data_3PTX
#
_model_server_result.job_id            4fCGiZyXiZVhlSUEbmTsaw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-12 20:36:12' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ptx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":521}' 
#
_entry.id    3PTX 
#
_exptl.entry_id    3PTX 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              270.028 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'URANYL (VI) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    20 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3PTX 
_cell.length_a            166.414 
_cell.length_b            233.611 
_cell.length_c            73.453 
_cell.Z_PDB               20 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3PTX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 X N N 
? 3 Y N N 
? 3 Z N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 122 A ASP 123 1_555 G U IUM . A IUM 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.233 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 252 A GLU 253 1_555 H U IUM . A IUM 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 252 A GLU 253 1_555 H U IUM . A IUM 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 322 A GLU 323 1_555 H U IUM . A IUM 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.247 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 342 A ASP 343 1_555 T U IUM . E IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4.215 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 342 A ASP 343 1_555 T U IUM . E IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 357 A ASP 358 1_555 I U IUM . A IUM 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.399 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 357 A ASP 358 1_555 I U IUM . A IUM 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.496 ? 
metalc ? metalc9 A OD2 ASP 383 A ASP 384 1_555 J U IUM . A IUM 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 383 A ASP 384 1_555 J U IUM . A IUM 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.421 ? 
metalc ? metalc11 H U IUM . A IUM 522 1_555 B OD1 ASP 342 B ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? 
metalc ? metalc12 I U IUM . A IUM 523 1_555 E OD2 ASP 383 E ASP 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.954 ? 
metalc ? metalc13 I U IUM . A IUM 523 1_555 E OD1 ASP 383 E ASP 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.691 ? 
metalc ? metalc14 J U IUM . A IUM 524 1_555 B OD1 ASP 357 B ASP 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.751 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 122 B ASP 123 1_555 K U IUM . B IUM 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.316 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 252 B GLU 253 1_555 L U IUM . B IUM 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 252 B GLU 253 1_555 L U IUM . B IUM 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.101 ? 
metalc ? metalc18 B OE1 GLU 322 B GLU 323 1_555 L U IUM . B IUM 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.187 ? 
metalc ? metalc19 B OD2 ASP 383 B ASP 384 1_555 M U IUM . B IUM 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASP 383 B ASP 384 1_555 M U IUM . B IUM 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.383 ? 
metalc ? metalc21 L U IUM . B IUM 526 1_555 C OD1 ASP 342 C ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.361 ? 
metalc ? metalc22 C OD2 ASP 122 C ASP 123 1_555 N U IUM . C IUM 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.431 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 252 C GLU 253 1_555 O U IUM . C IUM 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLU 252 C GLU 253 1_555 O U IUM . C IUM 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLU 322 C GLU 323 1_555 O U IUM . C IUM 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.233 ? 
metalc ? metalc26 C OD2 ASP 383 C ASP 384 1_555 P U IUM . C IUM 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 383 C ASP 384 1_555 P U IUM . C IUM 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.583 ? 
metalc ? metalc28 O U IUM . C IUM 529 1_555 D OD1 ASP 342 D ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? 
metalc ? metalc29 P U IUM . C IUM 530 1_555 D OD1 ASP 357 D ASP 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.662 ? 
metalc ? metalc30 D OD2 ASP 122 D ASP 123 1_555 Q U IUM . D IUM 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
metalc ? metalc31 D OE2 GLU 252 D GLU 253 1_555 R U IUM . D IUM 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? 
metalc ? metalc32 D OE1 GLU 252 D GLU 253 1_555 R U IUM . D IUM 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc33 D OE1 GLU 322 D GLU 323 1_555 R U IUM . D IUM 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.36 ? 
metalc ? metalc34 E OD2 ASP 122 E ASP 123 1_555 S U IUM . E IUM 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.666 ? 
metalc ? metalc35 E OE2 GLU 252 E GLU 253 1_555 T U IUM . E IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc36 E OE1 GLU 252 E GLU 253 1_555 T U IUM . E IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
metalc ? metalc37 E OE1 GLU 322 E GLU 323 1_555 T U IUM . E IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.262 ? 
metalc ? metalc38 F OP1 A 5 R A 5 1_555 V U IUM . R IUM 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.89 ? 
metalc ? metalc39 F OP2 A 6 R A 6 1_555 V U IUM . R IUM 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc40 F OP2 A 15 R A 15 1_555 W U IUM . R IUM 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc41 F O3' A 22 R A 22 1_555 X U IUM . R IUM 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.869 ? 
metalc ? metalc42 F OP2 A 24 R A 24 1_555 X U IUM . R IUM 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc43 F OP2 A 33 R A 33 1_555 Y U IUM . R IUM 539 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc44 F OP2 A 42 R A 42 1_555 Z U IUM . R IUM 540 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? 
#
_chem_comp.formula           'O2 U 2' 
_chem_comp.formula_weight    270.028 
_chem_comp.id                IUM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'URANYL (VI) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
U O1 IUM sing 210 n n 
U O2 IUM sing 211 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3PTX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006009 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004281 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.013614 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 IUM A 1 521 521 IUM IUM . 
H 3 IUM A 1 522 522 IUM IUM . 
I 3 IUM A 1 523 523 IUM IUM . 
J 3 IUM A 1 524 524 IUM IUM . 
K 3 IUM B 1 525 525 IUM IUM . 
L 3 IUM B 1 526 526 IUM IUM . 
M 3 IUM B 1 527 527 IUM IUM . 
N 3 IUM C 1 528 528 IUM IUM . 
O 3 IUM C 1 529 529 IUM IUM . 
P 3 IUM C 1 530 530 IUM IUM . 
Q 3 IUM D 1 531 531 IUM IUM . 
R 3 IUM D 1 532 532 IUM IUM . 
S 3 IUM E 1 533 533 IUM IUM . 
T 3 IUM E 1 534 534 IUM IUM . 
U 3 IUM E 1 535 535 IUM IUM . 
V 3 IUM R 1 536 536 IUM IUM . 
W 3 IUM R 1 537 537 IUM IUM . 
X 3 IUM R 1 538 538 IUM IUM . 
Y 3 IUM R 1 539 539 IUM IUM . 
Z 3 IUM R 1 540 540 IUM IUM . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           U 
_atom_site.label_atom_id         U 
_atom_site.label_comp_id         IUM 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         G 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -43.597 
_atom_site.Cartn_y               24.402 
_atom_site.Cartn_z               17.577 
_atom_site.occupancy             0.77 
_atom_site.B_iso_or_equiv        145.8 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          U 
_atom_site.auth_comp_id          IUM 
_atom_site.auth_seq_id           521 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              41 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    15 
_model_server_stats.query_time_ms           302 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#