data_3TSN
#
_model_server_result.job_id            VcYgCpx7BJ4M1A9Z4c_6aA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-20 15:37:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          3tsn 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    3TSN 
#
_exptl.entry_id    3TSN 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              58.693 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'NICKEL (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            3TSN 
_cell.length_a            141.938 
_cell.length_b            141.938 
_cell.length_c            121.004 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3TSN 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        78 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,M,N 1 1 
C,D,I,J,K,L,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 J N N 
? 2 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ALA 3 A ALA 0 1_555 A N MSE 4 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? 
covale ? covale2 A C MSE 4 A MSE 1 1_555 A N LYS 5 A LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale3 A C ILE 164 A ILE 161 1_555 A N MSE 165 A MSE 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale4 A C MSE 165 A MSE 162 1_555 A N MSE 166 A MSE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale5 A C MSE 166 A MSE 163 1_555 A N LEU 167 A LEU 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale6 A C LYS 210 A LYS 207 1_555 A N MSE 211 A MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale7 A C MSE 211 A MSE 208 1_555 A N GLY 212 A GLY 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale8 A C ILE 233 A ILE 230 1_555 A N MSE 234 A MSE 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale9 A C MSE 234 A MSE 231 1_555 A N GLU 235 A GLU 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale10 A C ALA 301 A ALA 298 1_555 A N MSE 302 A MSE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale11 A C MSE 302 A MSE 299 1_555 A N TYR 303 A TYR 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale12 B C ALA 3 B ALA 0 1_555 B N MSE 4 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale13 B C MSE 4 B MSE 1 1_555 B N LYS 5 B LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale14 B C ILE 164 B ILE 161 1_555 B N MSE 165 B MSE 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale15 B C MSE 165 B MSE 162 1_555 B N MSE 166 B MSE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale16 B C MSE 166 B MSE 163 1_555 B N LEU 167 B LEU 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale17 B C LYS 210 B LYS 207 1_555 B N MSE 211 B MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale18 B C MSE 211 B MSE 208 1_555 B N GLY 212 B GLY 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale19 B C ILE 233 B ILE 230 1_555 B N MSE 234 B MSE 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale20 B C MSE 234 B MSE 231 1_555 B N GLU 235 B GLU 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale21 B C ALA 301 B ALA 298 1_555 B N MSE 302 B MSE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale22 B C MSE 302 B MSE 299 1_555 B N TYR 303 B TYR 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale23 C C ALA 3 C ALA 0 1_555 C N MSE 4 C MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale24 C C MSE 4 C MSE 1 1_555 C N LYS 5 C LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale25 C C ILE 164 C ILE 161 1_555 C N MSE 165 C MSE 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale26 C C MSE 165 C MSE 162 1_555 C N MSE 166 C MSE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale27 C C MSE 166 C MSE 163 1_555 C N LEU 167 C LEU 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale28 C C LYS 210 C LYS 207 1_555 C N MSE 211 C MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale29 C C MSE 211 C MSE 208 1_555 C N GLY 212 C GLY 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale30 C C ILE 233 C ILE 230 1_555 C N MSE 234 C MSE 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale31 C C MSE 234 C MSE 231 1_555 C N GLU 235 C GLU 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale32 C C ALA 301 C ALA 298 1_555 C N MSE 302 C MSE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale33 C C MSE 302 C MSE 299 1_555 C N TYR 303 C TYR 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale34 D C ALA 3 D ALA 0 1_555 D N MSE 4 D MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale35 D C MSE 4 D MSE 1 1_555 D N LYS 5 D LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale36 D C ILE 164 D ILE 161 1_555 D N MSE 165 D MSE 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale37 D C MSE 165 D MSE 162 1_555 D N MSE 166 D MSE 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale38 D C MSE 166 D MSE 163 1_555 D N LEU 167 D LEU 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale39 D C LYS 210 D LYS 207 1_555 D N MSE 211 D MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale40 D C MSE 211 D MSE 208 1_555 D N GLY 212 D GLY 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale41 D C ILE 233 D ILE 230 1_555 D N MSE 234 D MSE 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale42 D C MSE 234 D MSE 231 1_555 D N GLU 235 D GLU 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale43 D C ALA 301 D ALA 298 1_555 D N MSE 302 D MSE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale44 D C MSE 302 D MSE 299 1_555 D N TYR 303 D TYR 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 180 A HIS 177 1_555 E NI NI . A NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? 
metalc ? metalc2 A NE2 HIS 219 A HIS 216 1_555 H NI NI . B NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 304 A HIS 301 1_555 E NI NI . A NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc4 E NI NI . A NI 501 1_555 F O3 UNL . A UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc5 E NI NI . A NI 501 1_555 F O2 UNL . A UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc6 E NI NI . A NI 501 1_555 F O19 UNL . A UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc7 E NI NI . A NI 501 1_555 B NE2 HIS 219 B HIS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc8 B NE2 HIS 180 B HIS 177 1_555 H NI NI . B NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc9 B NE2 HIS 304 B HIS 301 1_555 H NI NI . B NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc10 H NI NI . B NI 501 1_555 G O3 UNL . B UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc11 H NI NI . B NI 501 1_555 G O2 UNL . B UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc12 C NE2 HIS 180 C HIS 177 1_555 J NI NI . C NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 219 C HIS 216 1_555 L NI NI . D NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc14 C NE2 HIS 304 C HIS 301 1_555 J NI NI . C NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc15 J NI NI . C NI 501 1_555 I O3 UNL . C UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc16 J NI NI . C NI 501 1_555 I O2 UNL . C UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? 
metalc ? metalc17 J NI NI . C NI 501 1_555 I O1 UNL . C UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? 
metalc ? metalc18 J NI NI . C NI 501 1_555 D NE2 HIS 219 D HIS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc19 D NE2 HIS 180 D HIS 177 1_555 L NI NI . D NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc20 D NE2 HIS 304 D HIS 301 1_555 L NI NI . D NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc21 L NI NI . D NI 501 1_555 K O3 UNL . D UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc22 L NI NI . D NI 501 1_555 K O2 UNL . D UNL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ni 2' 
_chem_comp.formula_weight    58.693 
_chem_comp.id                NI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'NICKEL (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3TSN 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007045 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007045 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008264 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 NI A 1 501 501 NI NI . 
F 3 UNL A 1 601 601 UNL UNK . 
G 3 UNL B 1 601 601 UNL UNK . 
H 2 NI B 1 501 501 NI NI . 
I 3 UNL C 1 601 601 UNL UNK . 
J 2 NI C 1 501 501 NI NI . 
K 3 UNL D 1 601 601 UNL UNK . 
L 2 NI D 1 501 501 NI NI . 
M 4 HOH A 1 365 1 HOH HOH . 
M 4 HOH A 2 366 3 HOH HOH . 
M 4 HOH A 3 367 5 HOH HOH . 
M 4 HOH A 4 368 7 HOH HOH . 
M 4 HOH A 5 369 8 HOH HOH . 
M 4 HOH A 6 370 9 HOH HOH . 
M 4 HOH A 7 371 11 HOH HOH . 
M 4 HOH A 8 372 14 HOH HOH . 
M 4 HOH A 9 373 19 HOH HOH . 
M 4 HOH A 10 374 23 HOH HOH . 
M 4 HOH A 11 375 27 HOH HOH . 
M 4 HOH A 12 376 30 HOH HOH . 
M 4 HOH A 13 377 34 HOH HOH . 
M 4 HOH A 14 378 37 HOH HOH . 
M 4 HOH A 15 379 38 HOH HOH . 
M 4 HOH A 16 380 40 HOH HOH . 
M 4 HOH A 17 381 45 HOH HOH . 
M 4 HOH A 18 382 51 HOH HOH . 
M 4 HOH A 19 383 52 HOH HOH . 
M 4 HOH A 20 384 57 HOH HOH . 
M 4 HOH A 21 385 61 HOH HOH . 
M 4 HOH A 22 386 66 HOH HOH . 
M 4 HOH A 23 387 67 HOH HOH . 
M 4 HOH A 24 388 69 HOH HOH . 
M 4 HOH A 25 389 70 HOH HOH . 
M 4 HOH A 26 390 72 HOH HOH . 
M 4 HOH A 27 391 73 HOH HOH . 
M 4 HOH A 28 392 77 HOH HOH . 
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