data_4DYB # _model_server_result.job_id rrE5fTEJNpsRyJ8QWhxYxA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 01:31:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4dyb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":601}' # _entry.id 4DYB # _exptl.entry_id 4DYB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 582.027 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description N-[4-chloranyl-5-[4-[[3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-2-nitro-phenyl]thiophene-2-carboxamide _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4DYB _cell.length_a 145.796 _cell.length_b 145.796 _cell.length_c 145.796 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4DYB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 198 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 3' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,E 1 1,2,3 B,D,F 2 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_544 -z,x-1/2,-y-1/2 0 0 -1 1 0 0 0 -1 0 0 -72.898 -72.898 3 'crystal symmetry operation' 11_545 y+1/2,-z-1/2,-x 0 1 0 0 0 -1 -1 0 0 72.898 -72.898 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # _chem_comp.formula 'C27 H24 Cl N5 O6 S' _chem_comp.formula_weight 582.027 _chem_comp.id 0MH _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name N-[4-chloranyl-5-[4-[[3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-2-nitro-phenyl]thiophene-2-carboxamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O33 N32 0MH doub 1 n n C3 C6 0MH sing 2 n y C3 C9 0MH doub 3 n y C6 C18 0MH doub 4 n y C9 S39 0MH sing 5 n y N32 O36 0MH sing 6 n n N32 C14 0MH sing 7 n n C18 S39 0MH sing 8 n y C18 C21 0MH sing 9 n n N31 C21 0MH sing 10 n n N31 C13 0MH sing 11 n n C14 C13 0MH doub 12 n y C14 C8 0MH sing 13 n y C21 O35 0MH doub 14 n n C13 C7 0MH sing 15 n y C8 C16 0MH doub 16 n y C7 C12 0MH doub 17 n y C16 C12 0MH sing 18 n y C16 CL4 0MH sing 19 n n C12 N29 0MH sing 20 n n C22 N29 0MH sing 21 n n C22 C24 0MH sing 22 n n N29 C23 0MH sing 23 n n C24 N30 0MH sing 24 n n C23 C25 0MH sing 25 n n N30 C25 0MH sing 26 n n N30 C20 0MH sing 27 n n C20 O34 0MH doub 28 n n C20 C11 0MH sing 29 n n C27 O38 0MH sing 30 n n C5 C2 0MH doub 31 n y C5 C15 0MH sing 32 n y C2 C1 0MH sing 33 n y O38 C15 0MH sing 34 n n C15 C10 0MH doub 35 n y C11 C17 0MH sing 36 n y C11 C19 0MH doub 37 n y C1 C4 0MH doub 38 n y C10 C4 0MH sing 39 n y C10 C17 0MH sing 40 n n C17 N28 0MH doub 41 n y C26 C19 0MH sing 42 n n C19 O37 0MH sing 43 n y N28 O37 0MH sing 44 n y C1 H1 0MH sing 45 n n C2 H2 0MH sing 46 n n C3 H3 0MH sing 47 n n C4 H4 0MH sing 48 n n C5 H5 0MH sing 49 n n C6 H6 0MH sing 50 n n C7 H7 0MH sing 51 n n C8 H8 0MH sing 52 n n C9 H9 0MH sing 53 n n C22 H10 0MH sing 54 n n C22 H11 0MH sing 55 n n C23 H12 0MH sing 56 n n C23 H13 0MH sing 57 n n C24 H14 0MH sing 58 n n C24 H15 0MH sing 59 n n C25 H16 0MH sing 60 n n C25 H17 0MH sing 61 n n C26 H18 0MH sing 62 n n C26 H19 0MH sing 63 n n C26 H20 0MH sing 64 n n C27 H21 0MH sing 65 n n C27 H22 0MH sing 66 n n C27 H23 0MH sing 67 n n N31 H24 0MH sing 68 n n # _atom_sites.entry_id 4DYB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006859 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006859 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006859 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 0MH A 1 601 1 0MH LG1 . D 2 0MH B 1 601 1 0MH LG1 . E 3 HOH A 1 701 1 HOH HOH . E 3 HOH A 2 702 2 HOH HOH . E 3 HOH A 3 703 3 HOH HOH . E 3 HOH A 4 704 4 HOH HOH . E 3 HOH A 5 705 6 HOH HOH . E 3 HOH A 6 706 7 HOH HOH . E 3 HOH A 7 707 8 HOH HOH . E 3 HOH A 8 708 11 HOH HOH . E 3 HOH A 9 709 12 HOH HOH . E 3 HOH A 10 710 14 HOH HOH . E 3 HOH A 11 711 15 HOH HOH . E 3 HOH A 12 712 16 HOH HOH . E 3 HOH A 13 713 18 HOH HOH . F 3 HOH B 1 701 5 HOH HOH . F 3 HOH B 2 702 9 HOH HOH . F 3 HOH B 3 703 10 HOH HOH . F 3 HOH B 4 704 13 HOH HOH . F 3 HOH B 5 705 17 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 0MH . . . C 2 25.624 -33.337 21.189 1 44.68 ? C1 0MH 601 A 1 HETATM 2 C C2 0MH . . . C 2 26.748 -33.959 20.653 1 44.78 ? C2 0MH 601 A 1 HETATM 3 C C3 0MH . . . C 2 31.963 -35.221 12.717 1 48.3 ? C3 0MH 601 A 1 HETATM 4 C C4 0MH . . . C 2 24.527 -34.1 21.579 1 44.54 ? C4 0MH 601 A 1 HETATM 5 C C5 0MH . . . C 2 26.775 -35.343 20.506 1 44.78 ? C5 0MH 601 A 1 HETATM 6 C C6 0MH . . . C 2 30.667 -34.737 13.063 1 48.25 ? C6 0MH 601 A 1 HETATM 7 C C7 0MH . . . C 2 25.977 -34.86 15.365 1 48.35 ? C7 0MH 601 A 1 HETATM 8 C C8 0MH . . . C 2 24.82 -32.451 14.571 1 48.14 ? C8 0MH 601 A 1 HETATM 9 C C9 0MH . . . C 2 32.225 -36.452 13.283 1 48.26 ? C9 0MH 601 A 1 HETATM 10 C C10 0MH . . . C 2 24.546 -35.485 21.438 1 44.84 ? C10 0MH 601 A 1 HETATM 11 C C11 0MH . . . C 2 22.72 -37.262 21.167 1 45.01 ? C11 0MH 601 A 1 HETATM 12 C C12 0MH . . . C 2 24.692 -34.534 15.788 1 48.09 ? C12 0MH 601 A 1 HETATM 13 C C13 0MH . . . C 2 26.675 -33.98 14.543 1 48.3 ? C13 0MH 601 A 1 HETATM 14 C C14 0MH . . . C 2 26.099 -32.779 14.147 1 48.28 ? C14 0MH 601 A 1 HETATM 15 C C15 0MH . . . C 2 25.678 -36.109 20.899 1 45.15 ? C15 0MH 601 A 1 HETATM 16 C C16 0MH . . . C 2 24.125 -33.328 15.392 1 48.1 ? C16 0MH 601 A 1 HETATM 17 C C17 0MH . . . C 2 23.38 -36.226 21.855 1 44.91 ? C17 0MH 601 A 1 HETATM 18 C C18 0MH . . . C 2 29.993 -35.624 13.878 1 48.28 ? C18 0MH 601 A 1 HETATM 19 C C19 0MH . . . C 2 21.686 -37.604 21.995 1 45 ? C19 0MH 601 A 1 HETATM 20 C C20 0MH . . . C 2 22.996 -37.904 19.88 1 45.06 ? C20 0MH 601 A 1 HETATM 21 C C21 0MH . . . C 2 28.647 -35.516 14.456 1 48.2 ? C21 0MH 601 A 1 HETATM 22 C C22 0MH . . . C 2 24.37 -36.838 16.615 1 46.61 ? C22 0MH 601 A 1 HETATM 23 C C23 0MH . . . C 2 23.889 -34.9 18.008 1 46.91 ? C23 0MH 601 A 1 HETATM 24 C C24 0MH . . . C 2 23.327 -37.648 17.38 1 45.87 ? C24 0MH 601 A 1 HETATM 25 C C25 0MH . . . C 2 22.862 -35.688 18.818 1 45.94 ? C25 0MH 601 A 1 HETATM 26 C C26 0MH . . . C 2 20.61 -38.601 21.905 1 45.09 ? C26 0MH 601 A 1 HETATM 27 C C27 0MH . . . C 2 27.009 -37.996 20.313 1 44.86 ? C27 0MH 601 A 1 HETATM 28 N N28 0MH . . . C 2 22.784 -35.945 23.018 1 44.98 ? N28 0MH 601 A 1 HETATM 29 N N29 0MH . . . C 2 24.016 -35.417 16.637 1 47.88 ? N29 0MH 601 A 1 HETATM 30 N N30 0MH . . . C 2 23.071 -37.128 18.727 1 45.41 ? N30 0MH 601 A 1 HETATM 31 N N31 0MH . . . C 2 27.954 -34.34 14.131 1 48.22 ? N31 0MH 601 A 1 HETATM 32 N N32 0MH . . . C 2 26.785 -31.867 13.308 1 48.49 ? N32 0MH 601 A 1 HETATM 33 O O33 0MH . . . C 2 26.117 -30.994 12.703 1 49.86 ? O33 0MH 601 A 1 HETATM 34 O O34 0MH . . . C 2 23.139 -39.12 19.921 1 45.33 ? O34 0MH 601 A 1 HETATM 35 O O35 0MH . . . C 2 28.192 -36.406 15.166 1 48.18 ? O35 0MH 601 A 1 HETATM 36 O O36 0MH . . . C 2 28.039 -31.813 13.366 1 50.03 ? O36 0MH 601 A 1 HETATM 37 O O37 0MH . . . C 2 21.709 -36.823 23.105 1 44.76 ? O37 0MH 601 A 1 HETATM 38 O O38 0MH . . . C 2 25.756 -37.465 20.74 1 45.26 ? O38 0MH 601 A 1 HETATM 39 S S39 0MH . . . C 2 30.91 -37.026 14.22 1 48.3 ? S39 0MH 601 A 1 HETATM 40 CL CL4 0MH . . . C 2 22.545 -32.865 15.883 1 48.31 ? CL4 0MH 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 331 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 40 #