data_3Q5P
#
_model_server_result.job_id            eEjDEUc3QOOEQu8VOvDZog 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 14:35:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3q5p 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":3968}' 
#
_entry.id    3Q5P 
#
_exptl.entry_id    3Q5P 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3Q5P 
_cell.length_a            106.676 
_cell.length_b            106.676 
_cell.length_c            146.165 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3Q5P 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        95 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 6_555 x,-y,-z+1/2 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 73.0825 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 D N N 
? 4 E N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 B N1 DG 1 B DG -12 1_555 B N3 DC 23 B DC 12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog2 B N1 DA 2 B DA -11 1_555 B N3 DT 22 B DT 11 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B N3 DC 3 B DC -10 1_555 B N1 DG 21 B DG 10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N4 DC 3 B DC -10 1_555 B O6 DG 21 B DG 10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B O2 DC 3 B DC -10 1_555 B N2 DG 21 B DG 10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N3 DC 4 B DC -9 1_555 B N1 DG 20 B DG 9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N4 DC 4 B DC -9 1_555 B O6 DG 20 B DG 9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O2 DC 4 B DC -9 1_555 B N2 DG 20 B DG 9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N3 DC 5 B DC -8 1_555 B N1 DG 19 B DG 8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N4 DC 5 B DC -8 1_555 B O6 DG 19 B DG 8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O2 DC 5 B DC -8 1_555 B N2 DG 19 B DG 8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N3 DT 6 B DT -7 1_555 B N1 DA 18 B DA 7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B O4 DT 6 B DT -7 1_555 B N6 DA 18 B DA 7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N3 DC 7 B DC -6 1_555 B N1 DG 17 B DG 6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N4 DC 7 B DC -6 1_555 B O6 DG 17 B DG 6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O2 DC 7 B DC -6 1_555 B N2 DG 17 B DG 6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N3 DC 8 B DC -5 1_555 B N1 DG 16 B DG 5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N4 DC 8 B DC -5 1_555 B O6 DG 16 B DG 5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O2 DC 8 B DC -5 1_555 B N2 DG 16 B DG 5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N3 DC 9 B DC -4 1_555 B N1 DG 15 B DG 4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N4 DC 9 B DC -4 1_555 B O6 DG 15 B DG 4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O2 DC 9 B DC -4 1_555 B N2 DG 15 B DG 4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 10 B DC -3 1_555 B N1 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 10 B DC -3 1_555 B O6 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 10 B DC -3 1_555 B N2 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 DT 11 B DT -2 1_555 B N1 DA 13 B DA 2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B O4 DT 11 B DT -2 1_555 B N6 DA 13 B DA 2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DG MISPAIR' hydrog28 B O2 DT 11 B DT -2 1_555 B N2 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N1 DA 13 B DA 2 1_555 B N3 DT 11 B DT -2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N6 DA 13 B DA 2 1_555 B O4 DT 11 B DT -2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N1 DG 14 B DG 3 1_555 B N3 DC 10 B DC -3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N2 DG 14 B DG 3 1_555 B O2 DC 10 B DC -3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B O6 DG 14 B DG 3 1_555 B N4 DC 10 B DC -3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog34 B N2 DG 14 B DG 3 1_555 B O2 DT 11 B DT -2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N1 DG 15 B DG 4 1_555 B N3 DC 9 B DC -4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N2 DG 15 B DG 4 1_555 B O2 DC 9 B DC -4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B O6 DG 15 B DG 4 1_555 B N4 DC 9 B DC -4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N1 DG 16 B DG 5 1_555 B N3 DC 8 B DC -5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B N2 DG 16 B DG 5 1_555 B O2 DC 8 B DC -5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B O6 DG 16 B DG 5 1_555 B N4 DC 8 B DC -5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N1 DG 17 B DG 6 1_555 B N3 DC 7 B DC -6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B N2 DG 17 B DG 6 1_555 B O2 DC 7 B DC -6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 B O6 DG 17 B DG 6 1_555 B N4 DC 7 B DC -6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B N1 DA 18 B DA 7 1_555 B N3 DT 6 B DT -7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 B N6 DA 18 B DA 7 1_555 B O4 DT 6 B DT -7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog46 B N1 DG 19 B DG 8 1_555 B N3 DC 5 B DC -8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog47 B N2 DG 19 B DG 8 1_555 B O2 DC 5 B DC -8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B O6 DG 19 B DG 8 1_555 B N4 DC 5 B DC -8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 B N1 DG 20 B DG 9 1_555 B N3 DC 4 B DC -9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 B N2 DG 20 B DG 9 1_555 B O2 DC 4 B DC -9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B O6 DG 20 B DG 9 1_555 B N4 DC 4 B DC -9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog52 B N1 DG 21 B DG 10 1_555 B N3 DC 3 B DC -10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog53 B N2 DG 21 B DG 10 1_555 B O2 DC 3 B DC -10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B O6 DG 21 B DG 10 1_555 B N4 DC 3 B DC -10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog55 B N3 DT 22 B DT 11 1_555 B N1 DA 2 B DA -11 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog56 B N4 DC 23 B DC 12 1_555 B O6 DG 1 B DG -12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 278 n n 
C1 C2 GOL sing 279 n n 
C1 H11 GOL sing 280 n n 
C1 H12 GOL sing 281 n n 
O1 HO1 GOL sing 282 n n 
C2 O2 GOL sing 283 n n 
C2 C3 GOL sing 284 n n 
C2 H2 GOL sing 285 n n 
O2 HO2 GOL sing 286 n n 
C3 O3 GOL sing 287 n n 
C3 H31 GOL sing 288 n n 
C3 H32 GOL sing 289 n n 
O3 HO3 GOL sing 290 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3Q5P 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009374 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009374 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006842 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 TAC A 1 7101 7101 TAC TAC . 
D 4 GOL A 1 3968 3968 GOL GOL . 
E 4 GOL B 1 3968 3968 GOL GOL . 
F 5 HOH A 1 279 279 HOH HOH . 
F 5 HOH A 2 280 280 HOH HOH . 
F 5 HOH A 3 281 281 HOH HOH . 
F 5 HOH A 4 282 282 HOH HOH . 
F 5 HOH A 5 283 283 HOH HOH . 
F 5 HOH A 6 284 284 HOH HOH . 
F 5 HOH A 7 285 285 HOH HOH . 
F 5 HOH A 8 286 286 HOH HOH . 
F 5 HOH A 9 287 287 HOH HOH . 
F 5 HOH A 10 288 288 HOH HOH . 
F 5 HOH A 11 289 289 HOH HOH . 
F 5 HOH A 12 290 290 HOH HOH . 
G 5 HOH B 1 13 13 HOH HOH . 
G 5 HOH B 2 14 14 HOH HOH . 
G 5 HOH B 3 15 15 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 GOL . . . D 4 76.959 15.09 50.517 1 102.99 ? C1 GOL 3968 A 1 
HETATM 2 O O1 GOL . . . D 4 77.053 15.621 51.848 1 93.45 ? O1 GOL 3968 A 1 
HETATM 3 C C2 GOL . . . D 4 75.498 14.905 50.09 1 98.36 ? C2 GOL 3968 A 1 
HETATM 4 O O2 GOL . . . D 4 74.688 16.028 50.506 1 86.03 ? O2 GOL 3968 A 1 
HETATM 5 C C3 GOL . . . D 4 75.439 14.702 48.571 1 92.01 ? C3 GOL 3968 A 1 
HETATM 6 O O3 GOL . . . D 4 74.186 15.184 48.067 1 81.46 ? O3 GOL 3968 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    3 
_model_server_stats.query_time_ms           302 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           6 
#