data_3SAH # _model_server_result.job_id 1cVpA1t5KbbA6exYeuk5sA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-12 19:58:43' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3sah # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":3}' # _entry.id 3SAH # _exptl.entry_id 3SAH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 88.906 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'YTTRIUM (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3SAH _cell.length_a 141 _cell.length_b 141 _cell.length_c 58.4 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3SAH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 75 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 4' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,H 1 1 B,E,F,G,I 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C Y YT3 . A YT3 1 1_555 A OD1 ASP 310 A ASP 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc2 C Y YT3 . A YT3 1 1_555 A OD2 ASP 310 A ASP 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.055 ? metalc ? metalc3 C Y YT3 . A YT3 1 1_555 A OE1 GLU 311 A GLU 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.494 ? metalc ? metalc4 D Y YT3 . A YT3 3 1_555 A OE2 GLU 137 A GLU 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc5 D Y YT3 . A YT3 3 1_555 A OE1 GLU 137 A GLU 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? metalc ? metalc6 D Y YT3 . A YT3 3 1_555 A OD2 ASP 262 A ASP 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc7 E MG MG . B MG 1 1_555 I O HOH . B HOH 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc8 E MG MG . B MG 1 1_555 I O HOH . B HOH 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? metalc ? metalc9 E MG MG . B MG 1 1_555 B OD1 ASP 135 B ASP 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc10 F MG MG . B MG 2 1_555 I O HOH . B HOH 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc11 F MG MG . B MG 2 1_555 B OE2 GLU 137 B GLU 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc12 F MG MG . B MG 2 1_555 B OD2 ASP 262 B ASP 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc13 I O HOH . B HOH 7 1_555 G Y YT3 . B YT3 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc14 I O HOH . B HOH 52 1_555 G Y YT3 . B YT3 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 310 B ASP 488 1_555 G Y YT3 . B YT3 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 310 B ASP 488 1_555 G Y YT3 . B YT3 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.496 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 311 B GLU 489 1_555 G Y YT3 . B YT3 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 311 B GLU 489 1_555 G Y YT3 . B YT3 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? # _chem_comp.formula 'Y 3' _chem_comp.formula_weight 88.906 _chem_comp.id YT3 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'YTTRIUM (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3SAH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007092 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007092 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.017123 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 YT3 A 1 1 1 YT3 YT3 . D 2 YT3 A 1 3 3 YT3 YT3 . E 3 MG B 1 1 1 MG MG2 . F 3 MG B 1 2 2 MG MG2 . G 2 YT3 B 1 607 2 YT3 YT3 . H 4 HOH A 1 8 8 HOH WAT . H 4 HOH A 2 10 10 HOH WAT . H 4 HOH A 3 17 17 HOH WAT . H 4 HOH A 4 22 22 HOH WAT . H 4 HOH A 5 23 23 HOH WAT . H 4 HOH A 6 25 25 HOH WAT . H 4 HOH A 7 27 27 HOH WAT . H 4 HOH A 8 28 28 HOH WAT . H 4 HOH A 9 33 33 HOH WAT . H 4 HOH A 10 36 36 HOH WAT . H 4 HOH A 11 39 39 HOH WAT . H 4 HOH A 12 42 42 HOH WAT . H 4 HOH A 13 44 44 HOH WAT . H 4 HOH A 14 48 48 HOH WAT . H 4 HOH A 15 49 49 HOH WAT . H 4 HOH A 16 50 50 HOH WAT . H 4 HOH A 17 51 51 HOH WAT . H 4 HOH A 18 53 53 HOH WAT . H 4 HOH A 19 54 54 HOH WAT . H 4 HOH A 20 56 56 HOH WAT . H 4 HOH A 21 57 57 HOH WAT . H 4 HOH A 22 58 58 HOH WAT . H 4 HOH A 23 61 61 HOH WAT . H 4 HOH A 24 62 62 HOH WAT . H 4 HOH A 25 66 66 HOH WAT . H 4 HOH A 26 68 68 HOH WAT . H 4 HOH A 27 69 69 HOH WAT . H 4 HOH A 28 74 74 HOH WAT . H 4 HOH A 29 77 77 HOH WAT . H 4 HOH A 30 79 79 HOH WAT . H 4 HOH A 31 82 82 HOH WAT . H 4 HOH A 32 85 85 HOH WAT . H 4 HOH A 33 89 89 HOH WAT . H 4 HOH A 34 93 93 HOH WAT . H 4 HOH A 35 95 95 HOH WAT . H 4 HOH A 36 96 96 HOH WAT . H 4 HOH A 37 98 98 HOH WAT . H 4 HOH A 38 105 105 HOH WAT . H 4 HOH A 39 108 108 HOH WAT . H 4 HOH A 40 111 111 HOH WAT . H 4 HOH A 41 112 112 HOH WAT . H 4 HOH A 42 116 116 HOH WAT . H 4 HOH A 43 117 117 HOH WAT . H 4 HOH A 44 118 118 HOH WAT . H 4 HOH A 45 120 120 HOH WAT . H 4 HOH A 46 121 121 HOH WAT . H 4 HOH A 47 124 124 HOH WAT . H 4 HOH A 48 128 128 HOH WAT . H 4 HOH A 49 136 136 HOH WAT . H 4 HOH A 50 139 139 HOH WAT . H 4 HOH A 51 140 140 HOH WAT . H 4 HOH A 52 144 144 HOH WAT . H 4 HOH A 53 156 156 HOH WAT . H 4 HOH A 54 164 164 HOH WAT . H 4 HOH A 55 165 165 HOH WAT . H 4 HOH A 56 168 168 HOH WAT . H 4 HOH A 57 173 173 HOH WAT . H 4 HOH A 58 174 174 HOH WAT . H 4 HOH A 59 175 175 HOH WAT . H 4 HOH A 60 176 176 HOH WAT . H 4 HOH A 61 177 177 HOH WAT . H 4 HOH A 62 607 1 HOH WAT . H 4 HOH A 63 608 181 HOH WAT . H 4 HOH A 64 609 183 HOH WAT . H 4 HOH A 65 610 184 HOH WAT . H 4 HOH A 66 611 191 HOH WAT . H 4 HOH A 67 612 192 HOH WAT . H 4 HOH A 68 613 194 HOH WAT . I 4 HOH B 1 3 3 HOH WAT . I 4 HOH B 2 4 4 HOH WAT . I 4 HOH B 3 5 5 HOH WAT . I 4 HOH B 4 6 6 HOH WAT . I 4 HOH B 5 7 7 HOH WAT . I 4 HOH B 6 9 9 HOH WAT . I 4 HOH B 7 11 11 HOH WAT . I 4 HOH B 8 12 12 HOH WAT . I 4 HOH B 9 13 13 HOH WAT . I 4 HOH B 10 14 14 HOH WAT . I 4 HOH B 11 15 15 HOH WAT . I 4 HOH B 12 16 16 HOH WAT . I 4 HOH B 13 18 18 HOH WAT . I 4 HOH B 14 19 19 HOH WAT . I 4 HOH B 15 20 20 HOH WAT . I 4 HOH B 16 21 21 HOH WAT . I 4 HOH B 17 24 24 HOH WAT . I 4 HOH B 18 26 26 HOH WAT . I 4 HOH B 19 29 29 HOH WAT . I 4 HOH B 20 30 30 HOH WAT . I 4 HOH B 21 31 31 HOH WAT . I 4 HOH B 22 32 32 HOH WAT . I 4 HOH B 23 34 34 HOH WAT . I 4 HOH B 24 35 35 HOH WAT . I 4 HOH B 25 37 37 HOH WAT . I 4 HOH B 26 38 38 HOH WAT . I 4 HOH B 27 40 40 HOH WAT . I 4 HOH B 28 41 41 HOH WAT . I 4 HOH B 29 43 43 HOH WAT . I 4 HOH B 30 45 45 HOH WAT . I 4 HOH B 31 46 46 HOH WAT . I 4 HOH B 32 47 47 HOH WAT . I 4 HOH B 33 52 52 HOH WAT . I 4 HOH B 34 55 55 HOH WAT . I 4 HOH B 35 59 59 HOH WAT . I 4 HOH B 36 60 60 HOH WAT . I 4 HOH B 37 63 63 HOH WAT . I 4 HOH B 38 64 64 HOH WAT . I 4 HOH B 39 65 65 HOH WAT . I 4 HOH B 40 67 67 HOH WAT . I 4 HOH B 41 70 70 HOH WAT . I 4 HOH B 42 71 71 HOH WAT . I 4 HOH B 43 72 72 HOH WAT . I 4 HOH B 44 73 73 HOH WAT . I 4 HOH B 45 75 75 HOH WAT . I 4 HOH B 46 76 76 HOH WAT . I 4 HOH B 47 78 78 HOH WAT . I 4 HOH B 48 80 80 HOH WAT . I 4 HOH B 49 81 81 HOH WAT . I 4 HOH B 50 83 83 HOH WAT . I 4 HOH B 51 84 84 HOH WAT . I 4 HOH B 52 86 86 HOH WAT . I 4 HOH B 53 87 87 HOH WAT . I 4 HOH B 54 88 88 HOH WAT . I 4 HOH B 55 90 90 HOH WAT . I 4 HOH B 56 91 91 HOH WAT . I 4 HOH B 57 92 92 HOH WAT . I 4 HOH B 58 94 94 HOH WAT . I 4 HOH B 59 97 97 HOH WAT . I 4 HOH B 60 99 99 HOH WAT . I 4 HOH B 61 100 100 HOH WAT . I 4 HOH B 62 101 101 HOH WAT . I 4 HOH B 63 102 102 HOH WAT . I 4 HOH B 64 103 103 HOH WAT . I 4 HOH B 65 104 104 HOH WAT . I 4 HOH B 66 106 106 HOH WAT . I 4 HOH B 67 107 107 HOH WAT . I 4 HOH B 68 109 109 HOH WAT . I 4 HOH B 69 110 110 HOH WAT . I 4 HOH B 70 113 113 HOH WAT . I 4 HOH B 71 114 114 HOH WAT . I 4 HOH B 72 115 115 HOH WAT . I 4 HOH B 73 119 119 HOH WAT . I 4 HOH B 74 122 122 HOH WAT . I 4 HOH B 75 123 123 HOH WAT . I 4 HOH B 76 125 125 HOH WAT . I 4 HOH B 77 126 126 HOH WAT . I 4 HOH B 78 127 127 HOH WAT . I 4 HOH B 79 129 129 HOH WAT . I 4 HOH B 80 130 130 HOH WAT . I 4 HOH B 81 131 131 HOH WAT . I 4 HOH B 82 132 132 HOH WAT . I 4 HOH B 83 133 133 HOH WAT . I 4 HOH B 84 134 134 HOH WAT . I 4 HOH B 85 135 135 HOH WAT . I 4 HOH B 86 137 137 HOH WAT . I 4 HOH B 87 138 138 HOH WAT . I 4 HOH B 88 141 141 HOH WAT . I 4 HOH B 89 142 142 HOH WAT . I 4 HOH B 90 143 143 HOH WAT . I 4 HOH B 91 145 145 HOH WAT . I 4 HOH B 92 146 146 HOH WAT . I 4 HOH B 93 147 147 HOH WAT . I 4 HOH B 94 148 148 HOH WAT . I 4 HOH B 95 149 149 HOH WAT . I 4 HOH B 96 150 150 HOH WAT . I 4 HOH B 97 151 151 HOH WAT . I 4 HOH B 98 152 152 HOH WAT . I 4 HOH B 99 153 153 HOH WAT . I 4 HOH B 100 154 154 HOH WAT . I 4 HOH B 101 155 155 HOH WAT . I 4 HOH B 102 157 157 HOH WAT . I 4 HOH B 103 158 158 HOH WAT . I 4 HOH B 104 159 159 HOH WAT . I 4 HOH B 105 160 160 HOH WAT . I 4 HOH B 106 161 161 HOH WAT . I 4 HOH B 107 162 162 HOH WAT . I 4 HOH B 108 163 163 HOH WAT . I 4 HOH B 109 166 166 HOH WAT . I 4 HOH B 110 167 167 HOH WAT . I 4 HOH B 111 169 169 HOH WAT . I 4 HOH B 112 170 170 HOH WAT . I 4 HOH B 113 171 171 HOH WAT . I 4 HOH B 114 172 172 HOH WAT . I 4 HOH B 115 178 178 HOH WAT . I 4 HOH B 116 608 2 HOH WAT . I 4 HOH B 117 609 179 HOH WAT . I 4 HOH B 118 610 180 HOH WAT . I 4 HOH B 119 611 182 HOH WAT . I 4 HOH B 120 612 185 HOH WAT . I 4 HOH B 121 613 186 HOH WAT . I 4 HOH B 122 614 187 HOH WAT . I 4 HOH B 123 615 188 HOH WAT . I 4 HOH B 124 616 189 HOH WAT . I 4 HOH B 125 617 190 HOH WAT . I 4 HOH B 126 618 193 HOH WAT . I 4 HOH B 127 619 195 HOH WAT . I 4 HOH B 128 620 196 HOH WAT . I 4 HOH B 129 621 197 HOH WAT . I 4 HOH B 130 622 198 HOH WAT . I 4 HOH B 131 623 199 HOH WAT . I 4 HOH B 132 624 200 HOH WAT . I 4 HOH B 133 625 201 HOH WAT . I 4 HOH B 134 626 202 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol Y _atom_site.label_atom_id Y _atom_site.label_comp_id YT3 _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 37.233 _atom_site.Cartn_y 20.755 _atom_site.Cartn_z -8.174 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 75.88 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id Y _atom_site.auth_comp_id YT3 _atom_site.auth_seq_id 3 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #