data_3V8E
#
_model_server_result.job_id            fUChMcyCOeXVGtpdrQ4JDw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-04 18:21:23' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3v8e 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    3V8E 
#
_exptl.entry_id    3V8E 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            3V8E 
_cell.length_a            298.717 
_cell.length_b            298.717 
_cell.length_c            112.652 
_cell.Z_PDB               63 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3V8E 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        146 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'H 3' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 5 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 6 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 7 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,H,I,V 1 1 
B,J,K,W 2 1 
C,L,M,X 3 1 
D,N,O,Y 4 1 
E,P,Q,Z 5 1 
F,R,S,AA 6 1 
G,T,U,BA 7 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 I N N 
? 3 K N N 
? 3 M N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 S N N 
? 3 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C JJJ 167 A JJJ 167 1_555 A N VAL 168 A VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale2 B C JJJ 167 B JJJ 167 1_555 B N VAL 168 B VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale3 C C JJJ 167 C JJJ 167 1_555 C N VAL 168 C VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale4 D C JJJ 167 D JJJ 167 1_555 D N VAL 168 D VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale5 E C JJJ 167 E JJJ 167 1_555 E N VAL 168 E VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale6 F C JJJ 167 F JJJ 167 1_555 F N VAL 168 F VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale7 G C JJJ 167 G JJJ 167 1_555 G N VAL 168 G VAL 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
metalc ? metalc1 U MG MG . G MG 301 1_555 BA O HOH . G HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc2 B OD2 ASP 51 B ASP 51 1_555 J ZN ZN . B ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc3 F OD2 ASP 51 F ASP 51 1_555 R ZN ZN . F ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? 
metalc ? metalc4 C OD2 ASP 51 C ASP 51 1_555 L ZN ZN . C ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 51 A ASP 51 1_555 H ZN ZN . A ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc6 K MG MG . B MG 301 1_555 W O HOH . B HOH 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc7 G O GLY 18 G GLY 18 1_555 U MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc8 I MG MG . A MG 301 1_555 V O HOH . A HOH 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc9 E OD2 ASP 51 E ASP 51 1_555 P ZN ZN . E ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc10 E OG1 THR 21 E THR 21 1_555 Q MG MG . E MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc11 E N1 JJJ 167 E JJJ 167 1_555 P ZN ZN . E ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc12 R ZN ZN . F ZN 300 1_555 AA O HOH . F HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc13 B OG1 THR 21 B THR 21 1_555 K MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 301 1_555 V O HOH . A HOH 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc15 Q MG MG . E MG 301 1_555 Z O HOH . E HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc16 B O GLY 18 B GLY 18 1_555 K MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc17 F O GLY 18 F GLY 18 1_555 S MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc18 A OG1 THR 21 A THR 21 1_555 I MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc19 D O GLY 18 D GLY 18 1_555 O MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc20 A O GLY 18 A GLY 18 1_555 I MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc21 D OD2 ASP 51 D ASP 51 1_555 N ZN ZN . D ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc22 L ZN ZN . C ZN 300 1_555 X O HOH . C HOH 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc23 K MG MG . B MG 301 1_555 W O HOH . B HOH 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc24 E O PRO 16 E PRO 16 1_555 Q MG MG . E MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc25 E NE2 HIS 53 E HIS 53 1_555 P ZN ZN . E ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc26 G NE2 HIS 53 G HIS 53 1_555 T ZN ZN . G ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc27 M MG MG . C MG 301 1_555 X O HOH . C HOH 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc28 O MG MG . D MG 301 1_555 Y O HOH . D HOH 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc29 B N1 JJJ 167 B JJJ 167 1_555 J ZN ZN . B ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc30 O MG MG . D MG 301 1_555 Y O HOH . D HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc31 C O PRO 16 C PRO 16 1_555 M MG MG . C MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc32 I MG MG . A MG 301 1_555 V O HOH . A HOH 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc33 D NE2 HIS 53 D HIS 53 1_555 N ZN ZN . D ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc34 C O GLY 18 C GLY 18 1_555 M MG MG . C MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc35 B O PRO 16 B PRO 16 1_555 K MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc36 E O GLY 18 E GLY 18 1_555 Q MG MG . E MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc37 B NE2 HIS 53 B HIS 53 1_555 J ZN ZN . B ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc38 D NE2 HIS 94 D HIS 94 1_555 N ZN ZN . D ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc39 J ZN ZN . B ZN 300 1_555 W O HOH . B HOH 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? 
metalc ? metalc40 E NE2 HIS 94 E HIS 94 1_555 P ZN ZN . E ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? 
metalc ? metalc41 C OG1 THR 21 C THR 21 1_555 M MG MG . C MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc42 D OG1 THR 21 D THR 21 1_555 O MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc43 S MG MG . F MG 301 1_555 AA O HOH . F HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc44 H ZN ZN . A ZN 300 1_555 V O HOH . A HOH 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc45 G OD2 ASP 51 G ASP 51 1_555 T ZN ZN . G ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? 
metalc ? metalc46 A NE2 HIS 94 A HIS 94 1_555 H ZN ZN . A ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc47 G O PRO 16 G PRO 16 1_555 U MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc48 S MG MG . F MG 301 1_555 AA O HOH . F HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc49 F OG1 THR 21 F THR 21 1_555 S MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? 
metalc ? metalc50 C NE2 HIS 94 C HIS 94 1_555 L ZN ZN . C ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc51 A NE2 HIS 53 A HIS 53 1_555 H ZN ZN . A ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc52 C NE2 HIS 53 C HIS 53 1_555 L ZN ZN . C ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? 
metalc ? metalc53 A O PRO 16 A PRO 16 1_555 I MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? 
metalc ? metalc54 A N1 JJJ 167 A JJJ 167 1_555 H ZN ZN . A ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? 
metalc ? metalc55 M MG MG . C MG 301 1_555 X O HOH . C HOH 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc56 F O PRO 16 F PRO 16 1_555 S MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc57 U MG MG . G MG 301 1_555 W O HOH . B HOH 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc58 D O PRO 16 D PRO 16 1_555 O MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? 
metalc ? metalc59 M MG MG . C MG 301 1_555 X O HOH . C HOH 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc60 G OG1 THR 21 G THR 21 1_555 U MG MG . G MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? 
metalc ? metalc61 K MG MG . B MG 301 1_555 W O HOH . B HOH 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? 
metalc ? metalc62 Q MG MG . E MG 301 1_555 Z O HOH . E HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3V8E 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003348 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.001933 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.003866 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008877 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 2 ZN A 1 300 300 ZN ZN . 
I 3 MG A 1 301 301 MG MG . 
J 2 ZN B 1 300 300 ZN ZN . 
K 3 MG B 1 301 301 MG MG . 
L 2 ZN C 1 300 300 ZN ZN . 
M 3 MG C 1 301 301 MG MG . 
N 2 ZN D 1 300 300 ZN ZN . 
O 3 MG D 1 301 301 MG MG . 
P 2 ZN E 1 300 300 ZN ZN . 
Q 3 MG E 1 301 301 MG MG . 
R 2 ZN F 1 300 300 ZN ZN . 
S 3 MG F 1 301 301 MG MG . 
T 2 ZN G 1 300 300 ZN ZN . 
U 3 MG G 1 301 301 MG MG . 
V 4 HOH A 1 401 88 HOH HOH . 
V 4 HOH A 2 402 89 HOH HOH . 
V 4 HOH A 3 403 92 HOH HOH . 
V 4 HOH A 4 404 94 HOH HOH . 
V 4 HOH A 5 405 97 HOH HOH . 
V 4 HOH A 6 406 104 HOH HOH . 
V 4 HOH A 7 407 109 HOH HOH . 
V 4 HOH A 8 408 111 HOH HOH . 
V 4 HOH A 9 409 117 HOH HOH . 
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