data_3QC9
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_model_server_result.job_id            ZmAMPMl_5huzg51KPHlmYg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 00:05:07' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          3qc9 
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_model_server_params.name     atom_site 
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_entry.id    3QC9 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
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_cell.angle_alpha         88.07 
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_cell.entry_id            3QC9 
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_cell.length_c            122.638 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
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_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
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loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,E,F,G,H,P,Q,R,S,V 1 1 
B,C,I,J,K,L,M,N,O,T,U 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 332 A ASP 332 1_555 F MG MG . A MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 332 A ASP 332 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
metalc ? metalc3 S O HOH . A HOH 545 1_555 F MG MG . A MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc4 S O HOH . A HOH 546 1_555 F MG MG . A MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc5 S O HOH . A HOH 547 1_555 F MG MG . A MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc6 S O HOH . A HOH 548 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc7 S O HOH . A HOH 549 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc8 S O HOH . A HOH 550 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc9 S O HOH . A HOH 551 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc10 E O3B ADP . A ADP 700 1_555 F MG MG . A MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc11 E O2A ADP . A ADP 700 1_555 F MG MG . A MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc12 E O2B ADP . A ADP 700 1_555 G MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 332 B ASP 332 1_555 J MG MG . B MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 332 B ASP 332 1_555 K MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc15 T O HOH . B HOH 545 1_555 J MG MG . B MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc16 T O HOH . B HOH 546 1_555 J MG MG . B MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc17 T O HOH . B HOH 547 1_555 J MG MG . B MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc18 T O HOH . B HOH 548 1_555 K MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc19 T O HOH . B HOH 549 1_555 K MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc20 T O HOH . B HOH 550 1_555 K MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc21 T O HOH . B HOH 551 1_555 K MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc22 I O2A ADP . B ADP 700 1_555 J MG MG . B MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc23 I O3B ADP . B ADP 700 1_555 J MG MG . B MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc24 I O2B ADP . B ADP 700 1_555 K MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 332 C ASP 332 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc26 C OD1 ASP 332 C ASP 332 1_555 O MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc27 U O HOH . C HOH 545 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc28 U O HOH . C HOH 546 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc29 U O HOH . C HOH 547 1_555 O MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc30 U O HOH . C HOH 548 1_555 O MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc31 U O HOH . C HOH 549 1_555 O MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc32 U O HOH . C HOH 550 1_555 O MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc33 M O2A ADP . C ADP 700 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc34 M O3B ADP . C ADP 700 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc35 M O2B ADP . C ADP 700 1_555 O MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? 
metalc ? metalc36 D OD2 ASP 332 D ASP 332 1_555 Q MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASP 332 D ASP 332 1_555 R MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc38 V O HOH . D HOH 544 1_555 Q MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc39 V O HOH . D HOH 545 1_555 Q MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc40 V O HOH . D HOH 546 1_555 Q MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc41 V O HOH . D HOH 547 1_555 R MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc42 V O HOH . D HOH 548 1_555 R MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc43 V O HOH . D HOH 549 1_555 R MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc44 V O HOH . D HOH 550 1_555 R MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc45 P O2A ADP . D ADP 700 1_555 Q MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc46 P O3B ADP . D ADP 700 1_555 Q MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? 
metalc ? metalc47 P O2B ADP . D ADP 700 1_555 R MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 173 n n 
C1 C2 GOL sing 174 n n 
C1 H11 GOL sing 175 n n 
C1 H12 GOL sing 176 n n 
O1 HO1 GOL sing 177 n n 
C2 O2 GOL sing 178 n n 
C2 C3 GOL sing 179 n n 
C2 H2 GOL sing 180 n n 
O2 HO2 GOL sing 181 n n 
C3 O3 GOL sing 182 n n 
C3 H31 GOL sing 183 n n 
C3 H32 GOL sing 184 n n 
O3 HO3 GOL sing 185 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3QC9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017037 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.006615 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000328 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011924 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.000452 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00816 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ADP A 1 700 700 ADP ADP . 
F 3 MG A 1 800 800 MG MO3 . 
G 3 MG A 1 801 801 MG MO4 . 
H 4 GOL A 1 544 1 GOL GOL . 
I 2 ADP B 1 700 700 ADP ADP . 
J 3 MG B 1 800 800 MG MO3 . 
K 3 MG B 1 801 801 MG MO4 . 
L 4 GOL B 1 544 2 GOL GOL . 
M 2 ADP C 1 700 700 ADP ADP . 
N 3 MG C 1 800 800 MG MO3 . 
O 3 MG C 1 801 801 MG MO4 . 
P 2 ADP D 1 700 700 ADP ADP . 
Q 3 MG D 1 800 800 MG MO3 . 
R 3 MG D 1 801 801 MG MO4 . 
S 5 HOH A 1 545 800 HOH MO3 . 
S 5 HOH A 2 546 800 HOH MO3 . 
S 5 HOH A 3 547 800 HOH MO3 . 
S 5 HOH A 4 548 801 HOH MO4 . 
S 5 HOH A 5 549 801 HOH MO4 . 
S 5 HOH A 6 550 801 HOH MO4 . 
S 5 HOH A 7 551 801 HOH MO4 . 
S 5 HOH A 8 552 1 HOH HOH . 
S 5 HOH A 9 553 14 HOH HOH . 
S 5 HOH A 10 554 15 HOH HOH . 
S 5 HOH A 11 555 19 HOH HOH . 
S 5 HOH A 12 556 22 HOH HOH . 
S 5 HOH A 13 557 24 HOH HOH . 
S 5 HOH A 14 558 26 HOH HOH . 
S 5 HOH A 15 559 30 HOH HOH . 
S 5 HOH A 16 560 33 HOH HOH . 
S 5 HOH A 17 561 37 HOH HOH . 
S 5 HOH A 18 562 38 HOH HOH . 
S 5 HOH A 19 563 40 HOH HOH . 
S 5 HOH A 20 564 44 HOH HOH . 
S 5 HOH A 21 565 45 HOH HOH . 
S 5 HOH A 22 566 47 HOH HOH . 
S 5 HOH A 23 567 48 HOH HOH . 
S 5 HOH A 24 568 55 HOH HOH . 
S 5 HOH A 25 569 62 HOH HOH . 
S 5 HOH A 26 570 65 HOH HOH . 
S 5 HOH A 27 571 66 HOH HOH . 
S 5 HOH A 28 572 69 HOH HOH . 
S 5 HOH A 29 573 75 HOH HOH . 
S 5 HOH A 30 574 82 HOH HOH . 
T 5 HOH B 1 545 800 HOH MO3 . 
T 5 HOH B 2 546 800 HOH MO3 . 
T 5 HOH B 3 547 800 HOH MO3 . 
T 5 HOH B 4 548 801 HOH MO4 . 
T 5 HOH B 5 549 801 HOH MO4 . 
T 5 HOH B 6 550 801 HOH MO4 . 
T 5 HOH B 7 551 801 HOH MO4 . 
T 5 HOH B 8 552 9 HOH HOH . 
T 5 HOH B 9 553 800 HOH MO3 . 
T 5 HOH B 10 554 20 HOH HOH . 
T 5 HOH B 11 555 27 HOH HOH . 
T 5 HOH B 12 556 28 HOH HOH . 
T 5 HOH B 13 557 31 HOH HOH . 
T 5 HOH B 14 558 32 HOH HOH . 
T 5 HOH B 15 559 34 HOH HOH . 
T 5 HOH B 16 560 39 HOH HOH . 
T 5 HOH B 17 561 41 HOH HOH . 
T 5 HOH B 18 562 46 HOH HOH . 
T 5 HOH B 19 563 54 HOH HOH . 
T 5 HOH B 20 564 57 HOH HOH . 
T 5 HOH B 21 565 59 HOH HOH . 
T 5 HOH B 22 566 60 HOH HOH . 
T 5 HOH B 23 567 64 HOH HOH . 
T 5 HOH B 24 568 68 HOH HOH . 
T 5 HOH B 25 569 72 HOH HOH . 
T 5 HOH B 26 570 74 HOH HOH . 
T 5 HOH B 27 571 77 HOH HOH . 
T 5 HOH B 28 572 80 HOH HOH . 
T 5 HOH B 29 573 81 HOH HOH . 
T 5 HOH B 30 574 83 HOH HOH . 
T 5 HOH B 31 575 84 HOH HOH . 
T 5 HOH B 32 576 85 HOH HOH . 
U 5 HOH C 1 545 800 HOH MO3 . 
U 5 HOH C 2 546 800 HOH MO3 . 
U 5 HOH C 3 547 801 HOH MO4 . 
U 5 HOH C 4 548 801 HOH MO4 . 
U 5 HOH C 5 549 801 HOH MO4 . 
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U 5 HOH C 7 551 2 HOH HOH . 
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