data_3PU1 # _model_server_result.job_id ks-ewE5N4CWCS9qL0P2lrg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 12:44:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3pu1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":523}' # _entry.id 3PU1 # _exptl.entry_id 3PU1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 270.028 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'URANYL (VI) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 20 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3PU1 _cell.length_a 163.222 _cell.length_b 233.189 _cell.length_c 75.57 _cell.Z_PDB 20 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3PU1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 252 A GLU 253 1_555 H U IUM . A IUM 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 322 A GLU 323 1_555 H U IUM . A IUM 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 342 A ASP 343 1_555 K U IUM . A IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4.113 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 342 A ASP 343 1_555 K U IUM . A IUM 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 357 A ASP 358 1_555 I U IUM . A IUM 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.419 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 383 A ASP 384 1_555 J U IUM . A IUM 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.335 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 383 A ASP 384 1_555 J U IUM . A IUM 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.872 ? metalc ? metalc8 H U IUM . A IUM 522 1_555 B OD1 ASP 342 B ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc9 H U IUM . A IUM 522 1_555 B OD2 ASP 342 B ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.797 ? metalc ? metalc10 I U IUM . A IUM 523 1_555 E OD1 ASP 383 E ASP 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.345 ? metalc ? metalc11 I U IUM . A IUM 523 1_555 E OD2 ASP 383 E ASP 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.579 ? metalc ? metalc12 J U IUM . A IUM 524 1_555 B OD2 ASP 357 B ASP 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.058 ? metalc ? metalc13 J U IUM . A IUM 524 1_555 B OD1 ASP 357 B ASP 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.841 ? metalc ? metalc14 K U IUM . A IUM 534 1_555 E OE2 GLU 252 E GLU 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc15 K U IUM . A IUM 534 1_555 E OE1 GLU 322 E GLU 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 122 B ASP 123 1_555 L U IUM . B IUM 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.226 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 252 B GLU 253 1_555 M U IUM . B IUM 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 322 B GLU 323 1_555 M U IUM . B IUM 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 383 B ASP 384 1_555 N U IUM . B IUM 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 383 B ASP 384 1_555 N U IUM . B IUM 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.609 ? metalc ? metalc21 M U IUM . B IUM 526 1_555 C OD1 ASP 342 C ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.482 ? metalc ? metalc22 M U IUM . B IUM 526 1_555 C OD2 ASP 342 C ASP 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.806 ? metalc ? metalc23 C OE2 GLU 252 C GLU 253 1_555 P U IUM . C IUM 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.064 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 322 C GLU 323 1_555 P U IUM . C IUM 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 383 C ASP 384 1_555 Q U IUM . C IUM 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.15 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 383 C ASP 384 1_555 Q U IUM . C IUM 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.518 ? metalc ? metalc27 Q U IUM . C IUM 530 1_555 D OD2 ASP 357 D ASP 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.623 ? metalc ? metalc28 D OE1 GLN 56 D GLN 57 1_555 R U IUM . D IUM 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.627 ? metalc ? metalc29 D OD1 ASP 122 D ASP 123 1_555 R U IUM . D IUM 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.456 ? metalc ? metalc30 D N ASP 122 D ASP 123 1_555 R U IUM . D IUM 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.779 ? metalc ? metalc31 D OE2 GLU 252 D GLU 253 1_555 S U IUM . D IUM 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc32 D OE1 GLU 322 D GLU 323 1_555 S U IUM . D IUM 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc33 E NH2 ARG 145 E ARG 146 1_555 Z U IUM . R IUM 540 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.713 ? metalc ? metalc34 E OD2 ASP 357 E ASP 358 1_555 U U IUM . E IUM 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.085 ? metalc ? metalc35 F O2' G 4 R G 4 1_555 V U IUM . R IUM 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.658 ? metalc ? metalc36 F OP2 G 6 R G 6 1_555 V U IUM . R IUM 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? metalc ? metalc37 F OP2 G 15 R G 15 1_555 W U IUM . R IUM 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc38 F OP2 G 24 R G 24 1_555 X U IUM . R IUM 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc39 F OP2 G 33 R G 33 1_555 Y U IUM . R IUM 539 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc40 F N2 G 34 R G 34 1_555 Y U IUM . R IUM 539 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? metalc ? metalc41 F OP2 G 42 R G 42 1_555 Z U IUM . R IUM 540 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.171 ? # _chem_comp.formula 'O2 U 2' _chem_comp.formula_weight 270.028 _chem_comp.id IUM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'URANYL (VI) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag U O1 IUM sing 211 n n U O2 IUM sing 212 n n # _atom_sites.entry_id 3PU1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006127 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004288 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.013233 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 IUM A 1 521 521 IUM IUM . H 3 IUM A 1 522 522 IUM IUM . I 3 IUM A 1 523 523 IUM IUM . J 3 IUM A 1 524 524 IUM IUM . K 3 IUM A 1 534 534 IUM IUM . L 3 IUM B 1 525 525 IUM IUM . M 3 IUM B 1 526 526 IUM IUM . N 3 IUM B 1 527 527 IUM IUM . O 3 IUM C 1 528 528 IUM IUM . P 3 IUM C 1 529 529 IUM IUM . Q 3 IUM C 1 530 530 IUM IUM . R 3 IUM D 1 531 531 IUM IUM . S 3 IUM D 1 532 532 IUM IUM . T 3 IUM E 1 533 533 IUM IUM . U 3 IUM E 1 535 535 IUM IUM . V 3 IUM R 1 536 536 IUM IUM . W 3 IUM R 1 537 537 IUM IUM . X 3 IUM R 1 538 538 IUM IUM . Y 3 IUM R 1 539 539 IUM IUM . Z 3 IUM R 1 540 540 IUM IUM . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol U _atom_site.label_atom_id U _atom_site.label_comp_id IUM _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -43.004 _atom_site.Cartn_y 4.637 _atom_site.Cartn_z 100.355 _atom_site.occupancy 0.73 _atom_site.B_iso_or_equiv 177.09 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id U _atom_site.auth_comp_id IUM _atom_site.auth_seq_id 523 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 26 _model_server_stats.query_time_ms 287 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #