data_4DQY # _model_server_result.job_id RKO4EVdPiueMAx_AJusaxQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 13:39:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4dqy # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":400}' # _entry.id 4DQY # _exptl.entry_id 4DQY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4DQY _cell.length_a 65.095 _cell.length_b 112.965 _cell.length_c 294.724 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4DQY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? pentameric 5 author_defined_assembly 1 ? pentameric 5 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,G,H,I,J,K 1 1 D,E,F,G,H,L,M 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 J N N ? 5 L N N ? 5 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 41 A CYS 21 1_555 I ZN ZN . A ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 44 A CYS 24 1_555 I ZN ZN . A ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc3 A ND1 HIS 73 A HIS 53 1_555 I ZN ZN . A ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 76 A CYS 56 1_555 I ZN ZN . A ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 81 B CYS 295 1_555 J ZN ZN . B ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 84 B CYS 298 1_555 J ZN ZN . B ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 97 B CYS 311 1_555 J ZN ZN . B ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 107 B CYS 321 1_555 J ZN ZN . B ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 41 D CYS 21 1_555 L ZN ZN . D ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 44 D CYS 24 1_555 L ZN ZN . D ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc11 D ND1 HIS 73 D HIS 53 1_555 L ZN ZN . D ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc12 D SG CYS 76 D CYS 56 1_555 L ZN ZN . D ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc13 E SG CYS 81 E CYS 295 1_555 M ZN ZN . E ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc14 E SG CYS 84 E CYS 298 1_555 M ZN ZN . E ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc15 E SG CYS 97 E CYS 311 1_555 M ZN ZN . E ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc16 E SG CYS 107 E CYS 321 1_555 M ZN ZN . E ZN 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 G N1 DG 1 M DG 1 1_555 H N3 DC 26 N DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 G N2 DG 1 M DG 1 1_555 H O2 DC 26 N DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 G O6 DG 1 M DG 1 1_555 H N4 DC 26 N DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 G N3 DC 2 M DC 2 1_555 H N1 DG 25 N DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G N4 DC 2 M DC 2 1_555 H O6 DG 25 N DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G O2 DC 2 M DC 2 1_555 H N2 DG 25 N DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 G N3 DC 3 M DC 3 1_555 H N1 DG 24 N DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N4 DC 3 M DC 3 1_555 H O6 DG 24 N DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G O2 DC 3 M DC 3 1_555 H N2 DG 24 N DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G N3 DT 4 M DT 4 1_555 H N1 DA 23 N DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G O4 DT 4 M DT 4 1_555 H N6 DA 23 N DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G N1 DA 5 M DA 5 1_555 H N3 DT 22 N DT 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G N6 DA 5 M DA 5 1_555 H O4 DT 22 N DT 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog14 G O2 DC 6 M DC 6 1_555 H N2 DG 21 N DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G N3 DC 7 M DC 7 1_555 H N1 DG 20 N DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G N4 DC 7 M DC 7 1_555 H O6 DG 20 N DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G O2 DC 7 M DC 7 1_555 H N2 DG 20 N DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G N1 DG 8 M DG 8 1_555 H N3 DC 19 N DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G N2 DG 8 M DG 8 1_555 H O2 DC 19 N DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G O6 DG 8 M DG 8 1_555 H N4 DC 19 N DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N1 DG 9 M DG 9 1_555 H N3 DC 18 N DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N2 DG 9 M DG 9 1_555 H O2 DC 18 N DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G O6 DG 9 M DG 9 1_555 H N4 DC 18 N DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G N3 DT 10 M DT 10 1_555 H N1 DA 17 N DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G O4 DT 10 M DT 10 1_555 H N6 DA 17 N DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G N3 DT 11 M DT 11 1_555 H N1 DA 16 N DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G O4 DT 11 M DT 11 1_555 H N6 DA 16 N DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G N3 DC 12 M DC 12 1_555 H N1 DG 15 N DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G N4 DC 12 M DC 12 1_555 H O6 DG 15 N DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G O2 DC 12 M DC 12 1_555 H N2 DG 15 N DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N1 DG 13 M DG 13 1_555 H N3 DC 14 N DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G N2 DG 13 M DG 13 1_555 H O2 DC 14 N DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G O6 DG 13 M DG 13 1_555 H N4 DC 14 N DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog34 G O2 DC 14 M DC 14 1_555 H N2 DG 13 N DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G N1 DG 15 M DG 15 1_555 H N3 DC 12 N DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G N2 DG 15 M DG 15 1_555 H O2 DC 12 N DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G O6 DG 15 M DG 15 1_555 H N4 DC 12 N DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 G N1 DA 16 M DA 16 1_555 H N3 DT 11 N DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 G N6 DA 16 M DA 16 1_555 H O4 DT 11 N DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 G N1 DA 17 M DA 17 1_555 H N3 DT 10 N DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 G N6 DA 17 M DA 17 1_555 H O4 DT 10 N DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog42 G O2 DC 18 M DC 18 1_555 H N2 DG 9 N DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog43 G O2 DC 19 M DC 19 1_555 H N2 DG 8 N DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog44 G N2 DG 20 M DG 20 1_555 H O2 DC 7 N DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog45 G O6 DG 21 M DG 21 1_555 H N4 DC 6 N DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 G N1 DA 23 M DA 23 1_555 H N3 DT 4 N DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 G N6 DA 23 M DA 23 1_555 H O4 DT 4 N DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 G N1 DG 24 M DG 24 1_555 H N3 DC 3 N DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 G N2 DG 24 M DG 24 1_555 H O2 DC 3 N DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 G O6 DG 24 M DG 24 1_555 H N4 DC 3 N DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 G N1 DG 25 M DG 25 1_555 H N3 DC 2 N DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 G N2 DG 25 M DG 25 1_555 H O2 DC 2 N DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 G O6 DG 25 M DG 25 1_555 H N4 DC 2 N DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 G N3 DC 26 M DC 26 1_555 H N1 DG 1 N DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 G N4 DC 26 M DC 26 1_555 H O6 DG 1 N DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 G O2 DC 26 M DC 26 1_555 H N2 DG 1 N DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4DQY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015362 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008852 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003393 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 ZN A 1 200 200 ZN ZN . J 5 ZN B 1 400 400 ZN ZN . K 6 EDO C 1 1101 1 EDO EDO . L 5 ZN D 1 200 200 ZN ZN . M 5 ZN E 1 400 400 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 54.298 _atom_site.Cartn_y 49.737 _atom_site.Cartn_z 71.471 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 201.59 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 400 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 28 _model_server_stats.parse_time_ms 35 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 312 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #