data_3USK # _model_server_result.job_id lkRHTGZUh4P4O4yn9xnd9A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 11:20:14' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3usk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":752}' # _entry.id 3USK # _exptl.entry_id 3USK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.57 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3USK _cell.length_a 70.16 _cell.length_b 112.483 _cell.length_c 165.32 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3USK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 5 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G 1 1 B,H,I,J 2 1 C,K,L,M 3 1 D,N,O,P 4 1 A,E,F,G 5 1 C,K,L,M 5 2 B,H,I,J 6 1 D,N,O,P 6 3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_656 -x+1,y+1/2,-z+1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 48.381178 56.2415 163.879179 3 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,y+1/2,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 70.16 56.2415 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 O N N ? 3 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O GLY 20 A GLY 20 1_555 F NA NA . A NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc2 A O ALA 22 A ALA 22 1_555 G NA NA . A NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc3 A O VAL 23 A VAL 23 1_555 F NA NA . A NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 27 A ASN 27 1_555 G NA NA . A NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc5 A O THR 254 A THR 254 1_555 G NA NA . A NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc6 A OG1 THR 254 A THR 254 1_555 G NA NA . A NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 286 A ASN 286 1_555 G NA NA . A NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc8 A O ALA 351 A ALA 351 1_555 F NA NA . A NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc9 A OG1 THR 354 A THR 354 1_555 F NA NA . A NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc10 A OG SER 355 A SER 355 1_555 F NA NA . A NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc11 E O LEU . A LEU 601 1_555 G NA NA . A NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc12 B O GLY 20 B GLY 20 1_555 I NA NA . B NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc13 B O ALA 22 B ALA 22 1_555 J NA NA . B NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc14 B O VAL 23 B VAL 23 1_555 I NA NA . B NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASN 27 B ASN 27 1_555 J NA NA . B NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc16 B O THR 254 B THR 254 1_555 J NA NA . B NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc17 B OG1 THR 254 B THR 254 1_555 J NA NA . B NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASN 286 B ASN 286 1_555 J NA NA . B NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc19 B O ALA 351 B ALA 351 1_555 I NA NA . B NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc20 B OG1 THR 354 B THR 354 1_555 I NA NA . B NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc21 B OG SER 355 B SER 355 1_555 I NA NA . B NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc22 H O LEU . B LEU 601 1_555 J NA NA . B NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc23 C O GLY 20 C GLY 20 1_555 L NA NA . C NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc24 C O ALA 22 C ALA 22 1_555 M NA NA . C NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc25 C O VAL 23 C VAL 23 1_555 L NA NA . C NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASN 27 C ASN 27 1_555 M NA NA . C NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc27 C O THR 254 C THR 254 1_555 M NA NA . C NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc28 C OG1 THR 254 C THR 254 1_555 M NA NA . C NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASN 286 C ASN 286 1_555 M NA NA . C NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc30 C O ALA 351 C ALA 351 1_555 L NA NA . C NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc31 C OG1 THR 354 C THR 354 1_555 L NA NA . C NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc32 C OG SER 355 C SER 355 1_555 L NA NA . C NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc33 K O LEU . C LEU 601 1_555 M NA NA . C NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc34 D O GLY 20 D GLY 20 1_555 O NA NA . D NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc35 D O ALA 22 D ALA 22 1_555 P NA NA . D NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc36 D O VAL 23 D VAL 23 1_555 O NA NA . D NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASN 27 D ASN 27 1_555 P NA NA . D NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc38 D O THR 254 D THR 254 1_555 P NA NA . D NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc39 D OG1 THR 254 D THR 254 1_555 P NA NA . D NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc40 D OD1 ASN 286 D ASN 286 1_555 P NA NA . D NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc41 D O ALA 351 D ALA 351 1_555 O NA NA . D NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc42 D OG1 THR 354 D THR 354 1_555 O NA NA . D NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc43 D OG SER 355 D SER 355 1_555 O NA NA . D NA 751 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc44 N O LEU . D LEU 601 1_555 P NA NA . D NA 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3USK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014253 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001894 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00889 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006102 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 LEU A 1 601 601 LEU LEU . F 3 NA A 1 751 751 NA NA . G 3 NA A 1 752 752 NA NA . H 2 LEU B 1 601 601 LEU LEU . I 3 NA B 1 751 751 NA NA . J 3 NA B 1 752 752 NA NA . K 2 LEU C 1 601 601 LEU LEU . L 3 NA C 1 751 751 NA NA . M 3 NA C 1 752 752 NA NA . N 2 LEU D 1 601 601 LEU LEU . O 3 NA D 1 751 751 NA NA . P 3 NA D 1 752 752 NA NA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 1.783 _atom_site.Cartn_y -43.557 _atom_site.Cartn_z 23.031 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 77.83 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 752 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #