data_4AAD # _model_server_result.job_id -o7-o9tNDPQyJ2q-T3PXZA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 21:50:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4aad # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":1154}' # _entry.id 4AAD # _exptl.entry_id 4AAD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4AAD _cell.length_a 49.406 _cell.length_b 84.668 _cell.length_c 159.959 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4AAD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 2 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N3 DT 1 E DT 501 1_555 D N1 DA 24 F DA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C O4 DT 1 E DT 501 1_555 D N6 DA 24 F DA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C N3 DC 2 E DC 502 1_555 D N1 DG 23 F DG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N4 DC 2 E DC 502 1_555 D O6 DG 23 F DG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C O2 DC 2 E DC 502 1_555 D N2 DG 23 F DG 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N1 DA 3 E DA 503 1_555 D N3 DT 22 F DT 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N6 DA 3 E DA 503 1_555 D O4 DT 22 F DT 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N1 DA 4 E DA 504 1_555 D N3 DT 21 F DT 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N6 DA 4 E DA 504 1_555 D O4 DT 21 F DT 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N1 DA 5 E DA 505 1_555 D N3 DT 20 F DT 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N6 DA 5 E DA 505 1_555 D O4 DT 20 F DT 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N1 DA 6 E DA 506 1_555 D N3 DT 19 F DT 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N6 DA 6 E DA 506 1_555 D O4 DT 19 F DT 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N3 DC 7 E DC 507 1_555 D N1 DG 18 F DG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N4 DC 7 E DC 507 1_555 D O6 DG 18 F DG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O2 DC 7 E DC 507 1_555 D N2 DG 18 F DG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N1 DG 8 E DG 508 1_555 D N3 DC 17 F DC 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N2 DG 8 E DG 508 1_555 D O2 DC 17 F DC 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O6 DG 8 E DG 508 1_555 D N4 DC 17 F DC 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N3 DT 9 E DT 509 1_555 D N1 DA 16 F DA 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C O4 DT 9 E DT 509 1_555 D N6 DA 16 F DA 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N3 DC 10 E DC 510 1_555 D N1 DG 15 F DG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N4 DC 10 E DC 510 1_555 D O6 DG 15 F DG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C O2 DC 10 E DC 510 1_555 D N2 DG 15 F DG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N1 DG 11 E DG 511 1_555 D N3 DC 14 F DC 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N2 DG 11 E DG 511 1_555 D O2 DC 14 F DC 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C O6 DG 11 E DG 511 1_555 D N4 DC 14 F DC 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N3 DT 12 E DT 512 1_555 D N1 DA 13 F DA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C O4 DT 12 E DT 512 1_555 D N6 DA 13 F DA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N1 DA 13 E DA 513 1_555 D N3 DT 12 F DT 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C N6 DA 13 E DA 513 1_555 D O4 DT 12 F DT 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N3 DC 14 E DC 514 1_555 D N1 DG 11 F DG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N4 DC 14 E DC 514 1_555 D O6 DG 11 F DG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C O2 DC 14 E DC 514 1_555 D N2 DG 11 F DG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N1 DG 15 E DG 515 1_555 D N3 DC 10 F DC 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N2 DG 15 E DG 515 1_555 D O2 DC 10 F DC 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C O6 DG 15 E DG 515 1_555 D N4 DC 10 F DC 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C N1 DA 16 E DA 516 1_555 D N3 DT 9 F DT 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N6 DA 16 E DA 516 1_555 D O4 DT 9 F DT 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N3 DC 17 E DC 517 1_555 D N1 DG 8 F DG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C N4 DC 17 E DC 517 1_555 D O6 DG 8 F DG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 C O2 DC 17 E DC 517 1_555 D N2 DG 8 F DG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog43 C N1 DG 18 E DG 518 1_555 D O2 DC 7 F DC 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog44 C N2 DG 18 E DG 518 1_555 D N3 DC 7 F DC 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C N3 DT 19 E DT 519 1_555 D N1 DA 6 F DA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C O4 DT 19 E DT 519 1_555 D N6 DA 6 F DA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 C N3 DT 20 E DT 520 1_555 D N1 DA 5 F DA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C O4 DT 20 E DT 520 1_555 D N6 DA 5 F DA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 C N3 DT 21 E DT 521 1_555 D N1 DA 4 F DA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 C O4 DT 21 E DT 521 1_555 D N6 DA 4 F DA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 C N3 DT 22 E DT 522 1_555 D N1 DA 3 F DA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 C O4 DT 22 E DT 522 1_555 D N6 DA 3 F DA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 C N1 DG 23 E DG 523 1_555 D N3 DC 2 F DC 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 C N2 DG 23 E DG 523 1_555 D O2 DC 2 F DC 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 C O6 DG 23 E DG 523 1_555 D N4 DC 2 F DC 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 C N1 DA 24 E DA 524 1_555 D N3 DT 1 F DT 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 C N6 DA 24 E DA 524 1_555 D O4 DT 1 F DT 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 278 n n C1 C2 GOL sing 279 n n C1 H11 GOL sing 280 n n C1 H12 GOL sing 281 n n O1 HO1 GOL sing 282 n n C2 O2 GOL sing 283 n n C2 C3 GOL sing 284 n n C2 H2 GOL sing 285 n n O2 HO2 GOL sing 286 n n C3 O3 GOL sing 287 n n C3 H31 GOL sing 288 n n C3 H32 GOL sing 289 n n O3 HO3 GOL sing 290 n n # _atom_sites.entry_id 4AAD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02024 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011811 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006252 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 GOL A 1 1153 1153 GOL GOL . F 3 GOL B 1 1154 1154 GOL GOL . G 3 GOL B 1 1155 1155 GOL GOL . H 3 GOL B 1 1156 1156 GOL GOL . I 3 GOL B 1 1157 1157 GOL GOL . J 3 GOL B 1 1158 1158 GOL GOL . K 3 GOL E 1 1525 1525 GOL GOL . L 3 GOL F 1 1625 1625 GOL GOL . M 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . M 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . M 4 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . M 4 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . M 4 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . M 4 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . N 4 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . N 4 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . N 4 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . N 4 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . N 4 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . N 4 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . N 4 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . N 4 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . N 4 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . N 4 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . N 4 HOH B 11 2011 2011 HOH HOH . N 4 HOH B 12 2012 2012 HOH HOH . N 4 HOH B 13 2013 2013 HOH HOH . O 4 HOH E 1 2001 2001 HOH HOH . O 4 HOH E 2 2002 2002 HOH HOH . O 4 HOH E 3 2003 2003 HOH HOH . O 4 HOH E 4 2004 2004 HOH HOH . P 4 HOH F 1 2001 2001 HOH HOH . P 4 HOH F 2 2002 2002 HOH HOH . P 4 HOH F 3 2003 2003 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . F 3 -36.421 6.099 -41.055 1 102.27 ? C1 GOL 1154 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . F 3 -37.353 5.082 -40.748 1 103.68 ? O1 GOL 1154 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . F 3 -36.853 7.391 -40.371 1 103.26 ? C2 GOL 1154 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . F 3 -37.717 7.069 -39.306 1 104.55 ? O2 GOL 1154 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . F 3 -37.617 8.263 -41.359 1 104.96 ? C3 GOL 1154 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . F 3 -38.952 8.402 -40.918 1 106.17 ? O3 GOL 1154 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 67 _model_server_stats.parse_time_ms 150 _model_server_stats.create_model_time_ms 150 _model_server_stats.query_time_ms 341 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 6 #