data_3QA3 # _model_server_result.job_id zOhs0nR6V8AMtIJ89mMEhQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 03:42:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3qa3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":6}' # _entry.id 3QA3 # _exptl.entry_id 3QA3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3QA3 _cell.length_a 82.604 _cell.length_b 158.346 _cell.length_c 233.319 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3QA3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,M,N,O,P,Q,R,S,T,DA,EA,FA 1 1 D,E,F,U,V,W,GA,HA,IA 2 1 G,H,I,X,Y,JA,KA,LA 3 1 J,K,L,Z,AA,BA,CA,MA,NA,OA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 O N N ? 5 S N N ? 5 T N N ? 5 U N N ? 5 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 23 C CYS 23 1_555 A SG CYS 94 C CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 140 C CYS 140 1_555 A SG CYS 200 C CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 220 C CYS 220 1_555 B SG CYS 224 D CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 22 D CYS 24 1_555 B SG CYS 96 D CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 149 D CYS 151 1_555 B SG CYS 204 D CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf6 D SG CYS 23 A CYS 23 1_555 D SG CYS 94 A CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf7 D SG CYS 140 A CYS 140 1_555 D SG CYS 200 A CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 220 A CYS 220 1_555 E SG CYS 224 B CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf9 E SG CYS 22 B CYS 24 1_555 E SG CYS 96 B CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf10 E SG CYS 149 B CYS 151 1_555 E SG CYS 204 B CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf11 G SG CYS 23 F CYS 23 1_555 G SG CYS 94 F CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf12 G SG CYS 140 F CYS 140 1_555 G SG CYS 200 F CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf13 G SG CYS 220 F CYS 220 1_555 H SG CYS 224 H CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf14 H SG CYS 22 H CYS 24 1_555 H SG CYS 96 H CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf15 H SG CYS 149 H CYS 151 1_555 H SG CYS 204 H CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf16 J SG CYS 23 J CYS 23 1_555 J SG CYS 94 J CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf17 J SG CYS 140 J CYS 140 1_555 J SG CYS 200 J CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf18 J SG CYS 220 J CYS 220 1_555 K SG CYS 224 K CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf19 K SG CYS 22 K CYS 24 1_555 K SG CYS 96 K CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf20 K SG CYS 149 K CYS 151 1_555 K SG CYS 204 K CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc1 B OD2 ASP 105 D ASP 107 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc2 B OD1 ASP 105 D ASP 107 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc ? metalc3 EA O HOH . D HOH 229 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc4 FA O HOH . G HOH 1 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc5 C OG SER 11 G SER 142 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc6 C OG SER 13 G SER 144 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc7 C OD2 ASP 111 G ASP 242 1_555 R CA CA . G CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc8 E OD1 ASP 105 B ASP 107 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc9 E OD2 ASP 105 B ASP 107 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc10 HA O HOH . B HOH 234 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc11 IA O HOH . E HOH 67 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc12 F OG SER 11 E SER 142 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc13 F OG SER 13 E SER 144 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc14 F OD1 ASP 111 E ASP 242 1_555 W CA CA . E CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc15 KA O HOH . H HOH 2 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc16 H OD2 ASP 105 H ASP 107 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc17 H OD1 ASP 105 H ASP 107 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc18 LA O HOH . I HOH 1 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc19 I OG SER 11 I SER 142 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc20 I OG SER 13 I SER 144 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc21 I OD2 ASP 111 I ASP 242 1_555 Y CA CA . I CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc22 NA O HOH . K HOH 2 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc23 K OD1 ASP 105 K ASP 107 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc24 K OD2 ASP 105 K ASP 107 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? metalc ? metalc25 OA O HOH . L HOH 1 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc26 L OG SER 11 L SER 142 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc27 L OG SER 13 L SER 144 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc28 L OD1 ASP 111 L ASP 242 1_555 CA CA CA . L CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 138 n n C1 C2 GOL sing 139 n n C1 H11 GOL sing 140 n n C1 H12 GOL sing 141 n n O1 HO1 GOL sing 142 n n C2 O2 GOL sing 143 n n C2 C3 GOL sing 144 n n C2 H2 GOL sing 145 n n O2 HO2 GOL sing 146 n n C3 O3 GOL sing 147 n n C3 H31 GOL sing 148 n n C3 H32 GOL sing 149 n n O3 HO3 GOL sing 150 n n # _atom_sites.entry_id 3QA3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012106 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006315 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004286 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 EDO C 1 221 3 EDO EDO . N 4 EDO C 1 222 4 EDO EDO . O 5 GOL D 1 227 3 GOL GOL . P 4 EDO D 1 2 2 EDO EDO . Q 4 EDO D 1 228 5 EDO EDO . R 6 CA G 1 500 500 CA CA . S 5 GOL G 1 5 5 GOL GOL . T 5 GOL G 1 6 6 GOL GOL . U 5 GOL A 1 221 2 GOL GOL . V 5 GOL B 1 1 1 GOL GOL . W 6 CA E 1 500 500 CA CA . X 4 EDO H 1 227 6 EDO EDO . Y 6 CA I 1 500 500 CA CA . Z 4 EDO J 1 221 1 EDO EDO . AA 4 EDO J 1 222 7 EDO EDO . BA 4 EDO K 1 227 8 EDO EDO . CA 6 CA L 1 500 500 CA CA . DA 7 HOH C 1 223 3 HOH HOH . DA 7 HOH C 2 224 5 HOH HOH . DA 7 HOH C 3 225 13 HOH HOH . DA 7 HOH C 4 226 21 HOH HOH . DA 7 HOH C 5 227 24 HOH HOH . DA 7 HOH C 6 228 27 HOH HOH . DA 7 HOH C 7 229 40 HOH HOH . DA 7 HOH C 8 230 41 HOH HOH . DA 7 HOH C 9 231 45 HOH HOH . EA 7 HOH D 1 229 2 HOH HOH . EA 7 HOH D 2 230 26 HOH HOH . EA 7 HOH D 3 231 31 HOH HOH . EA 7 HOH D 4 232 33 HOH HOH . EA 7 HOH D 5 233 54 HOH HOH . FA 7 HOH G 1 1 1 HOH HOH . FA 7 HOH G 2 18 18 HOH HOH . FA 7 HOH G 3 19 19 HOH HOH . FA 7 HOH G 4 55 55 HOH HOH . GA 7 HOH A 1 222 49 HOH HOH . GA 7 HOH A 2 223 60 HOH HOH . HA 7 HOH B 1 227 30 HOH HOH . HA 7 HOH B 2 228 34 HOH HOH . HA 7 HOH B 3 229 48 HOH HOH . HA 7 HOH B 4 230 52 HOH HOH . HA 7 HOH B 5 231 56 HOH HOH . HA 7 HOH B 6 232 62 HOH HOH . HA 7 HOH B 7 233 63 HOH HOH . HA 7 HOH B 8 234 66 HOH HOH . IA 7 HOH E 1 32 32 HOH HOH . IA 7 HOH E 2 39 39 HOH HOH . IA 7 HOH E 3 43 43 HOH HOH . IA 7 HOH E 4 47 47 HOH HOH . IA 7 HOH E 5 57 57 HOH HOH . IA 7 HOH E 6 67 67 HOH HOH . JA 7 HOH F 1 221 4 HOH HOH . JA 7 HOH F 2 222 8 HOH HOH . JA 7 HOH F 3 223 9 HOH HOH . JA 7 HOH F 4 224 10 HOH HOH . JA 7 HOH F 5 225 14 HOH HOH . JA 7 HOH F 6 226 17 HOH HOH . JA 7 HOH F 7 227 46 HOH HOH . JA 7 HOH F 8 228 53 HOH HOH . KA 7 HOH H 1 2 2 HOH HOH . KA 7 HOH H 2 228 15 HOH HOH . KA 7 HOH H 3 229 28 HOH HOH . KA 7 HOH H 4 230 51 HOH HOH . KA 7 HOH H 5 231 59 HOH HOH . KA 7 HOH H 6 232 64 HOH HOH . LA 7 HOH I 1 1 1 HOH HOH . LA 7 HOH I 2 6 6 HOH HOH . LA 7 HOH I 3 61 61 HOH HOH . MA 7 HOH J 1 223 3 HOH HOH . MA 7 HOH J 2 224 4 HOH HOH . MA 7 HOH J 3 225 5 HOH HOH . MA 7 HOH J 4 226 6 HOH HOH . MA 7 HOH J 5 227 7 HOH HOH . MA 7 HOH J 6 228 11 HOH HOH . MA 7 HOH J 7 229 16 HOH HOH . MA 7 HOH J 8 230 42 HOH HOH . MA 7 HOH J 9 231 65 HOH HOH . NA 7 HOH K 1 2 2 HOH HOH . NA 7 HOH K 2 228 12 HOH HOH . NA 7 HOH K 3 229 23 HOH HOH . NA 7 HOH K 4 230 29 HOH HOH . NA 7 HOH K 5 231 36 HOH HOH . NA 7 HOH K 6 232 37 HOH HOH . NA 7 HOH K 7 233 38 HOH HOH . NA 7 HOH K 8 234 44 HOH HOH . NA 7 HOH K 9 235 50 HOH HOH . NA 7 HOH K 10 236 58 HOH HOH . OA 7 HOH L 1 1 1 HOH HOH . OA 7 HOH L 2 20 20 HOH HOH . OA 7 HOH L 3 22 22 HOH HOH . OA 7 HOH L 4 25 25 HOH HOH . OA 7 HOH L 5 35 35 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . T 5 -36.882 -15.717 8.75 1 56.42 ? C1 GOL 6 G 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . T 5 -37.339 -15.537 7.374 1 55.18 ? O1 GOL 6 G 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . T 5 -35.735 -16.757 9.018 1 56.23 ? C2 GOL 6 G 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . T 5 -35.701 -17.736 7.964 1 56.94 ? O2 GOL 6 G 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . T 5 -35.843 -17.502 10.383 1 56.32 ? C3 GOL 6 G 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . T 5 -35.58 -16.676 11.534 1 56.52 ? O3 GOL 6 G 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 213 _model_server_stats.query_time_ms 353 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 6 #