data_3UD2
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_model_server_result.job_id            26hOD_x5e7PJP_ABMwwDiQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 21:59:29' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ud2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":5}' 
#
_entry.id    3UD2 
#
_exptl.entry_id    3UD2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    17 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            3UD2 
_cell.length_a            279.48 
_cell.length_b            40.873 
_cell.length_c            95.249 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3UD2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,E,F,G,CA 1 1 
B,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,DA 2 1 
C,AA,BA,EA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C PHE 10 C PHE 917 1_555 A N MSE 11 C MSE 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale2 A C MSE 11 C MSE 918 1_555 A N VAL 12 C VAL 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale3 A C SER 18 C SER 925 1_555 A N MSE 19 C MSE 926 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale4 A C MSE 19 C MSE 926 1_555 A N ARG 20 C ARG 927 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale5 A C GLY 128 C GLY 1035 1_555 A N MSE 129 C MSE 1036 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale6 A C MSE 129 C MSE 1036 1_555 A N ASP 130 C ASP 1037 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale7 A C ILE 158 C ILE 1065 1_555 A N MSE 159 C MSE 1066 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale8 A C MSE 159 C MSE 1066 1_555 A N SER 160 C SER 1067 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale9 B C PHE 10 B PHE 917 1_555 B N MSE 11 B MSE 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale10 B C MSE 11 B MSE 918 1_555 B N VAL 12 B VAL 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale11 B C SER 18 B SER 925 1_555 B N MSE 19 B MSE 926 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale12 B C MSE 19 B MSE 926 1_555 B N ARG 20 B ARG 927 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale13 B C GLY 128 B GLY 1035 1_555 B N MSE 129 B MSE 1036 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale14 B C MSE 129 B MSE 1036 1_555 B N ASP 130 B ASP 1037 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale15 B C ILE 158 B ILE 1065 1_555 B N MSE 159 B MSE 1066 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale16 B C MSE 159 B MSE 1066 1_555 B N SER 160 B SER 1067 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale17 C C PHE 10 A PHE 917 1_555 C N MSE 11 A MSE 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale18 C C MSE 11 A MSE 918 1_555 C N VAL 12 A VAL 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale19 C C SER 18 A SER 925 1_555 C N MSE 19 A MSE 926 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale20 C C MSE 19 A MSE 926 1_555 C N ARG 20 A ARG 927 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale21 C C GLY 128 A GLY 1035 1_555 C N MSE 129 A MSE 1036 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale22 C C MSE 129 A MSE 1036 1_555 C N ASP 130 A ASP 1037 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale23 C C ILE 158 A ILE 1065 1_555 C N MSE 159 A MSE 1066 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale24 C C MSE 159 A MSE 1066 1_555 C N SER 160 A SER 1067 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
metalc ? metalc1 D NA NA . C NA 8 1_555 A O ARG 97 C ARG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc2 H NA NA . B NA 1 1_555 B OG SER 268 B SER 1175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? 
metalc ? metalc3 H NA NA . B NA 1 1_555 B O ILE 270 B ILE 1177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? 
metalc ? metalc4 H NA NA . B NA 1 1_555 B O GLN 275 B GLN 1182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc5 I NA NA . B NA 2 1_555 B O ILE 224 B ILE 1131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.121 ? 
metalc ? metalc6 I NA NA . B NA 2 1_555 B OG1 THR 226 B THR 1133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? 
metalc ? metalc7 J NA NA . B NA 3 1_555 B O GLY 93 B GLY 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? 
metalc ? metalc8 J NA NA . B NA 3 1_555 B OD2 ASP 274 B ASP 1181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc9 K NA NA . B NA 4 1_555 B O ALA 290 B ALA 1197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? 
metalc ? metalc10 L NA NA . B NA 5 1_555 B O GLY 93 B GLY 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc11 M NA NA . B NA 6 1_555 B O ALA 313 B ALA 1220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc12 N NA NA . B NA 9 1_555 B OD1 ASP 274 B ASP 1181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? 
metalc ? metalc13 N NA NA . B NA 9 1_555 B OH TYR 323 B TYR 1230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc14 O NA NA . B NA 10 1_555 B O ARG 97 B ARG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? 
metalc ? metalc15 P NA NA . B NA 11 1_555 B OE1 GLN 204 B GLN 1111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? 
metalc ? metalc16 R NA NA . B NA 13 1_555 B OE1 GLN 204 B GLN 1111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? 
metalc ? metalc17 S NA NA . B NA 14 1_555 B O THR 320 B THR 1227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? 
metalc ? metalc18 T NA NA . B NA 15 1_555 B O GLY 258 B GLY 1165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc19 U NA NA . B NA 16 1_555 B O HIS 92 B HIS 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc20 V NA NA . B NA 17 1_555 DA O HOH . B HOH 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc21 V NA NA . B NA 17 1_555 B O LEU 244 B LEU 1151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.061 ? 
metalc ? metalc22 V NA NA . B NA 17 1_555 Z O EOH . B EOH 1235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.047 ? 
metalc ? metalc23 X NA NA . B NA 19 1_555 B O VAL 269 B VAL 1176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc24 X NA NA . B NA 19 1_555 B O SER 301 B SER 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3UD2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003578 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000126 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.024466 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010505 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 NA C 1 8 8 NA NA . 
E 3 EOH C 1 4 4 EOH EOH . 
F 3 EOH C 1 5 5 EOH EOH . 
G 3 EOH C 1 1234 8 EOH EOH . 
H 2 NA B 1 1 1 NA NA . 
I 2 NA B 1 2 2 NA NA . 
J 2 NA B 1 3 3 NA NA . 
K 2 NA B 1 4 4 NA NA . 
L 2 NA B 1 5 5 NA NA . 
M 2 NA B 1 6 6 NA NA . 
N 2 NA B 1 9 9 NA NA . 
O 2 NA B 1 10 10 NA NA . 
P 2 NA B 1 11 11 NA NA . 
Q 4 CL B 1 12 12 CL CL . 
R 2 NA B 1 13 13 NA NA . 
S 2 NA B 1 14 14 NA NA . 
T 2 NA B 1 15 15 NA NA . 
U 2 NA B 1 16 16 NA NA . 
V 2 NA B 1 17 17 NA NA . 
W 2 NA B 1 18 18 NA NA . 
X 2 NA B 1 19 19 NA NA . 
Y 3 EOH B 1 1234 3 EOH EOH . 
Z 3 EOH B 1 1235 6 EOH EOH . 
AA 3 EOH A 1 2 2 EOH EOH . 
BA 3 EOH A 1 7 7 EOH EOH . 
CA 5 HOH C 1 9 9 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 2 10 10 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 3 17 17 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 4 18 18 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 5 21 21 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 6 28 28 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 7 29 29 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 8 30 30 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 9 44 44 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 10 54 54 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 11 57 57 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 12 59 59 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 13 60 60 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 14 64 64 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 15 66 66 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 16 67 67 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 17 70 70 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 18 72 72 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 19 75 75 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 20 76 76 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 21 77 77 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 22 78 78 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 23 79 79 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 24 84 84 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 25 85 85 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 26 86 86 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 27 89 89 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 28 90 90 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 29 91 91 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 30 94 94 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 31 95 95 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 32 98 98 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 33 103 103 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 34 104 104 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 35 105 105 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 36 107 107 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 37 108 108 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 38 112 112 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 39 113 113 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 40 119 119 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 41 124 124 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 42 127 127 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 43 128 128 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 44 129 129 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 45 133 133 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 46 134 134 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 47 135 135 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 48 138 138 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 49 140 140 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 50 142 142 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 51 144 144 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 52 148 148 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 53 149 149 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 54 156 156 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 55 158 158 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 56 160 160 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 57 166 166 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 58 169 169 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 59 170 170 HOH HOH . 
CA 5 HOH C 60 173 173 HOH HOH . 
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EA 5 HOH A 18 51 51 HOH HOH . 
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EA 5 HOH A 21 62 62 HOH HOH . 
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