data_3Q9J # _model_server_result.job_id I3JdbUYmMIvFmlhctl3mgg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 19:52:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3q9j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":11}' # _entry.id 3Q9J # _exptl.entry_id 3Q9J _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3Q9J _cell.length_a 41.78 _cell.length_b 41.78 _cell.length_c 63.06 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3Q9J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 144 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,X,Y 1 1 E,F,G,H,P,Q,R,S,T,U,V,W,Z,AA,BA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 K N N ? 3 V N N ? 3 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A N ALA 1 A ALA 1 1_555 A C ORN 10 A ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.242 ? covale ? covale2 A C LEU 5 A LEU 5 1_555 A NE ORN 6 A ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.291 ? covale ? covale3 A C ORN 6 A ORN 6 1_555 A N HAO 7 A HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale4 A C HAO 7 A HAO 7 1_555 A N TYR 8 A TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale5 A C LYS 9 A LYS 9 1_555 A NE ORN 10 A ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? covale ? covale6 B N ALA 1 B ALA 1 1_555 B C ORN 10 B ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.223 ? covale ? covale7 B C LEU 5 B LEU 5 1_555 B NE ORN 6 B ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale8 B C ORN 6 B ORN 6 1_555 B N HAO 7 B HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale9 B C HAO 7 B HAO 7 1_555 B N TYR 8 B TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale10 B C LYS 9 B LYS 9 1_555 B NE ORN 10 B ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.398 ? covale ? covale11 C N ALA 1 C ALA 1 1_555 C C ORN 10 C ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.245 ? covale ? covale12 C C LEU 5 C LEU 5 1_555 C NE ORN 6 C ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale13 C C ORN 6 C ORN 6 1_555 C N HAO 7 C HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale14 C C HAO 7 C HAO 7 1_555 C N TYR 8 C TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale15 C C LYS 9 C LYS 9 1_555 C NE ORN 10 C ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale16 D N ALA 1 D ALA 1 1_555 D C ORN 10 D ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.23 ? covale ? covale17 D C LEU 5 D LEU 5 1_555 D NE ORN 6 D ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale18 D C ORN 6 D ORN 6 1_555 D N HAO 7 D HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? covale ? covale19 D C HAO 7 D HAO 7 1_555 D N TYR 8 D TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? covale ? covale20 D C LYS 9 D LYS 9 1_555 D NE ORN 10 D ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? covale ? covale21 E N ALA 1 E ALA 1 1_555 E C ORN 10 E ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.244 ? covale ? covale22 E C LEU 5 E LEU 5 1_555 E NE ORN 6 E ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale23 E C ORN 6 E ORN 6 1_555 E N HAO 7 E HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale24 E C HAO 7 E HAO 7 1_555 E N TYR 8 E TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? covale ? covale25 E C LYS 9 E LYS 9 1_555 E NE ORN 10 E ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale26 F N ALA 1 F ALA 1 1_555 F C ORN 10 F ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.236 ? covale ? covale27 F C LEU 5 F LEU 5 1_555 F NE ORN 6 F ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale28 F C ORN 6 F ORN 6 1_555 F N HAO 7 F HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? covale ? covale29 F C HAO 7 F HAO 7 1_555 F N TYR 8 F TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? covale ? covale30 F C LYS 9 F LYS 9 1_555 F NE ORN 10 F ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? covale ? covale31 G N ALA 1 G ALA 1 1_555 G C ORN 10 G ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.233 ? covale ? covale32 G C LEU 5 G LEU 5 1_555 G NE ORN 6 G ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? covale ? covale33 G C ORN 6 G ORN 6 1_555 G N HAO 7 G HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale34 G C HAO 7 G HAO 7 1_555 G N TYR 8 G TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale35 G C LYS 9 G LYS 9 1_555 G NE ORN 10 G ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? covale ? covale36 H N ALA 1 H ALA 1 1_555 H C ORN 10 H ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.227 ? covale ? covale37 H C LEU 5 H LEU 5 1_555 H NE ORN 6 H ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.304 ? covale ? covale38 H C ORN 6 H ORN 6 1_555 H N HAO 7 H HAO 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale39 H C HAO 7 H HAO 7 1_555 H N TYR 8 H TYR 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale40 H C LYS 9 H LYS 9 1_555 H NE ORN 10 H ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? metalc ? metalc1 A N ORN 6 A ORN 6 1_555 J ZN ZN . A ZN 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? metalc ? metalc2 A O ORN 6 A ORN 6 1_555 J ZN ZN . A ZN 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc3 A O ORN 10 A ORN 10 1_555 I ZN ZN . A ZN 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc ? metalc4 A N ORN 10 A ORN 10 1_555 I ZN ZN . A ZN 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc5 I ZN ZN . A ZN 12 1_555 D O ORN 10 D ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc6 I ZN ZN . A ZN 12 1_555 D N ORN 10 D ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc7 J ZN ZN . A ZN 18 1_555 H O ORN 6 H ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc8 J ZN ZN . A ZN 18 1_555 H N ORN 6 H ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc9 J ZN ZN . A ZN 18 1_555 BA O HOH . H HOH 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc10 J ZN ZN . A ZN 18 1_555 BA O HOH . H HOH 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc11 B O ORN 6 B ORN 6 1_555 M ZN ZN . B ZN 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc12 B N ORN 6 B ORN 6 1_555 M ZN ZN . B ZN 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc13 B O ORN 10 B ORN 10 1_555 L ZN ZN . B ZN 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc14 B N ORN 10 B ORN 10 1_555 L ZN ZN . B ZN 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc15 Y O HOH . B HOH 12 1_555 M ZN ZN . B ZN 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc16 L ZN ZN . B ZN 13 1_555 C O ORN 10 C ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc17 L ZN ZN . B ZN 13 1_555 C N ORN 10 C ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? metalc ? metalc18 M ZN ZN . B ZN 14 1_555 G O ORN 6 G ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc19 M ZN ZN . B ZN 14 1_555 G N ORN 6 G ORN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc20 M ZN ZN . B ZN 14 1_555 AA O HOH . G HOH 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc21 E N ORN 6 E ORN 6 1_555 Q ZN ZN . E ZN 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc22 E O ORN 6 E ORN 6 1_555 Q ZN ZN . E ZN 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc23 E O ORN 10 E ORN 10 1_555 R ZN ZN . E ZN 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc24 E N ORN 10 E ORN 10 1_555 R ZN ZN . E ZN 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc25 R ZN ZN . E ZN 19 1_555 H O ORN 10 H ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc26 R ZN ZN . E ZN 19 1_555 H N ORN 10 H ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc27 F N ORN 6 F ORN 6 1_555 T ZN ZN . F ZN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc28 F O ORN 6 F ORN 6 1_555 T ZN ZN . F ZN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc29 F O ORN 10 F ORN 10 1_555 U ZN ZN . F ZN 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc30 F N ORN 10 F ORN 10 1_555 U ZN ZN . F ZN 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc31 Z O HOH . F HOH 14 1_555 T ZN ZN . F ZN 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? metalc ? metalc32 U ZN ZN . F ZN 17 1_555 G O ORN 10 G ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc33 U ZN ZN . F ZN 17 1_555 G N ORN 10 G ORN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 13 n n C1 C2 GOL sing 14 n n C1 H11 GOL sing 15 n n C1 H12 GOL sing 16 n n O1 HO1 GOL sing 17 n n C2 O2 GOL sing 18 n n C2 C3 GOL sing 19 n n C2 H2 GOL sing 20 n n O2 HO2 GOL sing 21 n n C3 O3 GOL sing 22 n n C3 H31 GOL sing 23 n n C3 H32 GOL sing 24 n n O3 HO3 GOL sing 25 n n # _atom_sites.entry_id 3Q9J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.023935 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.013819 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.027638 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015858 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 ZN A 1 12 12 ZN ZN . J 2 ZN A 1 18 18 ZN ZN . K 3 GOL B 1 11 7 GOL GOL . L 2 ZN B 1 13 13 ZN ZN . M 2 ZN B 1 14 14 ZN ZN . N 4 CL C 1 11 3 CL CL . O 4 CL D 1 11 2 CL CL . P 4 CL E 1 11 1 CL CL . Q 2 ZN E 1 15 15 ZN ZN . R 2 ZN E 1 19 19 ZN ZN . S 4 CL F 1 11 4 CL CL . T 2 ZN F 1 16 16 ZN ZN . U 2 ZN F 1 17 17 ZN ZN . V 3 GOL G 1 11 5 GOL GOL . W 3 GOL H 1 11 6 GOL GOL . X 5 HOH A 1 20 20 HOH HOH . Y 5 HOH B 1 12 8 HOH HOH . Y 5 HOH B 2 15 15 HOH HOH . Y 5 HOH B 3 18 18 HOH HOH . Y 5 HOH B 4 19 19 HOH HOH . Z 5 HOH F 1 14 14 HOH HOH . AA 5 HOH G 1 12 12 HOH HOH . AA 5 HOH G 2 13 9 HOH HOH . AA 5 HOH G 3 14 10 HOH HOH . AA 5 HOH G 4 15 11 HOH HOH . AA 5 HOH G 5 17 17 HOH HOH . AA 5 HOH G 6 21 21 HOH HOH . AA 5 HOH G 7 23 23 HOH HOH . AA 5 HOH G 8 24 24 HOH HOH . BA 5 HOH H 1 13 13 HOH HOH . BA 5 HOH H 2 16 16 HOH HOH . BA 5 HOH H 3 22 22 HOH HOH . BA 5 HOH H 4 25 25 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . V 3 -7.977 -3.981 14.85 1 91.09 ? C1 GOL 11 G 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . V 3 -8.956 -3.129 14.221 1 90.9 ? O1 GOL 11 G 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . V 3 -7.607 -3.497 16.291 1 90.73 ? C2 GOL 11 G 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . V 3 -7.121 -4.601 17.059 1 90.49 ? O2 GOL 11 G 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . V 3 -8.655 -2.61 17.07 1 90.88 ? C3 GOL 11 G 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . V 3 -8.89 -1.284 16.473 1 90.64 ? O3 GOL 11 G 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 270 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 6 #