data_3W3Z # _model_server_result.job_id z6nN0iiSe-cHp5vn0C1CnA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 16:43:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3w3z # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":202}' # _entry.id 3W3Z # _exptl.entry_id 3W3Z _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3W3Z _cell.length_a 97.75 _cell.length_b 97.75 _cell.length_c 289.981 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3W3Z _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C ASP 259 A ASP 259 1_555 A N MSE 260 A MSE 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale2 A C MSE 260 A MSE 260 1_555 A N PHE 261 A PHE 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale3 A C ASP 269 A ASP 269 1_555 A N MSE 270 A MSE 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale4 A C MSE 270 A MSE 270 1_555 A N VAL 271 A VAL 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale5 A C GLN 298 A GLN 298 1_555 A N MSE 299 A MSE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale6 A C MSE 299 A MSE 299 1_555 A N CYS 300 A CYS 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale7 A C VAL 311 A VAL 311 1_555 A N MSE 312 A MSE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale8 A C MSE 312 A MSE 312 1_555 A N VAL 313 A VAL 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale9 A C ILE 316 A ILE 316 1_555 A N MSE 317 A MSE 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale10 A C MSE 317 A MSE 317 1_555 A N MSE 318 A MSE 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 A C MSE 318 A MSE 318 1_555 A N THR 319 A THR 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale12 A C GLN 374 A GLN 374 1_555 A N MSE 375 A MSE 375 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale13 A C MSE 375 A MSE 375 1_555 A N ILE 376 A ILE 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale14 A C ALA 387 A ALA 387 1_555 A N MSE 388 A MSE 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale15 A C MSE 388 A MSE 388 1_555 A N MSE 389 A MSE 389 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale16 A C MSE 389 A MSE 389 1_555 A N ALA 390 A ALA 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale17 A C ASP 411 A ASP 411 1_555 A N MSE 412 A MSE 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale18 A C MSE 412 A MSE 412 1_555 A N VAL 413 A VAL 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale19 A C LEU 535 A LEU 535 1_555 A N MSE 536 A MSE 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale20 A C MSE 536 A MSE 536 1_555 A N PRO 537 A PRO 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.364 ? covale ? covale21 A C CYS 557 A CYS 557 1_555 A N MSE 558 A MSE 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale22 A C MSE 558 A MSE 558 1_555 A N GLU 559 A GLU 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale23 A C ALA 678 A ALA 678 1_555 A N MSE 679 A MSE 679 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale24 A C MSE 679 A MSE 679 1_555 A N GLU 680 A GLU 680 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale25 A C VAL 700 A VAL 700 1_555 A N MSE 701 A MSE 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale26 A C MSE 701 A MSE 701 1_555 A N GLU 702 A GLU 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale27 A C LEU 758 A LEU 758 1_555 A N MSE 759 A MSE 759 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale28 A C MSE 759 A MSE 759 1_555 A N SER 760 A SER 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale29 A C PRO 762 A PRO 762 1_555 A N MSE 763 A MSE 763 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? covale ? covale30 A C MSE 763 A MSE 763 1_555 A N PRO 764 A PRO 764 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale31 A C VAL 780 A VAL 780 1_555 A N MSE 781 A MSE 781 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale32 A C MSE 781 A MSE 781 1_555 A N GLY 782 A GLY 782 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale33 A C ARG 808 A ARG 808 1_555 A N MSE 809 A MSE 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale34 A C MSE 809 A MSE 809 1_555 A N GLN 810 A GLN 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale35 A C PRO 862 A PRO 862 1_555 A N MSE 863 A MSE 863 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale36 A C MSE 863 A MSE 863 1_555 A N ILE 864 A ILE 864 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale37 A C SER 896 A SER 896 1_555 A N MSE 897 A MSE 897 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale38 A C MSE 897 A MSE 897 1_555 A N LYS 898 A LYS 898 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale39 A C ALA 1069 A ALA 1069 1_555 A N MSE 1070 A MSE 1070 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale40 A C MSE 1070 A MSE 1070 1_555 A N ALA 1071 A ALA 1071 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale41 A C ILE 1080 A ILE 1080 1_555 A N MSE 1081 A MSE 1081 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale42 A C MSE 1081 A MSE 1081 1_555 A N GLU 1082 A GLU 1082 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? metalc ? metalc1 B OG1 THR 24 B THR 24 1_555 C MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc2 C MG MG . B MG 201 1_555 D O2B GTP . B GTP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? metalc ? metalc3 C MG MG . B MG 201 1_555 E O HOH . B HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc4 C MG MG . B MG 201 1_555 D O2G GTP . B GTP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc5 B OG1 THR 42 B THR 42 1_555 C MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc6 C MG MG . B MG 201 1_555 E O HOH . B HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3W3Z _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01023 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005906 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011813 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003449 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 MG B 1 201 1178 MG MG . D 4 GTP B 1 202 1177 GTP GTP . E 5 HOH B 1 301 1 HOH HOH . E 5 HOH B 2 302 2 HOH HOH . E 5 HOH B 3 303 3 HOH HOH . E 5 HOH B 4 304 4 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . D 4 -24.687 -3.89 -10.808 1 70.4 ? PG GTP 202 B 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . D 4 -23.623 -4.947 -11.102 1 120.69 ? O1G GTP 202 B 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . D 4 -25.753 -3.9 -11.848 1 80.13 ? O2G GTP 202 B 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . D 4 -23.969 -2.601 -10.521 1 69.72 ? O3G GTP 202 B 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . D 4 -25.444 -4.381 -9.518 1 64.68 ? O3B GTP 202 B 1 HETATM 6 P PB GTP . . . D 4 -26.838 -3.88 -8.887 1 76.73 ? PB GTP 202 B 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . D 4 -26.382 -2.92 -7.778 1 58.74 ? O1B GTP 202 B 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . D 4 -27.848 -3.34 -9.903 1 71.14 ? O2B GTP 202 B 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . D 4 -27.39 -5.115 -8.038 1 61.53 ? O3A GTP 202 B 1 HETATM 10 P PA GTP . . . D 4 -28.774 -5.78 -8.284 1 73.4 ? PA GTP 202 B 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . D 4 -29.925 -4.879 -8.017 1 102.92 ? O1A GTP 202 B 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . D 4 -28.837 -6.438 -9.634 1 62.99 ? O2A GTP 202 B 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . D 4 -29.03 -6.693 -6.986 1 78.16 ? O5' GTP 202 B 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . D 4 -28.085 -7.584 -6.405 1 84.91 ? C5' GTP 202 B 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . D 4 -28.713 -8.727 -5.576 1 77.34 ? C4' GTP 202 B 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . D 4 -29.114 -8.273 -4.277 1 74.72 ? O4' GTP 202 B 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . D 4 -29.909 -9.407 -6.174 1 75.24 ? C3' GTP 202 B 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . D 4 -29.809 -10.794 -5.928 1 89.69 ? O3' GTP 202 B 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . D 4 -31.049 -8.835 -5.371 1 72.37 ? C2' GTP 202 B 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . D 4 -32.176 -9.707 -5.3 1 80.75 ? O2' GTP 202 B 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . D 4 -30.468 -8.574 -3.999 1 70.36 ? C1' GTP 202 B 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . D 4 -31.024 -7.401 -3.236 1 94.78 ? N9 GTP 202 B 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . D 4 -31.161 -6.1 -3.673 1 96.08 ? C8 GTP 202 B 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . D 4 -31.676 -5.303 -2.704 1 95.95 ? N7 GTP 202 B 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . D 4 -31.882 -6.081 -1.624 1 96.37 ? C5 GTP 202 B 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . D 4 -32.398 -5.878 -0.26 1 96.52 ? C6 GTP 202 B 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . D 4 -32.782 -4.736 0.071 1 73.89 ? O6 GTP 202 B 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . D 4 -32.437 -6.922 0.584 1 98.56 ? N1 GTP 202 B 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . D 4 -32.01 -8.132 0.232 1 95.78 ? C2 GTP 202 B 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . D 4 -32.097 -9.124 1.149 1 105.46 ? N2 GTP 202 B 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . D 4 -31.545 -8.4 -1.013 1 97.58 ? N3 GTP 202 B 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . D 4 -31.437 -7.443 -1.961 1 97.5 ? C4 GTP 202 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 266 _model_server_stats.parse_time_ms 50 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 334 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 32 #