data_3RYW # _model_server_result.job_id tZs0fuvzkKLMlUpt2pWkWg _model_server_result.datetime_utc '2025-02-28 14:59:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3ryw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":2003}' # _entry.id 3RYW # _exptl.entry_id 3RYW _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3RYW _cell.length_a 99.744 _cell.length_b 106.582 _cell.length_c 139.031 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3RYW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,E,F,G,H,I,T,U,V,W,X,Y,BA 1 1 B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,Z,AA 2 1 A,D,E,F,G,H,I,T,U,V,W,X,Y,BA 3 1 B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,Z,AA 3 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_555 -x,y+1/2,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 53.291 69.5155 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 126 A ASP 126 1_555 G MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 126 A ASP 126 1_555 H MG MG . A MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 G MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 H MG MG . A MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 130 A ASP 130 1_555 H MG MG . A MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 287 A ASP 287 1_555 F MG MG . A MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc7 E OAF K9H . A K9H 2001 1_555 F MG MG . A MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc8 E OAB K9H . A K9H 2001 1_555 F MG MG . A MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc9 E OAC K9H . A K9H 2001 1_555 G MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? metalc ? metalc10 E OAD K9H . A K9H 2001 1_555 G MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc11 E OAD K9H . A K9H 2001 1_555 H MG MG . A MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc12 G MG MG . A MG 2003 1_555 Y O HOH . A HOH 2108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 126 B ASP 126 1_555 L MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 126 B ASP 126 1_555 M MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 L MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 M MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc17 B OD1 ASP 287 B ASP 287 1_555 K MG MG . B MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc18 J OAF K9H . B K9H 2001 1_555 K MG MG . B MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc19 J OAB K9H . B K9H 2001 1_555 K MG MG . B MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? metalc ? metalc20 J OAD K9H . B K9H 2001 1_555 L MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc21 J OAC K9H . B K9H 2001 1_555 L MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc22 J OAD K9H . B K9H 2001 1_555 M MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? metalc ? metalc23 J OAE K9H . B K9H 2001 1_555 M MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 126 C ASP 126 1_555 Q MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 126 C ASP 126 1_555 R MG MG . C MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 130 C ASP 130 1_555 Q MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 130 C ASP 130 1_555 R MG MG . C MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc28 C OD1 ASP 287 C ASP 287 1_555 P MG MG . C MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc29 O OAF K9H . C K9H 2001 1_555 P MG MG . C MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? metalc ? metalc30 O OAB K9H . C K9H 2001 1_555 P MG MG . C MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc31 O OAD K9H . C K9H 2001 1_555 Q MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc32 O OAC K9H . C K9H 2001 1_555 Q MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc33 O OAD K9H . C K9H 2001 1_555 R MG MG . C MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc34 O OAE K9H . C K9H 2001 1_555 R MG MG . C MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc35 D OD2 ASP 126 D ASP 126 1_555 V MG MG . D MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 126 D ASP 126 1_555 W MG MG . D MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc37 D OD2 ASP 130 D ASP 130 1_555 V MG MG . D MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 130 D ASP 130 1_555 W MG MG . D MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 130 D ASP 130 1_555 W MG MG . D MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 198 D ASP 198 1_555 W MG MG . D MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? metalc ? metalc41 D OD1 ASP 287 D ASP 287 1_555 U MG MG . D MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc42 T OAF K9H . D K9H 2001 1_555 U MG MG . D MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc43 T OAB K9H . D K9H 2001 1_555 U MG MG . D MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc44 T OAD K9H . D K9H 2001 1_555 V MG MG . D MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc45 T OAC K9H . D K9H 2001 1_555 V MG MG . D MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc46 T OAD K9H . D K9H 2001 1_555 W MG MG . D MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc47 T OAE K9H . D K9H 2001 1_555 W MG MG . D MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3RYW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010026 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009382 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007193 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 K9H A 1 2001 2001 K9H K9H . F 3 MG A 1 2002 3001 MG MG . G 3 MG A 1 2003 3002 MG MG . H 3 MG A 1 2004 3003 MG MG . I 4 SO4 A 1 2005 3004 SO4 SO4 . J 2 K9H B 1 2001 2001 K9H K9H . K 3 MG B 1 2002 3001 MG MG . L 3 MG B 1 2003 3002 MG MG . M 3 MG B 1 2004 3003 MG MG . N 4 SO4 B 1 2005 3004 SO4 SO4 . O 2 K9H C 1 2001 2001 K9H K9H . P 3 MG C 1 2002 3001 MG MG . Q 3 MG C 1 2003 3002 MG MG . R 3 MG C 1 2004 3003 MG MG . S 4 SO4 C 1 2005 3004 SO4 SO4 . T 2 K9H D 1 2001 2001 K9H K9H . U 3 MG D 1 2002 3001 MG MG . V 3 MG D 1 2003 3002 MG MG . W 3 MG D 1 2004 3003 MG MG . X 4 SO4 D 1 2005 3004 SO4 SO4 . Y 5 HOH A 1 2101 1 HOH HOH . Y 5 HOH A 2 2102 6 HOH HOH . Y 5 HOH A 3 2103 17 HOH HOH . Y 5 HOH A 4 2104 28 HOH HOH . Y 5 HOH A 5 2105 61 HOH HOH . Y 5 HOH A 6 2106 76 HOH HOH . Y 5 HOH A 7 2107 87 HOH HOH . Y 5 HOH A 8 2108 89 HOH HOH . Y 5 HOH A 9 2109 93 HOH HOH . Y 5 HOH A 10 2110 112 HOH HOH . Y 5 HOH A 11 2111 128 HOH HOH . Y 5 HOH A 12 2112 131 HOH HOH . Y 5 HOH A 13 2113 138 HOH HOH . Y 5 HOH A 14 2114 142 HOH HOH . Y 5 HOH A 15 2115 172 HOH HOH . Y 5 HOH A 16 2116 177 HOH HOH . Y 5 HOH A 17 2117 221 HOH HOH . Y 5 HOH A 18 2118 252 HOH HOH . Z 5 HOH B 1 2101 14 HOH HOH . Z 5 HOH B 2 2102 32 HOH HOH . Z 5 HOH B 3 2103 36 HOH HOH . Z 5 HOH B 4 2104 55 HOH HOH . Z 5 HOH B 5 2105 68 HOH HOH . Z 5 HOH B 6 2106 83 HOH HOH . Z 5 HOH B 7 2107 88 HOH HOH . Z 5 HOH B 8 2108 106 HOH HOH . Z 5 HOH B 9 2109 134 HOH HOH . Z 5 HOH B 10 2110 139 HOH HOH . Z 5 HOH B 11 2111 162 HOH HOH . Z 5 HOH B 12 2112 181 HOH HOH . Z 5 HOH B 13 2113 184 HOH HOH . Z 5 HOH B 14 2114 186 HOH HOH . Z 5 HOH B 15 2115 187 HOH HOH . Z 5 HOH B 16 2116 204 HOH HOH . Z 5 HOH B 17 2117 218 HOH HOH . AA 5 HOH C 1 2101 29 HOH HOH . AA 5 HOH C 2 2102 31 HOH HOH . AA 5 HOH C 3 2103 49 HOH HOH . AA 5 HOH C 4 2104 52 HOH HOH . AA 5 HOH C 5 2105 71 HOH HOH . AA 5 HOH C 6 2106 85 HOH HOH . AA 5 HOH C 7 2107 119 HOH HOH . AA 5 HOH C 8 2108 163 HOH HOH . AA 5 HOH C 9 2109 174 HOH HOH . AA 5 HOH C 10 2110 182 HOH HOH . AA 5 HOH C 11 2111 183 HOH HOH . AA 5 HOH C 12 2112 234 HOH HOH . AA 5 HOH C 13 2113 253 HOH HOH . BA 5 HOH D 1 2101 9 HOH HOH . BA 5 HOH D 2 2102 23 HOH HOH . BA 5 HOH D 3 2103 34 HOH HOH . BA 5 HOH D 4 2104 41 HOH HOH . BA 5 HOH D 5 2105 43 HOH HOH . BA 5 HOH D 6 2106 46 HOH HOH . BA 5 HOH D 7 2107 53 HOH HOH . BA 5 HOH D 8 2108 57 HOH HOH . BA 5 HOH D 9 2109 67 HOH HOH . BA 5 HOH D 10 2110 73 HOH HOH . BA 5 HOH D 11 2111 100 HOH HOH . BA 5 HOH D 12 2112 113 HOH HOH . BA 5 HOH D 13 2113 125 HOH HOH . BA 5 HOH D 14 2114 127 HOH HOH . BA 5 HOH D 15 2115 130 HOH HOH . BA 5 HOH D 16 2116 179 HOH HOH . BA 5 HOH D 17 2117 192 HOH HOH . BA 5 HOH D 18 2118 193 HOH HOH . BA 5 HOH D 19 2119 195 HOH HOH . BA 5 HOH D 20 2120 203 HOH HOH . BA 5 HOH D 21 2121 216 HOH HOH . BA 5 HOH D 22 2122 241 HOH HOH . BA 5 HOH D 23 2123 244 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -18.299 _atom_site.Cartn_y -12.352 _atom_site.Cartn_z 46.243 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 15.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 2003 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #