU 439 A LEU 439 1_555 A N MSE 440 A MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale14 A C MSE 440 A MSE 440 1_555 A N SER 441 A SER 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale15 B C MSE 1 B MSE 966 1_555 B N ASN 2 B ASN 967 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale16 C C ALA 18 C ALA 1442 1_555 C N MSE 19 C MSE 1443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale17 C C MSE 19 C MSE 1443 1_555 C N ASN 20 C ASN 1444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale18 C C ASN 33 C ASN 1457 1_555 C N MSE 34 C MSE 1458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale19 D C VAL 90 D VAL 90 1_555 D N MSE 91 D MSE 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale20 D C MSE 91 D MSE 91 1_555 D N GLU 92 D GLU 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale21 D C THR 152 D THR 152 1_555 D N MSE 153 D MSE 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale22 D C MSE 153 D MSE 153 1_555 D N PHE 154 D PHE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale23 D C VAL 232 D VAL 232 1_555 D N MSE 233 D MSE 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale24 D C MSE 233 D MSE 233 1_555 D N TYR 234 D TYR 234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale25 D C GLU 332 D GLU 332 1_555 D N MSE 333 D MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale26 D C MSE 333 D MSE 333 1_555 D N SER 334 D SER 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale27 D C SER 334 D SER 334 1_555 D N MSE 335 D MSE 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale28 D C MSE 335 D MSE 335 1_555 D N SER 336 D SER 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale29 D C PHE 386 D PHE 386 1_555 D N MSE 387 D MSE 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale30 D C MSE 387 D MSE 387 1_555 D N SER 388 D SER 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale31 D C LEU 439 D LEU 439 1_555 D N MSE 440 D MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale32 D C MSE 440 D MSE 440 1_555 D N SER 441 D SER 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale33 E C MSE 1 E MSE 966 1_555 E N ASN 2 E ASN 967 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale34 F C ALA 18 F ALA 1442 1_555 F N MSE 19 F MSE 1443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale35 F C MSE 19 F MSE 1443 1_555 F N ASN 20 F ASN 1444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale36 F C ASN 33 F ASN 1457 1_555 F N MSE 34 F MSE 1458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale37 G C VAL 90 G VAL 90 1_555 G N MSE 91 G MSE 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale38 G C MSE 91 G MSE 91 1_555 G N GLU 92 G GLU 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale39 G C THR 152 G THR 152 1_555 G N MSE 153 G MSE 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale40 G C MSE 153 G MSE 153 1_555 G N PHE 154 G PHE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale41 G C VAL 232 G VAL 232 1_555 G N MSE 233 G MSE 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale42 G C MSE 233 G MSE 233 1_555 G N TYR 234 G TYR 234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale43 G C GLU 332 G GLU 332 1_555 G N MSE 333 G MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale44 G C MSE 333 G MSE 333 1_555 G N SER 334 G SER 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale45 G C SER 334 G SER 334 1_555 G N MSE 335 G MSE 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale46 G C MSE 335 G MSE 335 1_555 G N SER 336 G SER 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale47 G C PHE 386 G PHE 386 1_555 G N MSE 387 G MSE 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale48 G C MSE 387 G MSE 387 1_555 G N SER 388 G SER 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale49 G C LEU 439 G LEU 439 1_555 G N MSE 440 G MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale50 G C MSE 440 G MSE 440 1_555 G N SER 441 G SER 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale51 H C MSE 1 H MSE 966 1_555 H N ASN 2 H ASN 967 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale52 I C ASP 6 I ASP 1430 1_555 I N MSE 7 I MSE 1431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale53 I C MSE 7 I MSE 1431 1_555 I N LYS 8 I LYS 1432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale54 I C ALA 18 I ALA 1442 1_555 I N MSE 19 I MSE 1443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale55 I C MSE 19 I MSE 1443 1_555 I N ASN 20 I ASN 1444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale56 J C VAL 90 J VAL 90 1_555 J N MSE 91 J MSE 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale57 J C MSE 91 J MSE 91 1_555 J N GLU 92 J GLU 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale58 J C THR 152 J THR 152 1_555 J N MSE 153 J MSE 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale59 J C MSE 153 J MSE 153 1_555 J N PHE 154 J PHE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale60 J C VAL 232 J VAL 232 1_555 J N MSE 233 J MSE 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale61 J C MSE 233 J MSE 233 1_555 J N TYR 234 J TYR 234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale62 J C GLU 332 J GLU 332 1_555 J N MSE 333 J MSE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale63 J C MSE 333 J MSE 333 1_555 J N SER 334 J SER 334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale64 J C SER 334 J SER 334 1_555 J N MSE 335 J MSE 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale65 J C MSE 335 J MSE 335 1_555 J N SER 336 J SER 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale66 J C PHE 386 J PHE 386 1_555 J N MSE 387 J MSE 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale67 J C MSE 387 J MSE 387 1_555 J N SER 388 J SER 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale68 J C LEU 439 J LEU 439 1_555 J N MSE 440 J MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale69 J C MSE 440 J MSE 440 1_555 J N SER 441 J SER 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale70 K C MSE 1 K MSE 966 1_555 K N ASN 2 K ASN 967 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale71 L C ALA 18 L ALA 1442 1_555 L N MSE 19 L MSE 1443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale72 L C MSE 19 L MSE 1443 1_555 L N ASN 20 L ASN 1444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? # _chem_comp.formula 'C6 H14 O4' _chem_comp.formula_weight 150.173 _chem_comp.id PGE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'TRIETHYLENE GLYCOL' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3PBP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016259 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005358 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002957 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01088 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.003591 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007316 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id M _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 4 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id PGE _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id D _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 6119 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 6119 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id PGE _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id PGE _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 PGE . . . M 4 -13.796 8.167 16.245 1 77.5 ? C1 PGE 6119 D 1 HETATM 2 O O1 PGE . . . M 4 -13.106 9.38 16.621 1 80.97 ? O1 PGE 6119 D 1 HETATM 3 C C2 PGE . . . M 4 -13.091 7.532 15.12 1 75 ? C2 PGE 6119 D 1 HETATM 4 O O2 PGE . . . M 4 -13.485 6.136 15.018 1 74.71 ? O2 PGE 6119 D 1 HETATM 5 C C3 PGE . . . M 4 -12.778 5.644 13.891 1 71.16 ? C3 PGE 6119 D 1 HETATM 6 C C4 PGE . . . M 4 -12.912 4.147 13.577 1 70.72 ? C4 PGE 6119 D 1 HETATM 7 O O4 PGE . . . M 4 -13.52 1.055 16.605 1 72.75 ? O4 PGE 6119 D 1 HETATM 8 C C6 PGE . . . M 4 -12.365 1.198 15.839 1 72.56 ? C6 PGE 6119 D 1 HETATM 9 C C5 PGE . . . M 4 -12.725 1.994 14.488 1 71.04 ? C5 PGE 6119 D 1 HETATM 10 O O3 PGE . . . M 4 -12.639 3.4 14.767 1 70.96 ? O3 PGE 6119 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 73 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 65 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 10 #