data_3RIK
#
_model_server_result.job_id            9TwxtgCEIZerMnYUdquLrw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 20:58:30' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3rik 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IA","auth_seq_id":510}' 
#
_entry.id    3RIK 
#
_exptl.entry_id    3RIK 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          110.7 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3RIK 
_cell.length_a            107.98 
_cell.length_b            91.553 
_cell.length_c            152.213 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3RIK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,SA,TA 1 1 
C,D,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,UA,VA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 O N N 
? 3 Y N N 
? 3 IA N N 
? 3 RA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 4 1_555 A SG CYS 16 A CYS 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 18 A CYS 18 1_555 A SG CYS 23 A CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 4 B CYS 4 1_555 B SG CYS 16 B CYS 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 18 B CYS 18 1_555 B SG CYS 23 B CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
disulf ? disulf5 C SG CYS 4 C CYS 4 1_555 C SG CYS 16 C CYS 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
disulf ? disulf6 C SG CYS 18 C CYS 18 1_555 C SG CYS 23 C CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
disulf ? disulf7 D SG CYS 4 D CYS 4 1_555 D SG CYS 16 D CYS 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
disulf ? disulf8 D SG CYS 18 D CYS 18 1_555 D SG CYS 23 D CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 19 A ASN 19 1_555 O C1 NAG . A NAG 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? 
covale ? covale2 B ND2 ASN 19 B ASN 19 1_555 Y C1 NAG . B NAG 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.86 ? 
covale ? covale3 C ND2 ASN 19 C ASN 19 1_555 IA C1 NAG . C NAG 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
covale ? covale4 D ND2 ASN 19 D ASN 19 1_555 RA C1 NAG . D NAG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NAG sing 268 n n 
C1 O1 NAG sing 269 n n 
C1 O5 NAG sing 270 n n 
C1 H1 NAG sing 271 n n 
C2 C3 NAG sing 272 n n 
C2 N2 NAG sing 273 n n 
C2 H2 NAG sing 274 n n 
C3 C4 NAG sing 275 n n 
C3 O3 NAG sing 276 n n 
C3 H3 NAG sing 277 n n 
C4 C5 NAG sing 278 n n 
C4 O4 NAG sing 279 n n 
C4 H4 NAG sing 280 n n 
C5 C6 NAG sing 281 n n 
C5 O5 NAG sing 282 n n 
C5 H5 NAG sing 283 n n 
C6 O6 NAG sing 284 n n 
C6 H61 NAG sing 285 n n 
C6 H62 NAG sing 286 n n 
C7 C8 NAG sing 287 n n 
C7 N2 NAG sing 288 n n 
C7 O7 NAG doub 289 n n 
C8 H81 NAG sing 290 n n 
C8 H82 NAG sing 291 n n 
C8 H83 NAG sing 292 n n 
N2 HN2 NAG sing 293 n n 
O1 HO1 NAG sing 294 n n 
O3 HO3 NAG sing 295 n n 
O4 HO4 NAG sing 296 n n 
O6 HO6 NAG sing 297 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     3RIK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009261 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003499 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010923 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007023 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 SO4 A 1 501 499 SO4 SO4 . 
F 2 SO4 A 1 502 500 SO4 SO4 . 
G 2 SO4 A 1 503 501 SO4 SO4 . 
H 2 SO4 A 1 504 502 SO4 SO4 . 
I 2 SO4 A 1 505 503 SO4 SO4 . 
J 2 SO4 A 1 506 504 SO4 SO4 . 
K 2 SO4 A 1 507 505 SO4 SO4 . 
L 2 SO4 A 1 508 506 SO4 SO4 . 
M 2 SO4 A 1 509 507 SO4 SO4 . 
N 2 SO4 A 1 510 508 SO4 SO4 . 
O 3 NAG A 1 511 511 NAG NAG . 
P 4 3RI B 1 501 498 3RI 3RI . 
Q 2 SO4 B 1 502 500 SO4 SO4 . 
R 2 SO4 B 1 503 501 SO4 SO4 . 
S 2 SO4 B 1 504 502 SO4 SO4 . 
T 2 SO4 B 1 505 503 SO4 SO4 . 
U 2 SO4 B 1 506 504 SO4 SO4 . 
V 2 SO4 B 1 507 505 SO4 SO4 . 
W 2 SO4 B 1 508 506 SO4 SO4 . 
X 2 SO4 B 1 509 507 SO4 SO4 . 
Y 3 NAG B 1 510 5467 NAG NAG . 
Z 2 SO4 C 1 501 499 SO4 SO4 . 
AA 2 SO4 C 1 502 500 SO4 SO4 . 
BA 2 SO4 C 1 503 501 SO4 SO4 . 
CA 2 SO4 C 1 504 502 SO4 SO4 . 
DA 2 SO4 C 1 505 503 SO4 SO4 . 
EA 2 SO4 C 1 506 504 SO4 SO4 . 
FA 2 SO4 C 1 507 505 SO4 SO4 . 
GA 2 SO4 C 1 508 506 SO4 SO4 . 
HA 2 SO4 C 1 509 507 SO4 SO4 . 
IA 3 NAG C 1 510 5467 NAG NAG . 
JA 4 3RI D 1 501 498 3RI 3RI . 
KA 2 SO4 D 1 502 500 SO4 SO4 . 
LA 2 SO4 D 1 503 501 SO4 SO4 . 
MA 2 SO4 D 1 504 502 SO4 SO4 . 
NA 2 SO4 D 1 505 503 SO4 SO4 . 
OA 2 SO4 D 1 506 504 SO4 SO4 . 
PA 2 SO4 D 1 507 505 SO4 SO4 . 
QA 2 SO4 D 1 508 506 SO4 SO4 . 
RA 3 NAG D 1 509 5467 NAG NAG . 
SA 5 HOH A 1 601 509 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 2 602 510 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 3 603 511 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 4 604 512 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 5 605 513 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 6 606 514 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 7 607 515 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 8 608 516 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 9 609 517 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 10 610 518 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 11 611 519 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 12 612 520 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 13 613 521 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 14 614 522 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 15 615 523 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 16 616 524 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 17 617 525 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 18 618 526 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 19 619 527 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 20 620 528 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 21 621 529 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 22 622 530 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 23 623 531 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 24 624 532 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 25 625 533 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 26 626 534 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 27 627 535 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 28 628 536 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 29 629 537 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 30 630 538 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 31 631 539 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 32 632 540 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 33 633 541 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 34 634 542 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 35 635 543 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 36 636 544 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 37 637 545 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 38 638 546 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 39 639 547 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 40 640 548 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 41 641 549 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 42 642 550 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 43 643 551 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 44 644 552 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 45 645 553 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 46 646 554 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 47 647 555 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 48 648 556 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 49 649 557 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 50 650 558 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 51 651 559 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 52 652 560 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 53 653 561 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 54 654 562 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 55 655 563 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 56 656 564 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 57 657 565 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 58 658 566 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 59 659 567 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 60 660 568 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 61 661 569 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 62 662 570 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 63 663 571 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 64 664 572 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 65 665 573 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 66 666 574 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 67 667 575 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 68 668 576 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 69 669 577 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 70 670 578 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 71 671 579 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 72 672 580 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 73 673 581 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 74 674 582 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 75 675 583 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 76 676 584 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 77 677 585 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 78 678 586 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 79 679 587 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 80 680 588 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 81 681 589 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 82 682 590 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 83 683 591 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 84 684 592 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 85 685 593 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 86 686 594 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 87 687 595 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 88 688 596 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 89 689 597 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 90 690 598 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 91 691 599 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 92 692 600 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 93 693 601 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 94 694 602 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 95 695 603 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 96 696 604 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 97 697 605 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 98 698 606 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 99 699 607 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 100 700 608 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 101 701 609 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 102 702 610 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 103 703 611 HOH HOH . 
SA 5 HOH A 104 704 612 HOH HOH . 
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SA 5 HOH A 107 707 615 HOH HOH . 
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SA 5 HOH A 109 709 617 HOH HOH . 
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SA 5 HOH A 111 711 619 HOH HOH . 
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TA 5 HOH B 103 703 610 HOH HOH . 
TA 5 HOH B 104 704 611 HOH HOH . 
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TA 5 HOH B 144 744 651 HOH HOH . 
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TA 5 HOH B 178 778 686 HOH HOH . 
TA 5 HOH B 179 779 687 HOH HOH . 
TA 5 HOH B 180 780 688 HOH HOH . 
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TA 5 HOH B 182 782 690 HOH HOH . 
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TA 5 HOH B 184 784 692 HOH HOH . 
TA 5 HOH B 185 785 693 HOH HOH . 
TA 5 HOH B 186 786 694 HOH HOH . 
TA 5 HOH B 187 787 695 HOH HOH . 
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