data_3VVA # _model_server_result.job_id XHN81HQJj_yNP3JYV8GYbg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:31:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3vva # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":502}' # _entry.id 3VVA # _exptl.entry_id 3VVA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 55.845 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 114.89 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3VVA _cell.length_a 152.308 _cell.length_b 219.682 _cell.length_c 63.481 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3VVA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,U,V 1 1 C,D,M,N,O,P,Q,R,S,T,W,X 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 Q N N ? 2 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 123 A GLU 123 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 123 A GLU 123 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 162 A GLU 162 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 162 A GLU 162 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 165 A HIS 165 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 213 A GLU 213 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 213 A GLU 213 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 266 A GLU 266 1_555 E FE FE . A FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 266 A GLU 266 1_555 F FE FE . A FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc10 E FE FE . A FE 501 1_555 G O OH . A OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.801 ? metalc ? metalc11 F FE FE . A FE 502 1_555 G O OH . A OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc12 B OE2 GLU 123 B GLU 123 1_555 I FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc13 B OE1 GLU 123 B GLU 123 1_555 I FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLU 162 B GLU 162 1_555 I FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc15 B OE2 GLU 162 B GLU 162 1_555 J FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc16 B OE1 GLU 162 B GLU 162 1_555 J FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc17 B ND1 HIS 165 B HIS 165 1_555 I FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 213 B GLU 213 1_555 J FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 213 B GLU 213 1_555 J FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc20 B OE1 GLU 266 B GLU 266 1_555 I FE FE . B FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc21 B OE2 GLU 266 B GLU 266 1_555 J FE FE . B FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc22 I FE FE . B FE 501 1_555 K O OH . B OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc23 J FE FE . B FE 502 1_555 K O OH . B OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 123 C GLU 123 1_555 M FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 123 C GLU 123 1_555 M FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc26 C OE1 GLU 162 C GLU 162 1_555 M FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 162 C GLU 162 1_555 N FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc28 C ND1 HIS 165 C HIS 165 1_555 M FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc29 C OE1 GLU 213 C GLU 213 1_555 N FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc30 C OE2 GLU 213 C GLU 213 1_555 N FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 266 C GLU 266 1_555 M FE FE . C FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc32 C OE2 GLU 266 C GLU 266 1_555 N FE FE . C FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc33 M FE FE . C FE 501 1_555 O O OH . C OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.825 ? metalc ? metalc34 N FE FE . C FE 502 1_555 O O OH . C OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc35 D OE1 GLU 123 D GLU 123 1_555 Q FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc36 D OE2 GLU 123 D GLU 123 1_555 Q FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc37 D OE1 GLU 162 D GLU 162 1_555 Q FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc38 D OE2 GLU 162 D GLU 162 1_555 R FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc39 D OE1 GLU 162 D GLU 162 1_555 R FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc40 D ND1 HIS 165 D HIS 165 1_555 Q FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc41 D OE2 GLU 213 D GLU 213 1_555 R FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc42 D OE1 GLU 213 D GLU 213 1_555 R FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 266 D GLU 266 1_555 Q FE FE . D FE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.894 ? metalc ? metalc44 D OE2 GLU 266 D GLU 266 1_555 R FE FE . D FE 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc45 Q FE FE . D FE 501 1_555 S O OH . D OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc46 R FE FE . D FE 502 1_555 S O OH . D OH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? # _chem_comp.formula 'Fe 3' _chem_comp.formula_weight 55.845 _chem_comp.id FE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3VVA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006566 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003046 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004552 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.017366 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 FE A 1 501 501 FE FE . F 2 FE A 1 502 502 FE FE . G 3 OH A 1 503 503 OH OH . H 4 CHW A 1 504 504 CHW CHW . I 2 FE B 1 501 501 FE FE . J 2 FE B 1 502 502 FE FE . K 3 OH B 1 503 503 OH OH . L 4 CHW B 1 504 504 CHW CHW . M 2 FE C 1 501 501 FE FE . N 2 FE C 1 502 502 FE FE . O 3 OH C 1 503 503 OH OH . P 4 CHW C 1 504 504 CHW CHW . Q 2 FE D 1 501 501 FE FE . R 2 FE D 1 502 502 FE FE . S 3 OH D 1 503 503 OH OH . T 4 CHW D 1 504 504 CHW CHW . U 5 HOH A 1 601 2 HOH HOH . U 5 HOH A 2 602 4 HOH HOH . U 5 HOH A 3 603 23 HOH HOH . U 5 HOH A 4 604 24 HOH HOH . U 5 HOH A 5 605 25 HOH HOH . U 5 HOH A 6 606 26 HOH HOH . U 5 HOH A 7 607 27 HOH HOH . U 5 HOH A 8 608 29 HOH HOH . U 5 HOH A 9 609 30 HOH HOH . U 5 HOH A 10 610 38 HOH HOH . U 5 HOH A 11 611 39 HOH HOH . U 5 HOH A 12 612 42 HOH HOH . U 5 HOH A 13 613 47 HOH HOH . U 5 HOH A 14 614 53 HOH HOH . U 5 HOH A 15 615 64 HOH HOH . U 5 HOH A 16 616 66 HOH HOH . U 5 HOH A 17 617 70 HOH HOH . U 5 HOH A 18 618 76 HOH HOH . U 5 HOH A 19 619 78 HOH HOH . U 5 HOH A 20 620 80 HOH HOH . U 5 HOH A 21 621 81 HOH HOH . U 5 HOH A 22 622 82 HOH HOH . U 5 HOH A 23 623 83 HOH HOH . U 5 HOH A 24 624 84 HOH HOH . U 5 HOH A 25 625 86 HOH HOH . U 5 HOH A 26 626 87 HOH HOH . U 5 HOH A 27 627 88 HOH HOH . U 5 HOH A 28 628 91 HOH HOH . U 5 HOH A 29 629 97 HOH HOH . U 5 HOH A 30 630 103 HOH HOH . U 5 HOH A 31 631 115 HOH HOH . U 5 HOH A 32 632 117 HOH HOH . U 5 HOH A 33 633 119 HOH HOH . U 5 HOH A 34 634 127 HOH HOH . U 5 HOH A 35 635 131 HOH HOH . V 5 HOH B 1 601 1 HOH HOH . V 5 HOH B 2 602 3 HOH HOH . V 5 HOH B 3 603 9 HOH HOH . V 5 HOH B 4 604 10 HOH HOH . V 5 HOH B 5 605 13 HOH HOH . V 5 HOH B 6 606 14 HOH HOH . V 5 HOH B 7 607 15 HOH HOH . V 5 HOH B 8 608 16 HOH HOH . V 5 HOH B 9 609 19 HOH HOH . V 5 HOH B 10 610 20 HOH HOH . V 5 HOH B 11 611 21 HOH HOH . V 5 HOH B 12 612 22 HOH HOH . V 5 HOH B 13 613 28 HOH HOH . V 5 HOH B 14 614 37 HOH HOH . V 5 HOH B 15 615 40 HOH HOH . V 5 HOH B 16 616 43 HOH HOH . V 5 HOH B 17 617 48 HOH HOH . V 5 HOH B 18 618 65 HOH HOH . V 5 HOH B 19 619 79 HOH HOH . V 5 HOH B 20 620 85 HOH HOH . V 5 HOH B 21 621 89 HOH HOH . V 5 HOH B 22 622 90 HOH HOH . V 5 HOH B 23 623 94 HOH HOH . V 5 HOH B 24 624 95 HOH HOH . V 5 HOH B 25 625 99 HOH HOH . V 5 HOH B 26 626 100 HOH HOH . V 5 HOH B 27 627 101 HOH HOH . V 5 HOH B 28 628 106 HOH HOH . V 5 HOH B 29 629 107 HOH HOH . V 5 HOH B 30 630 109 HOH HOH . V 5 HOH B 31 631 110 HOH HOH . V 5 HOH B 32 632 113 HOH HOH . V 5 HOH B 33 633 114 HOH HOH . V 5 HOH B 34 634 118 HOH HOH . V 5 HOH B 35 635 121 HOH HOH . V 5 HOH B 36 636 122 HOH HOH . V 5 HOH B 37 637 124 HOH HOH . V 5 HOH B 38 638 125 HOH HOH . V 5 HOH B 39 639 126 HOH HOH . W 5 HOH C 1 601 6 HOH HOH . W 5 HOH C 2 602 7 HOH HOH . W 5 HOH C 3 603 8 HOH HOH . W 5 HOH C 4 604 12 HOH HOH . W 5 HOH C 5 605 31 HOH HOH . W 5 HOH C 6 606 34 HOH HOH . W 5 HOH C 7 607 35 HOH HOH . W 5 HOH C 8 608 36 HOH HOH . W 5 HOH C 9 609 45 HOH HOH . W 5 HOH C 10 610 46 HOH HOH . W 5 HOH C 11 611 51 HOH HOH . W 5 HOH C 12 612 52 HOH HOH . W 5 HOH C 13 613 61 HOH HOH . W 5 HOH C 14 614 67 HOH HOH . W 5 HOH C 15 615 68 HOH HOH . W 5 HOH C 16 616 69 HOH HOH . W 5 HOH C 17 617 92 HOH HOH . W 5 HOH C 18 618 105 HOH HOH . W 5 HOH C 19 619 108 HOH HOH . W 5 HOH C 20 620 111 HOH HOH . W 5 HOH C 21 621 130 HOH HOH . X 5 HOH D 1 601 5 HOH HOH . X 5 HOH D 2 602 11 HOH HOH . X 5 HOH D 3 603 17 HOH HOH . X 5 HOH D 4 604 18 HOH HOH . X 5 HOH D 5 605 32 HOH HOH . X 5 HOH D 6 606 33 HOH HOH . X 5 HOH D 7 607 41 HOH HOH . X 5 HOH D 8 608 44 HOH HOH . X 5 HOH D 9 609 49 HOH HOH . X 5 HOH D 10 610 50 HOH HOH . X 5 HOH D 11 611 54 HOH HOH . X 5 HOH D 12 612 55 HOH HOH . X 5 HOH D 13 613 56 HOH HOH . X 5 HOH D 14 614 57 HOH HOH . X 5 HOH D 15 615 58 HOH HOH . X 5 HOH D 16 616 59 HOH HOH . X 5 HOH D 17 617 60 HOH HOH . X 5 HOH D 18 618 62 HOH HOH . X 5 HOH D 19 619 63 HOH HOH . X 5 HOH D 20 620 71 HOH HOH . X 5 HOH D 21 621 72 HOH HOH . X 5 HOH D 22 622 73 HOH HOH . X 5 HOH D 23 623 74 HOH HOH . X 5 HOH D 24 624 75 HOH HOH . X 5 HOH D 25 625 77 HOH HOH . X 5 HOH D 26 626 93 HOH HOH . X 5 HOH D 27 627 96 HOH HOH . X 5 HOH D 28 628 98 HOH HOH . X 5 HOH D 29 629 102 HOH HOH . X 5 HOH D 30 630 104 HOH HOH . X 5 HOH D 31 631 112 HOH HOH . X 5 HOH D 32 632 116 HOH HOH . X 5 HOH D 33 633 120 HOH HOH . X 5 HOH D 34 634 123 HOH HOH . X 5 HOH D 35 635 128 HOH HOH . X 5 HOH D 36 636 129 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol FE _atom_site.label_atom_id FE _atom_site.label_comp_id FE _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id R _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -40.348 _atom_site.Cartn_y 78.653 _atom_site.Cartn_z 25.688 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 35.83 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id FE _atom_site.auth_comp_id FE _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #