data_3SAF # _model_server_result.job_id ZhANoksWHPnpUt2YKTGyaQ _model_server_result.datetime_utc '2025-01-03 01:12:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3saf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1}' # _entry.id 3SAF # _exptl.entry_id 3SAF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 88.906 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'YTTRIUM (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3SAF _cell.length_a 138.9 _cell.length_b 138.9 _cell.length_c 58.4 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3SAF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 75 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 4' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,G 1 1 B,E,F,H 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D Y YT3 . A YT3 1 1_555 A OD2 ASP 310 A ASP 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? metalc ? metalc2 D Y YT3 . A YT3 1 1_555 A OD1 ASP 310 A ASP 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? metalc ? metalc3 D Y YT3 . A YT3 1 1_555 A OE1 GLU 311 A GLU 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc4 C MG MG . A MG 2 1_555 G O HOH . A HOH 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc5 C MG MG . A MG 2 1_555 G O HOH . A HOH 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc6 C MG MG . A MG 2 1_555 G O HOH . A HOH 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc7 C MG MG . A MG 2 1_555 A OD1 ASN 135 A ASN 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc8 E MG MG . B MG 1 1_555 H O HOH . B HOH 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc9 E MG MG . B MG 1 1_555 B OD1 ASN 135 B ASN 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc10 E MG MG . B MG 1 1_555 H O HOH . B HOH 647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc11 E MG MG . B MG 1 1_555 H O HOH . B HOH 648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc12 F Y YT3 . B YT3 2 1_555 B OD1 ASP 310 B ASP 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc13 F Y YT3 . B YT3 2 1_555 B OD2 ASP 310 B ASP 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.271 ? metalc ? metalc14 F Y YT3 . B YT3 2 1_555 B OE2 GLU 311 B GLU 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? metalc ? metalc15 F Y YT3 . B YT3 2 1_555 B OE1 GLU 311 B GLU 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? # _chem_comp.formula 'Y 3' _chem_comp.formula_weight 88.906 _chem_comp.id YT3 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'YTTRIUM (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3SAF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007199 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007199 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.017123 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 MG A 1 2 2 MG MG2 . D 3 YT3 A 1 1 1 YT3 YT3 . E 2 MG B 1 1 1 MG MG2 . F 3 YT3 B 1 2 2 YT3 YT3 . G 4 HOH A 1 5 5 HOH WAT . G 4 HOH A 2 7 7 HOH WAT . G 4 HOH A 3 8 8 HOH WAT . G 4 HOH A 4 10 10 HOH WAT . G 4 HOH A 5 13 13 HOH WAT . G 4 HOH A 6 15 15 HOH WAT . G 4 HOH A 7 16 16 HOH WAT . G 4 HOH A 8 17 17 HOH WAT . G 4 HOH A 9 18 18 HOH WAT . G 4 HOH A 10 25 25 HOH WAT . G 4 HOH A 11 29 29 HOH WAT . G 4 HOH A 12 30 30 HOH WAT . G 4 HOH A 13 31 31 HOH WAT . G 4 HOH A 14 32 32 HOH WAT . G 4 HOH A 15 33 33 HOH WAT . G 4 HOH A 16 34 34 HOH WAT . G 4 HOH A 17 35 35 HOH WAT . G 4 HOH A 18 36 36 HOH WAT . G 4 HOH A 19 38 38 HOH WAT . G 4 HOH A 20 47 47 HOH WAT . G 4 HOH A 21 49 49 HOH WAT . G 4 HOH A 22 50 50 HOH WAT . G 4 HOH A 23 53 53 HOH WAT . G 4 HOH A 24 55 55 HOH WAT . G 4 HOH A 25 56 56 HOH WAT . G 4 HOH A 26 60 60 HOH WAT . G 4 HOH A 27 61 61 HOH WAT . G 4 HOH A 28 62 62 HOH WAT . G 4 HOH A 29 63 63 HOH WAT . G 4 HOH A 30 67 67 HOH WAT . G 4 HOH A 31 68 68 HOH WAT . G 4 HOH A 32 69 69 HOH WAT . G 4 HOH A 33 71 71 HOH WAT . G 4 HOH A 34 73 73 HOH WAT . G 4 HOH A 35 74 74 HOH WAT . G 4 HOH A 36 76 76 HOH WAT . G 4 HOH A 37 77 77 HOH WAT . G 4 HOH A 38 80 80 HOH WAT . G 4 HOH A 39 81 81 HOH WAT . G 4 HOH A 40 84 84 HOH WAT . G 4 HOH A 41 87 87 HOH WAT . G 4 HOH A 42 90 90 HOH WAT . G 4 HOH A 43 92 92 HOH WAT . G 4 HOH A 44 93 93 HOH WAT . G 4 HOH A 45 94 94 HOH WAT . G 4 HOH A 46 96 96 HOH WAT . G 4 HOH A 47 97 97 HOH WAT . G 4 HOH A 48 98 98 HOH WAT . G 4 HOH A 49 103 103 HOH WAT . G 4 HOH A 50 105 105 HOH WAT . G 4 HOH A 51 108 108 HOH WAT . G 4 HOH A 52 109 109 HOH WAT . G 4 HOH A 53 110 110 HOH WAT . G 4 HOH A 54 112 112 HOH WAT . G 4 HOH A 55 115 115 HOH WAT . G 4 HOH A 56 119 119 HOH WAT . G 4 HOH A 57 121 121 HOH WAT . G 4 HOH A 58 124 124 HOH WAT . G 4 HOH A 59 126 126 HOH WAT . G 4 HOH A 60 127 127 HOH WAT . G 4 HOH A 61 129 129 HOH WAT . G 4 HOH A 62 130 130 HOH WAT . G 4 HOH A 63 132 132 HOH WAT . G 4 HOH A 64 135 135 HOH WAT . G 4 HOH A 65 136 136 HOH WAT . G 4 HOH A 66 139 139 HOH WAT . G 4 HOH A 67 143 143 HOH WAT . G 4 HOH A 68 144 144 HOH WAT . G 4 HOH A 69 145 145 HOH WAT . G 4 HOH A 70 147 147 HOH WAT . G 4 HOH A 71 148 148 HOH WAT . G 4 HOH A 72 150 150 HOH WAT . G 4 HOH A 73 153 153 HOH WAT . G 4 HOH A 74 158 158 HOH WAT . G 4 HOH A 75 159 159 HOH WAT . G 4 HOH A 76 160 160 HOH WAT . G 4 HOH A 77 161 161 HOH WAT . G 4 HOH A 78 162 162 HOH WAT . G 4 HOH A 79 164 164 HOH WAT . G 4 HOH A 80 169 169 HOH WAT . G 4 HOH A 81 172 172 HOH WAT . G 4 HOH A 82 173 173 HOH WAT . G 4 HOH A 83 174 174 HOH WAT . G 4 HOH A 84 178 178 HOH WAT . G 4 HOH A 85 607 2 HOH WAT . G 4 HOH A 86 608 181 HOH WAT . G 4 HOH A 87 609 182 HOH WAT . G 4 HOH A 88 610 183 HOH WAT . G 4 HOH A 89 611 186 HOH WAT . G 4 HOH A 90 612 187 HOH WAT . G 4 HOH A 91 613 188 HOH WAT . G 4 HOH A 92 614 193 HOH WAT . G 4 HOH A 93 615 194 HOH WAT . G 4 HOH A 94 616 195 HOH WAT . G 4 HOH A 95 617 198 HOH WAT . G 4 HOH A 96 618 200 HOH WAT . G 4 HOH A 97 619 201 HOH WAT . G 4 HOH A 98 620 205 HOH WAT . G 4 HOH A 99 621 210 HOH WAT . G 4 HOH A 100 622 211 HOH WAT . G 4 HOH A 101 623 212 HOH WAT . G 4 HOH A 102 624 215 HOH WAT . G 4 HOH A 103 625 216 HOH WAT . G 4 HOH A 104 626 223 HOH WAT . G 4 HOH A 105 627 227 HOH WAT . G 4 HOH A 106 628 230 HOH WAT . G 4 HOH A 107 629 231 HOH WAT . G 4 HOH A 108 630 233 HOH WAT . G 4 HOH A 109 631 234 HOH WAT . G 4 HOH A 110 632 237 HOH WAT . G 4 HOH A 111 633 239 HOH WAT . G 4 HOH A 112 634 240 HOH WAT . G 4 HOH A 113 635 242 HOH WAT . G 4 HOH A 114 636 243 HOH WAT . G 4 HOH A 115 637 244 HOH WAT . G 4 HOH A 116 638 247 HOH WAT . G 4 HOH A 117 639 248 HOH WAT . G 4 HOH A 118 640 251 HOH WAT . H 4 HOH B 1 3 3 HOH WAT . H 4 HOH B 2 4 4 HOH WAT . H 4 HOH B 3 6 6 HOH WAT . H 4 HOH B 4 9 9 HOH WAT . H 4 HOH B 5 11 11 HOH WAT . H 4 HOH B 6 12 12 HOH WAT . H 4 HOH B 7 14 14 HOH WAT . H 4 HOH B 8 19 19 HOH WAT . H 4 HOH B 9 20 20 HOH WAT . H 4 HOH B 10 21 21 HOH WAT . H 4 HOH B 11 22 22 HOH WAT . H 4 HOH B 12 23 23 HOH WAT . H 4 HOH B 13 24 24 HOH WAT . H 4 HOH B 14 26 26 HOH WAT . H 4 HOH B 15 27 27 HOH WAT . H 4 HOH B 16 28 28 HOH WAT . H 4 HOH B 17 37 37 HOH WAT . H 4 HOH B 18 39 39 HOH WAT . H 4 HOH B 19 40 40 HOH WAT . H 4 HOH B 20 41 41 HOH WAT . H 4 HOH B 21 42 42 HOH WAT . H 4 HOH B 22 43 43 HOH WAT . H 4 HOH B 23 44 44 HOH WAT . H 4 HOH B 24 45 45 HOH WAT . H 4 HOH B 25 46 46 HOH WAT . H 4 HOH B 26 48 48 HOH WAT . H 4 HOH B 27 51 51 HOH WAT . H 4 HOH B 28 52 52 HOH WAT . H 4 HOH B 29 54 54 HOH WAT . H 4 HOH B 30 57 57 HOH WAT . H 4 HOH B 31 58 58 HOH WAT . H 4 HOH B 32 59 59 HOH WAT . H 4 HOH B 33 64 64 HOH WAT . H 4 HOH B 34 65 65 HOH WAT . H 4 HOH B 35 66 66 HOH WAT . H 4 HOH B 36 70 70 HOH WAT . H 4 HOH B 37 72 72 HOH WAT . H 4 HOH B 38 75 75 HOH WAT . H 4 HOH B 39 78 78 HOH WAT . H 4 HOH B 40 79 79 HOH WAT . H 4 HOH B 41 82 82 HOH WAT . H 4 HOH B 42 83 83 HOH WAT . H 4 HOH B 43 85 85 HOH WAT . H 4 HOH B 44 86 86 HOH WAT . H 4 HOH B 45 88 88 HOH WAT . H 4 HOH B 46 89 89 HOH WAT . H 4 HOH B 47 91 91 HOH WAT . H 4 HOH B 48 95 95 HOH WAT . H 4 HOH B 49 99 99 HOH WAT . H 4 HOH B 50 100 100 HOH WAT . H 4 HOH B 51 101 101 HOH WAT . H 4 HOH B 52 102 102 HOH WAT . H 4 HOH B 53 104 104 HOH WAT . H 4 HOH B 54 106 106 HOH WAT . H 4 HOH B 55 107 107 HOH WAT . H 4 HOH B 56 111 111 HOH WAT . H 4 HOH B 57 113 113 HOH WAT . H 4 HOH B 58 114 114 HOH WAT . H 4 HOH B 59 116 116 HOH WAT . H 4 HOH B 60 117 117 HOH WAT . H 4 HOH B 61 118 118 HOH WAT . H 4 HOH B 62 120 120 HOH WAT . H 4 HOH B 63 122 122 HOH WAT . H 4 HOH B 64 123 123 HOH WAT . H 4 HOH B 65 125 125 HOH WAT . H 4 HOH B 66 128 128 HOH WAT . H 4 HOH B 67 131 131 HOH WAT . H 4 HOH B 68 133 133 HOH WAT . H 4 HOH B 69 134 134 HOH WAT . H 4 HOH B 70 137 137 HOH WAT . H 4 HOH B 71 138 138 HOH WAT . H 4 HOH B 72 140 140 HOH WAT . H 4 HOH B 73 141 141 HOH WAT . H 4 HOH B 74 142 142 HOH WAT . H 4 HOH B 75 146 146 HOH WAT . H 4 HOH B 76 149 149 HOH WAT . H 4 HOH B 77 151 151 HOH WAT . H 4 HOH B 78 152 152 HOH WAT . H 4 HOH B 79 154 154 HOH WAT . H 4 HOH B 80 155 155 HOH WAT . H 4 HOH B 81 156 156 HOH WAT . H 4 HOH B 82 157 157 HOH WAT . H 4 HOH B 83 163 163 HOH WAT . H 4 HOH B 84 165 165 HOH WAT . H 4 HOH B 85 166 166 HOH WAT . H 4 HOH B 86 167 167 HOH WAT . H 4 HOH B 87 168 168 HOH WAT . H 4 HOH B 88 170 170 HOH WAT . H 4 HOH B 89 171 171 HOH WAT . H 4 HOH B 90 175 175 HOH WAT . H 4 HOH B 91 176 176 HOH WAT . H 4 HOH B 92 177 177 HOH WAT . H 4 HOH B 93 607 1 HOH WAT . H 4 HOH B 94 608 179 HOH WAT . H 4 HOH B 95 609 180 HOH WAT . H 4 HOH B 96 610 184 HOH WAT . H 4 HOH B 97 611 185 HOH WAT . H 4 HOH B 98 612 189 HOH WAT . H 4 HOH B 99 613 190 HOH WAT . H 4 HOH B 100 614 191 HOH WAT . H 4 HOH B 101 615 192 HOH WAT . H 4 HOH B 102 616 196 HOH WAT . H 4 HOH B 103 617 197 HOH WAT . H 4 HOH B 104 618 199 HOH WAT . H 4 HOH B 105 619 202 HOH WAT . H 4 HOH B 106 620 203 HOH WAT . H 4 HOH B 107 621 204 HOH WAT . H 4 HOH B 108 622 206 HOH WAT . H 4 HOH B 109 623 207 HOH WAT . H 4 HOH B 110 624 208 HOH WAT . H 4 HOH B 111 625 209 HOH WAT . H 4 HOH B 112 626 213 HOH WAT . H 4 HOH B 113 627 214 HOH WAT . H 4 HOH B 114 628 217 HOH WAT . H 4 HOH B 115 629 218 HOH WAT . H 4 HOH B 116 630 219 HOH WAT . H 4 HOH B 117 631 220 HOH WAT . H 4 HOH B 118 632 221 HOH WAT . H 4 HOH B 119 633 222 HOH WAT . H 4 HOH B 120 634 224 HOH WAT . H 4 HOH B 121 635 225 HOH WAT . H 4 HOH B 122 636 226 HOH WAT . H 4 HOH B 123 637 228 HOH WAT . H 4 HOH B 124 638 229 HOH WAT . H 4 HOH B 125 639 232 HOH WAT . H 4 HOH B 126 640 235 HOH WAT . H 4 HOH B 127 641 236 HOH WAT . H 4 HOH B 128 642 238 HOH WAT . H 4 HOH B 129 643 241 HOH WAT . H 4 HOH B 130 644 245 HOH WAT . H 4 HOH B 131 645 246 HOH WAT . H 4 HOH B 132 646 249 HOH WAT . H 4 HOH B 133 647 250 HOH WAT . H 4 HOH B 134 648 252 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol Y _atom_site.label_atom_id Y _atom_site.label_comp_id YT3 _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 4.27 _atom_site.Cartn_y 38.053 _atom_site.Cartn_z -2.509 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 89.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id Y _atom_site.auth_comp_id YT3 _atom_site.auth_seq_id 1 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 345 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 1 #