data_477D # _model_server_result.job_id oxC-o8bfj1ytTGz4zg3VSg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 11:07:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 477d # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":120}' # _entry.id 477D # _exptl.entry_id 477D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 477D _cell.length_a 41.99 _cell.length_b 41.99 _cell.length_c 99.55 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 477D _symmetry.cell_setting trigonal _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OP1 DA 5 A DA 5 1_555 D CA CA . A CA 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc2 A OP1 DA 5 A DA 5 2_645 D CA CA . A CA 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc3 A OP1 DA 5 A DA 5 3_765 D CA CA . A CA 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc4 A OP1 DG 12 A DG 12 6_665 E CA CA . B CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc5 A O6 DG 12 A DG 12 4_445 E CA CA . B CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc6 C CA CA . A CA 112 1_555 G O HOH . A HOH 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc7 C CA CA . A CA 112 1_555 G O HOH . A HOH 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc8 C CA CA . A CA 112 1_555 G O HOH . A HOH 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc9 C CA CA . A CA 112 1_555 G O HOH . A HOH 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc10 C CA CA . A CA 112 1_555 G O HOH . A HOH 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc11 C CA CA . A CA 112 1_555 G O HOH . A HOH 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc12 C CA CA . A CA 112 1_555 H O HOH . B HOH 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc13 D CA CA . A CA 120 1_555 G O HOH . A HOH 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc14 D CA CA . A CA 120 1_555 G O HOH . A HOH 121 3_765 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc15 D CA CA . A CA 120 1_555 G O HOH . A HOH 121 2_645 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc16 G O HOH . A HOH 144 4_445 E CA CA . B CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc17 B OP1 DG 12 B DG 24 1_555 E CA CA . B CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc18 E CA CA . B CA 101 1_555 H O HOH . B HOH 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc19 F CA CA . B CA 146 1_555 H O HOH . B HOH 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc20 F CA CA . B CA 146 1_555 H O HOH . B HOH 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc21 F CA CA . B CA 146 1_555 H O HOH . B HOH 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 DG 2 A DG 2 1_555 B N3 DC 11 B DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 DG 2 A DG 2 1_555 B O2 DC 11 B DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 DG 2 A DG 2 1_555 B N4 DC 11 B DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 DC 3 A DC 3 1_555 B N1 DG 10 B DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 DC 3 A DC 3 1_555 B O6 DG 10 B DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 DC 3 A DC 3 1_555 B N2 DG 10 B DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 DG 4 A DG 4 1_555 B N3 DC 9 B DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 DG 4 A DG 4 1_555 B O2 DC 9 B DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 B N4 DC 9 B DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N1 DA 5 A DA 5 1_555 B N3 DT 8 B DT 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N6 DA 5 A DA 5 1_555 B O4 DT 8 B DT 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 DA 6 A DA 6 1_555 B N3 DT 7 B DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N6 DA 6 A DA 6 1_555 B O4 DT 7 B DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N3 DT 7 A DT 7 1_555 B N1 DA 6 B DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O4 DT 7 A DT 7 1_555 B N6 DA 6 B DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DT 8 A DT 8 1_555 B N1 DA 5 B DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A O4 DT 8 A DT 8 1_555 B N6 DA 5 B DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N3 DC 9 A DC 9 1_555 B N1 DG 4 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N4 DC 9 A DC 9 1_555 B O6 DG 4 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A O2 DC 9 A DC 9 1_555 B N2 DG 4 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N1 DG 10 A DG 10 1_555 B N3 DC 3 B DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N2 DG 10 A DG 10 1_555 B O2 DC 3 B DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 B N4 DC 3 B DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N3 DC 11 A DC 11 1_555 B N1 DG 2 B DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N4 DC 11 A DC 11 1_555 B O6 DG 2 B DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O2 DC 11 A DC 11 1_555 B N2 DG 2 B DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 477D _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.023815 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.01375 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.027499 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010045 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 112 112 CA CA . D 2 CA A 1 120 120 CA CA . E 2 CA B 1 101 101 CA CA . F 2 CA B 1 146 146 CA CA . G 3 HOH A 1 114 114 HOH HOH . G 3 HOH A 2 115 115 HOH HOH . G 3 HOH A 3 116 116 HOH HOH . G 3 HOH A 4 117 117 HOH HOH . G 3 HOH A 5 118 118 HOH HOH . G 3 HOH A 6 119 119 HOH HOH . G 3 HOH A 7 121 121 HOH HOH . G 3 HOH A 8 124 124 HOH HOH . G 3 HOH A 9 128 128 HOH HOH . G 3 HOH A 10 131 131 HOH HOH . G 3 HOH A 11 134 134 HOH HOH . G 3 HOH A 12 135 135 HOH HOH . G 3 HOH A 13 137 137 HOH HOH . G 3 HOH A 14 140 140 HOH HOH . G 3 HOH A 15 142 142 HOH HOH . G 3 HOH A 16 143 143 HOH HOH . G 3 HOH A 17 144 144 HOH HOH . G 3 HOH A 18 145 145 HOH HOH . G 3 HOH A 19 147 147 HOH HOH . G 3 HOH A 20 148 148 HOH HOH . G 3 HOH A 21 150 150 HOH HOH . G 3 HOH A 22 151 151 HOH HOH . G 3 HOH A 23 152 152 HOH HOH . G 3 HOH A 24 154 154 HOH HOH . G 3 HOH A 25 159 159 HOH HOH . G 3 HOH A 26 161 161 HOH HOH . G 3 HOH A 27 165 165 HOH HOH . G 3 HOH A 28 166 166 HOH HOH . G 3 HOH A 29 167 167 HOH HOH . G 3 HOH A 30 173 173 HOH HOH . G 3 HOH A 31 176 176 HOH HOH . G 3 HOH A 32 178 178 HOH HOH . G 3 HOH A 33 183 183 HOH HOH . G 3 HOH A 34 187 187 HOH HOH . G 3 HOH A 35 188 188 HOH HOH . G 3 HOH A 36 196 196 HOH HOH . G 3 HOH A 37 197 197 HOH HOH . G 3 HOH A 38 199 199 HOH HOH . G 3 HOH A 39 200 200 HOH HOH . G 3 HOH A 40 203 203 HOH HOH . G 3 HOH A 41 205 205 HOH HOH . G 3 HOH A 42 211 211 HOH HOH . G 3 HOH A 43 213 213 HOH HOH . G 3 HOH A 44 215 215 HOH HOH . G 3 HOH A 45 217 217 HOH HOH . G 3 HOH A 46 218 218 HOH HOH . G 3 HOH A 47 221 221 HOH HOH . G 3 HOH A 48 225 225 HOH HOH . G 3 HOH A 49 228 228 HOH HOH . G 3 HOH A 50 233 233 HOH HOH . G 3 HOH A 51 237 237 HOH HOH . G 3 HOH A 52 239 239 HOH HOH . G 3 HOH A 53 240 240 HOH HOH . G 3 HOH A 54 241 241 HOH HOH . G 3 HOH A 55 242 242 HOH HOH . G 3 HOH A 56 243 243 HOH HOH . G 3 HOH A 57 246 246 HOH HOH . G 3 HOH A 58 248 248 HOH HOH . G 3 HOH A 59 249 249 HOH HOH . G 3 HOH A 60 250 250 HOH HOH . G 3 HOH A 61 256 256 HOH HOH . G 3 HOH A 62 260 260 HOH HOH . G 3 HOH A 63 263 263 HOH HOH . G 3 HOH A 64 264 264 HOH HOH . G 3 HOH A 65 265 265 HOH HOH . G 3 HOH A 66 267 267 HOH HOH . G 3 HOH A 67 268 268 HOH HOH . G 3 HOH A 68 272 272 HOH HOH . G 3 HOH A 69 274 274 HOH HOH . G 3 HOH A 70 275 275 HOH HOH . G 3 HOH A 71 276 276 HOH HOH . G 3 HOH A 72 277 277 HOH HOH . G 3 HOH A 73 279 279 HOH HOH . G 3 HOH A 74 280 280 HOH HOH . G 3 HOH A 75 284 284 HOH HOH . G 3 HOH A 76 291 291 HOH HOH . G 3 HOH A 77 294 294 HOH HOH . G 3 HOH A 78 299 299 HOH HOH . G 3 HOH A 79 302 302 HOH HOH . G 3 HOH A 80 303 303 HOH HOH . G 3 HOH A 81 304 304 HOH HOH . G 3 HOH A 82 305 305 HOH HOH . H 3 HOH B 1 102 102 HOH HOH . H 3 HOH B 2 106 106 HOH HOH . H 3 HOH B 3 113 113 HOH HOH . H 3 HOH B 4 123 123 HOH HOH . H 3 HOH B 5 126 126 HOH HOH . H 3 HOH B 6 130 130 HOH HOH . H 3 HOH B 7 132 132 HOH HOH . H 3 HOH B 8 139 139 HOH HOH . H 3 HOH B 9 153 153 HOH HOH . H 3 HOH B 10 155 155 HOH HOH . H 3 HOH B 11 156 156 HOH HOH . H 3 HOH B 12 157 157 HOH HOH . H 3 HOH B 13 160 160 HOH HOH . H 3 HOH B 14 163 163 HOH HOH . H 3 HOH B 15 170 170 HOH HOH . H 3 HOH B 16 171 171 HOH HOH . H 3 HOH B 17 175 175 HOH HOH . H 3 HOH B 18 177 177 HOH HOH . H 3 HOH B 19 182 182 HOH HOH . H 3 HOH B 20 184 184 HOH HOH . H 3 HOH B 21 186 186 HOH HOH . H 3 HOH B 22 195 195 HOH HOH . H 3 HOH B 23 202 202 HOH HOH . H 3 HOH B 24 207 207 HOH HOH . H 3 HOH B 25 214 214 HOH HOH . H 3 HOH B 26 222 222 HOH HOH . H 3 HOH B 27 230 230 HOH HOH . H 3 HOH B 28 231 231 HOH HOH . H 3 HOH B 29 232 232 HOH HOH . H 3 HOH B 30 234 234 HOH HOH . H 3 HOH B 31 235 235 HOH HOH . H 3 HOH B 32 236 236 HOH HOH . H 3 HOH B 33 238 238 HOH HOH . H 3 HOH B 34 244 244 HOH HOH . H 3 HOH B 35 245 245 HOH HOH . H 3 HOH B 36 252 252 HOH HOH . H 3 HOH B 37 253 253 HOH HOH . H 3 HOH B 38 254 254 HOH HOH . H 3 HOH B 39 255 255 HOH HOH . H 3 HOH B 40 257 257 HOH HOH . H 3 HOH B 41 258 258 HOH HOH . H 3 HOH B 42 259 259 HOH HOH . H 3 HOH B 43 262 262 HOH HOH . H 3 HOH B 44 266 266 HOH HOH . H 3 HOH B 45 269 269 HOH HOH . H 3 HOH B 46 270 270 HOH HOH . H 3 HOH B 47 271 271 HOH HOH . H 3 HOH B 48 278 278 HOH HOH . H 3 HOH B 49 281 281 HOH HOH . H 3 HOH B 50 282 282 HOH HOH . H 3 HOH B 51 283 283 HOH HOH . H 3 HOH B 52 286 286 HOH HOH . H 3 HOH B 53 287 287 HOH HOH . H 3 HOH B 54 288 288 HOH HOH . H 3 HOH B 55 289 289 HOH HOH . H 3 HOH B 56 290 290 HOH HOH . H 3 HOH B 57 292 292 HOH HOH . H 3 HOH B 58 295 295 HOH HOH . H 3 HOH B 59 297 297 HOH HOH . H 3 HOH B 60 306 306 HOH HOH . H 3 HOH B 61 307 307 HOH HOH . H 3 HOH B 62 308 308 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 41.989 _atom_site.Cartn_y -0.004 _atom_site.Cartn_z 5.093 _atom_site.occupancy 0.33 _atom_site.B_iso_or_equiv 23.84 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 120 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 1 #