data_3RIA
#
_model_server_result.job_id            46augE35UXQJAtz67WgWSA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 18:26:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ria 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":350}' 
#
_entry.id    3RIA 
#
_exptl.entry_id    3RIA 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              156.308 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            UNDECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3RIA 
_cell.length_a            155.099 
_cell.length_b            155.099 
_cell.length_c            578.257 
_cell.Z_PDB               40 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3RIA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      15 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      8 
_struct_asym.id                             V 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 130 A CYS 130 1_555 A SG CYS 144 A CYS 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 191 A CYS 191 1_555 A SG CYS 202 A CYS 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 130 B CYS 130 1_555 B SG CYS 144 B CYS 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 191 B CYS 191 1_555 B SG CYS 202 B CYS 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf5 C SG CYS 130 C CYS 130 1_555 C SG CYS 144 C CYS 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf6 C SG CYS 191 C CYS 191 1_555 C SG CYS 202 C CYS 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf7 D SG CYS 130 D CYS 130 1_555 D SG CYS 144 D CYS 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf8 D SG CYS 191 D CYS 191 1_555 D SG CYS 202 D CYS 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf9 E SG CYS 130 E CYS 130 1_555 E SG CYS 144 E CYS 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf10 E SG CYS 191 E CYS 191 1_555 E SG CYS 202 E CYS 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf11 F SG CYS 22 F CYS 22 1_555 F SG CYS 96 F CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf12 F SG CYS 149 F CYS 149 1_555 F SG CYS 204 F CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf13 G SG CYS 22 G CYS 22 1_555 G SG CYS 96 G CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf14 G SG CYS 149 G CYS 149 1_555 G SG CYS 204 G CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf15 H SG CYS 22 H CYS 22 1_555 H SG CYS 96 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf16 H SG CYS 149 H CYS 149 1_555 H SG CYS 204 H CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf17 I SG CYS 22 I CYS 22 1_555 I SG CYS 96 I CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf18 I SG CYS 149 I CYS 149 1_555 I SG CYS 204 I CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf19 J SG CYS 22 J CYS 22 1_555 J SG CYS 96 J CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf20 J SG CYS 149 J CYS 149 1_555 J SG CYS 204 J CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf21 K SG CYS 22 K CYS 22 1_555 K SG CYS 90 K CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf22 K SG CYS 137 K CYS 137 1_555 K SG CYS 196 K CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf23 L SG CYS 22 L CYS 22 1_555 L SG CYS 90 L CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf24 L SG CYS 137 L CYS 137 1_555 L SG CYS 196 L CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf25 M SG CYS 22 M CYS 22 1_555 M SG CYS 90 M CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf26 M SG CYS 137 M CYS 137 1_555 M SG CYS 196 M CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf27 N SG CYS 22 N CYS 22 1_555 N SG CYS 90 N CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf28 O SG CYS 22 O CYS 22 1_555 O SG CYS 90 O CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf29 O SG CYS 137 O CYS 137 1_555 O SG CYS 196 O CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H24' 
_chem_comp.formula_weight    156.308 
_chem_comp.id                UND 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              UNDECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 UND sing 605 n n 
C1 H11 UND sing 606 n n 
C1 H12 UND sing 607 n n 
C1 H13 UND sing 608 n n 
C2 C3 UND sing 609 n n 
C2 H21 UND sing 610 n n 
C2 H22 UND sing 611 n n 
C3 C4 UND sing 612 n n 
C3 H31 UND sing 613 n n 
C3 H32 UND sing 614 n n 
C4 C5 UND sing 615 n n 
C4 H41 UND sing 616 n n 
C4 H42 UND sing 617 n n 
C5 C6 UND sing 618 n n 
C5 H51 UND sing 619 n n 
C5 H52 UND sing 620 n n 
C6 C7 UND sing 621 n n 
C6 H61 UND sing 622 n n 
C6 H62 UND sing 623 n n 
C7 C8 UND sing 624 n n 
C7 H71 UND sing 625 n n 
C7 H72 UND sing 626 n n 
C8 C9 UND sing 627 n n 
C8 H81 UND sing 628 n n 
C8 H82 UND sing 629 n n 
C9 C10 UND sing 630 n n 
C9 H91 UND sing 631 n n 
C9 H92 UND sing 632 n n 
C10 C11 UND sing 633 n n 
C10 H101 UND sing 634 n n 
C10 H102 UND sing 635 n n 
C11 H111 UND sing 636 n n 
C11 H112 UND sing 637 n n 
C11 H113 UND sing 638 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3RIA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006447 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006447 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.001729 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
P 4 IVM A 1 348 1 IVM IVM . 
Q 5 LMT A 1 349 1 LMT LMT . 
R 5 LMT A 1 350 1 LMT LMT . 
S 6 IOD A 1 351 3 IOD IOD . 
T 5 LMT B 1 348 1 LMT LMT . 
U 7 OCT B 1 349 1 OCT OCT . 
V 8 UND B 1 350 1 UND UND . 
W 6 IOD B 1 351 4 IOD IOD . 
X 9 CL C 1 348 1 CL CL . 
Y 4 IVM C 1 349 1 IVM IVM . 
Z 4 IVM C 1 350 1 IVM IVM . 
AA 7 OCT D 1 348 1 OCT OCT . 
BA 6 IOD D 1 349 1 IOD IOD . 
CA 4 IVM E 1 348 1 IVM IVM . 
DA 4 IVM E 1 349 1 IVM IVM . 
EA 7 OCT E 1 350 1 OCT OCT . 
FA 6 IOD E 1 351 2 IOD IOD . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 UND . . . V 8 25.145 111.911 6.534 1 80.13 ? C1 UND 350 B 1 
HETATM 2 C C2 UND . . . V 8 24.473 111.692 7.885 1 80.13 ? C2 UND 350 B 1 
HETATM 3 C C3 UND . . . V 8 23.737 110.346 7.968 1 80.13 ? C3 UND 350 B 1 
HETATM 4 C C4 UND . . . V 8 23.075 110.15 9.343 1 80.13 ? C4 UND 350 B 1 
HETATM 5 C C5 UND . . . V 8 22.26 108.846 9.386 1 80.13 ? C5 UND 350 B 1 
HETATM 6 C C6 UND . . . V 8 21.924 108.401 10.817 1 80.13 ? C6 UND 350 B 1 
HETATM 7 C C7 UND . . . V 8 21.153 107.075 10.835 1 80.13 ? C7 UND 350 B 1 
HETATM 8 C C8 UND . . . V 8 21.077 106.491 12.25 1 80.13 ? C8 UND 350 B 1 
HETATM 9 C C9 UND . . . V 8 20.287 105.175 12.313 1 80.13 ? C9 UND 350 B 1 
HETATM 10 C C10 UND . . . V 8 20.529 104.439 13.648 1 80.13 ? C10 UND 350 B 1 
HETATM 11 C C11 UND . . . V 8 19.649 103.203 13.811 1 80.13 ? C11 UND 350 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              163 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    44 
_model_server_stats.query_time_ms           305 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           11 
#