data_3WGV
#
_model_server_result.job_id            vMNbWlF4Z8sYanUpViXzAQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 11:16:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3wgv 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"BA","auth_seq_id":2004}' 
#
_entry.id    3WGV 
#
_exptl.entry_id    3WGV 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3WGV 
_cell.length_a            106.285 
_cell.length_b            210.183 
_cell.length_c            256.086 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3WGV 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,QA,RA 1 1 
D,E,F,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,SA,TA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 J N N 
? 6 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 126 B CYS 126 1_555 B SG CYS 149 B CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 159 B CYS 159 1_555 B SG CYS 175 B CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 213 B CYS 213 1_555 B SG CYS 276 B CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf4 E SG CYS 126 D CYS 126 1_555 E SG CYS 149 D CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf5 E SG CYS 159 D CYS 159 1_555 E SG CYS 175 D CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf6 E SG CYS 213 D CYS 213 1_555 E SG CYS 276 D CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc1 A O VAL 322 A VAL 322 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc2 A O ALA 323 A ALA 323 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.074 ? 
metalc ? metalc3 A O ALA 323 A ALA 323 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc4 A O VAL 325 A VAL 325 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 327 A GLU 327 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 369 A ASP 369 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc7 A O THR 371 A THR 371 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 710 A ASP 710 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc9 A O LYS 719 A LYS 719 1_555 N NA NA . A NA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? 
metalc ? metalc10 A O ALA 721 A ALA 721 1_555 N NA NA . A NA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? 
metalc ? metalc11 A O TYR 771 A TYR 771 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc12 A OG1 THR 774 A THR 774 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc13 A OG SER 775 A SER 775 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? 
metalc ? metalc14 A OD1 ASN 776 A ASN 776 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.052 ? 
metalc ? metalc15 A OE1 GLU 779 A GLU 779 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASP 804 A ASP 804 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASP 808 A ASP 808 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc18 A OE1 GLN 923 A GLN 923 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc19 G MG MG . A MG 2001 1_555 J O2B ADP . A ADP 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? 
metalc ? metalc20 G MG MG . A MG 2001 1_555 QA O HOH . A HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc21 K NA NA . A NA 2005 1_555 QA O HOH . A HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc22 L NA NA . A NA 2006 1_555 QA O HOH . A HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? 
metalc ? metalc23 N NA NA . A NA 2008 1_555 QA O HOH . A HOH 2105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.126 ? 
metalc ? metalc24 D O VAL 322 C VAL 322 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc25 D O ALA 323 C ALA 323 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc26 D O ALA 323 C ALA 323 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
metalc ? metalc27 D O VAL 325 C VAL 325 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc28 D OD2 ASP 369 C ASP 369 1_555 AA MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc29 D O THR 371 C THR 371 1_555 AA MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc30 D OD1 ASP 710 C ASP 710 1_555 AA MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? 
metalc ? metalc31 D O TYR 771 C TYR 771 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc32 D OG1 THR 774 C THR 774 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc33 D OG SER 775 C SER 775 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc34 D OG SER 775 C SER 775 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? 
metalc ? metalc35 D OD1 ASN 776 C ASN 776 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? 
metalc ? metalc36 D OE1 GLU 779 C GLU 779 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASP 804 C ASP 804 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc38 D OD2 ASP 804 C ASP 804 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 808 C ASP 808 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc40 D OD2 ASP 808 C ASP 808 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? 
metalc ? metalc41 D OE1 GLN 923 C GLN 923 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? 
metalc ? metalc42 Y MG MG . C MG 2001 1_555 SA O HOH . C HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc43 AA MG MG . C MG 2003 1_555 SA O HOH . C HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc44 DA NA NA . C NA 2006 1_555 SA O HOH . C HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 
metalc ? metalc45 FA NA NA . C NA 2008 1_555 SA O HOH . C HOH 2106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? 
metalc ? metalc46 FA NA NA . C NA 2008 1_555 SA O HOH . C HOH 2107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     3WGV 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009409 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004758 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003905 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 MG A 1 2001 2001 MG MG . 
H 5 ALF A 1 2002 2002 ALF ALF . 
I 4 MG A 1 2003 2003 MG MG . 
J 6 ADP A 1 2004 2004 ADP ADP . 
K 7 NA A 1 2005 2005 NA NA . 
L 7 NA A 1 2006 2006 NA NA . 
M 7 NA A 1 2007 2007 NA NA . 
N 7 NA A 1 2008 2008 NA NA . 
O 8 CLR A 1 2009 3001 CLR CLR . 
P 8 CLR A 1 2010 3002 CLR CLR . 
Q 9 PC1 A 1 2011 3011 PC1 PC1 . 
R 9 PC1 A 1 2012 3012 PC1 PC1 . 
S 9 PC1 A 1 2013 3014 PC1 PC1 . 
T 9 PC1 A 1 2014 3015 PC1 PC1 . 
U 10 EFO A 1 2015 4001 EFO EFO . 
V 9 PC1 B 1 401 3013 PC1 PC1 . 
W 11 NAG B 1 402 1001 NAG NAG . 
X 8 CLR G 1 101 3003 CLR CLR . 
Y 4 MG C 1 2001 2001 MG MG . 
Z 5 ALF C 1 2002 2002 ALF ALF . 
AA 4 MG C 1 2003 2003 MG MG . 
BA 6 ADP C 1 2004 2004 ADP ADP . 
CA 7 NA C 1 2005 2005 NA NA . 
DA 7 NA C 1 2006 2006 NA NA . 
EA 7 NA C 1 2007 2007 NA NA . 
FA 7 NA C 1 2008 2008 NA NA . 
GA 9 PC1 C 1 2009 3011 PC1 PC1 . 
HA 9 PC1 C 1 2010 3012 PC1 PC1 . 
IA 9 PC1 C 1 2011 3014 PC1 PC1 . 
JA 9 PC1 C 1 2012 3015 PC1 PC1 . 
KA 10 EFO C 1 2013 4001 EFO EFO . 
LA 8 CLR D 1 3001 3001 CLR CLR . 
MA 8 CLR D 1 3002 3002 CLR CLR . 
NA 9 PC1 D 1 3003 3013 PC1 PC1 . 
OA 11 NAG D 1 3004 1001 NAG NAG . 
PA 8 CLR E 1 101 3003 CLR CLR . 
QA 12 HOH A 1 2101 2011 HOH HOH . 
QA 12 HOH A 2 2102 5001 HOH HOH . 
QA 12 HOH A 3 2103 5002 HOH HOH . 
QA 12 HOH A 4 2104 5005 HOH HOH . 
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