data_3V8G
#
_model_server_result.job_id            lWMoM9IV8BxTAEQaEwattQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-02 05:20:30' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3v8g 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    3V8G 
#
_exptl.entry_id    3V8G 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              133.103 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ASPARTIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          113.77 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3V8G 
_cell.length_a            203.692 
_cell.length_b            119.627 
_cell.length_c            223.415 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3V8G 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,K,L,M,N,O 1 1 
D,E,F,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 P N N 
? 2 S N N 
? 2 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O GLY 306 A GLY 306 1_555 H NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 308 A THR 308 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? 
metalc ? metalc3 A O ASN 310 A ASN 310 1_555 H NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? 
metalc ? metalc4 A O SER 349 A SER 349 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 350 A ILE 350 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? 
metalc ? metalc6 A O THR 352 A THR 352 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc7 A O ASN 401 A ASN 401 1_555 H NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? 
metalc ? metalc8 B O GLY 306 B GLY 306 1_555 K NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc9 B O THR 308 B THR 308 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc10 B O ASN 310 B ASN 310 1_555 K NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.801 ? 
metalc ? metalc11 B O SER 349 B SER 349 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? 
metalc ? metalc12 B O ILE 350 B ILE 350 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc13 B O THR 352 B THR 352 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc14 B O ASN 401 B ASN 401 1_555 K NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.116 ? 
metalc ? metalc15 C O GLY 306 C GLY 306 1_555 N NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc16 C O THR 308 C THR 308 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc17 C O ASN 310 C ASN 310 1_555 N NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.07 ? 
metalc ? metalc18 C O SER 349 C SER 349 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc19 C O ILE 350 C ILE 350 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc20 C O THR 352 C THR 352 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc21 C OD2 ASP 405 C ASP 405 1_555 N NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc22 D O GLY 306 D GLY 306 1_555 Q NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc23 D O THR 308 D THR 308 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc24 D O ASN 310 D ASN 310 1_555 Q NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc25 D O SER 349 D SER 349 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? 
metalc ? metalc26 D O ILE 350 D ILE 350 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc27 D O THR 352 D THR 352 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc28 D O ASN 401 D ASN 401 1_555 Q NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.109 ? 
metalc ? metalc29 E O GLY 306 E GLY 306 1_555 T NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc30 E O THR 308 E THR 308 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc31 E O ASN 310 E ASN 310 1_555 T NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? 
metalc ? metalc32 E O SER 349 E SER 349 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? 
metalc ? metalc33 E O ILE 350 E ILE 350 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? 
metalc ? metalc34 E O THR 352 E THR 352 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc35 E O ASN 401 E ASN 401 1_555 T NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.081 ? 
metalc ? metalc36 F O GLY 306 F GLY 306 1_555 W NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc37 F O THR 308 F THR 308 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc38 F O ASN 310 F ASN 310 1_555 W NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.016 ? 
metalc ? metalc39 F O SER 349 F SER 349 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc40 F O ILE 350 F ILE 350 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc41 F O THR 352 F THR 352 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc42 F OD2 ASP 405 F ASP 405 1_555 W NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H7 N O4' 
_chem_comp.formula_weight    133.103 
_chem_comp.id                ASP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     y 
_chem_comp.name              'ASPARTIC ACID' 
_chem_comp.type              'l-peptide linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA ASP sing 55 n n 
N H ASP sing 56 n n 
N H2 ASP sing 57 n n 
CA C ASP sing 58 n n 
CA CB ASP sing 59 n n 
CA HA ASP sing 60 n n 
C O ASP doub 61 n n 
C OXT ASP sing 62 n n 
CB CG ASP sing 63 n n 
CB HB2 ASP sing 64 n n 
CB HB3 ASP sing 65 n n 
CG OD1 ASP doub 66 n n 
CG OD2 ASP sing 67 n n 
OD2 HD2 ASP sing 68 n n 
OXT HXT ASP sing 69 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3V8G 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004909 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002162 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008359 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004891 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 ASP A 1 501 417 ASP ASP . 
H 3 NA A 1 502 418 NA NA . 
I 3 NA A 1 503 419 NA NA . 
J 2 ASP B 1 501 417 ASP ASP . 
K 3 NA B 1 502 418 NA NA . 
L 3 NA B 1 503 419 NA NA . 
M 2 ASP C 1 501 417 ASP ASP . 
N 3 NA C 1 502 418 NA NA . 
O 3 NA C 1 503 419 NA NA . 
P 2 ASP D 1 501 417 ASP ASP . 
Q 3 NA D 1 502 418 NA NA . 
R 3 NA D 1 503 419 NA NA . 
S 2 ASP E 1 501 417 ASP ASP . 
T 3 NA E 1 502 418 NA NA . 
U 3 NA E 1 503 419 NA NA . 
V 2 ASP F 1 501 417 ASP ASP . 
W 3 NA F 1 502 418 NA NA . 
X 3 NA F 1 503 419 NA NA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N ASP . . . M 2 49.142 -9.029 74.813 1 210.65 ? N ASP 501 C 1 
HETATM 2 C CA ASP . . . M 2 50.528 -9.574 74.848 1 206.49 ? CA ASP 501 C 1 
HETATM 3 C C ASP . . . M 2 51.197 -9.217 76.176 1 204.88 ? C ASP 501 C 1 
HETATM 4 O O ASP . . . M 2 52.189 -9.815 76.599 1 203.08 ? O ASP 501 C 1 
HETATM 5 C CB ASP . . . M 2 51.336 -9.06 73.645 1 203.6 ? CB ASP 501 C 1 
HETATM 6 C CG ASP . . . M 2 50.796 -9.58 72.301 1 205.38 ? CG ASP 501 C 1 
HETATM 7 O OD1 ASP . . . M 2 50.136 -8.806 71.576 1 206.88 ? OD1 ASP 501 C 1 
HETATM 8 O OD2 ASP . . . M 2 51.023 -10.763 71.971 1 205.61 ? OD2 ASP 501 C 1 
HETATM 9 O OXT ASP . . . M 2 50.73 -8.325 76.876 1 206.11 ? OXT ASP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              38 
_model_server_stats.parse_time_ms           27 
_model_server_stats.create_model_time_ms    21 
_model_server_stats.query_time_ms           326 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           9 
#