data_3V5V
#
_model_server_result.job_id            00VeJG7I7-b5uG6nhhoRMQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 14:47:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3v5v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    3V5V 
#
_exptl.entry_id    3V5V 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    33 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3V5V 
_cell.length_a            81.14 
_cell.length_b            101.69 
_cell.length_c            213.3 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3V5V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 Y N N 
? 3 Z N N 
? 3 AA N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 DA N N 
? 3 EA N N 
? 3 FA N N 
? 3 IA N N 
? 3 JA N N 
? 3 KA N N 
? 3 LA N N 
? 3 MA N N 
? 3 NA N N 
? 3 OA N N 
? 3 PA N N 
? 3 QA N N 
? 3 RA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ARG 66 A ARG 66 1_555 A N IAS 67 A IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale2 A CG IAS 67 A IAS 67 1_555 A N GLY 68 A GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 B C ARG 66 B ARG 66 1_555 B N IAS 67 B IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale4 B CG IAS 67 B IAS 67 1_555 B N GLY 68 B GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale5 C C ARG 66 C ARG 66 1_555 C N IAS 67 C IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale6 C CG IAS 67 C IAS 67 1_555 C N GLY 68 C GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale7 D C ARG 66 D ARG 66 1_555 D N IAS 67 D IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale8 D CG IAS 67 D IAS 67 1_555 D N GLY 68 D GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 89 n n 
C1 C2 EDO sing 90 n n 
C1 H11 EDO sing 91 n n 
C1 H12 EDO sing 92 n n 
O1 HO1 EDO sing 93 n n 
C2 O2 EDO sing 94 n n 
C2 H21 EDO sing 95 n n 
C2 H22 EDO sing 96 n n 
O2 HO2 EDO sing 97 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3V5V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012324 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009834 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004688 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 PEG A 1 501 2 PEG PEG . 
F 2 PEG A 1 502 3 PEG PEG . 
G 3 EDO A 1 503 8 EDO EDO . 
H 3 EDO A 1 504 10 EDO EDO . 
I 3 EDO A 1 505 11 EDO EDO . 
J 3 EDO A 1 506 12 EDO EDO . 
K 3 EDO A 1 507 14 EDO EDO . 
L 3 EDO A 1 508 16 EDO EDO . 
M 3 EDO A 1 509 22 EDO EDO . 
N 3 EDO A 1 510 30 EDO EDO . 
O 4 ACT A 1 511 2 ACT ACT . 
P 5 PGE B 1 501 1 PGE PGE . 
Q 3 EDO B 1 502 1 EDO EDO . 
R 3 EDO B 1 503 6 EDO EDO . 
S 3 EDO B 1 504 7 EDO EDO . 
T 3 EDO B 1 505 17 EDO EDO . 
U 3 EDO B 1 506 25 EDO EDO . 
V 3 EDO B 1 507 27 EDO EDO . 
W 3 EDO B 1 508 32 EDO EDO . 
X 2 PEG C 1 501 4 PEG PEG . 
Y 3 EDO C 1 502 2 EDO EDO . 
Z 3 EDO C 1 503 4 EDO EDO . 
AA 3 EDO C 1 504 5 EDO EDO . 
BA 3 EDO C 1 505 13 EDO EDO . 
CA 3 EDO C 1 506 19 EDO EDO . 
DA 3 EDO C 1 507 20 EDO EDO . 
EA 3 EDO C 1 508 28 EDO EDO . 
FA 3 EDO C 1 509 29 EDO EDO . 
GA 4 ACT C 1 510 1 ACT ACT . 
HA 2 PEG D 1 501 1 PEG PEG . 
IA 3 EDO D 1 502 3 EDO EDO . 
JA 3 EDO D 1 503 9 EDO EDO . 
KA 3 EDO D 1 504 15 EDO EDO . 
LA 3 EDO D 1 505 18 EDO EDO . 
MA 3 EDO D 1 506 21 EDO EDO . 
NA 3 EDO D 1 507 23 EDO EDO . 
OA 3 EDO D 1 508 24 EDO EDO . 
PA 3 EDO D 1 509 26 EDO EDO . 
QA 3 EDO D 1 510 31 EDO EDO . 
RA 3 EDO D 1 511 33 EDO EDO . 
SA 6 HOH A 1 601 11 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 2 602 20 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 3 603 23 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 4 604 27 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 5 605 32 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 6 606 33 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 7 607 39 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 8 608 47 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 9 609 55 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 10 610 62 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 11 611 66 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 12 612 67 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 13 613 68 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 14 614 69 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 15 615 71 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 16 616 73 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 17 617 74 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 18 618 79 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 19 619 80 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 20 620 85 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 21 621 89 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 22 622 92 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 23 623 93 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 24 624 95 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 25 625 96 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 26 626 105 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 27 627 112 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 28 628 115 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 29 629 117 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 30 630 134 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 31 631 138 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 32 632 140 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 33 633 141 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 34 634 142 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 35 635 143 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 36 636 145 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 37 637 155 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 38 638 157 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 39 639 160 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 40 640 164 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 41 641 167 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 42 642 168 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 43 643 171 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 44 644 177 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 45 645 181 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 46 646 194 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 47 647 196 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 48 648 197 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 49 649 201 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 50 650 202 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 51 651 205 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 52 652 207 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 53 653 210 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 54 654 211 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 55 655 221 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 56 656 222 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 57 657 226 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 58 658 228 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 59 659 231 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 60 660 236 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 61 661 238 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 62 662 242 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 63 663 246 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 64 664 251 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 65 665 252 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 66 666 253 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 67 667 274 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 68 668 275 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 69 669 279 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 70 670 285 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 71 671 292 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 72 672 293 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 73 673 295 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 74 674 298 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 75 675 304 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 76 676 307 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 77 677 316 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 78 678 317 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 79 679 320 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 80 680 322 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 81 681 325 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 82 682 329 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 83 683 331 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 84 684 333 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 85 685 337 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 86 686 338 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 87 687 340 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 88 688 341 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 89 689 343 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 90 690 344 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 91 691 347 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 92 692 350 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 93 693 352 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 94 694 359 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 95 695 361 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 96 696 370 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 97 697 376 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 98 698 383 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 99 699 384 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 100 700 391 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 101 701 393 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 102 702 406 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 103 703 411 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 104 704 412 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 105 705 413 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 106 706 423 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 107 707 428 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 108 708 429 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 109 709 437 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 110 710 442 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 111 711 445 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 112 712 446 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 113 713 449 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 114 714 450 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 115 715 453 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 116 716 455 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 117 717 462 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 118 718 467 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 119 719 468 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 120 720 469 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 121 721 471 HOH HOH . 
SA 6 HOH A 122 722 474 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 1 601 1 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 2 602 4 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 3 603 8 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 4 604 10 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 5 605 15 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 6 606 24 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 7 607 26 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 8 608 29 HOH HOH . 
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TA 6 HOH B 13 613 53 HOH HOH . 
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TA 6 HOH B 15 615 60 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 16 616 63 HOH HOH . 
TA 6 HOH B 17 617 65 HOH HOH . 
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UA 6 HOH C 102 702 439 HOH HOH . 
UA 6 HOH C 103 703 447 HOH HOH . 
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UA 6 HOH C 107 707 457 HOH HOH . 
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UA 6 HOH C 110 710 466 HOH HOH . 
UA 6 HOH C 111 711 475 HOH HOH . 
VA 6 HOH D 1 601 2 HOH HOH . 
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VA 6 HOH D 7 607 22 HOH HOH . 
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VA 6 HOH D 9 609 41 HOH HOH . 
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VA 6 HOH D 11 611 46 HOH HOH . 
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VA 6 HOH D 80 680 324 HOH HOH . 
VA 6 HOH D 81 681 328 HOH HOH . 
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VA 6 HOH D 86 686 345 HOH HOH . 
VA 6 HOH D 87 687 346 HOH HOH . 
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VA 6 HOH D 90 690 354 HOH HOH . 
VA 6 HOH D 91 691 356 HOH HOH . 
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