data_3VE1
#
_model_server_result.job_id            05dQPtrjtyl4ozqZHycQ3g 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-11 04:38:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ve1 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    3VE1 
#
_exptl.entry_id    3VE1 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    13 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3VE1 
_cell.length_a            128.023 
_cell.length_b            153.509 
_cell.length_c            169.511 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3VE1 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,V,W 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,X,Y 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 450 A CYS 483 1_555 A SG CYS 451 A CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 9 B CYS 9 1_555 B SG CYS 48 B CYS 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 19 B CYS 19 1_555 B SG CYS 39 B CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 118 B CYS 118 1_555 B SG CYS 194 B CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 137 B CYS 137 1_555 B SG CYS 331 B CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 158 B CYS 158 1_555 B SG CYS 174 B CYS 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf7 B SG CYS 161 B CYS 161 1_555 B SG CYS 179 B CYS 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf8 B SG CYS 171 B CYS 171 1_555 B SG CYS 177 B CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
disulf ? disulf9 B SG CYS 227 B CYS 227 1_555 B SG CYS 241 B CYS 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf10 B SG CYS 339 B CYS 339 1_555 B SG CYS 596 B CYS 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf11 B SG CYS 345 B CYS 345 1_555 B SG CYS 377 B CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
disulf ? disulf12 B SG CYS 355 B CYS 355 1_555 B SG CYS 368 B CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf13 B SG CYS 402 B CYS 402 1_555 B SG CYS 674 B CYS 674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf14 B SG CYS 418 B CYS 418 1_555 B SG CYS 637 B CYS 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf15 B SG CYS 450 B CYS 450 1_555 B SG CYS 523 B CYS 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf16 B SG CYS 474 B CYS 474 1_555 B SG CYS 665 B CYS 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf17 B SG CYS 484 B CYS 484 1_555 B SG CYS 498 B CYS 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
disulf ? disulf18 B SG CYS 495 B CYS 495 1_555 B SG CYS 506 B CYS 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf19 B SG CYS 563 B CYS 563 1_555 B SG CYS 577 B CYS 577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf20 B SG CYS 615 B CYS 615 1_555 B SG CYS 620 B CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf21 C SG CYS 450 C CYS 483 1_555 C SG CYS 451 C CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf22 D SG CYS 9 D CYS 9 1_555 D SG CYS 48 D CYS 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf23 D SG CYS 19 D CYS 19 1_555 D SG CYS 39 D CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf24 D SG CYS 118 D CYS 118 1_555 D SG CYS 194 D CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf25 D SG CYS 137 D CYS 137 1_555 D SG CYS 331 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf26 D SG CYS 158 D CYS 158 1_555 D SG CYS 174 D CYS 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf27 D SG CYS 161 D CYS 161 1_555 D SG CYS 179 D CYS 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
disulf ? disulf28 D SG CYS 171 D CYS 171 1_555 D SG CYS 177 D CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf29 D SG CYS 227 D CYS 227 1_555 D SG CYS 241 D CYS 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
disulf ? disulf30 D SG CYS 339 D CYS 339 1_555 D SG CYS 596 D CYS 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
disulf ? disulf31 D SG CYS 345 D CYS 345 1_555 D SG CYS 377 D CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf32 D SG CYS 355 D CYS 355 1_555 D SG CYS 368 D CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
disulf ? disulf33 D SG CYS 402 D CYS 402 1_555 D SG CYS 674 D CYS 674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? 
disulf ? disulf34 D SG CYS 418 D CYS 418 1_555 D SG CYS 637 D CYS 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf35 D SG CYS 450 D CYS 450 1_555 D SG CYS 523 D CYS 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf36 D SG CYS 474 D CYS 474 1_555 D SG CYS 665 D CYS 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf37 D SG CYS 484 D CYS 484 1_555 D SG CYS 498 D CYS 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf38 D SG CYS 495 D CYS 495 1_555 D SG CYS 506 D CYS 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf39 D SG CYS 563 D CYS 563 1_555 D SG CYS 577 D CYS 577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf40 D SG CYS 615 D CYS 615 1_555 D SG CYS 620 D CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc1 B OD1 ASP 392 B ASP 392 1_555 H FE FE . B FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc2 B OH TYR 426 B TYR 426 1_555 H FE FE . B FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc3 B OH TYR 517 B TYR 517 1_555 H FE FE . B FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc4 B NE2 HIS 585 B HIS 585 1_555 H FE FE . B FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc5 G O3 CO3 . B CO3 701 1_555 H FE FE . B FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc6 G O1 CO3 . B CO3 701 1_555 H FE FE . B FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc7 D OD1 ASP 392 D ASP 392 1_555 Q FE FE . D FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc8 D OH TYR 426 D TYR 426 1_555 Q FE FE . D FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc9 D OH TYR 517 D TYR 517 1_555 Q FE FE . D FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc10 D NE2 HIS 585 D HIS 585 1_555 Q FE FE . D FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc11 P O1 CO3 . D CO3 701 1_555 Q FE FE . D FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc12 P O3 CO3 . D CO3 701 1_555 Q FE FE . D FE 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 132 n n 
C1 C2 GOL sing 133 n n 
C1 H11 GOL sing 134 n n 
C1 H12 GOL sing 135 n n 
O1 HO1 GOL sing 136 n n 
C2 O2 GOL sing 137 n n 
C2 C3 GOL sing 138 n n 
C2 H2 GOL sing 139 n n 
O2 HO2 GOL sing 140 n n 
C3 O3 GOL sing 141 n n 
C3 H31 GOL sing 142 n n 
C3 H32 GOL sing 143 n n 
O3 HO3 GOL sing 144 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3VE1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007811 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006514 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005899 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 GOL A 1 701 3968 GOL GOL . 
F 3 GOL A 1 702 3968 GOL GOL . 
G 4 CO3 B 1 701 704 CO3 CO3 . 
H 5 FE B 1 702 706 FE FE . 
I 3 GOL B 1 703 3968 GOL GOL . 
J 3 GOL B 1 704 3968 GOL GOL . 
K 3 GOL B 1 705 3968 GOL GOL . 
L 3 GOL B 1 706 3968 GOL GOL . 
M 3 GOL B 1 707 3968 GOL GOL . 
N 3 GOL B 1 708 3968 GOL GOL . 
O 3 GOL C 1 701 3968 GOL GOL . 
P 4 CO3 D 1 701 704 CO3 CO3 . 
Q 5 FE D 1 702 706 FE FE . 
R 3 GOL D 1 703 3968 GOL GOL . 
S 3 GOL D 1 704 3968 GOL GOL . 
T 3 GOL D 1 705 3968 GOL GOL . 
U 3 GOL D 1 706 3968 GOL GOL . 
V 6 HOH A 1 801 21 HOH HOH . 
V 6 HOH A 2 802 27 HOH HOH . 
V 6 HOH A 3 803 38 HOH HOH . 
V 6 HOH A 4 804 58 HOH HOH . 
V 6 HOH A 5 805 82 HOH HOH . 
V 6 HOH A 6 806 91 HOH HOH . 
V 6 HOH A 7 807 103 HOH HOH . 
V 6 HOH A 8 808 136 HOH HOH . 
V 6 HOH A 9 809 138 HOH HOH . 
V 6 HOH A 10 810 184 HOH HOH . 
V 6 HOH A 11 811 194 HOH HOH . 
V 6 HOH A 12 812 195 HOH HOH . 
V 6 HOH A 13 813 206 HOH HOH . 
V 6 HOH A 14 814 234 HOH HOH . 
V 6 HOH A 15 815 236 HOH HOH . 
V 6 HOH A 16 816 250 HOH HOH . 
V 6 HOH A 17 817 300 HOH HOH . 
V 6 HOH A 18 818 301 HOH HOH . 
V 6 HOH A 19 819 303 HOH HOH . 
V 6 HOH A 20 820 381 HOH HOH . 
V 6 HOH A 21 821 517 HOH HOH . 
V 6 HOH A 22 822 649 HOH HOH . 
V 6 HOH A 23 823 682 HOH HOH . 
V 6 HOH A 24 824 757 HOH HOH . 
V 6 HOH A 25 825 761 HOH HOH . 
V 6 HOH A 26 826 822 HOH HOH . 
V 6 HOH A 27 827 938 HOH HOH . 
V 6 HOH A 28 828 943 HOH HOH . 
V 6 HOH A 29 829 959 HOH HOH . 
V 6 HOH A 30 830 1009 HOH HOH . 
V 6 HOH A 31 831 1034 HOH HOH . 
V 6 HOH A 32 832 1051 HOH HOH . 
V 6 HOH A 33 833 1058 HOH HOH . 
V 6 HOH A 34 834 1078 HOH HOH . 
V 6 HOH A 35 835 1084 HOH HOH . 
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