data_3RB3 # _model_server_result.job_id b1hfIxhMx8UgsCOS_ZBmXA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 15:29:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3rb3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":414}' # _entry.id 3RB3 # _exptl.entry_id 3RB3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3RB3 _cell.length_a 93.188 _cell.length_b 110.366 _cell.length_c 51.874 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3RB3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C O3' DC 6 E DC 905 1_555 C P MG1 7 E MG1 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 C O3' MG1 7 E MG1 906 1_555 C P DC 8 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 7 A ASP 7 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 7 A ASP 7 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 7 A ASP 7 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc4 A O PHE 8 A PHE 8 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 105 A ASP 105 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.101 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 105 A ASP 105 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 105 A ASP 105 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 106 A GLU 106 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc9 A O ALA 181 A ALA 181 1_555 G CA CA . A CA 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc10 A O ILE 186 A ILE 186 1_555 G CA CA . A CA 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc11 I O HOH . A HOH 343 1_555 G CA CA . A CA 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc12 I O HOH . A HOH 344 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? metalc ? metalc13 D O2A DGT . A DGT 414 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc14 D O1G DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc15 D O2A DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc16 D O1B DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N3 DT 2 D DT 803 1_555 C N1 DA 18 E DA 917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B O4 DT 2 D DT 803 1_555 C N6 DA 18 E DA 917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog3 B O4 DT 3 D DT 804 1_555 C N6 DA 17 E DA 916 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog4 B N1 DG 4 D DG 805 1_555 C N3 DC 16 E DC 915 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N1 DG 5 D DG 806 1_555 C N3 DC 15 E DC 914 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N2 DG 5 D DG 806 1_555 C O2 DC 15 E DC 914 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B O6 DG 5 D DG 806 1_555 C N4 DC 15 E DC 914 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N1 DA 6 D DA 807 1_555 C N3 DT 14 E DT 913 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N6 DA 6 D DA 807 1_555 C O4 DT 14 E DT 913 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N3 DT 7 D DT 808 1_555 C N1 DA 13 E DA 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O4 DT 7 D DT 808 1_555 C N6 DA 13 E DA 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog12 B N1 DG 8 D DG 809 1_555 C O2 DC 12 E DC 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N1 DG 9 D DG 810 1_555 C N3 DC 11 E DC 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N2 DG 9 D DG 810 1_555 C O2 DC 11 E DC 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B O6 DG 9 D DG 810 1_555 C N4 DC 11 E DC 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N3 DT 10 D DT 811 1_555 C N1 DA 10 E DA 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O4 DT 10 D DT 811 1_555 C N6 DA 10 E DA 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N1 DA 11 D DA 812 1_555 C N3 DT 9 E DT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N6 DA 11 D DA 812 1_555 C O4 DT 9 E DT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N1 DG 12 D DG 813 1_555 C N3 DC 8 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N2 DG 12 D DG 813 1_555 C O2 DC 8 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O6 DG 12 D DG 813 1_555 C N4 DC 8 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 232 n n PG O2G DGT sing 233 n n O1G HO1G DGT sing 234 n n O2G HO2G DGT sing 235 n n O3G PG DGT doub 236 n n O3B PG DGT sing 237 n n PB O3B DGT sing 238 n n PB O1B DGT sing 239 n n PB O3A DGT sing 240 n n O1B HO1B DGT sing 241 n n O2B PB DGT doub 242 n n PA O3A DGT sing 243 n n PA O1A DGT sing 244 n n O1A HO1A DGT sing 245 n n O2A PA DGT doub 246 n n O5' PA DGT sing 247 n n O5' C5' DGT sing 248 n n C5' H5' DGT sing 249 n n C5' "H5'A" DGT sing 250 n n C4' C5' DGT sing 251 n n C4' H4' DGT sing 252 n n O4' C4' DGT sing 253 n n C3' C4' DGT sing 254 n n C3' O3' DGT sing 255 n n C3' H3' DGT sing 256 n n O3' HO3' DGT sing 257 n n C2' C3' DGT sing 258 n n C2' C1' DGT sing 259 n n C2' H2' DGT sing 260 n n C2' "H2'A" DGT sing 261 n n C1' O4' DGT sing 262 n n C1' H1' DGT sing 263 n n N9 C1' DGT sing 264 n n N9 C4 DGT sing 265 n y C8 N9 DGT sing 266 n y C8 H8 DGT sing 267 n n N7 C8 DGT doub 268 n y N7 C5 DGT sing 269 n y C5 C6 DGT sing 270 n n C5 C4 DGT doub 271 n y C6 N1 DGT sing 272 n n O6 C6 DGT doub 273 n n N1 C2 DGT sing 274 n n C2 N3 DGT doub 275 n n C2 N2 DGT sing 276 n n N2 HN2 DGT sing 277 n n N2 HN2A DGT sing 278 n n C4 N3 DGT sing 279 n n N1 H16 DGT sing 280 n n # _atom_sites.entry_id 3RB3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010731 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009061 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.019277 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 DGT A 1 414 414 DGT DGT . E 5 CA A 1 415 415 CA CA . F 5 CA A 1 416 416 CA CA . G 5 CA A 1 417 417 CA CA . H 6 EPE A 1 342 342 EPE EPE . I 7 HOH A 1 343 343 HOH HOH . I 7 HOH A 2 344 344 HOH HOH . I 7 HOH A 3 345 345 HOH HOH . I 7 HOH A 4 346 346 HOH HOH . I 7 HOH A 5 347 347 HOH HOH . I 7 HOH A 6 348 348 HOH HOH . I 7 HOH A 7 349 349 HOH HOH . I 7 HOH A 8 350 350 HOH HOH . I 7 HOH A 9 351 351 HOH HOH . I 7 HOH A 10 352 352 HOH HOH . I 7 HOH A 11 353 353 HOH HOH . I 7 HOH A 12 354 354 HOH HOH . I 7 HOH A 13 355 355 HOH HOH . I 7 HOH A 14 356 356 HOH HOH . I 7 HOH A 15 357 357 HOH HOH . I 7 HOH A 16 358 358 HOH HOH . I 7 HOH A 17 359 359 HOH HOH . I 7 HOH A 18 360 360 HOH HOH . I 7 HOH A 19 361 361 HOH HOH . I 7 HOH A 20 362 362 HOH HOH . I 7 HOH A 21 363 363 HOH HOH . I 7 HOH A 22 364 364 HOH HOH . I 7 HOH A 23 365 365 HOH HOH . I 7 HOH A 24 366 366 HOH HOH . I 7 HOH A 25 367 367 HOH HOH . I 7 HOH A 26 368 368 HOH HOH . I 7 HOH A 27 369 369 HOH HOH . I 7 HOH A 28 370 370 HOH HOH . J 7 HOH D 1 1 1 HOH HOH . J 7 HOH D 2 38 38 HOH HOH . K 7 HOH E 1 4 4 HOH HOH . K 7 HOH E 2 7 7 HOH HOH . K 7 HOH E 3 17 17 HOH HOH . K 7 HOH E 4 22 22 HOH HOH . K 7 HOH E 5 25 25 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . . . D 4 24.62 21.077 2.449 1 70.23 ? PG DGT 414 A 1 HETATM 2 O O1G DGT . . . D 4 23.567 21.856 3.244 1 66.04 ? O1G DGT 414 A 1 HETATM 3 O O2G DGT . . . D 4 25.131 21.77 1.173 1 71.21 ? O2G DGT 414 A 1 HETATM 4 O O3G DGT . . . D 4 23.364 20.628 1.705 1 71.15 ? O3G DGT 414 A 1 HETATM 5 O O3B DGT . . . D 4 24.869 19.459 2.571 1 64.22 ? O3B DGT 414 A 1 HETATM 6 P PB DGT . . . D 4 25.244 18.967 4.045 1 57.45 ? PB DGT 414 A 1 HETATM 7 O O1B DGT . . . D 4 25.832 20.099 4.862 1 59.21 ? O1B DGT 414 A 1 HETATM 8 O O2B DGT . . . D 4 26.241 17.853 3.888 1 57.47 ? O2B DGT 414 A 1 HETATM 9 O O3A DGT . . . D 4 23.887 18.357 4.676 1 57.87 ? O3A DGT 414 A 1 HETATM 10 P PA DGT . . . D 4 23.241 18.926 6.052 1 56.2 ? PA DGT 414 A 1 HETATM 11 O O1A DGT . . . D 4 21.818 18.438 6.072 1 57.81 ? O1A DGT 414 A 1 HETATM 12 O O2A DGT . . . D 4 23.189 20.439 6.231 1 63.09 ? O2A DGT 414 A 1 HETATM 13 O O5' DGT . . . D 4 23.99 18.213 7.274 1 53.55 ? O5' DGT 414 A 1 HETATM 14 C C5' DGT . . . D 4 25.251 18.691 7.716 1 49.43 ? C5' DGT 414 A 1 HETATM 15 C C4' DGT . . . D 4 26.132 17.511 8.047 1 46.69 ? C4' DGT 414 A 1 HETATM 16 O O4' DGT . . . D 4 25.435 16.601 8.898 1 46.02 ? O4' DGT 414 A 1 HETATM 17 C C3' DGT . . . D 4 26.509 16.698 6.826 1 45.91 ? C3' DGT 414 A 1 HETATM 18 O O3' DGT . . . D 4 27.622 17.243 6.11 1 45.81 ? O3' DGT 414 A 1 HETATM 19 C C2' DGT . . . D 4 26.834 15.354 7.436 1 44.74 ? C2' DGT 414 A 1 HETATM 20 C C1' DGT . . . D 4 25.905 15.275 8.641 1 45.53 ? C1' DGT 414 A 1 HETATM 21 N N9 DGT . . . D 4 24.819 14.36 8.249 1 46.33 ? N9 DGT 414 A 1 HETATM 22 C C8 DGT . . . D 4 23.631 14.659 7.606 1 46.72 ? C8 DGT 414 A 1 HETATM 23 N N7 DGT . . . D 4 22.883 13.61 7.388 1 46.74 ? N7 DGT 414 A 1 HETATM 24 C C5 DGT . . . D 4 23.63 12.555 7.917 1 46.27 ? C5 DGT 414 A 1 HETATM 25 C C6 DGT . . . D 4 23.366 11.17 7.981 1 46.51 ? C6 DGT 414 A 1 HETATM 26 O O6 DGT . . . D 4 22.371 10.565 7.569 1 49.23 ? O6 DGT 414 A 1 HETATM 27 N N1 DGT . . . D 4 24.375 10.452 8.603 1 45.72 ? N1 DGT 414 A 1 HETATM 28 C C2 DGT . . . D 4 25.54 10.961 9.125 1 46.41 ? C2 DGT 414 A 1 HETATM 29 N N2 DGT . . . D 4 26.41 10.108 9.697 1 44.9 ? N2 DGT 414 A 1 HETATM 30 N N3 DGT . . . D 4 25.788 12.271 9.049 1 46.23 ? N3 DGT 414 A 1 HETATM 31 C C4 DGT . . . D 4 24.813 12.996 8.443 1 45.76 ? C4 DGT 414 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 31 #