data_3WGV # _model_server_result.job_id Wc2icCaDtDxkNT52x8de4g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-02 11:23:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3wgv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":2007}' # _entry.id 3WGV # _exptl.entry_id 3WGV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3WGV _cell.length_a 106.285 _cell.length_b 210.183 _cell.length_c 256.086 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3WGV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,QA,RA 1 1 D,E,F,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,SA,TA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 K N N ? 7 L N N ? 7 M N N ? 7 N N N ? 7 CA N N ? 7 DA N N ? 7 EA N N ? 7 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 B SG CYS 126 B CYS 126 1_555 B SG CYS 149 B CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 159 B CYS 159 1_555 B SG CYS 175 B CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 213 B CYS 213 1_555 B SG CYS 276 B CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf4 E SG CYS 126 D CYS 126 1_555 E SG CYS 149 D CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 159 D CYS 159 1_555 E SG CYS 175 D CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf6 E SG CYS 213 D CYS 213 1_555 E SG CYS 276 D CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc1 A O VAL 322 A VAL 322 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc2 A O ALA 323 A ALA 323 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.074 ? metalc ? metalc3 A O ALA 323 A ALA 323 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc4 A O VAL 325 A VAL 325 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 327 A GLU 327 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 369 A ASP 369 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc7 A O THR 371 A THR 371 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 710 A ASP 710 1_555 I MG MG . A MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc9 A O LYS 719 A LYS 719 1_555 N NA NA . A NA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? metalc ? metalc10 A O ALA 721 A ALA 721 1_555 N NA NA . A NA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc11 A O TYR 771 A TYR 771 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc12 A OG1 THR 774 A THR 774 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc13 A OG SER 775 A SER 775 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASN 776 A ASN 776 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.052 ? metalc ? metalc15 A OE1 GLU 779 A GLU 779 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 804 A ASP 804 1_555 K NA NA . A NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 808 A ASP 808 1_555 L NA NA . A NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc18 A OE1 GLN 923 A GLN 923 1_555 M NA NA . A NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc19 G MG MG . A MG 2001 1_555 J O2B ADP . A ADP 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc20 G MG MG . A MG 2001 1_555 QA O HOH . A HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc21 K NA NA . A NA 2005 1_555 QA O HOH . A HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc22 L NA NA . A NA 2006 1_555 QA O HOH . A HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? metalc ? metalc23 N NA NA . A NA 2008 1_555 QA O HOH . A HOH 2105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.126 ? metalc ? metalc24 D O VAL 322 C VAL 322 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc25 D O ALA 323 C ALA 323 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc26 D O ALA 323 C ALA 323 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? metalc ? metalc27 D O VAL 325 C VAL 325 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 369 C ASP 369 1_555 AA MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc29 D O THR 371 C THR 371 1_555 AA MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASP 710 C ASP 710 1_555 AA MG MG . C MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? metalc ? metalc31 D O TYR 771 C TYR 771 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc32 D OG1 THR 774 C THR 774 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc33 D OG SER 775 C SER 775 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc34 D OG SER 775 C SER 775 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? metalc ? metalc35 D OD1 ASN 776 C ASN 776 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc36 D OE1 GLU 779 C GLU 779 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 804 C ASP 804 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 804 C ASP 804 1_555 CA NA NA . C NA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 808 C ASP 808 1_555 DA NA NA . C NA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 808 C ASP 808 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc41 D OE1 GLN 923 C GLN 923 1_555 EA NA NA . C NA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? metalc ? metalc42 Y MG MG . C MG 2001 1_555 SA O HOH . C HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc43 AA MG MG . C MG 2003 1_555 SA O HOH . C HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc44 DA NA NA . C NA 2006 1_555 SA O HOH . C HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? metalc ? metalc45 FA NA NA . C NA 2008 1_555 SA O HOH . C HOH 2106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? metalc ? metalc46 FA NA NA . C NA 2008 1_555 SA O HOH . C HOH 2107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3WGV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009409 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004758 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003905 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 MG A 1 2001 2001 MG MG . H 5 ALF A 1 2002 2002 ALF ALF . I 4 MG A 1 2003 2003 MG MG . J 6 ADP A 1 2004 2004 ADP ADP . K 7 NA A 1 2005 2005 NA NA . L 7 NA A 1 2006 2006 NA NA . M 7 NA A 1 2007 2007 NA NA . N 7 NA A 1 2008 2008 NA NA . O 8 CLR A 1 2009 3001 CLR CLR . P 8 CLR A 1 2010 3002 CLR CLR . Q 9 PC1 A 1 2011 3011 PC1 PC1 . R 9 PC1 A 1 2012 3012 PC1 PC1 . S 9 PC1 A 1 2013 3014 PC1 PC1 . T 9 PC1 A 1 2014 3015 PC1 PC1 . U 10 EFO A 1 2015 4001 EFO EFO . V 9 PC1 B 1 401 3013 PC1 PC1 . W 11 NAG B 1 402 1001 NAG NAG . X 8 CLR G 1 101 3003 CLR CLR . Y 4 MG C 1 2001 2001 MG MG . Z 5 ALF C 1 2002 2002 ALF ALF . AA 4 MG C 1 2003 2003 MG MG . BA 6 ADP C 1 2004 2004 ADP ADP . CA 7 NA C 1 2005 2005 NA NA . DA 7 NA C 1 2006 2006 NA NA . EA 7 NA C 1 2007 2007 NA NA . FA 7 NA C 1 2008 2008 NA NA . GA 9 PC1 C 1 2009 3011 PC1 PC1 . HA 9 PC1 C 1 2010 3012 PC1 PC1 . IA 9 PC1 C 1 2011 3014 PC1 PC1 . JA 9 PC1 C 1 2012 3015 PC1 PC1 . KA 10 EFO C 1 2013 4001 EFO EFO . LA 8 CLR D 1 3001 3001 CLR CLR . MA 8 CLR D 1 3002 3002 CLR CLR . NA 9 PC1 D 1 3003 3013 PC1 PC1 . OA 11 NAG D 1 3004 1001 NAG NAG . PA 8 CLR E 1 101 3003 CLR CLR . QA 12 HOH A 1 2101 2011 HOH HOH . QA 12 HOH A 2 2102 5001 HOH HOH . QA 12 HOH A 3 2103 5002 HOH HOH . QA 12 HOH A 4 2104 5005 HOH HOH . QA 12 HOH A 5 2105 6001 HOH HOH . QA 12 HOH A 6 2106 6002 HOH HOH . QA 12 HOH A 7 2107 6007 HOH HOH . QA 12 HOH A 8 2108 6009 HOH HOH . QA 12 HOH A 9 2109 6011 HOH HOH . QA 12 HOH A 10 2110 6013 HOH HOH . QA 12 HOH A 11 2111 7002 HOH HOH . QA 12 HOH A 12 2112 8008 HOH HOH . QA 12 HOH A 13 2113 8025 HOH HOH . QA 12 HOH A 14 2114 8026 HOH HOH . QA 12 HOH A 15 2115 8034 HOH HOH . QA 12 HOH A 16 2116 8035 HOH HOH . QA 12 HOH A 17 2117 8037 HOH HOH . QA 12 HOH A 18 2118 8042 HOH HOH . QA 12 HOH A 19 2119 8052 HOH HOH . QA 12 HOH A 20 2120 8062 HOH HOH . QA 12 HOH A 21 2121 8065 HOH HOH . QA 12 HOH A 22 2122 8082 HOH HOH . QA 12 HOH A 23 2123 8111 HOH HOH . QA 12 HOH A 24 2124 8115 HOH HOH . RA 12 HOH B 1 501 8022 HOH HOH . RA 12 HOH B 2 502 8051 HOH HOH . SA 12 HOH C 1 2101 2010 HOH HOH . SA 12 HOH C 2 2102 5003 HOH HOH . SA 12 HOH C 3 2103 5004 HOH HOH . SA 12 HOH C 4 2104 5013 HOH HOH . SA 12 HOH C 5 2105 5078 HOH HOH . SA 12 HOH C 6 2106 6004 HOH HOH . SA 12 HOH C 7 2107 6005 HOH HOH . SA 12 HOH C 8 2108 6006 HOH HOH . SA 12 HOH C 9 2109 6010 HOH HOH . SA 12 HOH C 10 2110 6012 HOH HOH . SA 12 HOH C 11 2111 6018 HOH HOH . SA 12 HOH C 12 2112 6096 HOH HOH . SA 12 HOH C 13 2113 7003 HOH HOH . SA 12 HOH C 14 2114 7006 HOH HOH . SA 12 HOH C 15 2115 8028 HOH HOH . SA 12 HOH C 16 2116 8031 HOH HOH . SA 12 HOH C 17 2117 8047 HOH HOH . SA 12 HOH C 18 2118 8069 HOH HOH . SA 12 HOH C 19 2119 8121 HOH HOH . SA 12 HOH C 20 2120 8137 HOH HOH . TA 12 HOH D 1 3101 8012 HOH HOH . TA 12 HOH D 2 3102 8119 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 56.621 _atom_site.Cartn_y 31.915 _atom_site.Cartn_z 56.615 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 98.9 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 2007 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 79 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 46 _model_server_stats.query_time_ms 572 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #