data_4DSJ # _model_server_result.job_id n5iLHA1Cy2PnbAIh2NMXOg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 21:28:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4dsj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 4DSJ # _exptl.entry_id 4DSJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4DSJ _cell.length_a 60.016 _cell.length_b 112.07 _cell.length_c 229.45 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4DSJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,G,H,I,J 1 1 B,E,F,K 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 H N N ? 5 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 534 A GLU 831 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc2 G O2G DGT . A DGT 1001 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc3 G O2B DGT . A DGT 1001 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc4 H CA CA . A CA 1002 1_555 C OP1 DG 12 C DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog1 C N1 DA 1 C DA 1 1_555 E N3 DT 2 E DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog2 C N3 DT 2 C DT 2 1_555 E N1 DA 1 E DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C N3 DC 3 C DC 3 1_555 D N1 DG 10 D DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N4 DC 3 C DC 3 1_555 D O6 DG 10 D DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C O2 DC 3 C DC 3 1_555 D N2 DG 10 D DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N3 DC 4 C DC 4 1_555 D N1 DG 9 D DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N4 DC 4 C DC 4 1_555 D O6 DG 9 D DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O2 DC 4 C DC 4 1_555 D N2 DG 9 D DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N1 DG 5 C DG 5 1_555 D N3 DC 8 D DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N2 DG 5 C DG 5 1_555 D O2 DC 8 D DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C O6 DG 5 C DG 5 1_555 D N4 DC 8 D DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N1 DA 6 C DA 6 1_555 D N3 DT 7 D DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N6 DA 6 C DA 6 1_555 D O4 DT 7 D DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N1 DG 7 C DG 7 1_555 D N3 DC 6 D DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N2 DG 7 C DG 7 1_555 D O2 DC 6 D DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O6 DG 7 C DG 7 1_555 D N4 DC 6 D DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N3 DT 8 C DT 8 1_555 D N1 DA 5 D DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C O4 DT 8 C DT 8 1_555 D N6 DA 5 D DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N3 DC 9 C DC 9 1_555 D N1 DG 4 D DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N4 DC 9 C DC 9 1_555 D O6 DG 4 D DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C O2 DC 9 C DC 9 1_555 D N2 DG 4 D DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N1 DA 10 C DA 10 1_555 D N3 DT 3 D DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N6 DA 10 C DA 10 1_555 D O4 DT 3 D DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N1 DG 11 C DG 11 1_555 D N3 DC 2 D DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N2 DG 11 C DG 11 1_555 D O2 DC 2 D DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C O6 DG 11 C DG 11 1_555 D N4 DC 2 D DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N1 DG 12 C DG 12 1_555 D N3 DC 1 D DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N2 DG 12 C DG 12 1_555 D O2 DC 1 D DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C O6 DG 12 C DG 12 1_555 D N4 DC 1 D DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog30 E O2 DC 3 E DC 3 1_555 F N2 DG 10 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N3 DC 4 E DC 4 1_555 F N1 DG 9 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N4 DC 4 E DC 4 1_555 F O6 DG 9 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E O2 DC 4 E DC 4 1_555 F N2 DG 9 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N1 DG 5 E DG 5 1_555 F N3 DC 8 F DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N2 DG 5 E DG 5 1_555 F O2 DC 8 F DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E O6 DG 5 E DG 5 1_555 F N4 DC 8 F DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N1 DA 6 E DA 6 1_555 F N3 DT 7 F DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E N6 DA 6 E DA 6 1_555 F O4 DT 7 F DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N1 DG 7 E DG 7 1_555 F N3 DC 6 F DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E N2 DG 7 E DG 7 1_555 F O2 DC 6 F DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E O6 DG 7 E DG 7 1_555 F N4 DC 6 F DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog42 E N3 DT 8 E DT 8 1_555 F N1 DA 5 F DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 E N3 DC 9 E DC 9 1_555 F N1 DG 4 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 E N4 DC 9 E DC 9 1_555 F O6 DG 4 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 E O2 DC 9 E DC 9 1_555 F N2 DG 4 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 E N1 DA 10 E DA 10 1_555 F N3 DT 3 F DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 E N6 DA 10 E DA 10 1_555 F O4 DT 3 F DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 E N1 DG 11 E DG 11 1_555 F N3 DC 2 F DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 E N2 DG 11 E DG 11 1_555 F O2 DC 2 F DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 E O6 DG 11 E DG 11 1_555 F N4 DC 2 F DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 E N1 DG 12 E DG 12 1_555 F N3 DC 1 F DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 E N2 DG 12 E DG 12 1_555 F O2 DC 1 F DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 E O6 DG 12 E DG 12 1_555 F N4 DC 1 F DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4DSJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016662 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008923 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004358 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 DGT A 1 1001 1001 DGT DGT . H 5 CA A 1 1002 1 CA CA . I 5 CA A 1 1003 2 CA CA . J 6 HOH A 1 1101 1 HOH HOH . J 6 HOH A 2 1102 2 HOH HOH . J 6 HOH A 3 1103 3 HOH HOH . J 6 HOH A 4 1104 4 HOH HOH . J 6 HOH A 5 1105 5 HOH HOH . J 6 HOH A 6 1106 6 HOH HOH . J 6 HOH A 7 1107 7 HOH HOH . J 6 HOH A 8 1108 9 HOH HOH . K 6 HOH B 1 901 8 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 26.237 _atom_site.Cartn_y 24.64 _atom_site.Cartn_z 62.996 _atom_site.occupancy 0.8 _atom_site.B_iso_or_equiv 107.09 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 141 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 328 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #