data_3X43
#
_model_server_result.job_id            ggH5IX94EP4zsSBLyq6TjQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-03 02:03:12' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3x43 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    3X43 
#
_exptl.entry_id    3X43 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              247.142 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.48 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3X43 
_cell.length_a            72.48 
_cell.length_b            154.13 
_cell.length_c            118.52 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3X43 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,Q,R,S,T 1 1 
E,F,G,H,M,N,O,P,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A NZ LYS 43 A LYS 43 1_555 I C4A PLP . A PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.487 ? 
covale ? covale2 B NZ LYS 43 B LYS 43 1_555 J C4A PLP . B PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? 
covale ? covale3 C NZ LYS 43 C LYS 43 1_555 K C4A PLP . C PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? 
covale ? covale4 D NZ LYS 43 D LYS 43 1_555 L C4A PLP . D PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? 
covale ? covale5 E NZ LYS 43 E LYS 43 1_555 M C4A PLP . E PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? 
covale ? covale6 F NZ LYS 43 F LYS 43 1_555 N C4A PLP . F PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.486 ? 
covale ? covale7 G NZ LYS 43 G LYS 43 1_555 O C4A PLP . G PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.482 ? 
covale ? covale8 H NZ LYS 43 H LYS 43 1_555 P C4A PLP . H PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.487 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H10 N O6 P' 
_chem_comp.formula_weight    247.142 
_chem_comp.id                PLP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'VITAMIN B6 Phosphate' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 PLP doub 260 n y 
N1 C6 PLP sing 261 n y 
C2 C2A PLP sing 262 n n 
C2 C3 PLP sing 263 n y 
C2A H2A1 PLP sing 264 n n 
C2A H2A2 PLP sing 265 n n 
C2A H2A3 PLP sing 266 n n 
C3 O3 PLP sing 267 n n 
C3 C4 PLP doub 268 n y 
O3 HO3 PLP sing 269 n n 
C4 C4A PLP sing 270 n n 
C4 C5 PLP sing 271 n y 
C4A O4A PLP doub 272 n n 
C4A H4A PLP sing 273 n n 
C5 C6 PLP doub 274 n y 
C5 C5A PLP sing 275 n n 
C6 H6 PLP sing 276 n n 
C5A O4P PLP sing 277 n n 
C5A H5A1 PLP sing 278 n n 
C5A H5A2 PLP sing 279 n n 
O4P P PLP sing 280 n n 
P O1P PLP doub 281 n n 
P O2P PLP sing 282 n n 
P O3P PLP sing 283 n n 
O2P HOP2 PLP sing 284 n n 
O3P HOP3 PLP sing 285 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3X43 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013797 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000116 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006488 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008438 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 PLP A 1 401 1043 PLP PLP . 
J 2 PLP B 1 401 1043 PLP PLP . 
K 2 PLP C 1 401 1043 PLP PLP . 
L 2 PLP D 1 401 1043 PLP PLP . 
M 2 PLP E 1 401 1043 PLP PLP . 
N 2 PLP F 1 401 1043 PLP PLP . 
O 2 PLP G 1 401 1043 PLP PLP . 
P 2 PLP H 1 401 1043 PLP PLP . 
Q 3 HOH A 1 501 12 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 2 502 16 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 3 503 23 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 4 504 30 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 5 505 38 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 6 506 54 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 7 507 56 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 8 508 58 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 9 509 61 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 10 510 63 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 11 511 97 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 12 512 102 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 13 513 111 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 14 514 115 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 15 515 116 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 16 516 133 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 17 517 137 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 18 518 144 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 19 519 148 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 20 520 150 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 21 521 155 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 22 522 175 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 23 523 182 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 24 524 205 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 25 525 218 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 26 526 232 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 27 527 236 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 28 528 243 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 29 529 247 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 30 530 249 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 31 531 254 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 32 532 258 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 33 533 262 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 34 534 282 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 35 535 294 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 36 536 301 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 37 537 304 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 38 538 307 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 39 539 340 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 40 540 341 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 41 541 352 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 42 542 356 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 43 543 374 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 44 544 375 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 45 545 380 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 46 546 385 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 47 547 398 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 48 548 399 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 49 549 404 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 50 550 411 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 51 551 414 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 52 552 430 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 53 553 452 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 54 554 461 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 55 555 470 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 56 556 473 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 57 557 475 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 58 558 488 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 59 559 494 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 60 560 499 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 61 561 511 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 62 562 529 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 63 563 533 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 64 564 540 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 65 565 541 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 66 566 548 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 67 567 568 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 68 568 569 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 69 569 571 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 70 570 578 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 71 571 580 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 72 572 585 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 73 573 586 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 74 574 587 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 75 575 594 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 76 576 598 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 77 577 600 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 78 578 601 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 79 579 610 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 80 580 611 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 81 581 637 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 82 582 640 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 83 583 643 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 84 584 644 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 85 585 645 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 86 586 649 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 87 587 658 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 88 588 659 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 89 589 663 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 90 590 665 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 91 591 676 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 92 592 687 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 93 593 706 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 94 594 709 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 95 595 712 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 96 596 718 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 97 597 719 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 98 598 735 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 99 599 752 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 100 600 755 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 101 601 762 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 102 602 763 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 103 603 769 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 104 604 773 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 105 605 775 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 106 606 782 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 107 607 784 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 108 608 788 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 109 609 791 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 110 610 799 HOH WAT . 
Q 3 HOH A 111 611 143 HOH WAT . 
R 3 HOH B 1 501 393 HOH WAT . 
R 3 HOH B 2 502 4 HOH WAT . 
R 3 HOH B 3 503 17 HOH WAT . 
R 3 HOH B 4 504 19 HOH WAT . 
R 3 HOH B 5 505 29 HOH WAT . 
R 3 HOH B 6 506 32 HOH WAT . 
R 3 HOH B 7 507 52 HOH WAT . 
R 3 HOH B 8 508 57 HOH WAT . 
R 3 HOH B 9 509 59 HOH WAT . 
R 3 HOH B 10 510 71 HOH WAT . 
R 3 HOH B 11 511 78 HOH WAT . 
R 3 HOH B 12 512 79 HOH WAT . 
R 3 HOH B 13 513 84 HOH WAT . 
R 3 HOH B 14 514 88 HOH WAT . 
R 3 HOH B 15 515 96 HOH WAT . 
R 3 HOH B 16 516 98 HOH WAT . 
R 3 HOH B 17 517 110 HOH WAT . 
R 3 HOH B 18 518 135 HOH WAT . 
R 3 HOH B 19 519 138 HOH WAT . 
R 3 HOH B 20 520 147 HOH WAT . 
R 3 HOH B 21 521 160 HOH WAT . 
R 3 HOH B 22 522 165 HOH WAT . 
R 3 HOH B 23 523 168 HOH WAT . 
R 3 HOH B 24 524 172 HOH WAT . 
R 3 HOH B 25 525 173 HOH WAT . 
R 3 HOH B 26 526 199 HOH WAT . 
R 3 HOH B 27 527 209 HOH WAT . 
R 3 HOH B 28 528 211 HOH WAT . 
R 3 HOH B 29 529 217 HOH WAT . 
R 3 HOH B 30 530 227 HOH WAT . 
R 3 HOH B 31 531 228 HOH WAT . 
R 3 HOH B 32 532 235 HOH WAT . 
R 3 HOH B 33 533 255 HOH WAT . 
R 3 HOH B 34 534 256 HOH WAT . 
R 3 HOH B 35 535 259 HOH WAT . 
R 3 HOH B 36 536 260 HOH WAT . 
R 3 HOH B 37 537 274 HOH WAT . 
R 3 HOH B 38 538 283 HOH WAT . 
R 3 HOH B 39 539 285 HOH WAT . 
R 3 HOH B 40 540 292 HOH WAT . 
R 3 HOH B 41 541 293 HOH WAT . 
R 3 HOH B 42 542 309 HOH WAT . 
R 3 HOH B 43 543 311 HOH WAT . 
R 3 HOH B 44 544 325 HOH WAT . 
R 3 HOH B 45 545 326 HOH WAT . 
R 3 HOH B 46 546 338 HOH WAT . 
R 3 HOH B 47 547 343 HOH WAT . 
R 3 HOH B 48 548 345 HOH WAT . 
R 3 HOH B 49 549 382 HOH WAT . 
R 3 HOH B 50 550 391 HOH WAT . 
R 3 HOH B 51 551 394 HOH WAT . 
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R 3 HOH B 55 555 408 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 15 515 153 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 18 518 190 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 23 523 251 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 25 525 270 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 30 530 295 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 32 532 313 HOH WAT . 
S 3 HOH C 33 533 330 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 47 547 425 HOH WAT . 
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S 3 HOH C 49 549 438 HOH WAT . 
S 3 HOH C 50 550 446 HOH WAT . 
S 3 HOH C 51 551 450 HOH WAT . 
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T 3 HOH D 63 563 321 HOH WAT . 
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T 3 HOH D 71 571 371 HOH WAT . 
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T 3 HOH D 90 590 532 HOH WAT . 
T 3 HOH D 91 591 539 HOH WAT . 
T 3 HOH D 92 592 555 HOH WAT . 
T 3 HOH D 93 593 556 HOH WAT . 
T 3 HOH D 94 594 557 HOH WAT . 
T 3 HOH D 95 595 565 HOH WAT . 
T 3 HOH D 96 596 581 HOH WAT . 
T 3 HOH D 97 597 584 HOH WAT . 
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T 3 HOH D 109 609 729 HOH WAT . 
T 3 HOH D 110 610 732 HOH WAT . 
T 3 HOH D 111 611 744 HOH WAT . 
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T 3 HOH D 114 614 764 HOH WAT . 
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U 3 HOH E 7 507 67 HOH WAT . 
U 3 HOH E 8 508 72 HOH WAT . 
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U 3 HOH E 10 510 80 HOH WAT . 
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U 3 HOH E 15 515 109 HOH WAT . 
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U 3 HOH E 17 517 128 HOH WAT . 
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U 3 HOH E 27 527 300 HOH WAT . 
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U 3 HOH E 33 533 333 HOH WAT . 
U 3 HOH E 34 534 337 HOH WAT . 
U 3 HOH E 35 535 342 HOH WAT . 
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HETATM 11 O O4P PLP . . . I 2 34.111 0.086 2.737 1 36 ? O4P PLP 401 A 1 
HETATM 12 P P PLP . . . I 2 35.492 -0.583 2.296 1 34.05 ? P PLP 401 A 1 
HETATM 13 O O1P PLP . . . I 2 35.934 0.146 1.11 1 36.81 ? O1P PLP 401 A 1 
HETATM 14 O O2P PLP . . . I 2 35.23 -1.996 2.01 1 32.78 ? O2P PLP 401 A 1 
HETATM 15 O O3P PLP . . . I 2 36.449 -0.417 3.389 1 30.76 ? O3P PLP 401 A 1 
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