data_4DVO
#
_model_server_result.job_id            bzV2o17kVplgamgLvuGXtQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 22:31:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4dvo 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":403}' 
#
_entry.id    4DVO 
#
loop_
_exptl.entry_id
_exptl.method
4DVO 'NEUTRON DIFFRACTION' 
4DVO 'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              58.693 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'NICKEL (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4DVO 
_cell.length_a            94.061 
_cell.length_b            99.428 
_cell.length_c            102.798 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4DVO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        23 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 2 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2,3,4 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 
3 'crystal symmetry operation' 3_554 -x,y,-z-1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 -102.798 
4 'crystal symmetry operation' 4_554 x,-y,-z-1 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 -102.798 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 B N N 
? 2 C N N 
? 2 D N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 181 A GLU 181 1_555 D NI NI . A NI 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 217 A GLU 217 1_555 B NI NI . A NI 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 217 A GLU 217 1_555 C NI NI . A NI 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 217 A GLU 217 1_555 D NI NI . A NI 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc5 A NE2 HIS 220 A HIS 220 1_555 B NI NI . A NI 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc6 A NE2 HIS 220 A HIS 220 1_555 C NI NI . A NI 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 245 A ASP 245 1_555 D NI NI . A NI 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 255 A ASP 255 1_555 C NI NI . A NI 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 255 A ASP 255 1_555 C NI NI . A NI 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 257 A ASP 257 1_555 C NI NI . A NI 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 287 A ASP 287 1_555 D NI NI . A NI 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc12 B NI NI . A NI 401 1_555 E O2 SOR . A SOR 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc13 B NI NI . A NI 401 1_555 E O1 SOR . A SOR 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc14 B NI NI . A NI 401 1_555 F O DOD . A DOD 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc15 C NI NI . A NI 402 1_555 F O DOD . A DOD 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? 
metalc ? metalc16 D NI NI . A NI 403 1_555 E O4 SOR . A SOR 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc17 D NI NI . A NI 403 1_555 E O2 SOR . A SOR 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ni 2' 
_chem_comp.formula_weight    58.693 
_chem_comp.id                NI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'NICKEL (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4DVO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010631 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010058 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009728 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 NI A 1 401 391 NI NI . 
C 2 NI A 1 402 392 NI NI . 
D 2 NI A 1 403 393 NI NI . 
E 3 SOR A 1 404 401 SOR SOR . 
F 4 DOD A 1 1001 1001 DOD DOD . 
F 4 DOD A 2 1002 1002 DOD DOD . 
F 4 DOD A 3 1003 1003 DOD DOD . 
F 4 DOD A 4 1004 1004 DOD DOD . 
F 4 DOD A 5 1005 1005 DOD DOD . 
F 4 DOD A 6 1006 1006 DOD DOD . 
F 4 DOD A 7 1007 1007 DOD DOD . 
F 4 DOD A 8 1008 1008 DOD DOD . 
F 4 DOD A 9 1009 1009 DOD DOD . 
F 4 DOD A 10 1010 1010 DOD DOD . 
F 4 DOD A 11 1011 1011 DOD DOD . 
F 4 DOD A 12 1012 1012 DOD DOD . 
F 4 DOD A 13 1013 1013 DOD DOD . 
F 4 DOD A 14 1014 1014 DOD DOD . 
F 4 DOD A 15 1015 1015 DOD DOD . 
F 4 DOD A 16 1016 1016 DOD DOD . 
F 4 DOD A 17 1017 1017 DOD DOD . 
F 4 DOD A 18 1018 1018 DOD DOD . 
F 4 DOD A 19 1019 1019 DOD DOD . 
F 4 DOD A 20 1020 1020 DOD DOD . 
F 4 DOD A 21 1021 1021 DOD DOD . 
F 4 DOD A 22 1022 1022 DOD DOD . 
F 4 DOD A 23 1023 1023 DOD DOD . 
F 4 DOD A 24 1024 1024 DOD DOD . 
F 4 DOD A 25 1025 1025 DOD DOD . 
F 4 DOD A 26 1026 1026 DOD DOD . 
F 4 DOD A 27 1027 1027 DOD DOD . 
F 4 DOD A 28 1028 1028 DOD DOD . 
F 4 DOD A 29 1029 1029 DOD DOD . 
F 4 DOD A 30 1030 1030 DOD DOD . 
F 4 DOD A 31 1031 1031 DOD DOD . 
F 4 DOD A 32 1032 1032 DOD DOD . 
F 4 DOD A 33 1033 1033 DOD DOD . 
F 4 DOD A 34 1034 1034 DOD DOD . 
F 4 DOD A 35 1035 1035 DOD DOD . 
F 4 DOD A 36 1036 1036 DOD DOD . 
F 4 DOD A 37 1037 1037 DOD DOD . 
F 4 DOD A 38 1038 1038 DOD DOD . 
F 4 DOD A 39 1039 1039 DOD DOD . 
F 4 DOD A 40 1040 1040 DOD DOD . 
F 4 DOD A 41 1041 1041 DOD DOD . 
F 4 DOD A 42 1042 1042 DOD DOD . 
F 4 DOD A 43 1043 1043 DOD DOD . 
F 4 DOD A 44 1044 1044 DOD DOD . 
F 4 DOD A 45 1045 1045 DOD DOD . 
F 4 DOD A 46 1046 1046 DOD DOD . 
F 4 DOD A 47 1047 1047 DOD DOD . 
F 4 DOD A 48 1048 1048 DOD DOD . 
F 4 DOD A 49 1049 1049 DOD DOD . 
F 4 DOD A 50 1050 1050 DOD DOD . 
F 4 DOD A 51 1051 1051 DOD DOD . 
F 4 DOD A 52 1052 1052 DOD DOD . 
F 4 DOD A 53 1053 1053 DOD DOD . 
F 4 DOD A 54 1054 1054 DOD DOD . 
F 4 DOD A 55 1055 1055 DOD DOD . 
F 4 DOD A 56 1056 1056 DOD DOD . 
F 4 DOD A 57 1057 1057 DOD DOD . 
F 4 DOD A 58 1058 1058 DOD DOD . 
F 4 DOD A 59 1059 1059 DOD DOD . 
F 4 DOD A 60 1060 1060 DOD DOD . 
F 4 DOD A 61 1061 1061 DOD DOD . 
F 4 DOD A 62 1062 1062 DOD DOD . 
F 4 DOD A 63 1063 1063 DOD DOD . 
F 4 DOD A 64 1064 1064 DOD DOD . 
F 4 DOD A 65 1065 1065 DOD DOD . 
F 4 DOD A 66 1066 1066 DOD DOD . 
F 4 DOD A 67 1067 1067 DOD DOD . 
F 4 DOD A 68 1068 1068 DOD DOD . 
F 4 DOD A 69 1069 1069 DOD DOD . 
F 4 DOD A 70 1070 1070 DOD DOD . 
F 4 DOD A 71 1071 1071 DOD DOD . 
F 4 DOD A 72 1072 1072 DOD DOD . 
F 4 DOD A 73 1073 1073 DOD DOD . 
F 4 DOD A 74 1074 1074 DOD DOD . 
F 4 DOD A 75 1075 1075 DOD DOD . 
F 4 DOD A 76 1076 1076 DOD DOD . 
F 4 DOD A 77 1077 1077 DOD DOD . 
F 4 DOD A 78 1078 1078 DOD DOD . 
F 4 DOD A 79 1079 1079 DOD DOD . 
F 4 DOD A 80 1080 1080 DOD DOD . 
F 4 DOD A 81 1081 1081 DOD DOD . 
F 4 DOD A 82 1082 1082 DOD DOD . 
F 4 DOD A 83 1083 1083 DOD DOD . 
F 4 DOD A 84 1084 1084 DOD DOD . 
F 4 DOD A 85 1085 1085 DOD DOD . 
F 4 DOD A 86 1086 1086 DOD DOD . 
F 4 DOD A 87 1087 1087 DOD DOD . 
F 4 DOD A 88 1088 1088 DOD DOD . 
F 4 DOD A 89 1089 1089 DOD DOD . 
F 4 DOD A 90 1090 1090 DOD DOD . 
F 4 DOD A 91 1091 1091 DOD DOD . 
F 4 DOD A 92 1092 1092 DOD DOD . 
F 4 DOD A 93 1093 1093 DOD DOD . 
F 4 DOD A 94 1094 1094 DOD DOD . 
F 4 DOD A 95 1095 1095 DOD DOD . 
F 4 DOD A 96 1096 1096 DOD DOD . 
F 4 DOD A 97 1097 1097 DOD DOD . 
F 4 DOD A 98 1098 1098 DOD DOD . 
F 4 DOD A 99 1099 1099 DOD DOD . 
F 4 DOD A 100 1100 1100 DOD DOD . 
F 4 DOD A 101 1101 1101 DOD DOD . 
F 4 DOD A 102 1102 1102 DOD DOD . 
F 4 DOD A 103 1103 1103 DOD DOD . 
F 4 DOD A 104 1104 1104 DOD DOD . 
F 4 DOD A 105 1105 1105 DOD DOD . 
F 4 DOD A 106 1106 1106 DOD DOD . 
F 4 DOD A 107 1107 1107 DOD DOD . 
F 4 DOD A 108 1108 1108 DOD DOD . 
F 4 DOD A 109 1109 1109 DOD DOD . 
F 4 DOD A 110 1110 1110 DOD DOD . 
F 4 DOD A 111 1111 1111 DOD DOD . 
F 4 DOD A 112 1112 1112 DOD DOD . 
F 4 DOD A 113 1113 1113 DOD DOD . 
F 4 DOD A 114 1114 1114 DOD DOD . 
F 4 DOD A 115 1115 1115 DOD DOD . 
F 4 DOD A 116 1116 1116 DOD DOD . 
F 4 DOD A 117 1117 1117 DOD DOD . 
F 4 DOD A 118 1118 1119 DOD DOD . 
F 4 DOD A 119 1119 1120 DOD DOD . 
F 4 DOD A 120 1120 1121 DOD DOD . 
F 4 DOD A 121 1121 1122 DOD DOD . 
F 4 DOD A 122 1122 1123 DOD DOD . 
F 4 DOD A 123 1123 1124 DOD DOD . 
F 4 DOD A 124 1124 1125 DOD DOD . 
F 4 DOD A 125 1125 1126 DOD DOD . 
F 4 DOD A 126 1126 1127 DOD DOD . 
F 4 DOD A 127 1127 1128 DOD DOD . 
F 4 DOD A 128 1128 1129 DOD DOD . 
F 4 DOD A 129 1129 1130 DOD DOD . 
F 4 DOD A 130 1130 1131 DOD DOD . 
F 4 DOD A 131 1131 1132 DOD DOD . 
F 4 DOD A 132 1132 1133 DOD DOD . 
F 4 DOD A 133 1133 1134 DOD DOD . 
F 4 DOD A 134 1134 1135 DOD DOD . 
F 4 DOD A 135 1135 1136 DOD DOD . 
F 4 DOD A 136 1136 1137 DOD DOD . 
F 4 DOD A 137 1137 1138 DOD DOD . 
F 4 DOD A 138 1138 1139 DOD DOD . 
F 4 DOD A 139 1139 1140 DOD DOD . 
F 4 DOD A 140 1140 1141 DOD DOD . 
F 4 DOD A 141 1141 1142 DOD DOD . 
F 4 DOD A 142 1142 1143 DOD DOD . 
F 4 DOD A 143 1143 1144 DOD DOD . 
F 4 DOD A 144 1144 1145 DOD DOD . 
F 4 DOD A 145 1145 1146 DOD DOD . 
F 4 DOD A 146 1146 1147 DOD DOD . 
F 4 DOD A 147 1147 1148 DOD DOD . 
F 4 DOD A 148 1148 1149 DOD DOD . 
F 4 DOD A 149 1149 1150 DOD DOD . 
F 4 DOD A 150 1150 1151 DOD DOD . 
F 4 DOD A 151 1151 1152 DOD DOD . 
F 4 DOD A 152 1152 1153 DOD DOD . 
F 4 DOD A 153 1153 1154 DOD DOD . 
F 4 DOD A 154 1154 1155 DOD DOD . 
F 4 DOD A 155 1155 1156 DOD DOD . 
F 4 DOD A 156 1156 1157 DOD DOD . 
F 4 DOD A 157 1157 1158 DOD DOD . 
F 4 DOD A 158 1158 1159 DOD DOD . 
F 4 DOD A 159 1159 1160 DOD DOD . 
F 4 DOD A 160 1160 1161 DOD DOD . 
F 4 DOD A 161 1161 1162 DOD DOD . 
F 4 DOD A 162 1162 1163 DOD DOD . 
F 4 DOD A 163 1163 1164 DOD DOD . 
F 4 DOD A 164 1164 1165 DOD DOD . 
F 4 DOD A 165 1165 1166 DOD DOD . 
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