data_3U61 # _model_server_result.job_id jadE1l7tawd_egpUCae4Fw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-01 05:56:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3u61 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":700}' # _entry.id 3U61 # _exptl.entry_id 3U61 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3U61 _cell.length_a 82.303 _cell.length_b 137.272 _cell.length_c 222.779 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3U61 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id K _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 F C MSE 1 G MSE 1001 1_555 F N LYS 2 G LYS 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale2 F C ILE 21 G ILE 1021 1_555 F N MSE 22 G MSE 1022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale3 F C MSE 22 G MSE 1022 1_555 F N LEU 23 G LEU 1023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale4 F C ILE 29 G ILE 1029 1_555 F N MSE 30 G MSE 1030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale5 F C MSE 30 G MSE 1030 1_555 F N THR 31 G THR 1031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale6 F C ASN 183 G ASN 1183 1_555 F N MSE 184 G MSE 1184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale7 F C MSE 184 G MSE 1184 1_555 F N ALA 185 G ALA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 F C ASN 186 G ASN 1186 1_555 F N MSE 187 G MSE 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale9 F C MSE 187 G MSE 1187 1_555 F N LYS 188 G LYS 1188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale10 F C LYS 188 G LYS 1188 1_555 F N MSE 189 G MSE 1189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale11 F C MSE 189 G MSE 1189 1_555 F N GLN 190 G GLN 1190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale12 G C MSE 1 H MSE 2001 1_555 G N LYS 2 H LYS 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale13 G C ILE 21 H ILE 2021 1_555 G N MSE 22 H MSE 2022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale14 G C MSE 22 H MSE 2022 1_555 G N LEU 23 H LEU 2023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale15 G C ILE 29 H ILE 2029 1_555 G N MSE 30 H MSE 2030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale16 G C MSE 30 H MSE 2030 1_555 G N THR 31 H THR 2031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale17 G C ASN 183 H ASN 2183 1_555 G N MSE 184 H MSE 2184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale18 G C MSE 184 H MSE 2184 1_555 G N ALA 185 H ALA 2185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale19 G C ASN 186 H ASN 2186 1_555 G N MSE 187 H MSE 2187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale20 G C MSE 187 H MSE 2187 1_555 G N LYS 188 H LYS 2188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale21 G C LYS 188 H LYS 2188 1_555 G N MSE 189 H MSE 2189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale22 G C MSE 189 H MSE 2189 1_555 G N GLN 190 H GLN 2190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale23 H C MSE 1 F MSE 3001 1_555 H N LYS 2 F LYS 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale24 H C ILE 21 F ILE 3021 1_555 H N MSE 22 F MSE 3022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale25 H C MSE 22 F MSE 3022 1_555 H N LEU 23 F LEU 3023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale26 H C ILE 29 F ILE 3029 1_555 H N MSE 30 F MSE 3030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale27 H C MSE 30 F MSE 3030 1_555 H N THR 31 F THR 3031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale28 H C ASN 183 F ASN 3183 1_555 H N MSE 184 F MSE 3184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale29 H C MSE 184 F MSE 3184 1_555 H N ALA 185 F ALA 3185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale30 H C ASN 186 F ASN 3186 1_555 H N MSE 187 F MSE 3187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale31 H C MSE 187 F MSE 3187 1_555 H N LYS 188 F LYS 3188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale32 H C LYS 188 F LYS 3188 1_555 H N MSE 189 F MSE 3189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale33 H C MSE 189 F MSE 3189 1_555 H N GLN 190 F GLN 3190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? metalc ? metalc1 B OG1 THR 62 C THR 57 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc2 B OE2 GLU 113 C GLU 108 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? metalc ? metalc3 M O1B 08T . C 08T 700 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc4 C OG1 THR 62 D THR 57 1_555 P MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc5 C OE2 GLU 113 D GLU 108 1_555 P MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc6 O O1B 08T . D 08T 700 1_555 P MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 I N1 DG 11 I DG 1 1_555 J O2 DC 10 J DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog2 I N1 DG 12 I DG 2 1_555 J N1 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog3 I O6 DG 12 I DG 2 1_555 J N6 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 I N1 DG 12 I DG 2 1_555 J N3 DC 9 J DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 I N2 DG 12 I DG 2 1_555 J O2 DC 9 J DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 I O6 DG 12 I DG 2 1_555 J N4 DC 9 J DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 I N3 DT 13 I DT 3 1_555 J N1 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 I O4 DT 13 I DT 3 1_555 J N6 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 I N1 DG 14 I DG 4 1_555 J N3 DC 7 J DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 I N2 DG 14 I DG 4 1_555 J O2 DC 7 J DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 I O6 DG 14 I DG 4 1_555 J N4 DC 7 J DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 I N3 DT 15 I DT 5 1_555 J N1 DA 6 J DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 I O4 DT 15 I DT 5 1_555 J N6 DA 6 J DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 I N3 DC 16 I DC 6 1_555 J N1 DG 5 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 I N4 DC 16 I DC 6 1_555 J O6 DG 5 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 I O2 DC 16 I DC 6 1_555 J N2 DG 5 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog17 I N1 DA 18 I DA 8 1_555 J N3 DT 3 J DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B ADP doub 48 n n PB O2B ADP sing 49 n n PB O3B ADP sing 50 n n PB O3A ADP sing 51 n n O2B HOB2 ADP sing 52 n n O3B HOB3 ADP sing 53 n n PA O1A ADP doub 54 n n PA O2A ADP sing 55 n n PA O3A ADP sing 56 n n PA O5' ADP sing 57 n n O2A HOA2 ADP sing 58 n n O5' C5' ADP sing 59 n n C5' C4' ADP sing 60 n n C5' "H5'1" ADP sing 61 n n C5' "H5'2" ADP sing 62 n n C4' O4' ADP sing 63 n n C4' C3' ADP sing 64 n n C4' H4' ADP sing 65 n n O4' C1' ADP sing 66 n n C3' O3' ADP sing 67 n n C3' C2' ADP sing 68 n n C3' H3' ADP sing 69 n n O3' HO3' ADP sing 70 n n C2' O2' ADP sing 71 n n C2' C1' ADP sing 72 n n C2' H2' ADP sing 73 n n O2' HO2' ADP sing 74 n n C1' N9 ADP sing 75 n n C1' H1' ADP sing 76 n n N9 C8 ADP sing 77 n y N9 C4 ADP sing 78 n y C8 N7 ADP doub 79 n y C8 H8 ADP sing 80 n n N7 C5 ADP sing 81 n y C5 C6 ADP sing 82 n y C5 C4 ADP doub 83 n y C6 N6 ADP sing 84 n n C6 N1 ADP doub 85 n y N6 HN61 ADP sing 86 n n N6 HN62 ADP sing 87 n n N1 C2 ADP sing 88 n y C2 N3 ADP doub 89 n y C2 H2 ADP sing 90 n n N3 C4 ADP sing 91 n y # _atom_sites.entry_id 3U61 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01215 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007285 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004489 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 6 ADP B 1 700 700 ADP ADP . L 7 MG B 1 800 800 MG MG . M 8 08T C 1 700 700 08T 08T . N 7 MG C 1 800 800 MG MG . O 8 08T D 1 700 700 08T 08T . P 7 MG D 1 800 800 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . K 6 2.477 13.232 7.638 1 83.62 ? PB ADP 700 B 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . K 6 3.968 13.557 7.665 1 83.62 ? O1B ADP 700 B 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . K 6 1.791 13.727 8.912 1 83.62 ? O2B ADP 700 B 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . K 6 2.123 11.779 7.307 1 83.62 ? O3B ADP 700 B 1 HETATM 5 P PA ADP . . . K 6 1.455 13.316 4.879 1 83.62 ? PA ADP 700 B 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . K 6 2.661 12.715 4.177 1 83.62 ? O1A ADP 700 B 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . K 6 0.181 12.549 5.195 1 83.62 ? O2A ADP 700 B 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . K 6 1.86 14.01 6.318 1 83.62 ? O3A ADP 700 B 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . K 6 1.141 14.578 3.914 1 83.62 ? O5' ADP 700 B 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . K 6 -0.06 14.78 3.168 1 83.62 ? C5' ADP 700 B 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . K 6 0.009 16.078 2.355 1 83.62 ? C4' ADP 700 B 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . K 6 0.823 17.08 2.994 1 83.62 ? O4' ADP 700 B 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . K 6 0.605 15.834 0.963 1 83.62 ? C3' ADP 700 B 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . K 6 -0.394 15.611 -0.041 1 83.62 ? O3' ADP 700 B 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . K 6 1.48 17.044 0.678 1 83.62 ? C2' ADP 700 B 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . K 6 0.911 18.028 -0.203 1 83.62 ? O2' ADP 700 B 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . K 6 1.729 17.657 2.047 1 83.62 ? C1' ADP 700 B 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . K 6 3.092 17.212 2.383 1 83.62 ? N9 ADP 700 B 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . K 6 3.456 16.77 3.591 1 83.62 ? C8 ADP 700 B 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . K 6 4.772 16.431 3.608 1 83.62 ? N7 ADP 700 B 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . K 6 5.26 16.661 2.384 1 83.62 ? C5 ADP 700 B 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . K 6 6.583 16.506 1.765 1 83.62 ? C6 ADP 700 B 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . K 6 7.603 16.029 2.536 1 83.62 ? N6 ADP 700 B 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . K 6 6.7 16.854 0.452 1 83.62 ? N1 ADP 700 B 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . K 6 5.652 17.329 -0.249 1 83.62 ? C2 ADP 700 B 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . K 6 4.421 17.485 0.271 1 83.62 ? N3 ADP 700 B 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . K 6 4.159 17.176 1.567 1 83.62 ? C4 ADP 700 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 37 _model_server_stats.query_time_ms 232 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 27 #