data_3S6G
#
_model_server_result.job_id            I8vsOFdN5MQYR8bTzxqrDg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 07:08:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3s6g 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":441}' 
#
_entry.id    3S6G 
#
_exptl.entry_id    3S6G 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              102.046 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MALONATE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3S6G 
_cell.length_a            113.426 
_cell.length_b            117.47 
_cell.length_c            149.297 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3S6G 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 
A,C,E,F,G,K,M 2 1 
B,D,H,I,J,L,N 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C HIS 38 A HIS 18 1_555 A N MSE 39 A MSE 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale2 A C MSE 39 A MSE 19 1_555 A N ARG 40 A ARG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale3 A C ALA 125 A ALA 105 1_555 A N MSE 126 A MSE 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale4 A C MSE 126 A MSE 106 1_555 A N PRO 127 A PRO 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale5 A C LEU 256 A LEU 236 1_555 A N MSE 257 A MSE 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale6 A C MSE 257 A MSE 237 1_555 A N GLN 258 A GLN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale7 A C GLY 265 A GLY 245 1_555 A N MSE 266 A MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale8 A C MSE 266 A MSE 246 1_555 A N ARG 267 A ARG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale9 A C ARG 313 A ARG 293 1_555 A N MSE 314 A MSE 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale10 A C MSE 314 A MSE 294 1_555 A N VAL 315 A VAL 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale11 A C ARG 395 A ARG 375 1_555 A N MSE 396 A MSE 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale12 A C MSE 396 A MSE 376 1_555 A N VAL 397 A VAL 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale13 A C GLU 437 A GLU 417 1_555 A N MSE 438 A MSE 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale14 A C MSE 438 A MSE 418 1_555 A N GLY 439 A GLY 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale15 B C HIS 38 B HIS 18 1_555 B N MSE 39 B MSE 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale16 B C MSE 39 B MSE 19 1_555 B N ARG 40 B ARG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale17 B C ALA 125 B ALA 105 1_555 B N MSE 126 B MSE 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale18 B C MSE 126 B MSE 106 1_555 B N PRO 127 B PRO 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale19 B C LEU 256 B LEU 236 1_555 B N MSE 257 B MSE 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale20 B C MSE 257 B MSE 237 1_555 B N GLN 258 B GLN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale21 B C GLY 265 B GLY 245 1_555 B N MSE 266 B MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale22 B C MSE 266 B MSE 246 1_555 B N ARG 267 B ARG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale23 B C ARG 313 B ARG 293 1_555 B N MSE 314 B MSE 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale24 B C MSE 314 B MSE 294 1_555 B N VAL 315 B VAL 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale25 B C ARG 395 B ARG 375 1_555 B N MSE 396 B MSE 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale26 B C MSE 396 B MSE 376 1_555 B N VAL 397 B VAL 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale27 B C GLU 437 B GLU 417 1_555 B N MSE 438 B MSE 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale28 B C MSE 438 B MSE 418 1_555 B N GLY 439 B GLY 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale29 C C HIS 38 X HIS 18 1_555 C N MSE 39 X MSE 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale30 C C MSE 39 X MSE 19 1_555 C N ARG 40 X ARG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale31 C C ALA 125 X ALA 105 1_555 C N MSE 126 X MSE 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale32 C C MSE 126 X MSE 106 1_555 C N PRO 127 X PRO 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale33 C C LEU 256 X LEU 236 1_555 C N MSE 257 X MSE 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale34 C C MSE 257 X MSE 237 1_555 C N GLN 258 X GLN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale35 C C GLY 265 X GLY 245 1_555 C N MSE 266 X MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale36 C C MSE 266 X MSE 246 1_555 C N ARG 267 X ARG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale37 C C ARG 313 X ARG 293 1_555 C N MSE 314 X MSE 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale38 C C MSE 314 X MSE 294 1_555 C N VAL 315 X VAL 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale39 C C ARG 395 X ARG 375 1_555 C N MSE 396 X MSE 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale40 C C MSE 396 X MSE 376 1_555 C N VAL 397 X VAL 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale41 C C GLU 437 X GLU 417 1_555 C N MSE 438 X MSE 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale42 C C MSE 438 X MSE 418 1_555 C N GLY 439 X GLY 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale43 D C HIS 38 Y HIS 18 1_555 D N MSE 39 Y MSE 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale44 D C MSE 39 Y MSE 19 1_555 D N ARG 40 Y ARG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale45 D C ALA 125 Y ALA 105 1_555 D N MSE 126 Y MSE 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale46 D C MSE 126 Y MSE 106 1_555 D N PRO 127 Y PRO 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale47 D C LEU 256 Y LEU 236 1_555 D N MSE 257 Y MSE 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale48 D C MSE 257 Y MSE 237 1_555 D N GLN 258 Y GLN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale49 D C GLY 265 Y GLY 245 1_555 D N MSE 266 Y MSE 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale50 D C MSE 266 Y MSE 246 1_555 D N ARG 267 Y ARG 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale51 D C ARG 313 Y ARG 293 1_555 D N MSE 314 Y MSE 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale52 D C MSE 314 Y MSE 294 1_555 D N VAL 315 Y VAL 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale53 D C ARG 395 Y ARG 375 1_555 D N MSE 396 Y MSE 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale54 D C MSE 396 Y MSE 376 1_555 D N VAL 397 Y VAL 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale55 D C GLU 437 Y GLU 417 1_555 D N MSE 438 Y MSE 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale56 D C MSE 438 Y MSE 418 1_555 D N GLY 439 Y GLY 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H2 O4 -2' 
_chem_comp.formula_weight    102.046 
_chem_comp.id                MLI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MALONATE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 MLI sing 313 n n 
C1 C3 MLI sing 314 n n 
C1 H11 MLI sing 315 n n 
C1 H12 MLI sing 316 n n 
C2 O6 MLI doub 317 n n 
C2 O7 MLI sing 318 n n 
C3 O8 MLI doub 319 n n 
C3 O9 MLI sing 320 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3S6G 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008816 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008513 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006698 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MLI A 1 441 1 MLI MLI . 
F 3 EDO A 1 442 3 EDO EDO . 
G 4 SO4 X 1 441 1 SO4 SO4 . 
H 5 COA Y 1 441 1 COA COA . 
I 2 MLI Y 1 442 2 MLI MLI . 
J 3 EDO Y 1 443 4 EDO EDO . 
K 6 HOH A 1 443 8 HOH HOH . 
K 6 HOH A 2 444 12 HOH HOH . 
K 6 HOH A 3 445 17 HOH HOH . 
K 6 HOH A 4 446 19 HOH HOH . 
K 6 HOH A 5 447 20 HOH HOH . 
K 6 HOH A 6 448 29 HOH HOH . 
K 6 HOH A 7 449 30 HOH HOH . 
K 6 HOH A 8 450 31 HOH HOH . 
K 6 HOH A 9 451 36 HOH HOH . 
K 6 HOH A 10 452 41 HOH HOH . 
K 6 HOH A 11 453 43 HOH HOH . 
K 6 HOH A 12 454 44 HOH HOH . 
K 6 HOH A 13 455 47 HOH HOH . 
K 6 HOH A 14 456 48 HOH HOH . 
K 6 HOH A 15 457 49 HOH HOH . 
K 6 HOH A 16 458 56 HOH HOH . 
K 6 HOH A 17 459 57 HOH HOH . 
K 6 HOH A 18 460 60 HOH HOH . 
K 6 HOH A 19 461 70 HOH HOH . 
K 6 HOH A 20 462 73 HOH HOH . 
K 6 HOH A 21 463 77 HOH HOH . 
K 6 HOH A 22 464 82 HOH HOH . 
K 6 HOH A 23 465 83 HOH HOH . 
L 6 HOH B 1 441 2 HOH HOH . 
L 6 HOH B 2 442 13 HOH HOH . 
L 6 HOH B 3 443 16 HOH HOH . 
L 6 HOH B 4 444 25 HOH HOH . 
L 6 HOH B 5 445 28 HOH HOH . 
L 6 HOH B 6 446 52 HOH HOH . 
L 6 HOH B 7 447 54 HOH HOH . 
L 6 HOH B 8 448 58 HOH HOH . 
L 6 HOH B 9 449 59 HOH HOH . 
L 6 HOH B 10 450 61 HOH HOH . 
L 6 HOH B 11 451 69 HOH HOH . 
L 6 HOH B 12 452 72 HOH HOH . 
L 6 HOH B 13 453 75 HOH HOH . 
L 6 HOH B 14 454 80 HOH HOH . 
M 6 HOH X 1 442 1 HOH HOH . 
M 6 HOH X 2 443 3 HOH HOH . 
M 6 HOH X 3 444 4 HOH HOH . 
M 6 HOH X 4 445 10 HOH HOH . 
M 6 HOH X 5 446 11 HOH HOH . 
M 6 HOH X 6 447 14 HOH HOH . 
M 6 HOH X 7 448 15 HOH HOH . 
M 6 HOH X 8 449 18 HOH HOH . 
M 6 HOH X 9 450 21 HOH HOH . 
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