data_3U61 # _model_server_result.job_id GiWeAxkUUuyGWOzk4jaS3w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 12:43:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3u61 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":800}' # _entry.id 3U61 # _exptl.entry_id 3U61 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3U61 _cell.length_a 82.303 _cell.length_b 137.272 _cell.length_c 222.779 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3U61 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 L N N ? 7 N N N ? 7 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 F C MSE 1 G MSE 1001 1_555 F N LYS 2 G LYS 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale2 F C ILE 21 G ILE 1021 1_555 F N MSE 22 G MSE 1022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale3 F C MSE 22 G MSE 1022 1_555 F N LEU 23 G LEU 1023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale4 F C ILE 29 G ILE 1029 1_555 F N MSE 30 G MSE 1030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale5 F C MSE 30 G MSE 1030 1_555 F N THR 31 G THR 1031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale6 F C ASN 183 G ASN 1183 1_555 F N MSE 184 G MSE 1184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale7 F C MSE 184 G MSE 1184 1_555 F N ALA 185 G ALA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 F C ASN 186 G ASN 1186 1_555 F N MSE 187 G MSE 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale9 F C MSE 187 G MSE 1187 1_555 F N LYS 188 G LYS 1188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale10 F C LYS 188 G LYS 1188 1_555 F N MSE 189 G MSE 1189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale ? covale11 F C MSE 189 G MSE 1189 1_555 F N GLN 190 G GLN 1190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale12 G C MSE 1 H MSE 2001 1_555 G N LYS 2 H LYS 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale13 G C ILE 21 H ILE 2021 1_555 G N MSE 22 H MSE 2022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale14 G C MSE 22 H MSE 2022 1_555 G N LEU 23 H LEU 2023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale15 G C ILE 29 H ILE 2029 1_555 G N MSE 30 H MSE 2030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale16 G C MSE 30 H MSE 2030 1_555 G N THR 31 H THR 2031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale17 G C ASN 183 H ASN 2183 1_555 G N MSE 184 H MSE 2184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale18 G C MSE 184 H MSE 2184 1_555 G N ALA 185 H ALA 2185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale19 G C ASN 186 H ASN 2186 1_555 G N MSE 187 H MSE 2187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale20 G C MSE 187 H MSE 2187 1_555 G N LYS 188 H LYS 2188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale21 G C LYS 188 H LYS 2188 1_555 G N MSE 189 H MSE 2189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale22 G C MSE 189 H MSE 2189 1_555 G N GLN 190 H GLN 2190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale23 H C MSE 1 F MSE 3001 1_555 H N LYS 2 F LYS 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale24 H C ILE 21 F ILE 3021 1_555 H N MSE 22 F MSE 3022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale25 H C MSE 22 F MSE 3022 1_555 H N LEU 23 F LEU 3023 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale26 H C ILE 29 F ILE 3029 1_555 H N MSE 30 F MSE 3030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale27 H C MSE 30 F MSE 3030 1_555 H N THR 31 F THR 3031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale28 H C ASN 183 F ASN 3183 1_555 H N MSE 184 F MSE 3184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale29 H C MSE 184 F MSE 3184 1_555 H N ALA 185 F ALA 3185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale30 H C ASN 186 F ASN 3186 1_555 H N MSE 187 F MSE 3187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale31 H C MSE 187 F MSE 3187 1_555 H N LYS 188 F LYS 3188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale32 H C LYS 188 F LYS 3188 1_555 H N MSE 189 F MSE 3189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale33 H C MSE 189 F MSE 3189 1_555 H N GLN 190 F GLN 3190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? metalc ? metalc1 B OG1 THR 62 C THR 57 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc2 B OE2 GLU 113 C GLU 108 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? metalc ? metalc3 M O1B 08T . C 08T 700 1_555 N MG MG . C MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc4 C OG1 THR 62 D THR 57 1_555 P MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc5 C OE2 GLU 113 D GLU 108 1_555 P MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc6 O O1B 08T . D 08T 700 1_555 P MG MG . D MG 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 I N1 DG 11 I DG 1 1_555 J O2 DC 10 J DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog2 I N1 DG 12 I DG 2 1_555 J N1 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog3 I O6 DG 12 I DG 2 1_555 J N6 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 I N1 DG 12 I DG 2 1_555 J N3 DC 9 J DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 I N2 DG 12 I DG 2 1_555 J O2 DC 9 J DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 I O6 DG 12 I DG 2 1_555 J N4 DC 9 J DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 I N3 DT 13 I DT 3 1_555 J N1 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 I O4 DT 13 I DT 3 1_555 J N6 DA 8 J DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 I N1 DG 14 I DG 4 1_555 J N3 DC 7 J DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 I N2 DG 14 I DG 4 1_555 J O2 DC 7 J DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 I O6 DG 14 I DG 4 1_555 J N4 DC 7 J DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 I N3 DT 15 I DT 5 1_555 J N1 DA 6 J DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 I O4 DT 15 I DT 5 1_555 J N6 DA 6 J DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 I N3 DC 16 I DC 6 1_555 J N1 DG 5 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 I N4 DC 16 I DC 6 1_555 J O6 DG 5 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 I O2 DC 16 I DC 6 1_555 J N2 DG 5 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog17 I N1 DA 18 I DA 8 1_555 J N3 DT 3 J DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3U61 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01215 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007285 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004489 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 6 ADP B 1 700 700 ADP ADP . L 7 MG B 1 800 800 MG MG . M 8 08T C 1 700 700 08T 08T . N 7 MG C 1 800 800 MG MG . O 8 08T D 1 700 700 08T 08T . P 7 MG D 1 800 800 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x -35.643 _atom_site.Cartn_y 8.435 _atom_site.Cartn_z 47.645 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 83.62 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 800 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 40 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 26 _model_server_stats.query_time_ms 321 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #