data_3S9M # _model_server_result.job_id cIe0FGxt42w8J4Omdt8cTQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 08:11:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3s9m # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":901}' # _entry.id 3S9M # _exptl.entry_id 3S9M _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 55.845 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3S9M _cell.length_a 232.187 _cell.length_b 232.187 _cell.length_c 168.31 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3S9M _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 95 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 ? tetrameric 4 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,E,F,I,J 1 1,2 B,D,G,H,K,L 2 1,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 5_655 -x+1,y,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 232.187 0 0 3 'crystal symmetry operation' 7_554 y,x,-z-3/4 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 0 0 -126.2325 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 J N N ? 6 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 247 A CYS 353 1_555 A SG CYS 257 A CYS 363 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 450 A CYS 556 1_555 A SG CYS 452 A CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 247 B CYS 353 1_555 B SG CYS 257 B CYS 363 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 450 B CYS 556 1_555 B SG CYS 452 B CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 23 C CYS 9 1_555 C SG CYS 62 C CYS 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 33 C CYS 19 1_555 C SG CYS 53 C CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 132 C CYS 118 1_555 C SG CYS 208 C CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 151 C CYS 137 1_555 C SG CYS 345 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 172 C CYS 158 1_555 C SG CYS 188 C CYS 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 175 C CYS 161 1_555 C SG CYS 193 C CYS 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 185 C CYS 171 1_555 C SG CYS 191 C CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 241 C CYS 227 1_555 C SG CYS 255 C CYS 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 353 C CYS 339 1_555 C SG CYS 610 C CYS 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 359 C CYS 345 1_555 C SG CYS 391 C CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 369 C CYS 355 1_555 C SG CYS 382 C CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 416 C CYS 402 1_555 C SG CYS 688 C CYS 674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 432 C CYS 418 1_555 C SG CYS 651 C CYS 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf18 C SG CYS 629 C CYS 615 1_555 C SG CYS 634 C CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf19 D SG CYS 23 D CYS 9 1_555 D SG CYS 62 D CYS 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 33 D CYS 19 1_555 D SG CYS 53 D CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf21 D SG CYS 132 D CYS 118 1_555 D SG CYS 208 D CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf22 D SG CYS 151 D CYS 137 1_555 D SG CYS 345 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? disulf ? disulf23 D SG CYS 175 D CYS 161 1_555 D SG CYS 193 D CYS 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf24 D SG CYS 185 D CYS 171 1_555 D SG CYS 191 D CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf25 D SG CYS 241 D CYS 227 1_555 D SG CYS 255 D CYS 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf26 D SG CYS 353 D CYS 339 1_555 D SG CYS 610 D CYS 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf27 D SG CYS 359 D CYS 345 1_555 D SG CYS 391 D CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf28 D SG CYS 369 D CYS 355 1_555 D SG CYS 382 D CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf29 D SG CYS 416 D CYS 402 1_555 D SG CYS 688 D CYS 674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf30 D SG CYS 432 D CYS 418 1_555 D SG CYS 651 D CYS 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf31 D SG CYS 629 D CYS 615 1_555 D SG CYS 634 D CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 211 A ASN 317 1_555 E C1 NAG . A NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 211 B ASN 317 1_555 G C1 NAG . B NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? metalc ? metalc1 A O THR 204 A THR 310 1_555 F CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 204 A THR 310 1_555 F CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc3 A O PHE 207 A PHE 313 1_555 F CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 359 A GLU 465 1_555 F CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 359 A GLU 465 1_555 F CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 362 A GLU 468 1_555 F CA CA . A CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? metalc ? metalc7 B O THR 204 B THR 310 1_555 H CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc8 B OG1 THR 204 B THR 310 1_555 H CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc9 B O PHE 207 B PHE 313 1_555 H CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 359 B GLU 465 1_555 H CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc11 B OE1 GLU 359 B GLU 465 1_555 H CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 362 B GLU 468 1_555 H CA CA . B CA 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASP 77 C ASP 63 1_555 J FE FE . C FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc14 C OH TYR 109 C TYR 95 1_555 J FE FE . C FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc15 C OH TYR 202 C TYR 188 1_555 J FE FE . C FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc16 C NE2 HIS 263 C HIS 249 1_555 J FE FE . C FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc17 J FE FE . C FE 901 1_555 I O2 CO3 . C CO3 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc18 J FE FE . C FE 901 1_555 I O1 CO3 . C CO3 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASP 77 D ASP 63 1_555 L FE FE . D FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc20 D OH TYR 202 D TYR 188 1_555 L FE FE . D FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? metalc ? metalc21 D NE2 HIS 263 D HIS 249 1_555 L FE FE . D FE 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc22 L FE FE . D FE 901 1_555 K O1 CO3 . D CO3 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc23 L FE FE . D FE 901 1_555 K O2 CO3 . D CO3 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? # _chem_comp.formula 'Fe 3' _chem_comp.formula_weight 55.845 _chem_comp.id FE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3S9M _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004307 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004307 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005941 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 NAG A 1 903 903 NAG NAG . F 4 CA A 1 900 900 CA CA . G 3 NAG B 1 903 903 NAG NAG . H 4 CA B 1 900 900 CA CA . I 5 CO3 C 1 905 905 CO3 CO3 . J 6 FE C 1 901 901 FE FE . K 5 CO3 D 1 905 905 CO3 CO3 . L 6 FE D 1 901 901 FE FE . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol FE _atom_site.label_atom_id FE _atom_site.label_comp_id FE _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 132.192 _atom_site.Cartn_y -19.486 _atom_site.Cartn_z -19.425 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 118.09 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id FE _atom_site.auth_comp_id FE _atom_site.auth_seq_id 901 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 28 _model_server_stats.query_time_ms 410 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #