data_3WGU
#
_model_server_result.job_id            LvkAvRET6QyY5Ci7IuzZPw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-02 03:28:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3wgu 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":2004}' 
#
_entry.id    3WGU 
#
_exptl.entry_id    3WGU 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3WGU 
_cell.length_a            106.383 
_cell.length_b            211.6 
_cell.length_c            257.124 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3WGU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? trimeric 3 author_defined_assembly 1 
? trimeric 3 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,OA,PA 1 1 
D,E,F,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,QA,RA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 J N N 
? 6 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 126 B CYS 126 1_555 B SG CYS 149 B CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 159 B CYS 159 1_555 B SG CYS 175 B CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 213 B CYS 213 1_555 B SG CYS 276 B CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf4 E SG CYS 126 D CYS 126 1_555 E SG CYS 149 D CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf5 E SG CYS 159 D CYS 159 1_555 E SG CYS 175 D CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf6 E SG CYS 213 D CYS 213 1_555 E SG CYS 276 D CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc1 A O VAL 322 A VAL 322 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? 
metalc ? metalc2 A O ALA 323 A ALA 323 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc3 A O ALA 323 A ALA 323 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? 
metalc ? metalc4 A O VAL 325 A VAL 325 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 369 A ASP 369 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? 
metalc ? metalc6 A O THR 371 A THR 371 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 710 A ASP 710 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc8 A O ALA 721 A ALA 721 1_555 N NA NA . A NA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc9 A O TYR 771 A TYR 771 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc10 A OG1 THR 774 A THR 774 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc11 A OG SER 775 A SER 775 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.119 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASN 776 A ASN 776 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.063 ? 
metalc ? metalc13 A OE1 GLU 779 A GLU 779 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc14 A OD1 ASP 804 A ASP 804 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc15 A OD1 ASP 808 A ASP 808 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? 
metalc ? metalc16 A OD2 ASP 808 A ASP 808 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc17 A OE1 GLN 923 A GLN 923 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc18 G MG MG . A MG 2001 1_555 J O1A ADP . A ADP 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? 
metalc ? metalc19 G MG MG . A MG 2001 1_555 J O1B ADP . A ADP 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc20 G MG MG . A MG 2001 1_555 OA O HOH . A HOH 2106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? 
metalc ? metalc21 I MG MG . A MG 2003 1_555 OA O HOH . A HOH 2109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc22 K NA NA . A NA 2005 1_555 OA O HOH . A HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc23 N NA NA . A NA 2008 1_555 OA O HOH . A HOH 2111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.189 ? 
metalc ? metalc24 N NA NA . A NA 2008 1_555 OA O HOH . A HOH 2112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.115 ? 
metalc ? metalc25 N NA NA . A NA 2008 1_555 OA O HOH . A HOH 2113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc26 D O VAL 322 C VAL 322 1_555 BA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? 
metalc ? metalc27 D O ALA 323 C ALA 323 1_555 BA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc28 D O ALA 323 C ALA 323 1_555 CA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc29 D O VAL 325 C VAL 325 1_555 BA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc30 D OD2 ASP 369 C ASP 369 1_555 Z MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc31 D O THR 371 C THR 371 1_555 Z MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc32 D OD1 ASP 710 C ASP 710 1_555 Z MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.911 ? 
metalc ? metalc33 D O TYR 771 C TYR 771 1_555 DA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc34 D OG1 THR 774 C THR 774 1_555 DA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc35 D OG SER 775 C SER 775 1_555 CA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc36 D OG SER 775 C SER 775 1_555 DA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASN 776 C ASN 776 1_555 CA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? 
metalc ? metalc38 D OE1 GLU 779 C GLU 779 1_555 CA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 804 C ASP 804 1_555 BA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc40 D OD1 ASP 804 C ASP 804 1_555 CA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.191 ? 
metalc ? metalc41 D OD1 ASP 808 C ASP 808 1_555 CA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? 
metalc ? metalc42 D OD2 ASP 808 C ASP 808 1_555 DA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? 
metalc ? metalc43 D OE1 GLN 923 C GLN 923 1_555 DA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.051 ? 
metalc ? metalc44 X MG MG . C MG 2001 1_555 QA O HOH . C HOH 2105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? 
metalc ? metalc45 X MG MG . C MG 2001 1_555 QA O HOH . C HOH 2107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc46 Z MG MG . C MG 2003 1_555 QA O HOH . C HOH 2105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc47 CA NA NA . C NA 2006 1_555 QA O HOH . C HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc48 EA NA NA . C NA 2008 1_555 QA O HOH . C HOH 2111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     3WGU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.0094 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004726 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003889 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 MG A 1 2001 2001 MG MG . 
H 5 ALF A 1 2002 2002 ALF ALF . 
I 4 MG A 1 2003 2003 MG MG . 
J 6 ADP A 1 2004 2004 ADP ADP . 
K 7 NA A 1 2005 2005 NA NA . 
L 7 NA A 1 2006 2006 NA NA . 
M 7 NA A 1 2007 2007 NA NA . 
N 7 NA A 1 2008 2008 NA NA . 
O 8 CLR A 1 2009 3002 CLR CLR . 
P 8 CLR A 1 2010 3003 CLR CLR . 
Q 9 PC1 A 1 2011 3011 PC1 PC1 . 
R 9 PC1 A 1 2012 3012 PC1 PC1 . 
S 9 PC1 A 1 2013 3014 PC1 PC1 . 
T 9 PC1 A 1 2014 3015 PC1 PC1 . 
U 8 CLR B 1 3001 3001 CLR CLR . 
V 9 PC1 B 1 3002 3013 PC1 PC1 . 
W 10 NAG B 1 3003 1001 NAG NAG . 
X 4 MG C 1 2001 2001 MG MG . 
Y 5 ALF C 1 2002 2002 ALF ALF . 
Z 4 MG C 1 2003 2003 MG MG . 
AA 6 ADP C 1 2004 2004 ADP ADP . 
BA 7 NA C 1 2005 2005 NA NA . 
CA 7 NA C 1 2006 2006 NA NA . 
DA 7 NA C 1 2007 2007 NA NA . 
EA 7 NA C 1 2008 2008 NA NA . 
FA 8 CLR C 1 2009 3001 CLR CLR . 
GA 8 CLR C 1 2010 3002 CLR CLR . 
HA 8 CLR C 1 2011 3003 CLR CLR . 
IA 9 PC1 C 1 2012 3011 PC1 PC1 . 
JA 9 PC1 C 1 2013 3012 PC1 PC1 . 
KA 9 PC1 C 1 2014 3014 PC1 PC1 . 
LA 9 PC1 C 1 2015 3015 PC1 PC1 . 
MA 9 PC1 D 1 401 3013 PC1 PC1 . 
NA 10 NAG D 1 402 1001 NAG NAG . 
OA 11 HOH A 1 2101 2011 HOH HOH . 
OA 11 HOH A 2 2102 2009 HOH HOH . 
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