data_3SDI # _model_server_result.job_id 9BRKcqUbGf0Lp3zuk5zxJQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 10:24:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3sdi # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"RA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 3SDI # _exptl.entry_id 3SDI _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 15 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 20 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 113.17 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3SDI _cell.length_a 136.6 _cell.length_b 299.45 _cell.length_c 145.483 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3SDI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 28-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 28 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 15 CA N N ? 15 DA N N ? 15 EA N N ? 15 FA N N ? 15 GA N N ? 15 HA N N ? 15 IA N N ? 15 LA N N ? 15 MA N N ? 15 NA N N ? 15 OA N N ? 15 PA N N ? 15 QA N N ? 15 RA N N ? 15 SA N N ? 15 TA N N ? 15 UA N N ? 15 XA N N ? 15 YA N N ? 15 ZA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D OE2 GLU 105 D GLU 105 1_555 LA MG MG . L MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc2 F OG SER 7 F SER 13 1_555 DA MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc3 F OD1 ASN 121 F ASN 127 1_555 DA MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc4 G OG1 THR 8 G THR 13 1_555 EA MG MG . G MG 9001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc5 G O TYR 119 G TYR 123 1_555 EA MG MG . G MG 9001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc6 G O ARG 122 G ARG 126 1_555 EA MG MG . G MG 9001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc7 G O MET 125 G MET 129 1_555 EA MG MG . G MG 9001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc8 H O ILE 163 H ILE 163 1_555 FA MG MG . H MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc9 H O ASP 166 H ASP 166 1_555 FA MG MG . H MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc10 H O SER 169 H SER 169 1_555 FA MG MG . H MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc11 FA MG MG . H MG 301 1_555 Z OXT ASP 222 Z ASP 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc12 I OG SER 142 I SER 131 1_555 GA MG MG . I MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc13 I O ALA 174 I ALA 163 1_555 HA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc14 I O ASP 177 I ASP 166 1_555 HA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc15 I O SER 180 I SER 169 1_555 HA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc16 I O ASP 204 I ASP 194 1_555 UA MG MG . Y MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc17 K O ALA 165 K ALA 163 1_555 IA MG MG . K MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc18 K O ASP 168 K ASP 166 1_555 IA MG MG . K MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc19 K O SER 171 K SER 169 1_555 IA MG MG . K MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc20 IA MG MG . K MG 301 1_555 W O ASP 204 W ASP 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc21 L OG SER 85 L SER 75 1_555 LA MG MG . L MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? metalc ? metalc22 L OG SER 88 L SER 78 1_555 LA MG MG . L MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc23 L O THR 192 L THR 163 1_555 MA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? metalc ? metalc24 L O HIS 195 L HIS 166 1_555 MA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc25 L O VAL 198 L VAL 169 1_555 MA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc26 L OXT ASP 222 L ASP 194 1_555 RA MG MG . V MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc27 N O ILE 163 N ILE 163 1_555 NA MG MG . N MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc28 N O ASP 166 N ASP 166 1_555 NA MG MG . N MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc29 N O SER 169 N SER 169 1_555 NA MG MG . N MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc30 R OE2 GLU 105 R GLU 105 1_555 XA MG MG . Z MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc31 T OG SER 7 T SER 13 1_555 PA MG MG . T MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc32 T OD1 ASN 121 T ASN 127 1_555 PA MG MG . T MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc33 PA MG MG . T MG 302 1_555 U O ALA 123 U ALA 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc34 U OG1 THR 8 U THR 13 1_555 QA MG MG . U MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc35 U O TYR 119 U TYR 123 1_555 QA MG MG . U MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc36 U O ARG 122 U ARG 126 1_555 QA MG MG . U MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc37 U O MET 125 U MET 129 1_555 QA MG MG . U MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc38 V O ILE 163 V ILE 163 1_555 RA MG MG . V MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc39 V O ASP 166 V ASP 166 1_555 RA MG MG . V MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc40 V O SER 169 V SER 169 1_555 RA MG MG . V MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc41 W OG SER 142 W SER 131 1_555 SA MG MG . W MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc42 W O ALA 174 W ALA 163 1_555 TA MG MG . W MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc43 W O ASP 177 W ASP 166 1_555 TA MG MG . W MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc44 W O SER 180 W SER 169 1_555 TA MG MG . W MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc45 Y O ALA 165 Y ALA 163 1_555 UA MG MG . Y MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc46 Y O ASP 168 Y ASP 166 1_555 UA MG MG . Y MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc47 Y O SER 171 Y SER 169 1_555 UA MG MG . Y MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc48 Z OG SER 85 Z SER 75 1_555 XA MG MG . Z MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc49 Z OG SER 88 Z SER 78 1_555 XA MG MG . Z MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc50 Z O THR 192 Z THR 163 1_555 YA MG MG . Z MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc51 Z O HIS 195 Z HIS 166 1_555 YA MG MG . Z MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc52 Z O VAL 198 Z VAL 169 1_555 YA MG MG . Z MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc53 BA O ILE 163 2 ILE 163 1_555 ZA MG MG . 2 MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc54 BA O ASP 166 2 ASP 166 1_555 ZA MG MG . 2 MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc55 BA O SER 169 2 SER 169 1_555 ZA MG MG . 2 MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3SDI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007321 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003132 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003339 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007476 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CA 15 MG F 1 301 9009 MG MG . DA 15 MG F 1 302 9010 MG MG . EA 15 MG G 1 9001 9001 MG MG . FA 15 MG H 1 301 9007 MG MG . GA 15 MG I 1 201 9003 MG MG . HA 15 MG I 1 202 9005 MG MG . IA 15 MG K 1 301 9008 MG MG . JA 16 3SD K 1 302 1 3SD 3SD . KA 17 MES K 1 303 1 MES MES . LA 15 MG L 1 201 9002 MG MG . MA 15 MG L 1 202 9004 MG MG . NA 15 MG N 1 201 9006 MG MG . OA 15 MG T 1 301 9019 MG MG . PA 15 MG T 1 302 9020 MG MG . QA 15 MG U 1 301 9011 MG MG . RA 15 MG V 1 301 9017 MG MG . SA 15 MG W 1 201 9013 MG MG . TA 15 MG W 1 202 9015 MG MG . UA 15 MG Y 1 301 9018 MG MG . VA 16 3SD Y 1 302 1 3SD 3SD . WA 17 MES Y 1 303 1 MES MES . XA 15 MG Z 1 201 9012 MG MG . YA 15 MG Z 1 202 9014 MG MG . ZA 15 MG 2 1 201 9016 MG MG . AB 18 HOH L 1 301 1 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id RA _atom_site.label_entity_id 15 _atom_site.Cartn_x -1.406 _atom_site.Cartn_y -152.999 _atom_site.Cartn_z 44.542 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.96 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id V _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 22 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 74 _model_server_stats.query_time_ms 337 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #