data_3RZD # _model_server_result.job_id h5yep_JB6jK_hBt4gqKw8A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 16:33:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3rzd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":105}' # _entry.id 3RZD # _exptl.entry_id 3RZD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 13 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.44 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3RZD _cell.length_a 157.538 _cell.length_b 221.266 _cell.length_c 192.175 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3RZD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 13 M N N ? 13 N N N ? 13 P N N ? 13 Q N N ? 13 R N N ? 13 S N N ? 13 T N N ? 13 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 N ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 70 A CYS 70 1_555 N ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 77 A CYS 77 1_555 N ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 80 A HIS 80 1_555 N ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 M ZN ZN . A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 110 A CYS 110 1_555 M ZN ZN . A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 M ZN ZN . A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 167 A CYS 167 1_555 M ZN ZN . A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 481 A ASP 481 1_555 O MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 483 A ASP 483 1_555 O MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 485 A ASP 485 1_555 O MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc12 O MG MG . A MG 2001 1_555 K O3' G 5 R G 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 1163 B CYS 1163 1_555 P ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 1166 B CYS 1166 1_555 P ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc15 B SG CYS 1182 B CYS 1182 1_555 P ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 1185 B CYS 1185 1_555 P ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 86 C CYS 86 1_555 Q ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 Q ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 92 C CYS 92 1_555 Q ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 Q ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 7 I CYS 7 1_555 R ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 10 I CYS 10 1_555 R ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 29 I CYS 29 1_555 R ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 32 I CYS 32 1_555 R ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 75 I CYS 75 1_555 S ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 78 I CYS 78 1_555 S ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 103 I CYS 103 1_555 S ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 106 I CYS 106 1_555 S ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc29 H SG CYS 7 J CYS 7 1_555 T ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc30 H SG CYS 10 J CYS 10 1_555 T ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc31 H SG CYS 45 J CYS 45 1_555 T ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc32 H SG CYS 46 J CYS 46 1_555 T ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc33 J SG CYS 31 L CYS 31 1_555 U ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc34 J SG CYS 34 L CYS 34 1_555 U ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc35 J SG CYS 48 L CYS 48 1_555 U ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc36 J SG CYS 51 L CYS 51 1_555 U ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? hydrog 'G-DT MISPAIR' hydrog1 K N1 G 2 R G 7 1_555 L O4 DT 22 T DT 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog2 K N1 G 2 R G 7 1_555 L N3 DC 23 T DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 K N1 G 4 R G 9 1_555 L N3 DC 20 T DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 K N2 G 4 R G 9 1_555 L O2 DC 20 T DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 K O6 G 4 R G 9 1_555 L N4 DC 20 T DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DT MISPAIR' hydrog6 K N2 G 5 R G 10 1_555 L O2 DT 19 T DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3RZD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006348 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000829 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004519 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005248 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 13 ZN A 1 1734 1734 ZN ZN . N 13 ZN A 1 1735 1735 ZN ZN . O 14 MG A 1 2001 2001 MG MG . P 13 ZN B 1 1307 1307 ZN ZN . Q 13 ZN C 1 319 319 ZN ZN . R 13 ZN I 1 203 203 ZN ZN . S 13 ZN I 1 204 204 ZN ZN . T 13 ZN J 1 101 101 ZN ZN . U 13 ZN L 1 105 105 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id U _atom_site.label_entity_id 13 _atom_site.Cartn_x -6.723 _atom_site.Cartn_y -0.331 _atom_site.Cartn_z 13.982 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 96.91 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 105 _atom_site.auth_asym_id L _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 199 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #