data_4A6A
#
_model_server_result.job_id            KI6-dAlgoc4xXery5Jpg7g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 15:04:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4a6a 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    4A6A 
#
_exptl.entry_id    4A6A 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          96.28 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4A6A 
_cell.length_a            56.59 
_cell.length_b            179.51 
_cell.length_c            99.81 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4A6A 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,MA,NA,OA 1 1 
G,H,I,J,K,L,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,PA,QA,RA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 R N N 
? 2 T N N 
? 2 V N N 
? 2 X N N 
? 2 Z N N 
? 2 BA N N 
? 2 EA N N 
? 2 GA N N 
? 2 IA N N 
? 2 KA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 M O1A TTP . A TTP 201 1_555 N MG MG . A MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc2 M O2B TTP . A TTP 201 1_555 N MG MG . A MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc3 M O2G TTP . A TTP 201 1_555 N MG MG . A MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc4 MA O HOH . A HOH 2001 1_555 S MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc5 O O1A TTP . B TTP 201 1_555 P MG MG . B MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc6 O O2B TTP . B TTP 201 1_555 P MG MG . B MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc7 O O2G TTP . B TTP 201 1_555 P MG MG . B MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc8 R O1A TTP . C TTP 201 1_555 S MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc9 R O2B TTP . C TTP 201 1_555 S MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? 
metalc ? metalc10 R O2G TTP . C TTP 201 1_555 S MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc11 T O2B TTP . D TTP 201 1_555 U MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc12 T O2G TTP . D TTP 201 1_555 U MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc13 T O1A TTP . D TTP 201 1_555 U MG MG . D MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc14 U MG MG . D MG 202 1_555 OA O HOH . D HOH 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc15 V O2G TTP . E TTP 201 1_555 W MG MG . E MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc16 V O1A TTP . E TTP 201 1_555 W MG MG . E MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc17 V O2B TTP . E TTP 201 1_555 W MG MG . E MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc18 X O2G TTP . F TTP 201 1_555 Y MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc19 X O2B TTP . F TTP 201 1_555 Y MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc20 X O1A TTP . F TTP 201 1_555 Y MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc21 Z O2G TTP . G TTP 201 1_555 AA MG MG . G MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc22 Z O2B TTP . G TTP 201 1_555 AA MG MG . G MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc23 Z O1A TTP . G TTP 201 1_555 AA MG MG . G MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc24 H OE2 GLU 99 H GLU 99 1_555 DA MG MG . H MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc25 BA O2G TTP . H TTP 201 1_555 CA MG MG . H MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc26 BA O2B TTP . H TTP 201 1_555 CA MG MG . H MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc27 BA O1A TTP . H TTP 201 1_555 CA MG MG . H MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc28 EA O2G TTP . I TTP 201 1_555 FA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc29 EA O2B TTP . I TTP 201 1_555 FA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc30 EA O1A TTP . I TTP 201 1_555 FA MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc31 RA O HOH . I HOH 2001 1_555 JA MG MG . K MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc32 GA O2G TTP . J TTP 201 1_555 HA MG MG . J MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc33 GA O2B TTP . J TTP 201 1_555 HA MG MG . J MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.921 ? 
metalc ? metalc34 GA O1A TTP . J TTP 201 1_555 HA MG MG . J MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc35 IA O2G TTP . K TTP 201 1_555 JA MG MG . K MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc36 IA O2B TTP . K TTP 201 1_555 JA MG MG . K MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc37 IA O1A TTP . K TTP 201 1_555 JA MG MG . K MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc38 KA O2G TTP . L TTP 201 1_555 LA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc39 KA O2B TTP . L TTP 201 1_555 LA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc40 KA O1A TTP . L TTP 201 1_555 LA MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 334 n n 
PA O2A TTP sing 335 n n 
PA O3A TTP sing 336 n n 
PA O5' TTP sing 337 n n 
O2A HOA2 TTP sing 338 n n 
O3A PB TTP sing 339 n n 
PB O1B TTP doub 340 n n 
PB O2B TTP sing 341 n n 
PB O3B TTP sing 342 n n 
O2B HOB2 TTP sing 343 n n 
O3B PG TTP sing 344 n n 
PG O1G TTP doub 345 n n 
PG O2G TTP sing 346 n n 
PG O3G TTP sing 347 n n 
O2G HOG2 TTP sing 348 n n 
O3G HOG3 TTP sing 349 n n 
O5' C5' TTP sing 350 n n 
C5' C4' TTP sing 351 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 352 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 353 n n 
C4' O4' TTP sing 354 n n 
C4' C3' TTP sing 355 n n 
C4' H4' TTP sing 356 n n 
O4' C1' TTP sing 357 n n 
C3' O3' TTP sing 358 n n 
C3' C2' TTP sing 359 n n 
C3' H3' TTP sing 360 n n 
O3' HO3' TTP sing 361 n n 
C2' C1' TTP sing 362 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 363 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 364 n n 
C1' N1 TTP sing 365 n n 
C1' H1' TTP sing 366 n n 
N1 C2 TTP sing 367 n n 
N1 C6 TTP sing 368 n n 
C2 O2 TTP doub 369 n n 
C2 N3 TTP sing 370 n n 
N3 C4 TTP sing 371 n n 
N3 HN3 TTP sing 372 n n 
C4 O4 TTP doub 373 n n 
C4 C5 TTP sing 374 n n 
C5 C5M TTP sing 375 n n 
C5 C6 TTP doub 376 n n 
C5M HM51 TTP sing 377 n n 
C5M HM52 TTP sing 378 n n 
C5M HM53 TTP sing 379 n n 
C6 H6 TTP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4A6A 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017671 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001945 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005571 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.01008 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 2 TTP A 1 201 201 TTP TTP . 
N 3 MG A 1 202 202 MG MG . 
O 2 TTP B 1 201 201 TTP TTP . 
P 3 MG B 1 202 202 MG MG . 
Q 3 MG B 1 203 203 MG MG . 
R 2 TTP C 1 201 201 TTP TTP . 
S 3 MG C 1 202 202 MG MG . 
T 2 TTP D 1 201 201 TTP TTP . 
U 3 MG D 1 202 202 MG MG . 
V 2 TTP E 1 201 201 TTP TTP . 
W 3 MG E 1 202 202 MG MG . 
X 2 TTP F 1 201 201 TTP TTP . 
Y 3 MG F 1 202 202 MG MG . 
Z 2 TTP G 1 201 201 TTP TTP . 
AA 3 MG G 1 202 202 MG MG . 
BA 2 TTP H 1 201 201 TTP TTP . 
CA 3 MG H 1 202 202 MG MG . 
DA 3 MG H 1 203 203 MG MG . 
EA 2 TTP I 1 201 201 TTP TTP . 
FA 3 MG I 1 202 202 MG MG . 
GA 2 TTP J 1 201 201 TTP TTP . 
HA 3 MG J 1 202 202 MG MG . 
IA 2 TTP K 1 201 201 TTP TTP . 
JA 3 MG K 1 202 202 MG MG . 
KA 2 TTP L 1 201 201 TTP TTP . 
LA 3 MG L 1 202 202 MG MG . 
MA 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
MA 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
NA 4 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
OA 4 HOH D 1 2001 2001 HOH HOH . 
PA 4 HOH G 1 2001 2001 HOH HOH . 
PA 4 HOH G 2 2002 2002 HOH HOH . 
PA 4 HOH G 3 2003 2003 HOH HOH . 
QA 4 HOH H 1 2001 2001 HOH HOH . 
QA 4 HOH H 2 2002 2002 HOH HOH . 
RA 4 HOH I 1 2001 2001 HOH HOH . 
RA 4 HOH I 2 2002 2002 HOH HOH . 
RA 4 HOH I 3 2003 2003 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . O 2 13.448 27.116 23.479 1 25.42 ? PA TTP 201 B 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . O 2 12.936 28.368 22.791 1 27.39 ? O1A TTP 201 B 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . O 2 14.661 26.538 22.799 1 24.66 ? O2A TTP 201 B 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . O 2 12.241 26.049 23.504 1 29.19 ? O3A TTP 201 B 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . O 2 11.068 26.112 22.424 1 30.57 ? PB TTP 201 B 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . O 2 10.795 24.734 21.902 1 30.25 ? O1B TTP 201 B 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . O 2 11.488 27.119 21.372 1 30.74 ? O2B TTP 201 B 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . O 2 9.759 26.615 23.179 1 31.76 ? O3B TTP 201 B 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . O 2 9.335 28.154 23.308 1 31.28 ? PG TTP 201 B 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . O 2 7.998 28.325 22.602 1 31.31 ? O1G TTP 201 B 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . O 2 10.413 29.055 22.739 1 31.04 ? O2G TTP 201 B 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . O 2 9.185 28.442 24.786 1 31.99 ? O3G TTP 201 B 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . O 2 13.827 27.321 25.03 1 25.43 ? O5' TTP 201 B 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . O 2 12.861 27.867 25.9 1 26.63 ? C5' TTP 201 B 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . O 2 13.423 28.152 27.276 1 27.98 ? C4' TTP 201 B 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . O 2 13.727 26.948 27.951 1 29.34 ? O4' TTP 201 B 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . O 2 14.711 28.933 27.237 1 28.24 ? C3' TTP 201 B 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . O 2 14.506 30.364 27.204 1 26.93 ? O3' TTP 201 B 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . O 2 15.4 28.489 28.51 1 29.5 ? C2' TTP 201 B 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . O 2 14.785 27.148 28.864 1 31.55 ? C1' TTP 201 B 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . O 2 15.742 26.04 28.732 1 35.25 ? N1 TTP 201 B 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . O 2 15.599 24.844 29.484 1 36.45 ? C2 TTP 201 B 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . O 2 14.638 24.689 30.282 1 37.56 ? O2 TTP 201 B 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . O 2 16.464 23.835 29.37 1 37.41 ? N3 TTP 201 B 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . O 2 17.511 23.908 28.546 1 38.38 ? C4 TTP 201 B 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . O 2 18.319 22.947 28.448 1 39.97 ? O4 TTP 201 B 1 
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