data_4ARY
#
_model_server_result.job_id            -dRnkXc5BxNg44K_frp3uw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-27 04:06:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4ary 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":1609}' 
#
_entry.id    4ARY 
#
_exptl.entry_id    4ARY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          105.75 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4ARY 
_cell.length_a            121.36 
_cell.length_b            51.19 
_cell.length_c            210.65 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4ARY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,K 1 1 
B,G,H,L 2 1 
C,I,M 3 1 
D,J,N 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NGA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NGA sing 238 n n 
C1 O1 NGA sing 239 n n 
C1 O5 NGA sing 240 n n 
C1 H1 NGA sing 241 n n 
C2 C3 NGA sing 242 n n 
C2 N2 NGA sing 243 n n 
C2 H2 NGA sing 244 n n 
C3 C4 NGA sing 245 n n 
C3 O3 NGA sing 246 n n 
C3 H3 NGA sing 247 n n 
C4 C5 NGA sing 248 n n 
C4 O4 NGA sing 249 n n 
C4 H4 NGA sing 250 n n 
C5 C6 NGA sing 251 n n 
C5 O5 NGA sing 252 n n 
C5 H5 NGA sing 253 n n 
C6 O6 NGA sing 254 n n 
C6 H61 NGA sing 255 n n 
C6 H62 NGA sing 256 n n 
C7 C8 NGA sing 257 n n 
C7 N2 NGA sing 258 n n 
C7 O7 NGA doub 259 n n 
C8 H81 NGA sing 260 n n 
C8 H82 NGA sing 261 n n 
C8 H83 NGA sing 262 n n 
N2 HN2 NGA sing 263 n n 
O1 HO1 NGA sing 264 n n 
O3 HO3 NGA sing 265 n n 
O4 HO4 NGA sing 266 n n 
O6 HO6 NGA sing 267 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     4ARY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00824 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002324 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.019535 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004932 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 NGA A 1 1609 1609 NGA NGA . 
F 3 13D A 1 1610 1610 13D 13D . 
G 2 NGA B 1 1612 1612 NGA NGA . 
H 3 13D B 1 1613 1613 13D 13D . 
I 2 NGA C 1 1609 1609 NGA NGA . 
J 2 NGA D 1 1609 1609 NGA NGA . 
K 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
K 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
K 4 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
K 4 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
K 4 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
K 4 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
K 4 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
K 4 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
K 4 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
K 4 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
K 4 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
K 4 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
K 4 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
K 4 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
K 4 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
K 4 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
K 4 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
K 4 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
K 4 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . 
K 4 HOH A 20 2020 2020 HOH HOH . 
L 4 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
L 4 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . 
L 4 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . 
L 4 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . 
L 4 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . 
L 4 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
L 4 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . 
L 4 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . 
L 4 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . 
L 4 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . 
M 4 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . 
M 4 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . 
M 4 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . 
M 4 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . 
M 4 HOH C 5 2005 2005 HOH HOH . 
M 4 HOH C 6 2006 2006 HOH HOH . 
M 4 HOH C 7 2007 2007 HOH HOH . 
M 4 HOH C 8 2008 2008 HOH HOH . 
M 4 HOH C 9 2009 2009 HOH HOH . 
N 4 HOH D 1 2001 2001 HOH HOH . 
N 4 HOH D 2 2002 2002 HOH HOH . 
N 4 HOH D 3 2003 2003 HOH HOH . 
N 4 HOH D 4 2004 2004 HOH HOH . 
N 4 HOH D 5 2005 2005 HOH HOH . 
N 4 HOH D 6 2006 2006 HOH HOH . 
N 4 HOH D 7 2007 2007 HOH HOH . 
N 4 HOH D 8 2008 2008 HOH HOH . 
N 4 HOH D 9 2009 2009 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 NGA . . . J 2 13.569 35.627 48.013 1 86.78 ? C1 NGA 1609 D 1 
HETATM 2 C C2 NGA . . . J 2 12.967 34.572 48.939 1 91.16 ? C2 NGA 1609 D 1 
HETATM 3 C C3 NGA . . . J 2 13.627 33.215 48.723 1 88.09 ? C3 NGA 1609 D 1 
HETATM 4 C C4 NGA . . . J 2 13.668 32.849 47.242 1 84.66 ? C4 NGA 1609 D 1 
HETATM 5 C C5 NGA . . . J 2 14.229 34.004 46.418 1 81.72 ? C5 NGA 1609 D 1 
HETATM 6 C C6 NGA . . . J 2 14.195 33.681 44.928 1 80.13 ? C6 NGA 1609 D 1 
HETATM 7 C C7 NGA . . . J 2 12.138 34.76 51.224 1 91.94 ? C7 NGA 1609 D 1 
HETATM 8 C C8 NGA . . . J 2 12.423 35.258 52.607 1 90.81 ? C8 NGA 1609 D 1 
HETATM 9 N N2 NGA . . . J 2 13.097 34.994 50.323 1 95.79 ? N2 NGA 1609 D 1 
HETATM 10 O O1 NGA . . . J 2 12.863 36.864 48.167 1 83.98 ? O1 NGA 1609 D 1 
HETATM 11 O O3 NGA . . . J 2 12.905 32.215 49.436 1 87.73 ? O3 NGA 1609 D 1 
HETATM 12 O O4 NGA . . . J 2 12.347 32.515 46.786 1 77.41 ? O4 NGA 1609 D 1 
HETATM 13 O O5 NGA . . . J 2 13.468 35.182 46.662 1 85.97 ? O5 NGA 1609 D 1 
HETATM 14 O O6 NGA . . . J 2 13.879 34.858 44.179 1 74 ? O6 NGA 1609 D 1 
HETATM 15 O O7 NGA . . . J 2 11.099 34.171 50.954 1 82.84 ? O7 NGA 1609 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              73 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    28 
_model_server_stats.query_time_ms           284 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           15 
#