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#
_model_server_result.job_id            -k7qr_Tg8XjT1ntB1y_dUA 
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_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          4d0t 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1574}' 
#
_entry.id    4D0T 
#
_exptl.entry_id    4D0T 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              607.354 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.length_a            117.217 
_cell.length_b            122.372 
_cell.length_c            249.724 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4D0T 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
C,F,G,Q,R,S,T,CA,DA,EA,HA,KA,LA 1 1 
B,E,H,M,N,O,P,Y,Z,AA,BA,GA,JA 2 1 
A,D,I,J,K,L,U,V,W,X,FA,IA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 L N N 
? 5 P N N 
? 5 V N N 
? 5 Z N N 
? 5 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 126 A CYS 126 1_555 A SG CYS 354 A CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 345 A CYS 345 1_555 A SG CYS 423 A CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 456 A CYS 456 1_555 A SG CYS 473 A CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 496 A CYS 496 1_555 A SG CYS 513 A CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 539 A CYS 539 1_555 A SG CYS 555 A CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 126 B CYS 126 1_555 B SG CYS 354 B CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
disulf ? disulf7 B SG CYS 345 B CYS 345 1_555 B SG CYS 423 B CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf8 B SG CYS 456 B CYS 456 1_555 B SG CYS 473 B CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
disulf ? disulf9 B SG CYS 496 B CYS 496 1_555 B SG CYS 513 B CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf10 B SG CYS 539 B CYS 539 1_555 B SG CYS 555 B CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
disulf ? disulf11 C SG CYS 126 C CYS 126 1_555 C SG CYS 354 C CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
disulf ? disulf12 C SG CYS 345 C CYS 345 1_555 C SG CYS 423 C CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
disulf ? disulf13 C SG CYS 456 C CYS 456 1_555 C SG CYS 473 C CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
disulf ? disulf14 C SG CYS 496 C CYS 496 1_555 C SG CYS 513 C CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
disulf ? disulf15 C SG CYS 539 C CYS 539 1_555 C SG CYS 555 C CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
disulf ? disulf16 D SG CYS 126 D CYS 126 1_555 D SG CYS 354 D CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
disulf ? disulf17 D SG CYS 345 D CYS 345 1_555 D SG CYS 423 D CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf18 D SG CYS 456 D CYS 456 1_555 D SG CYS 473 D CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
disulf ? disulf19 D SG CYS 496 D CYS 496 1_555 D SG CYS 513 D CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf20 D SG CYS 539 D CYS 539 1_555 D SG CYS 555 D CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
disulf ? disulf21 E SG CYS 126 E CYS 126 1_555 E SG CYS 354 E CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
disulf ? disulf22 E SG CYS 345 E CYS 345 1_555 E SG CYS 423 E CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf23 E SG CYS 456 E CYS 456 1_555 E SG CYS 473 E CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
disulf ? disulf24 E SG CYS 496 E CYS 496 1_555 E SG CYS 513 E CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
disulf ? disulf25 E SG CYS 539 E CYS 539 1_555 E SG CYS 555 E CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
disulf ? disulf26 F SG CYS 126 F CYS 126 1_555 F SG CYS 354 F CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
disulf ? disulf27 F SG CYS 345 F CYS 345 1_555 F SG CYS 423 F CYS 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf28 F SG CYS 456 F CYS 456 1_555 F SG CYS 473 F CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
disulf ? disulf29 F SG CYS 496 F CYS 496 1_555 F SG CYS 513 F CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
disulf ? disulf30 F SG CYS 539 F CYS 539 1_555 F SG CYS 555 F CYS 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
covale ? covale1 G OG1 THR 4 P THR 7 1_555 EA C1 NGA . P NGA 1572 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 224 A ASP 224 1_555 I MN MN . A MN 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc2 A NE2 HIS 226 A HIS 226 1_555 I MN MN . A MN 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 359 A HIS 359 1_555 I MN MN . A MN 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc4 I MN MN . A MN 1571 1_555 L O2B UD2 . A UD2 1574 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
metalc ? metalc5 I MN MN . A MN 1571 1_555 L O2A UD2 . A UD2 1574 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc6 I MN MN . A MN 1571 1_555 FA O HOH . A HOH 2049 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 224 B ASP 224 1_555 M MN MN . B MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc8 B NE2 HIS 226 B HIS 226 1_555 M MN MN . B MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc9 B NE2 HIS 359 B HIS 359 1_555 M MN MN . B MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc10 M MN MN . B MN 1570 1_555 P O2B UD2 . B UD2 1573 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.875 ? 
metalc ? metalc11 M MN MN . B MN 1570 1_555 P O2A UD2 . B UD2 1573 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc12 C OD2 ASP 224 C ASP 224 1_555 Q MN MN . C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 226 C HIS 226 1_555 Q MN MN . C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc14 C NE2 HIS 359 C HIS 359 1_555 Q MN MN . C MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc15 Q MN MN . C MN 1570 1_555 R O2B UDP . C UDP 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc16 Q MN MN . C MN 1570 1_555 R O1A UDP . C UDP 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc17 Q MN MN . C MN 1570 1_555 HA O HOH . C HOH 2027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc18 D OD2 ASP 224 D ASP 224 1_555 U MN MN . D MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc19 D NE2 HIS 226 D HIS 226 1_555 U MN MN . D MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc20 D NE2 HIS 359 D HIS 359 1_555 U MN MN . D MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc21 U MN MN . D MN 1570 1_555 V O2B UD2 . D UD2 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? 
metalc ? metalc22 U MN MN . D MN 1570 1_555 V O2A UD2 . D UD2 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc23 E OD2 ASP 224 E ASP 224 1_555 Y MN MN . E MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc24 E NE2 HIS 226 E HIS 226 1_555 Y MN MN . E MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc25 E NE2 HIS 359 E HIS 359 1_555 Y MN MN . E MN 1570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc26 Y MN MN . E MN 1570 1_555 Z O2A UD2 . E UD2 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? 
metalc ? metalc27 Y MN MN . E MN 1570 1_555 Z O2B UD2 . E UD2 1571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc28 Y MN MN . E MN 1570 1_555 JA O HOH . E HOH 2053 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc29 F OD2 ASP 224 F ASP 224 1_555 CA MN MN . F MN 1566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc30 F NE2 HIS 226 F HIS 226 1_555 CA MN MN . F MN 1566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc31 F NE2 HIS 359 F HIS 359 1_555 CA MN MN . F MN 1566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc32 CA MN MN . F MN 1566 1_555 DA O2A UD2 . F UD2 1567 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? 
metalc ? metalc33 CA MN MN . F MN 1566 1_555 DA O2B UD2 . F UD2 1567 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H27 N3 O17 P2' 
_chem_comp.formula_weight    607.354 
_chem_comp.id                UD2 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     '(2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O4 C4 UD2 doub 397 n n 
C4 N3 UD2 sing 398 n n 
C4 C5 UD2 sing 399 n n 
N3 C2 UD2 sing 400 n n 
C5 C6 UD2 doub 401 n n 
C2 O2 UD2 doub 402 n n 
C2 N1 UD2 sing 403 n n 
C6 N1 UD2 sing 404 n n 
N1 C1B UD2 sing 405 n n 
O2' C2B UD2 sing 406 n n 
C1B C2B UD2 sing 407 n n 
C1B O4B UD2 sing 408 n n 
C2B C3B UD2 sing 409 n n 
O2A PA UD2 doub 410 n n 
O4B C4B UD2 sing 411 n n 
O6' C6' UD2 sing 412 n n 
O5B PA UD2 sing 413 n n 
O5B C5B UD2 sing 414 n n 
C3B C4B UD2 sing 415 n n 
C3B O3B UD2 sing 416 n n 
PA O3A UD2 sing 417 n n 
PA O1A UD2 sing 418 n n 
C4B C5B UD2 sing 419 n n 
O3A PB UD2 sing 420 n n 
C6' C5' UD2 sing 421 n n 
O2B PB UD2 doub 422 n n 
C5' O5' UD2 sing 423 n n 
C5' C4' UD2 sing 424 n n 
PB O1B UD2 sing 425 n n 
PB O1' UD2 sing 426 n n 
O5' C1' UD2 sing 427 n n 
C4' O4' UD2 sing 428 n n 
C4' C3' UD2 sing 429 n n 
O1' C1' UD2 sing 430 n n 
C1' C2' UD2 sing 431 n n 
C3' C2' UD2 sing 432 n n 
C3' O3' UD2 sing 433 n n 
C2' N2' UD2 sing 434 n n 
N2' C7' UD2 sing 435 n n 
C7' O7' UD2 doub 436 n n 
C7' C8' UD2 sing 437 n n 
C1' H1' UD2 sing 438 n n 
C2' H2' UD2 sing 439 n n 
C3' H3' UD2 sing 440 n n 
C4' H4' UD2 sing 441 n n 
C5' H5' UD2 sing 442 n n 
C6' "H6'1" UD2 sing 443 n n 
C6' "H6'2" UD2 sing 444 n n 
C8' "H8'1" UD2 sing 445 n n 
C8' "H8'2" UD2 sing 446 n n 
C8' "H8'3" UD2 sing 447 n n 
N2' HN2' UD2 sing 448 n n 
O3' HO3' UD2 sing 449 n n 
O4' HO4' UD2 sing 450 n n 
O6' HO6' UD2 sing 451 n n 
N3 HN3 UD2 sing 452 n n 
C5 H5 UD2 sing 453 n n 
C6 H6 UD2 sing 454 n n 
C1B H1B UD2 sing 455 n n 
C2B H2B UD2 sing 456 n n 
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HETATM 36 O O3A UD2 . . . L 5 19.554 -0.298 -52.569 1 27.43 ? O3A UD2 1574 A 1 
HETATM 37 P PB UD2 . . . L 5 21.064 -0.012 -52.185 1 27.73 ? PB UD2 1574 A 1 
HETATM 38 O O1B UD2 . . . L 5 21.737 -1.334 -52.24 1 34.55 ? O1B UD2 1574 A 1 
HETATM 39 O O2B UD2 . . . L 5 21.318 1.055 -51.2 1 26.99 ? O2B UD2 1574 A 1 
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