data_3RW0 # _model_server_result.job_id RqLr-0v9HVP6q2BPTTIGnQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 05:23:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3rw0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":4014}' # _entry.id 3RW0 # _exptl.entry_id 3RW0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 678.94 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3RW0 _cell.length_a 125.495 _cell.length_b 125.815 _cell.length_c 191.824 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3RW0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_455 -x-1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 -125.495 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C HIS 18 A HIS 1000 1_555 A N MSE 19 A MSE 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 19 A MSE 1001 1_555 A N TYR 20 A TYR 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? covale ? covale3 A C THR 46 A THR 1028 1_555 A N MSE 47 A MSE 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale4 A C MSE 47 A MSE 1029 1_555 A N GLY 48 A GLY 1030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 A C PHE 55 A PHE 1037 1_555 A N MSE 56 A MSE 1038 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 A C MSE 56 A MSE 1038 1_555 A N GLN 57 A GLN 1039 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 A C GLN 133 A GLN 1115 1_555 A N MSE 134 A MSE 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale8 A C MSE 134 A MSE 1116 1_555 A N ARG 135 A ARG 1117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale9 A C GLY 147 A GLY 1129 1_555 A N MSE 148 A MSE 1130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale10 A C MSE 148 A MSE 1130 1_555 A N LEU 149 A LEU 1131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale11 A C LEU 154 A LEU 1136 1_555 A N MSE 155 A MSE 1137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale12 A C MSE 155 A MSE 1137 1_555 A N THR 156 A THR 1138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale13 A C ILE 164 A ILE 1146 1_555 A N MSE 165 A MSE 1147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale14 A C MSE 165 A MSE 1147 1_555 A N ALA 166 A ALA 1148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale15 A C VAL 191 A VAL 1173 1_555 A N MSE 192 A MSE 1174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale16 A C MSE 192 A MSE 1174 1_555 A N THR 193 A THR 1175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale17 A C SER 198 A SER 1180 1_555 A N MSE 199 A MSE 1181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale18 A C MSE 199 A MSE 1181 1_555 A N GLY 200 A GLY 1182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale19 A C LEU 205 A LEU 1187 1_555 A N MSE 206 A MSE 1188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 A C MSE 206 A MSE 1188 1_555 A N GLU 207 A GLU 1189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale21 A C VAL 226 A VAL 1208 1_555 A N MSE 227 A MSE 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale22 A C MSE 227 A MSE 1209 1_555 A N ILE 228 A ILE 1210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale23 B C HIS 18 B HIS 2000 1_555 B N MSE 19 B MSE 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale24 B C MSE 19 B MSE 2001 1_555 B N TYR 20 B TYR 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale25 B C THR 46 B THR 2028 1_555 B N MSE 47 B MSE 2029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale26 B C MSE 47 B MSE 2029 1_555 B N GLY 48 B GLY 2030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale27 B C PHE 55 B PHE 2037 1_555 B N MSE 56 B MSE 2038 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale28 B C MSE 56 B MSE 2038 1_555 B N GLN 57 B GLN 2039 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale29 B C GLN 133 B GLN 2115 1_555 B N MSE 134 B MSE 2116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale30 B C MSE 134 B MSE 2116 1_555 B N ARG 135 B ARG 2117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale31 B C GLY 147 B GLY 2129 1_555 B N MSE 148 B MSE 2130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale32 B C MSE 148 B MSE 2130 1_555 B N LEU 149 B LEU 2131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale33 B C LEU 154 B LEU 2136 1_555 B N MSE 155 B MSE 2137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale34 B C MSE 155 B MSE 2137 1_555 B N THR 156 B THR 2138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale35 B C ILE 164 B ILE 2146 1_555 B N MSE 165 B MSE 2147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale36 B C MSE 165 B MSE 2147 1_555 B N ALA 166 B ALA 2148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale37 B C VAL 191 B VAL 2173 1_555 B N MSE 192 B MSE 2174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale38 B C MSE 192 B MSE 2174 1_555 B N THR 193 B THR 2175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale39 B C SER 198 B SER 2180 1_555 B N MSE 199 B MSE 2181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale40 B C MSE 199 B MSE 2181 1_555 B N GLY 200 B GLY 2182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale41 B C LEU 205 B LEU 2187 1_555 B N MSE 206 B MSE 2188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale42 B C MSE 206 B MSE 2188 1_555 B N GLU 207 B GLU 2189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale43 B C VAL 226 B VAL 2208 1_555 B N MSE 227 B MSE 2209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale44 B C MSE 227 B MSE 2209 1_555 B N ILE 228 B ILE 2210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? # _chem_comp.formula 'C36 H73 N O8 P 1' _chem_comp.formula_weight 678.94 _chem_comp.id PX4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O1 P1 PX4 sing 296 n n O1 H1P PX4 sing 297 n n O2 P1 PX4 doub 298 n n P1 O3 PX4 sing 299 n n P1 O4 PX4 sing 300 n n O3 C1 PX4 sing 301 n n C1 C2 PX4 sing 302 n n C1 H1 PX4 sing 303 n n C1 H2 PX4 sing 304 n n C2 N1 PX4 sing 305 n n C2 H3 PX4 sing 306 n n C2 H4 PX4 sing 307 n n N1 C3 PX4 sing 308 n n N1 C4 PX4 sing 309 n n N1 C5 PX4 sing 310 n n C3 H5 PX4 sing 311 n n C3 H6 PX4 sing 312 n n C3 H7 PX4 sing 313 n n C4 H8 PX4 sing 314 n n C4 H9 PX4 sing 315 n n C4 H10 PX4 sing 316 n n C5 H11 PX4 sing 317 n n C5 H12 PX4 sing 318 n n C5 H13 PX4 sing 319 n n O4 C6 PX4 sing 320 n n C6 C7 PX4 sing 321 n n C6 H14 PX4 sing 322 n n C6 H15 PX4 sing 323 n n C7 C8 PX4 sing 324 n n C7 O7 PX4 sing 325 n n C7 H16 PX4 sing 326 n n C8 O5 PX4 sing 327 n n C8 H17 PX4 sing 328 n n C8 H18 PX4 sing 329 n n O5 C9 PX4 sing 330 n n C9 O6 PX4 doub 331 n n C9 C10 PX4 sing 332 n n C10 C11 PX4 sing 333 n n C10 H19 PX4 sing 334 n n C10 H20 PX4 sing 335 n n C11 C12 PX4 sing 336 n n C11 H21 PX4 sing 337 n n C11 H22 PX4 sing 338 n n C12 C13 PX4 sing 339 n n C12 H23 PX4 sing 340 n n C12 H24 PX4 sing 341 n n C13 C14 PX4 sing 342 n n C13 H25 PX4 sing 343 n n C13 H26 PX4 sing 344 n n C14 C15 PX4 sing 345 n n C14 H27 PX4 sing 346 n n C14 H28 PX4 sing 347 n n C15 C16 PX4 sing 348 n n C15 H29 PX4 sing 349 n n C15 H30 PX4 sing 350 n n C16 C17 PX4 sing 351 n n C16 H31 PX4 sing 352 n n C16 H32 PX4 sing 353 n n C17 C18 PX4 sing 354 n n C17 H33 PX4 sing 355 n n C17 H34 PX4 sing 356 n n C18 C19 PX4 sing 357 n n C18 H35 PX4 sing 358 n n C18 H36 PX4 sing 359 n n C19 C20 PX4 sing 360 n n C19 H37 PX4 sing 361 n n C19 H38 PX4 sing 362 n n C20 C21 PX4 sing 363 n n C20 H39 PX4 sing 364 n n C20 H40 PX4 sing 365 n n C21 C22 PX4 sing 366 n n C21 H41 PX4 sing 367 n n C21 H42 PX4 sing 368 n n C22 H43 PX4 sing 369 n n C22 H44 PX4 sing 370 n n C22 H45 PX4 sing 371 n n O7 C23 PX4 sing 372 n n C23 O8 PX4 doub 373 n n C23 C24 PX4 sing 374 n n C24 C25 PX4 sing 375 n n C24 H46 PX4 sing 376 n n C24 H47 PX4 sing 377 n n C25 C26 PX4 sing 378 n n C25 H48 PX4 sing 379 n n C25 H49 PX4 sing 380 n n C26 C27 PX4 sing 381 n n C26 H50 PX4 sing 382 n n C26 H51 PX4 sing 383 n n C27 C28 PX4 sing 384 n n C27 H52 PX4 sing 385 n n C27 H53 PX4 sing 386 n n C28 C29 PX4 sing 387 n n C28 H54 PX4 sing 388 n n C28 H55 PX4 sing 389 n n C29 C30 PX4 sing 390 n n C29 H56 PX4 sing 391 n n C29 H57 PX4 sing 392 n n C30 C31 PX4 sing 393 n n C30 H58 PX4 sing 394 n n C30 H59 PX4 sing 395 n n C31 C32 PX4 sing 396 n n C31 H60 PX4 sing 397 n n C31 H61 PX4 sing 398 n n C32 C33 PX4 sing 399 n n C32 H62 PX4 sing 400 n n C32 H63 PX4 sing 401 n n C33 C34 PX4 sing 402 n n C33 H64 PX4 sing 403 n n C33 H65 PX4 sing 404 n n C34 C35 PX4 sing 405 n n C34 H66 PX4 sing 406 n n C34 H67 PX4 sing 407 n n C35 C36 PX4 sing 408 n n C35 H68 PX4 sing 409 n n C35 H69 PX4 sing 410 n n C36 H70 PX4 sing 411 n n C36 H71 PX4 sing 412 n n C36 H72 PX4 sing 413 n n # _atom_sites.entry_id 3RW0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007968 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007948 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005213 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 PX4 A 1 4002 4002 PX4 PX4 . D 2 PX4 A 1 4003 4003 PX4 PX4 . E 2 PX4 A 1 4004 4004 PX4 PX4 . F 2 PX4 A 1 4007 4007 PX4 PX4 . G 2 PX4 A 1 4013 4013 PX4 PX4 . H 2 PX4 A 1 4014 4014 PX4 PX4 . I 2 PX4 B 1 4001 4001 PX4 PX4 . J 2 PX4 B 1 4011 4011 PX4 PX4 . K 2 PX4 B 1 4012 4012 PX4 PX4 . L 2 PX4 B 1 4017 4017 PX4 PX4 . M 3 HOH A 1 3001 3001 HOH HOH . N 3 HOH B 1 3002 3002 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O1 PX4 . . . H 2 -48.372 32.68 -84.936 1 161.61 ? O1 PX4 4014 A 1 HETATM 2 O O2 PX4 . . . H 2 -49.976 30.732 -85.669 1 161.61 ? O2 PX4 4014 A 1 HETATM 3 P P1 PX4 . . . H 2 -49.009 31.329 -84.671 1 161.61 ? P1 PX4 4014 A 1 HETATM 4 O O3 PX4 . . . H 2 -47.835 30.225 -84.389 1 161.61 ? O3 PX4 4014 A 1 HETATM 5 O O4 PX4 . . . H 2 -49.725 31.383 -83.199 1 161.61 ? O4 PX4 4014 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 5 #