data_3PM8
#
_model_server_result.job_id            P7VSdbfoOXXVF8U4bIaeGw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-07 21:35:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3pm8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1}' 
#
_entry.id    3PM8 
#
_exptl.entry_id    3PM8 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         68.53 
_cell.angle_beta          65.75 
_cell.angle_gamma         64.49 
_cell.entry_id            3PM8 
_cell.length_a            47.019 
_cell.length_b            51.378 
_cell.length_c            51.639 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3PM8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C CA CA . A CA 1 1_555 N O HOH . A HOH 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc2 C CA CA . A CA 1 1_555 A OD1 ASP 139 A ASP 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc3 C CA CA . A CA 1 1_555 A OD1 ASP 141 A ASP 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc4 C CA CA . A CA 1 1_555 A OD1 ASN 143 A ASN 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc5 C CA CA . A CA 1 1_555 A O LYS 145 A LYS 461 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc6 C CA CA . A CA 1 1_555 A OE1 GLU 150 A GLU 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc7 C CA CA . A CA 1 1_555 A OE2 GLU 150 A GLU 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc8 N O HOH . A HOH 3 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 67 A ASP 383 1_555 E CA CA . A CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? 
metalc ? metalc10 A OD2 ASP 69 A ASP 385 1_555 E CA CA . A CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc11 A OG SER 71 A SER 387 1_555 E CA CA . A CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? 
metalc ? metalc12 A O THR 73 A THR 389 1_555 E CA CA . A CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? 
metalc ? metalc13 A OE1 GLU 78 A GLU 394 1_555 E CA CA . A CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc14 A OE2 GLU 78 A GLU 394 1_555 E CA CA . A CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc15 A OD1 ASP 177 A ASP 493 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASN 179 A ASN 495 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASP 181 A ASP 497 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc18 A O GLU 183 A GLU 499 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc19 A OE1 GLU 188 A GLU 504 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc20 A OE2 GLU 188 A GLU 504 1_555 D CA CA . A CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc21 H CA CA . B CA 1 1_555 B OD1 ASP 67 B ASP 383 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc22 H CA CA . B CA 1 1_555 B OD2 ASP 69 B ASP 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc23 H CA CA . B CA 1 1_555 B OG SER 71 B SER 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc24 H CA CA . B CA 1 1_555 B O THR 73 B THR 389 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc25 H CA CA . B CA 1 1_555 B OE1 GLU 78 B GLU 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc26 H CA CA . B CA 1 1_555 B OE2 GLU 78 B GLU 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc27 H CA CA . B CA 1 1_555 O O HOH . B HOH 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc28 O O HOH . B HOH 4 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
metalc ? metalc29 O O HOH . B HOH 142 1_555 K NA NA . B NA 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? 
metalc ? metalc30 O O HOH . B HOH 145 1_555 K NA NA . B NA 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? 
metalc ? metalc31 B OD1 ASP 139 B ASP 455 1_555 I CA CA . B CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc32 B OD1 ASP 141 B ASP 457 1_555 I CA CA . B CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc33 B OD1 ASN 143 B ASN 459 1_555 I CA CA . B CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc34 B O LYS 145 B LYS 461 1_555 I CA CA . B CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc35 B OE1 GLU 150 B GLU 466 1_555 I CA CA . B CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc36 B OE2 GLU 150 B GLU 466 1_555 I CA CA . B CA 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? 
metalc ? metalc37 B OD1 ASP 177 B ASP 493 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc38 B OD1 ASN 179 B ASN 495 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc39 B OD1 ASP 181 B ASP 497 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc40 B O GLU 183 B GLU 499 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc41 B OE1 GLU 188 B GLU 504 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc42 B OE2 GLU 188 B GLU 504 1_555 J CA CA . B CA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3PM8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.021268 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.010149 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.007447 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.021566 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.005093 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.021824 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CA A 1 1 1 CA CA . 
D 2 CA A 1 514 1 CA CA . 
E 2 CA A 1 515 1 CA CA . 
F 3 NA A 1 516 1 NA NA . 
G 4 CL A 1 517 1 CL CL . 
H 2 CA B 1 1 1 CA CA . 
I 2 CA B 1 514 1 CA CA . 
J 2 CA B 1 515 1 CA CA . 
K 3 NA B 1 516 1 NA NA . 
L 3 NA B 1 517 1 NA NA . 
M 4 CL B 1 518 1 CL CL . 
N 5 HOH A 1 2 2 HOH HOH . 
N 5 HOH A 2 3 3 HOH HOH . 
N 5 HOH A 3 11 11 HOH HOH . 
N 5 HOH A 4 15 15 HOH HOH . 
N 5 HOH A 5 17 17 HOH HOH . 
N 5 HOH A 6 18 18 HOH HOH . 
N 5 HOH A 7 19 19 HOH HOH . 
N 5 HOH A 8 28 28 HOH HOH . 
N 5 HOH A 9 31 31 HOH HOH . 
N 5 HOH A 10 34 34 HOH HOH . 
N 5 HOH A 11 35 35 HOH HOH . 
N 5 HOH A 12 41 41 HOH HOH . 
N 5 HOH A 13 46 46 HOH HOH . 
N 5 HOH A 14 52 52 HOH HOH . 
N 5 HOH A 15 54 54 HOH HOH . 
N 5 HOH A 16 58 58 HOH HOH . 
N 5 HOH A 17 62 62 HOH HOH . 
N 5 HOH A 18 69 69 HOH HOH . 
N 5 HOH A 19 74 74 HOH HOH . 
N 5 HOH A 20 76 76 HOH HOH . 
N 5 HOH A 21 78 78 HOH HOH . 
N 5 HOH A 22 80 80 HOH HOH . 
N 5 HOH A 23 83 83 HOH HOH . 
N 5 HOH A 24 92 92 HOH HOH . 
N 5 HOH A 25 93 93 HOH HOH . 
N 5 HOH A 26 94 94 HOH HOH . 
N 5 HOH A 27 96 96 HOH HOH . 
N 5 HOH A 28 97 97 HOH HOH . 
N 5 HOH A 29 105 105 HOH HOH . 
N 5 HOH A 30 106 106 HOH HOH . 
N 5 HOH A 31 107 107 HOH HOH . 
N 5 HOH A 32 108 108 HOH HOH . 
N 5 HOH A 33 110 110 HOH HOH . 
N 5 HOH A 34 112 112 HOH HOH . 
N 5 HOH A 35 122 122 HOH HOH . 
N 5 HOH A 36 125 125 HOH HOH . 
N 5 HOH A 37 126 126 HOH HOH . 
N 5 HOH A 38 139 139 HOH HOH . 
N 5 HOH A 39 169 169 HOH HOH . 
N 5 HOH A 40 180 180 HOH HOH . 
N 5 HOH A 41 191 191 HOH HOH . 
N 5 HOH A 42 194 194 HOH HOH . 
N 5 HOH A 43 195 195 HOH HOH . 
N 5 HOH A 44 200 200 HOH HOH . 
N 5 HOH A 45 201 201 HOH HOH . 
N 5 HOH A 46 202 202 HOH HOH . 
N 5 HOH A 47 203 203 HOH HOH . 
N 5 HOH A 48 204 204 HOH HOH . 
N 5 HOH A 49 205 205 HOH HOH . 
N 5 HOH A 50 207 207 HOH HOH . 
N 5 HOH A 51 208 208 HOH HOH . 
N 5 HOH A 52 209 209 HOH HOH . 
N 5 HOH A 53 210 210 HOH HOH . 
N 5 HOH A 54 211 211 HOH HOH . 
N 5 HOH A 55 212 212 HOH HOH . 
O 5 HOH B 1 4 4 HOH HOH . 
O 5 HOH B 2 14 14 HOH HOH . 
O 5 HOH B 3 16 16 HOH HOH . 
O 5 HOH B 4 20 20 HOH HOH . 
O 5 HOH B 5 23 23 HOH HOH . 
O 5 HOH B 6 24 24 HOH HOH . 
O 5 HOH B 7 26 26 HOH HOH . 
O 5 HOH B 8 27 27 HOH HOH . 
O 5 HOH B 9 30 30 HOH HOH . 
O 5 HOH B 10 32 32 HOH HOH . 
O 5 HOH B 11 33 33 HOH HOH . 
O 5 HOH B 12 38 38 HOH HOH . 
O 5 HOH B 13 39 39 HOH HOH . 
O 5 HOH B 14 42 42 HOH HOH . 
O 5 HOH B 15 43 43 HOH HOH . 
O 5 HOH B 16 45 45 HOH HOH . 
O 5 HOH B 17 50 50 HOH HOH . 
O 5 HOH B 18 53 53 HOH HOH . 
O 5 HOH B 19 55 55 HOH HOH . 
O 5 HOH B 20 56 56 HOH HOH . 
O 5 HOH B 21 57 57 HOH HOH . 
O 5 HOH B 22 61 61 HOH HOH . 
O 5 HOH B 23 64 64 HOH HOH . 
O 5 HOH B 24 66 66 HOH HOH . 
O 5 HOH B 25 70 70 HOH HOH . 
O 5 HOH B 26 73 73 HOH HOH . 
O 5 HOH B 27 75 75 HOH HOH . 
O 5 HOH B 28 90 90 HOH HOH . 
O 5 HOH B 29 91 91 HOH HOH . 
O 5 HOH B 30 95 95 HOH HOH . 
O 5 HOH B 31 98 98 HOH HOH . 
O 5 HOH B 32 103 103 HOH HOH . 
O 5 HOH B 33 104 104 HOH HOH . 
O 5 HOH B 34 111 111 HOH HOH . 
O 5 HOH B 35 114 114 HOH HOH . 
O 5 HOH B 36 120 120 HOH HOH . 
O 5 HOH B 37 121 121 HOH HOH . 
O 5 HOH B 38 124 124 HOH HOH . 
O 5 HOH B 39 129 129 HOH HOH . 
O 5 HOH B 40 132 132 HOH HOH . 
O 5 HOH B 41 142 142 HOH HOH . 
O 5 HOH B 42 145 145 HOH HOH . 
O 5 HOH B 43 148 148 HOH HOH . 
O 5 HOH B 44 171 171 HOH HOH . 
O 5 HOH B 45 172 172 HOH HOH . 
O 5 HOH B 46 173 173 HOH HOH . 
O 5 HOH B 47 174 174 HOH HOH . 
O 5 HOH B 48 175 175 HOH HOH . 
O 5 HOH B 49 176 176 HOH HOH . 
O 5 HOH B 50 177 177 HOH HOH . 
O 5 HOH B 51 185 185 HOH HOH . 
O 5 HOH B 52 186 186 HOH HOH . 
O 5 HOH B 53 187 187 HOH HOH . 
O 5 HOH B 54 189 189 HOH HOH . 
O 5 HOH B 55 198 198 HOH HOH . 
O 5 HOH B 56 199 199 HOH HOH . 
O 5 HOH B 57 206 206 HOH HOH . 
O 5 HOH B 58 213 213 HOH HOH . 
O 5 HOH B 59 214 214 HOH HOH . 
O 5 HOH B 60 519 1 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         C 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               27.273 
_atom_site.Cartn_y               35.558 
_atom_site.Cartn_z               46.898 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        33.22 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              68 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           388 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#