data_3SDK
#
_model_server_result.job_id            yvELuFZ47w5VmfIQ6exIHA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-06 10:28:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3sdk 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"KA","auth_seq_id":303}' 
#
_entry.id    3SDK 
#
_exptl.entry_id    3SDK 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              195.237 
_entity.id                          17 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          112.92 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3SDK 
_cell.length_a            136.121 
_cell.length_b            299.404 
_cell.length_c            146.236 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3SDK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    28-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      28 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 17 KA N N 
? 17 PA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 D OE2 GLU 105 D GLU 105 1_555 LA MG MG . L MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc2 F OG SER 7 F SER 13 1_555 DA MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc3 F O ALA 158 F ALA 164 1_555 CA MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc4 G OG1 THR 8 G THR 13 1_555 EA MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc5 G O TYR 119 G TYR 123 1_555 EA MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc6 G O ARG 122 G ARG 126 1_555 EA MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc7 G O MET 125 G MET 129 1_555 EA MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc8 H O ILE 163 H ILE 163 1_555 FA MG MG . H MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc9 H O ASP 166 H ASP 166 1_555 FA MG MG . H MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc10 H O SER 169 H SER 169 1_555 FA MG MG . H MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc11 FA MG MG . H MG 301 1_555 Z OXT ASP 222 Z ASP 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc12 I O GLY 139 I GLY 128 1_555 GA MG MG . I MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc13 I OG SER 142 I SER 131 1_555 GA MG MG . I MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? 
metalc ? metalc14 I O ALA 174 I ALA 163 1_555 HA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc15 I O ASP 177 I ASP 166 1_555 HA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? 
metalc ? metalc16 I O SER 180 I SER 169 1_555 HA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? 
metalc ? metalc17 K O ALA 165 K ALA 163 1_555 IA MG MG . K MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc18 K O ASP 168 K ASP 166 1_555 IA MG MG . K MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc19 K O SER 171 K SER 169 1_555 IA MG MG . K MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc20 IA MG MG . K MG 301 1_555 W O ASP 204 W ASP 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc21 L OG SER 85 L SER 75 1_555 LA MG MG . L MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc22 L OG SER 88 L SER 78 1_555 LA MG MG . L MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? 
metalc ? metalc23 L O THR 192 L THR 163 1_555 MA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc24 L O HIS 195 L HIS 166 1_555 MA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc25 L O VAL 198 L VAL 169 1_555 MA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc26 N O ILE 163 N ILE 163 1_555 NA MG MG . N MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc27 N O ASP 166 N ASP 166 1_555 NA MG MG . N MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? 
metalc ? metalc28 N O SER 169 N SER 169 1_555 NA MG MG . N MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H13 N O4 S' 
_chem_comp.formula_weight    195.237 
_chem_comp.id                MES 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1 C2 MES sing 216 n n 
O1 C6 MES sing 217 n n 
C2 C3 MES sing 218 n n 
C2 H21 MES sing 219 n n 
C2 H22 MES sing 220 n n 
C3 N4 MES sing 221 n n 
C3 H31 MES sing 222 n n 
C3 H32 MES sing 223 n n 
N4 C5 MES sing 224 n n 
N4 C7 MES sing 225 n n 
N4 HN4 MES sing 226 n n 
C5 C6 MES sing 227 n n 
C5 H51 MES sing 228 n n 
C5 H52 MES sing 229 n n 
C6 H61 MES sing 230 n n 
C6 H62 MES sing 231 n n 
C7 C8 MES sing 232 n n 
C7 H71 MES sing 233 n n 
C7 H72 MES sing 234 n n 
C8 S MES sing 235 n n 
C8 H81 MES sing 236 n n 
C8 H82 MES sing 237 n n 
S O1S MES doub 238 n n 
S O2S MES doub 239 n n 
S O3S MES sing 240 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3SDK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007346 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003106 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00334 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007424 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
CA 15 MG F 1 301 9 MG MG . 
DA 15 MG F 1 302 10 MG MG . 
EA 15 MG G 1 301 1 MG MG . 
FA 15 MG H 1 301 7 MG MG . 
GA 15 MG I 1 201 3 MG MG . 
HA 15 MG I 1 202 5 MG MG . 
IA 15 MG K 1 301 8 MG MG . 
JA 16 P3N K 1 302 1 P3N P3N . 
KA 17 MES K 1 303 1 MES MES . 
LA 15 MG L 1 201 2 MG MG . 
MA 15 MG L 1 202 4 MG MG . 
NA 15 MG N 1 201 6 MG MG . 
OA 16 P3N Y 1 301 1 P3N P3N . 
PA 17 MES Y 1 302 1 MES MES . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O1 MES . . . KA 17 16.583 -144.019 15.673 1 69.63 ? O1 MES 303 K 1 
HETATM 2 C C2 MES . . . KA 17 15.281 -143.523 16.009 1 68.59 ? C2 MES 303 K 1 
HETATM 3 C C3 MES . . . KA 17 14.701 -142.776 14.81 1 68.05 ? C3 MES 303 K 1 
HETATM 4 N N4 MES . . . KA 17 15.625 -141.689 14.442 1 67.77 ? N4 MES 303 K 1 
HETATM 5 C C5 MES . . . KA 17 16.942 -142.247 14.065 1 68.54 ? C5 MES 303 K 1 
HETATM 6 C C6 MES . . . KA 17 17.512 -143.004 15.265 1 69.33 ? C6 MES 303 K 1 
HETATM 7 C C7 MES . . . KA 17 15.042 -140.89 13.351 1 66.46 ? C7 MES 303 K 1 
HETATM 8 C C8 MES . . . KA 17 15.769 -139.549 13.237 1 65.34 ? C8 MES 303 K 1 
HETATM 9 S S MES . . . KA 17 15.13 -138.576 12.047 1 64.21 ? S MES 303 K 1 
HETATM 10 O O1S MES . . . KA 17 13.926 -137.902 12.587 1 64.18 ? O1S MES 303 K 1 
HETATM 11 O O2S MES . . . KA 17 16.154 -137.591 11.652 1 62.86 ? O2S MES 303 K 1 
HETATM 12 O O3S MES . . . KA 17 14.75 -139.366 10.853 1 64.69 ? O3S MES 303 K 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              24 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    397 
_model_server_stats.query_time_ms           297 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           12 
#