data_3SWB
#
_model_server_result.job_id            mnYlQKbUeSoJp4xeEOe-1w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 06:20:16' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          3swb 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":106}' 
#
_entry.id    3SWB 
#
_exptl.entry_id    3SWB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              112.411 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CADMIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            3SWB 
_cell.length_a            49.793 
_cell.length_b            49.793 
_cell.length_c            117.475 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3SWB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        178 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 B N N 
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 15 A GLU 15 1_555 J CA CA . A CA 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 19 A GLU 19 1_555 H CA CA . A CA 90 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 19 A GLU 19 1_555 H CA CA . A CA 90 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 19 A GLU 19 1_555 J CA CA . A CA 92 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 19 A GLU 19 1_555 J CA CA . A CA 92 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? 
metalc ? metalc6 A O PHE 27 A PHE 27 1_555 B CD CD . A CD 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 33 A ASP 33 1_555 E CD CD . A CD 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 33 A ASP 33 1_555 E CD CD . A CD 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc9 A O CYS 35 A CYS 35 1_555 E CD CD . A CD 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 35 A CYS 35 1_555 E CD CD . A CD 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc11 A OE2 GLU 40 A GLU 40 1_555 B CD CD . A CD 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc12 A OE1 GLU 40 A GLU 40 1_555 B CD CD . A CD 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc13 A OE1 GLN 50 A GLN 50 1_555 D CD CD . A CD 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc14 A OE1 GLU 56 A GLU 56 1_555 C CD CD . A CD 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc15 A OE2 GLU 56 A GLU 56 1_555 C CD CD . A CD 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc16 A OE1 GLU 59 A GLU 59 1_555 G CD CD . A CD 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc17 A OE2 GLU 59 A GLU 59 1_555 G CD CD . A CD 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc18 A OD1 ASP 65 A ASP 65 1_555 I CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc19 A OD2 ASP 65 A ASP 65 1_555 I CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc20 A OE2 GLU 66 A GLU 66 1_555 F CD CD . A CD 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc21 A OE1 GLU 66 A GLU 66 1_555 F CD CD . A CD 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc22 A O THR 71 A THR 71 1_555 I CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc23 A OD2 ASP 73 A ASP 73 1_555 F CD CD . A CD 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc24 A OD1 ASP 73 A ASP 73 1_555 F CD CD . A CD 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc25 A OD2 ASP 75 A ASP 75 1_555 F CD CD . A CD 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc26 A OD1 ASP 75 A ASP 75 1_555 F CD CD . A CD 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc27 A OE1 GLU 76 A GLU 76 1_555 I CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc28 A OE2 GLU 76 A GLU 76 1_555 I CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc29 A SG CYS 84 A CYS 84 1_555 C CD CD . A CD 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc30 A O CYS 84 A CYS 84 1_555 D CD CD . A CD 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc31 A SG CYS 84 A CYS 84 1_555 D CD CD . A CD 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc32 A OD1 ASP 87 A ASP 87 1_555 C CD CD . A CD 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc33 A OD2 ASP 87 A ASP 87 1_555 D CD CD . A CD 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc34 H CA CA . A CA 90 1_555 L O HOH . A HOH 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc35 I CA CA . A CA 91 1_555 L O HOH . A HOH 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc36 I CA CA . A CA 91 1_555 L O HOH . A HOH 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc37 I CA CA . A CA 91 1_555 L O HOH . A HOH 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? 
metalc ? metalc38 K OXT ACT . A ACT 93 1_555 E CD CD . A CD 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc39 L O HOH . A HOH 95 1_555 E CD CD . A CD 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc40 B CD CD . A CD 101 1_555 L O HOH . A HOH 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc41 B CD CD . A CD 101 1_555 L O HOH . A HOH 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc42 G CD CD . A CD 106 1_555 L O HOH . A HOH 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc43 G CD CD . A CD 106 1_555 L O HOH . A HOH 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc44 G CD CD . A CD 106 1_555 L O HOH . A HOH 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
#
_chem_comp.formula           'Cd 2' 
_chem_comp.formula_weight    112.411 
_chem_comp.id                CD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CADMIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3SWB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.020083 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.011595 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.02319 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008512 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 CD A 1 101 101 CD CD . 
C 2 CD A 1 102 102 CD CD . 
D 2 CD A 1 103 103 CD CD . 
E 2 CD A 1 104 104 CD CD . 
F 2 CD A 1 105 105 CD CD . 
G 2 CD A 1 106 106 CD CD . 
H 3 CA A 1 90 1 CA CA . 
I 3 CA A 1 91 2 CA CA . 
J 3 CA A 1 92 3 CA CA . 
K 4 ACT A 1 93 1 ACT ACT . 
L 5 HOH A 1 94 1 HOH HOH . 
L 5 HOH A 2 95 2 HOH HOH . 
L 5 HOH A 3 96 3 HOH HOH . 
L 5 HOH A 4 97 4 HOH HOH . 
L 5 HOH A 5 98 5 HOH HOH . 
L 5 HOH A 6 99 6 HOH HOH . 
L 5 HOH A 7 100 7 HOH HOH . 
L 5 HOH A 8 107 8 HOH HOH . 
L 5 HOH A 9 108 9 HOH HOH . 
L 5 HOH A 10 109 10 HOH HOH . 
L 5 HOH A 11 110 11 HOH HOH . 
L 5 HOH A 12 111 12 HOH HOH . 
L 5 HOH A 13 112 13 HOH HOH . 
L 5 HOH A 14 113 14 HOH HOH . 
L 5 HOH A 15 114 15 HOH HOH . 
L 5 HOH A 16 115 16 HOH HOH . 
L 5 HOH A 17 116 17 HOH HOH . 
L 5 HOH A 18 117 18 HOH HOH . 
L 5 HOH A 19 118 19 HOH HOH . 
L 5 HOH A 20 119 20 HOH HOH . 
L 5 HOH A 21 120 21 HOH HOH . 
L 5 HOH A 22 121 22 HOH HOH . 
L 5 HOH A 23 122 23 HOH HOH . 
L 5 HOH A 24 123 24 HOH HOH . 
L 5 HOH A 25 124 25 HOH HOH . 
L 5 HOH A 26 125 26 HOH HOH . 
L 5 HOH A 27 126 27 HOH HOH . 
L 5 HOH A 28 127 28 HOH HOH . 
L 5 HOH A 29 128 29 HOH HOH . 
L 5 HOH A 30 129 30 HOH HOH . 
L 5 HOH A 31 130 31 HOH HOH . 
L 5 HOH A 32 131 32 HOH HOH . 
L 5 HOH A 33 132 33 HOH HOH . 
L 5 HOH A 34 133 34 HOH HOH . 
L 5 HOH A 35 134 35 HOH HOH . 
L 5 HOH A 36 135 36 HOH HOH . 
L 5 HOH A 37 136 37 HOH HOH . 
L 5 HOH A 38 137 38 HOH HOH . 
L 5 HOH A 39 138 39 HOH HOH . 
L 5 HOH A 40 139 40 HOH HOH . 
L 5 HOH A 41 140 41 HOH HOH . 
L 5 HOH A 42 141 42 HOH HOH . 
L 5 HOH A 43 142 43 HOH HOH . 
L 5 HOH A 44 143 44 HOH HOH . 
L 5 HOH A 45 144 45 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CD 
_atom_site.label_atom_id         CD 
_atom_site.label_comp_id         CD 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         G 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -34.764 
_atom_site.Cartn_y               25.727 
_atom_site.Cartn_z               3.969 
_atom_site.occupancy             0.6 
_atom_site.B_iso_or_equiv        28.04 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CD 
_atom_site.auth_comp_id          CD 
_atom_site.auth_seq_id           106 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              8 
_model_server_stats.parse_time_ms           21 
_model_server_stats.create_model_time_ms    3 
_model_server_stats.query_time_ms           284 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#