data_3T0P
#
_model_server_result.job_id            J_5X7F5fFCLD0pXqHSnzYA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:54:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3t0p 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":395}' 
#
_entry.id    3T0P 
#
_exptl.entry_id    3T0P 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    18 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          115.94 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3T0P 
_cell.length_a            127.76 
_cell.length_b            95.56 
_cell.length_c            84.01 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3T0P 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 F N N 
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 P N N 
? 4 V N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 Y N N 
? 4 Z N N 
? 4 AA N N 
? 4 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLY 1 A GLY 0 1_555 A N MSE 2 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale2 A C MSE 2 A MSE 1 1_555 A N LYS 3 A LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? 
covale ? covale3 A C THR 27 A THR 26 1_555 A N MSE 28 A MSE 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale4 A C MSE 28 A MSE 27 1_555 A N ALA 29 A ALA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale5 A C LEU 45 A LEU 44 1_555 A N MSE 46 A MSE 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale6 A C MSE 46 A MSE 45 1_555 A N ALA 47 A ALA 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale7 A C ASP 49 A ASP 48 1_555 A N MSE 50 A MSE 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.367 ? 
covale ? covale8 A C MSE 50 A MSE 49 1_555 A N GLU 51 A GLU 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale9 A C LEU 154 A LEU 153 1_555 A N MSE 155 A MSE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale10 A C MSE 155 A MSE 154 1_555 A N THR 156 A THR 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.359 ? 
covale ? covale11 A C GLU 183 A GLU 182 1_555 A N MSE 184 A MSE 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale12 A C MSE 184 A MSE 183 1_555 A N LYS 185 A LYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale13 A C GLN 247 A GLN 246 1_555 A N MSE 248 A MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? 
covale ? covale14 A C MSE 248 A MSE 247 1_555 A N LEU 249 A LEU 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale15 A C ILE 284 A ILE 283 1_555 A N MSE 285 A MSE 284 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale16 A C MSE 285 A MSE 284 1_555 A N ASN 286 A ASN 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale17 A C ASN 291 A ASN 290 1_555 A N MSE 292 A MSE 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale18 A C MSE 292 A MSE 291 1_555 A N GLU 293 A GLU 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale19 A C SER 302 A SER 301 1_555 A N MSE 303 A MSE 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? 
covale ? covale20 A C MSE 303 A MSE 302 1_555 A N ASN 304 A ASN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale21 A C ILE 316 A ILE 315 1_555 A N MSE 317 A MSE 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale22 A C MSE 317 A MSE 316 1_555 A N ILE 318 A ILE 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale23 A C TYR 340 A TYR 339 1_555 A N MSE 341 A MSE 340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale24 A C MSE 341 A MSE 340 1_555 A N VAL 342 A VAL 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale25 B C GLY 1 B GLY 0 1_555 B N MSE 2 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? 
covale ? covale26 B C MSE 2 B MSE 1 1_555 B N LYS 3 B LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? 
covale ? covale27 B C THR 27 B THR 26 1_555 B N MSE 28 B MSE 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? 
covale ? covale28 B C MSE 28 B MSE 27 1_555 B N ALA 29 B ALA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale29 B C LEU 45 B LEU 44 1_555 B N MSE 46 B MSE 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale30 B C MSE 46 B MSE 45 1_555 B N ALA 47 B ALA 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale31 B C ASP 49 B ASP 48 1_555 B N MSE 50 B MSE 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.36 ? 
covale ? covale32 B C MSE 50 B MSE 49 1_555 B N GLU 51 B GLU 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale33 B C LEU 154 B LEU 153 1_555 B N MSE 155 B MSE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale34 B C MSE 155 B MSE 154 1_555 B N THR 156 B THR 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.355 ? 
covale ? covale35 B C GLU 183 B GLU 182 1_555 B N MSE 184 B MSE 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale36 B C MSE 184 B MSE 183 1_555 B N LYS 185 B LYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale37 B C GLN 247 B GLN 246 1_555 B N MSE 248 B MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? 
covale ? covale38 B C MSE 248 B MSE 247 1_555 B N LEU 249 B LEU 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale39 B C ILE 284 B ILE 283 1_555 B N MSE 285 B MSE 284 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale40 B C MSE 285 B MSE 284 1_555 B N ASN 286 B ASN 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale41 B C ASN 291 B ASN 290 1_555 B N MSE 292 B MSE 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale42 B C MSE 292 B MSE 291 1_555 B N GLU 293 B GLU 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale43 B C SER 302 B SER 301 1_555 B N MSE 303 B MSE 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale44 B C MSE 303 B MSE 302 1_555 B N ASN 304 B ASN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale45 B C ILE 316 B ILE 315 1_555 B N MSE 317 B MSE 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale46 B C MSE 317 B MSE 316 1_555 B N ILE 318 B ILE 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale47 B C TYR 340 B TYR 339 1_555 B N MSE 341 B MSE 340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale48 B C MSE 341 B MSE 340 1_555 B N VAL 342 B VAL 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 89 n n 
C1 C2 EDO sing 90 n n 
C1 H11 EDO sing 91 n n 
C1 H12 EDO sing 92 n n 
O1 HO1 EDO sing 93 n n 
C2 O2 EDO sing 94 n n 
C2 H21 EDO sing 95 n n 
C2 H22 EDO sing 96 n n 
O2 HO2 EDO sing 97 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3T0P 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007827 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003807 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010465 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.013237 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 PGR A 1 373 373 PGR PGR . 
D 3 ACT A 1 376 376 ACT ACT . 
E 3 ACT A 1 378 378 ACT ACT . 
F 4 EDO A 1 382 382 EDO EDO . 
G 4 EDO A 1 383 383 EDO EDO . 
H 4 EDO A 1 384 384 EDO EDO . 
I 4 EDO A 1 385 385 EDO EDO . 
J 4 EDO A 1 386 386 EDO EDO . 
K 4 EDO A 1 388 388 EDO EDO . 
L 4 EDO A 1 389 389 EDO EDO . 
M 4 EDO A 1 391 391 EDO EDO . 
N 4 EDO A 1 392 392 EDO EDO . 
O 4 EDO A 1 394 394 EDO EDO . 
P 4 EDO A 1 397 397 EDO EDO . 
Q 5 CL A 1 399 399 CL CL . 
R 2 PGR B 1 374 374 PGR PGR . 
S 3 ACT B 1 375 375 ACT ACT . 
T 3 ACT B 1 377 377 ACT ACT . 
U 3 ACT B 1 379 379 ACT ACT . 
V 4 EDO B 1 380 380 EDO EDO . 
W 4 EDO B 1 381 381 EDO EDO . 
X 4 EDO B 1 387 387 EDO EDO . 
Y 4 EDO B 1 390 390 EDO EDO . 
Z 4 EDO B 1 393 393 EDO EDO . 
AA 4 EDO B 1 395 395 EDO EDO . 
BA 4 EDO B 1 396 396 EDO EDO . 
CA 5 CL B 1 398 398 CL CL . 
DA 6 HOH A 1 400 400 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 2 401 401 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 3 404 404 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 4 406 406 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 5 407 407 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 6 408 408 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 7 409 409 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 8 411 411 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 9 412 412 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 10 417 417 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 11 418 418 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 12 419 419 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 13 420 420 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 14 421 421 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 15 422 422 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 16 423 423 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 17 424 424 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 18 428 428 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 19 429 429 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 20 431 431 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 21 436 436 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 22 437 437 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 23 438 438 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 24 439 439 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 25 440 440 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 26 441 441 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 27 442 442 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 28 443 443 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 29 444 444 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 30 445 445 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 31 446 446 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 32 447 447 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 33 448 448 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 34 449 449 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 35 450 450 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 36 451 451 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 37 452 452 HOH HOH . 
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DA 6 HOH A 39 454 454 HOH HOH . 
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