data_3R9U # _model_server_result.job_id Ny2vPKs49YcQHWjZ11YoKg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 01:38:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3r9u # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":601}' # _entry.id 3R9U # _exptl.entry_id 3R9U _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3R9U _cell.length_a 154.006 _cell.length_b 163.571 _cell.length_c 66.876 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3R9U _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 21 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,F 1 1,2 B,E,G 2 1,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_556 -x,y,-z+1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 66.876 3 'crystal symmetry operation' 4_556 x,-y,-z+1 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 66.876 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 137 A CYS 134 1_555 A SG CYS 140 A CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 137 B CYS 134 1_555 B SG CYS 140 B CYS 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? covale ? covale1 A C ALA 3 A ALA 0 1_555 A N MSE 4 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 4 A MSE 1 1_555 A N LEU 5 A LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale3 A C VAL 32 A VAL 29 1_555 A N MSE 33 A MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 A C MSE 33 A MSE 30 1_555 A N PHE 34 A PHE 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale5 A C GLY 37 A GLY 34 1_555 A N MSE 38 A MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale6 A C MSE 38 A MSE 35 1_555 A N PRO 39 A PRO 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale7 A C VAL 58 A VAL 55 1_555 A N MSE 59 A MSE 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale8 A C MSE 59 A MSE 56 1_555 A N ASP 60 A ASP 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale9 A C PHE 64 A PHE 61 1_555 A N MSE 65 A MSE 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale10 A C MSE 65 A MSE 62 1_555 A N ALA 66 A ALA 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale11 A C CYS 72 A CYS 69 1_555 A N MSE 73 A MSE 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale12 A C MSE 73 A MSE 70 1_555 A N ARG 74 A ARG 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale13 A C GLU 80 A GLU 77 1_555 A N MSE 81 A MSE 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale14 A C MSE 81 A MSE 78 1_555 A N VAL 82 A VAL 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale15 A C LYS 213 A LYS 210 1_555 A N MSE 214 A MSE 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale16 A C MSE 214 A MSE 211 1_555 A N GLY 215 A GLY 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale17 A C ASN 259 A ASN 256 1_555 A N MSE 260 A MSE 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale18 A C MSE 260 A MSE 257 1_555 A N GLU 261 A GLU 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale19 A C LYS 271 A LYS 268 1_555 A N MSE 272 A MSE 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale20 A C MSE 272 A MSE 269 1_555 A N GLN 273 A GLN 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale21 A C ALA 307 A ALA 304 1_555 A N MSE 308 A MSE 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale22 A C MSE 308 A MSE 305 1_555 A N ALA 309 A ALA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? covale ? covale23 B C ALA 3 B ALA 0 1_555 B N MSE 4 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale24 B C MSE 4 B MSE 1 1_555 B N LEU 5 B LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale25 B C VAL 32 B VAL 29 1_555 B N MSE 33 B MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale26 B C MSE 33 B MSE 30 1_555 B N PHE 34 B PHE 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale27 B C GLY 37 B GLY 34 1_555 B N MSE 38 B MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale28 B C MSE 38 B MSE 35 1_555 B N PRO 39 B PRO 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale29 B C VAL 58 B VAL 55 1_555 B N MSE 59 B MSE 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale30 B C MSE 59 B MSE 56 1_555 B N ASP 60 B ASP 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale31 B C PHE 64 B PHE 61 1_555 B N MSE 65 B MSE 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale32 B C MSE 65 B MSE 62 1_555 B N ALA 66 B ALA 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale33 B C CYS 72 B CYS 69 1_555 B N MSE 73 B MSE 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale34 B C MSE 73 B MSE 70 1_555 B N ARG 74 B ARG 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale35 B C GLU 80 B GLU 77 1_555 B N MSE 81 B MSE 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale36 B C MSE 81 B MSE 78 1_555 B N VAL 82 B VAL 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale37 B C LYS 213 B LYS 210 1_555 B N MSE 214 B MSE 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale38 B C MSE 214 B MSE 211 1_555 B N GLY 215 B GLY 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale39 B C ASN 259 B ASN 256 1_555 B N MSE 260 B MSE 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? covale ? covale40 B C MSE 260 B MSE 257 1_555 B N GLU 261 B GLU 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale41 B C LYS 271 B LYS 268 1_555 B N MSE 272 B MSE 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale42 B C MSE 272 B MSE 269 1_555 B N GLN 273 B GLN 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale43 B C ALA 307 B ALA 304 1_555 B N MSE 308 B MSE 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale44 B C MSE 308 B MSE 305 1_555 B N ALA 309 B ALA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 83 n n C1 C2 EDO sing 84 n n C1 H11 EDO sing 85 n n C1 H12 EDO sing 86 n n O1 HO1 EDO sing 87 n n C2 O2 EDO sing 88 n n C2 H21 EDO sing 89 n n C2 H22 EDO sing 90 n n O2 HO2 EDO sing 91 n n # _atom_sites.entry_id 3R9U _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006493 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006114 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014953 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 FAD A 1 501 501 FAD FAD . D 3 EDO A 1 601 601 EDO EDO . E 2 FAD B 1 501 501 FAD FAD . F 4 HOH A 1 313 3 HOH HOH . F 4 HOH A 2 314 4 HOH HOH . F 4 HOH A 3 315 5 HOH HOH . F 4 HOH A 4 316 6 HOH HOH . F 4 HOH A 5 317 7 HOH HOH . F 4 HOH A 6 318 8 HOH HOH . F 4 HOH A 7 319 10 HOH HOH . F 4 HOH A 8 320 12 HOH HOH . F 4 HOH A 9 321 14 HOH HOH . F 4 HOH A 10 322 15 HOH HOH . F 4 HOH A 11 323 16 HOH HOH . F 4 HOH A 12 324 17 HOH HOH . F 4 HOH A 13 325 21 HOH HOH . F 4 HOH A 14 326 24 HOH HOH . F 4 HOH A 15 327 25 HOH HOH . F 4 HOH A 16 328 27 HOH HOH . F 4 HOH A 17 329 28 HOH HOH . F 4 HOH A 18 330 29 HOH HOH . F 4 HOH A 19 331 34 HOH HOH . F 4 HOH A 20 332 36 HOH HOH . F 4 HOH A 21 333 38 HOH HOH . F 4 HOH A 22 334 40 HOH HOH . F 4 HOH A 23 335 41 HOH HOH . F 4 HOH A 24 336 43 HOH HOH . F 4 HOH A 25 337 44 HOH HOH . F 4 HOH A 26 338 45 HOH HOH . F 4 HOH A 27 339 46 HOH HOH . F 4 HOH A 28 340 49 HOH HOH . F 4 HOH A 29 341 50 HOH HOH . F 4 HOH A 30 342 51 HOH HOH . F 4 HOH A 31 343 54 HOH HOH . F 4 HOH A 32 344 55 HOH HOH . F 4 HOH A 33 345 56 HOH HOH . F 4 HOH A 34 346 57 HOH HOH . F 4 HOH A 35 347 58 HOH HOH . F 4 HOH A 36 348 60 HOH HOH . F 4 HOH A 37 349 61 HOH HOH . F 4 HOH A 38 350 66 HOH HOH . F 4 HOH A 39 351 68 HOH HOH . F 4 HOH A 40 352 70 HOH HOH . F 4 HOH A 41 353 71 HOH HOH . F 4 HOH A 42 354 73 HOH HOH . F 4 HOH A 43 355 75 HOH HOH . F 4 HOH A 44 356 76 HOH HOH . F 4 HOH A 45 357 77 HOH HOH . F 4 HOH A 46 358 78 HOH HOH . F 4 HOH A 47 359 79 HOH HOH . F 4 HOH A 48 360 82 HOH HOH . G 4 HOH B 1 313 1 HOH HOH . G 4 HOH B 2 314 2 HOH HOH . G 4 HOH B 3 315 9 HOH HOH . G 4 HOH B 4 316 11 HOH HOH . G 4 HOH B 5 317 13 HOH HOH . G 4 HOH B 6 318 18 HOH HOH . G 4 HOH B 7 319 19 HOH HOH . G 4 HOH B 8 320 20 HOH HOH . G 4 HOH B 9 321 22 HOH HOH . G 4 HOH B 10 322 23 HOH HOH . G 4 HOH B 11 323 26 HOH HOH . G 4 HOH B 12 324 30 HOH HOH . G 4 HOH B 13 325 31 HOH HOH . G 4 HOH B 14 326 32 HOH HOH . G 4 HOH B 15 327 33 HOH HOH . G 4 HOH B 16 328 35 HOH HOH . G 4 HOH B 17 329 37 HOH HOH . G 4 HOH B 18 330 39 HOH HOH . G 4 HOH B 19 331 42 HOH HOH . G 4 HOH B 20 332 47 HOH HOH . G 4 HOH B 21 333 48 HOH HOH . G 4 HOH B 22 334 52 HOH HOH . G 4 HOH B 23 335 53 HOH HOH . G 4 HOH B 24 336 59 HOH HOH . G 4 HOH B 25 337 62 HOH HOH . G 4 HOH B 26 338 63 HOH HOH . G 4 HOH B 27 339 64 HOH HOH . G 4 HOH B 28 340 65 HOH HOH . G 4 HOH B 29 341 67 HOH HOH . G 4 HOH B 30 342 69 HOH HOH . G 4 HOH B 31 343 72 HOH HOH . G 4 HOH B 32 344 74 HOH HOH . G 4 HOH B 33 345 80 HOH HOH . G 4 HOH B 34 346 81 HOH HOH . G 4 HOH B 35 347 83 HOH HOH . G 4 HOH B 36 348 84 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . D 3 4.516 14.908 27.033 1 54.54 ? C1 EDO 601 A 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . D 3 3.137 15.271 27.301 1 53.86 ? O1 EDO 601 A 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . D 3 5.526 15.493 28.015 1 56.67 ? C2 EDO 601 A 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . D 3 6.506 14.504 28.399 1 63.35 ? O2 EDO 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 62 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 239 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 4 #